CRACD-подобный белок
| КРАКДЛ | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Идентификаторы | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Псевдонимы | CRACDL , C2orf55, KIAA1211-подобный, KIAA1211-подобный, KIAA1211L, CRACD-подобный | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Внешние идентификаторы | МГИ : 1919347 ; Гомологен : 19208 ; GeneCards : CRACDL ; OMA : CRACDL — ортологи | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Викиданные | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CRACD-подобный белок . ранее известный как KIAA1211L, представляет собой белок, который у человека кодируется геном CRACDL . Он высоко выражен в коре головного мозга. [5] Кроме того, он локализован в микротрубочках и центросомах и субклеточно расположен в ядре . [6] [7] Наконец, CRACDL связан с некоторыми психическими расстройствами и различными видами рака. [8] [9]
Ген
[ редактировать ]| хромосома | 2 (2кв.11.2) [10] |
| Расположение | от 98 793 846 п.н. от pter до 98 936 259 п.н. от pter [10] |
| Размер | 142 414 баз [10] |
| Инвентарный номер | НМ_207362 [11] |
| Также известный как | KIAA1211 Нравится C2orf55 Хромосома 2 Открытая рамка считывания 55 [10] |
CRACDL представляет собой ген, кодирующий белок. [10] В таблице выше представлены псевдоним, местоположение, размер и инвентарный номер гена.
мРНК
[ редактировать ]Существует 11 сплайсинговых изоформ CRACDL . [5] Валидированная изоформа имеет 10 экзонов. [5]
Белок
[ редактировать ]
| Длина аминокислоты | 962 [10] |
| Молекулярный вес | 102 кДа [12] |
| Изоэлектрическая точка | 8 [12] |
| Инвентарный номер | НП_997245.2 [11] |
| Также известный как | Неохарактеризованный белок, подобный KIAA1211 [10] Неохарактеризованный белок C2orf55 [10] Гипотетический белок LOC343990 [13] |
В таблице выше представлены псевдоним, размер и инвентарный номер белка. Белок CRACD-L богат пролином и беден аспарагином, изолейцином, фенилаланином и тирозином. [12]
Домены и мотивы
[ редактировать ]
Белок CRACD-L имеет один домен, называемый мотивом DUF4592, и включает аминокислоты 131–239. [14] Этот домен высоко консервативен среди ортологов CRACDL . Мотив DUF4592 изображен как в концептуальном переводе, так и в схематических рисунках.
Посттрансляционные модификации
[ редактировать ]CRACDL фосфорилируется по аминокислотам Ser92 и Ser490. [15] Предполагается, что белок KIAA1211L будет иметь пять различных сайтов SUMOylation , расположенных в Lys134, Lys375, Lys866, Lys874 и Lys914. [16] Как сайты фосфорилирования, так и сайты SUMOylation изображены в концептуальном переводе и схематических рисунках.
Вторичная структура
[ редактировать ]белка CRACD-L Предсказанная вторичная структура состоит на 50% из альфа-спиралей , на 8,9% из бета-листов и на 17,9% витков. [17] Большое количество витков согласуется с тем фактом, что CRACD-L богат пролином . [12]
Субклеточное расположение
[ редактировать ]Предполагается, что белок CRACD-L локализуется в ядре . [7] Предполагается, что ортологи, в том числе слоновая акула, лошадь, сизый голубь и шимпанзе, также будут расположены в ядре. [7] Сигнал ядерной локализации расположен на аминокислотах 25–43, что изображено как в концептуальном переводе, так и на схематических рисунках. . [7] Этот сигнал сохраняется во всех ортологах. Кроме того, это место (аминокислоты 24–43) заряжено положительно, вероятно, из-за большого количества лизина в этом месте. [12] Наконец, прогнозируется, что CRACD-L в основном локализуется в микротрубочках и центросомах , а иногда и в цитокинетическом мостике . [6]
Выражение
[ редактировать ]Ген высоко экспрессируется в коре головного мозга . [5] Белок CRACD-L локализован во многих различных типах тканей, включая мозг, гиппокамп, легкие, карциному молочной железы, островки Лангерганса, поджелудочную железу, почки и 38 других тканей. [18] Кроме того, он экспрессируется в среднем количестве по сравнению с другими белками человека. [19]
Регуляция транскрипции
[ редактировать ]Промоторная факторами область CRACDL имеет длину примерно 1340 пар оснований с различными предсказанными транскрипции . [20] Глиальные клетки, в которых отсутствует гомолог 1, и факторы транскрипции линии олигодендроцитов примечательны тем, что CRACDL высоко экспрессируется в мозге. [20] [5] Кроме того, эстроген-связанный рецептор альфа также является заметным фактором транскрипции из-за низкого уровня экспрессии CRACDL, когда рецепторы эстрогена выключаются. [21] [20] Более того, предполагается, что CRACDL будет SUMOилирован. [16] Предполагается, что 3'-UTR CRACDL будет нацелен на микроРНК-132 , что показано на концептуальном рисунке трансляции. [22]
Функция
[ редактировать ]Взаимодействующие белки
[ редактировать ]Киназа гликогенсинтазы 3 бета (GSK3B)
GSK3B представляет собой протеинкиназу, которая регулирует факторы транскрипции и микротрубочки. [23] Таким образом, он фосфорилирует белки, уменьшая их способность связывать и стабилизировать микротрубочки. [23] Белки, которые он фосфорилирует, являются основными компонентами нейрофибриллярных клубков при болезни Альцгеймера. [23] Белок необходим для установления полярности нейронов и роста аксонов, а также фосфорилирует белки в клетках нейробластомы. [23] Кроме того, он связан с биполярным заболеванием и активен в клетках рака молочной железы. [23] [24]
Таким образом, предсказанное взаимодействие между CRACDL и GSK3B вероятно, потому что CRACDL высоко экспрессируется в головном мозге, что связано с биполярным расстройством и раком молочной железы, и локализуется в микротрубочках. [5] [6] [8] [9] Взаимодействие между GSK3B и CRACDL было предсказано с использованием коиммунопреципитации против приманки, вытягивания, тандемной аффинной очистки, флуоресцентной поляризационной спектроскопии, анализа протеинкиназ, двух экспериментов по гибридной и конфокальной микроскопии. [25]
Предполагается, что белок CRACD-L будет взаимодействовать с альфа-синуклеином (SNCA), убиквитин-белковой лигазой E3 Mdm2 (MDM2) , серин/треонин-протеиновой киназой PAK 1 (PAK 1) и фактором репликации ДНК Cdt1 (CDT1) . [25]
Клиническое значение
[ редактировать ]CRACDL связан с депрессией, биполярным расстройством и шизофренией. [9] Кроме того, CRACDL связан с различными видами рака, включая рак яичников, молочной железы и т. д. [8]
Гомология
[ редактировать ]Паралоги
[ редактировать ]KIAA1211 является аналогом KIAA1211L. KIAA1211 расположен на хромосоме 4 и содержит 1233 аминокислоты. [26] Его процентная идентичность KIAA1211L составляет 21%. [27] У KIAA1211 есть ортолог в виде бактерии Proteus vulgarism, что указывает на то, что паралог дублировался 4290 миллионов лет назад, до KIAA1211L. [28] [29]
Ортологи
[ редактировать ]Ниже представлена таблица различных ортологов KIAA1211L. В него входят близкие, промежуточные и отдаленные ортологи. Самым отдаленным ортологом является слоновья акула, что указывает на то, что KIAA1211L дублировался 473 млн лет назад. Аминокислоты, консервативные среди всех ортологов KIAA1211L, изображены в концептуальном переводе.
| Разновидность [30] | Номер доступа NCBI [30] | Дата расхождения [31] | Идентификация последовательности [12] | Сходство последовательностей [32] |
|---|---|---|---|---|
| Пантроглодиты (шимпанзе) | XP_515643.2 | 6,65 млн лет назад | 99.1% | 99.3% |
| Октодон негус (Дегу) | XP_004633240.1 | 90 млн лет назад | 65.9% | 73.1% |
| Panthera pardus (Леопард) | XP_019312964.1 | 96 млн лет назад | 67.8% | 73.3% |
| Anas platyrhynchos (Кряква) | XP_012949224.1 | 312 млн лет назад | 41.2% | 52.40% |
| Pygoscelis adeliae (пингвин Адели) | XP_009321834.1 | 312 млн лет назад | 38.5% | 51.6% |
| Python bivittatus (бирманский питон) | XP_007428826 | 312 млн лет назад | 34.2% | 46.3% |
| Нанорана паркер (высокогималайская лягушка) | XP_018418330.1 | 352 млн лет назад | 32.1% | 43.7% |
| Акула Слоновья | XP_007889338.1 | 473 млн лет назад | 30.5% | 42.4% |
Филогения
[ редактировать ]Ген CRACDL сходен и консервативен у млекопитающих, птиц, рептилий, амфибий и рыб. Он не сохраняется у бактерий, архей, простейших, растений, грибов, трихоплакса и беспозвоночных.
Цитаты
[ редактировать ]- ^ Jump up to: а б с GRCh38: Версия Ensembl 89: ENSG00000196872 – Ensembl , май 2017 г.
- ^ Jump up to: а б с GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000026090 – Ensembl , май 2017 г.
- ^ «Ссылка на Human PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
- ^ «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
- ^ Jump up to: а б с д и ж «KIAA1211L KIAA1211 как [Homo sapiens (человек)] — Ген — NCBI» . www.ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 23 апреля 2017 г.
- ^ Jump up to: а б с «Клеточный атлас - KIAA1211L - Атлас белков человека» . www.proteinatlas.org . Проверено 23 апреля 2017 г.
- ^ Jump up to: а б с д «Инструмент прогнозирования субклеточного местоположения белков GenScript» . [ постоянная мертвая ссылка ]
- ^ Jump up to: а б с Сперрелл Ч. (2013). Идентификация новых генов наследственного рака молочной железы путем секвенирования экзома (докторская диссертация). Университет Вашингтона.
- ^ Jump up to: а б с Ивамото К., Какиути С., Бундо М., Икеда К., Като Т. (апрель 2004 г.). «Молекулярная характеристика биполярного расстройства путем сравнения профилей экспрессии генов посмертного мозга основных психических расстройств». Молекулярная психиатрия . 9 (4): 406–16. дои : 10.1038/sj.mp.4001437 . ПМИД 14743183 .
- ^ Jump up to: а б с д и ж г час База данных GeneCards Human Gene. «Ген KIAA1211L — GeneCards | Белок K121L | Антитело K121L» . www.genecards.org . Проверено 24 февраля 2017 г.
- ^ Jump up to: а б «Homo sapiens KIAA1211-подобный (KIAA1211L), мРНК – Нуклеотид – NCBI» . www.ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 23 апреля 2017 г.
- ^ Jump up to: а б с д и ж Рабочий стол, биология NCSA. «Инструментарий биологии SDSC» . workbench.sdsc.edu . Проверено 23 апреля 2017 г.
- ^ «Лист Генатласа» . genatlas.medecine.univ-paris5.fr . Проверено 23 апреля 2017 г.
- ^ «Pfam: Семейство: DUF4592 (PF15262)» . pfam.xfam.org . Проверено 23 апреля 2017 г.
- ^ «Homo sapiens KIAA1211-подобный (KIAA1211L), мРНК – Нуклеотид – NCBI» . www.ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 23 апреля 2017 г.
- ^ Jump up to: а б «Программа анализа SUMOplot™ | Abgent» . www.abgent.com . Проверено 23 апреля 2017 г.
- ^ Кумар, профессор Т. Ашок. "BioGem.Org - Портал биоинформатики Ашока Кумара... | Главная" . www.biogem.org . Проверено 23 апреля 2017 г.
- ^ «Тканевая экспрессия KIAA1211L - Резюме - Атлас белков человека» . www.proteinatlas.org . Проверено 23 апреля 2017 г.
- ^ «Обилие белка KIAA1211L в PaxDb» . pax-db.org . Проверено 23 апреля 2017 г.
- ^ Jump up to: а б с «Геноматикс — анализ данных NGS и персонализированная медицина» . www.genomatix.de . Архивировано из оригинала 24 февраля 2001 г. Проверено 7 мая 2017 г.
- ^ Аль Салех С., Аль Мулла Ф., Лукмани Я.А. (2011). «Замалчивание рецепторов эстрогена вызывает эпителиально-мезенхимальный переход в клетках рака молочной железы человека» . ПЛОС ОДИН . 6 (6): е20610. Бибкод : 2011PLoSO...620610A . дои : 10.1371/journal.pone.0020610 . ПМК 3119661 . ПМИД 21713035 .
- ^ Альварес-Сааведра, М (2010). «Зависимая от микроРНК-132 посттранскрипционная регуляция физиологии синхронизации часов посредством модуляции ремоделирования хроматина и генов-мишеней контроля трансляции». Университет Оттавы .
- ^ Jump up to: а б с д и «GSK3B - киназа гликогенсинтазы-3 бета - Homo sapiens (человек) - ген и белок GSK3B» . www.uniprot.org . Проверено 23 апреля 2017 г.
- ^ База данных GeneCards Human Gene. «Ген GSK3B — GeneCards | Белок GSK3B | Антитело GSK3B» . www.genecards.org . Проверено 23 апреля 2017 г.
- ^ Jump up to: а б "Нетронутый" . www.ebi.ac.uk. Проверено 23 апреля 2017 г.
- ^ База данных GeneCards Human Gene. «Ген KIAA1211 - GeneCards | Белок K1211 | Антитело K1211» . www.genecards.org . Проверено 23 апреля 2017 г.
- ^ Майерс Э.В., Миллер В. (март 1988 г.). «Оптимальные выравнивания в линейном пространстве». Компьютерные приложения в биологических науках . 4 (1): 11–7. дои : 10.1093/биоинформатика/4.1.11 . ПМИД 3382986 .
- ^ «kiaa1211l KIAA1211 вроде [Callorhinchus milii (слоновья акула)] — Джин — NCBI» . www.ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 24 февраля 2017 г.
- ^ «Дерево Времени:: Временная шкала жизни» . www.timetree.org . Проверено 24 февраля 2017 г.
- ^ Jump up to: а б «BLAST: базовый инструмент поиска локального выравнивания» . blast.ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 23 апреля 2017 г.
- ^ «Дерево Времени:: Временная шкала жизни» . www.timetree.org . Проверено 23 апреля 2017 г.
- ^ ЭМБЛ-ЭБИ. «Игла EMBOSS <Выравнивание попарных последовательностей <EMBL-EBI» . www.ebi.ac.uk. Проверено 23 апреля 2017 г.