Детф

показывать Доступные белковые структуры:
Pfam	structures / ECOD
PDB	RCSB PDB; PDBe; PDBj
PDBsum	structure summary

Фактор фрагментации ДНК 45 кДа, C -терминальный домен
Фактор фрагментации ДНК 45 кДа, C -терминальный домен
	ЯМР-структура домена DFF-C
Идентификаторы
Символ	DFF-C
Pfam	PF09033
InterPro	IPR015121
Pfam
показывать Доступные белковые структуры:
Pfam	structures / ECOD
PDB	RCSB PDB; PDBe; PDBj
PDBsum	structure summary

Детф
Доступные структуры
PDB	Поиск ортолога: PDBE RCSB
showСписок кодов идентификаторов PDB
	1IBX, 1IYR, 1KOY
Идентификаторы
Псевдонимы	DFFA , DFF-45, DFF1, ICAD, Субъединица фрагментации ДНК Альфа Альфа
Внешние идентификаторы	Омим : 601882 ; MGI : 1196227 ; Гомологен : 3240 ; GeneCards : DFFA ; OMA : DFFA - ортологи
showМестоположение гена ( человек )
Chr.	Chromosome 1 (human)
End	10,472,529 bp
showМестоположение гена ( мышь )
Chr.	Chromosome 4 (mouse)
End	149,205,104 bp
showРНК -паттерн экспрессии
	Top expressed in
	internal globus pallidus; ; inferior ganglion of vagus nerve; ; nipple; ; cardia; ; ventral tegmental area; ; cartilage tissue; ; stromal cell of endometrium; ; renal medulla; ; subthalamic nucleus; ; islet of Langerhans;
	Top expressed in
	soleus muscle; ; yolk sac; ; medulla oblongata; ; lip; ; pons; ; quadriceps femoris muscle; ; zone of skin; ; muscle of thigh; ; primary motor cortex; ; tibialis anterior muscle;
	More reference expression data
	More reference expression data
showДжин Онтология
Molecular function	protein binding; protein domain specific binding; protein folding chaperone activity; deoxyribonuclease inhibitor activity;
Cellular component	cytosol; lipid droplet; intracellular anatomical structure; nucleus; nucleoplasm; cytoplasm; plasma membrane;
Biological process	positive regulation of apoptotic process; negative regulation of execution phase of apoptosis; negative regulation of apoptotic DNA fragmentation; apoptotic DNA fragmentation; thymocyte apoptotic process; apoptotic process; negative regulation of deoxyribonuclease activity; chaperone-mediated protein folding;
	Sources:Amigo / QuickGO
hideОртологи
	1676
	13347
	ENSG00000160049
	Ensmusg00000028974
	O00273
	O54786
	NM_213566 ; NM_004401
	NM_001025296 ; NM_010044
	NP_004392 ; NP_998731 ; NP_998731.1
	NP_001020467 ; NP_034174
	Викидид
Посмотреть/редактировать человека	Посмотреть/редактировать мышь

Субъединица фрагментации ДНК Альфа (DFFA) , также известная как ингибитор активированной каспаз ДНКазы (ICAD) , является белком , который у людей кодируется DFFA геном . ^{[ 5 ]}^{[ 6 ]}^{[ 7 ]}

Апоптоз - это процесс гибели клеток, который удаляет токсичные и/или бесполезные клетки во время развития млекопитающих. Апоптотический процесс сопровождается усадкой и фрагментацией клеток и ядрами и деградацией хромосомной ДНК в нуклеосомные единицы. Коэффициент фрагментации ДНК (DFF) представляет собой гетеродимерный белок 40-километровых (DFFB) и 45-километровых (DFFA) субъединиц. DFFA является субстратом для каспазы-3 и запускает фрагментацию ДНК во время апоптоза. DFF становится активированным, когда DFFA расщепляется каспазой-3. Расщепленные фрагменты DFFA диссоциации от DFFB, активного компонента DFF. Было обнаружено, что DFFB запускает как фрагментацию ДНК, так и конденсацию хроматина во время апоптоза. Для этого гена были обнаружены два альтернативных варианта сплайсированных транскриптов, кодирующих различные изоформы. ^{[ 7 ]}

С -концевой домен DFFA (DFF-C) состоит из четырех альфа-списков , которые сложены в расположении спирали, с упаковкой Alpha-2 и Alpha-3 против длинного C-концевого спирали (Alpha-4) Полем Основной функцией этого домена является ингибирование DFFB путем связывания с его С-концевым каталитическим доменом посредством ионных взаимодействий, тем самым ингибируя фрагментацию ДНК в апоптотическом процессе. В дополнение к блокированию ДНКазы активности DFFB, C-концевая область DFFA также важна для DFFB-специфической активности складного шаперона , о чем свидетельствует способность DFFA рефолд DFFB. ^{[ 8 ]}

Взаимодействия

Было показано, что DFFA взаимодействует с DFFB . ^{[ 9 ]}^{[ 10 ]}

Ссылки

^ Jump up to: ^а ^{беременный} ^в GRCH38: Ensembl Release 89: ENSG00000160049 - ENSEMBL , май 2017 г.
^ Jump up to: ^а ^{беременный} ^в GRCM38: Ensembl Release 89: Ensmusg00000028974 - Ensembl , май 2017 г.
^ «Человеческая PubMed ссылка:» . Национальный центр информации о биотехнологии, Национальная медицина США .
^ «Мышь Pubmed ссылка:» . Национальный центр информации о биотехнологии, Национальная медицина США .
^ Leek JP, Carr IM, Bell SM, Markham AF, Lench NJ (Jun 1998). «Назначение гена фактора фрагментации ДНК (DFFA) для полос хромосом человека 1P36.3-> p36.2 с помощью гибридизации in situ». Цитогенетика и клеточная генетика . 79 (3–4): 212–3. doi : 10.1159/000134725 . PMID 9605855 .
^ Лю Х, Зоу Х, Слотер С, Ван Х (апрель 1997 г.). «DFF, гетеродимерный белок, который функционирует ниже каспазы-3, чтобы вызвать фрагментацию ДНК во время апоптоза» . Клетка . 89 (2): 175–84. doi : 10.1016/s0092-8674 (00) 80197-x . PMID 9108473 . S2CID 14800864 .
^ Jump up to: ^а ^{беременный} «Ген Entrez: фактор фрагментации ДНК DFFA, 45 кДа, альфа -полипептид» .
^ Fukushima K, Kikuchi J, Koshiba S, Kigawa T, Kuroda Y, Yokoyama S (август 2002 г.). «Структура решения домена DFF-C DFF45/ICAD. Структурная основа для регуляции апоптотической фрагментации ДНК». Журнал молекулярной биологии . 321 (2): 317–27. doi : 10.1016/s0022-2836 (02) 00588-0 . PMID 12144788 .
^ Юинг Р.М., Чу П., Элизма Ф., Ли Х, Тейлор П., Клили С., МакБрум-Сираджевский Л., Робинсон М.Д., О'Коннор Л., Ли М., Тейлор Р., Дхарзее М., Хо Й., Хейлбут А., Мур Л., Чжан S, Ornatsky O, Bukhman YV, Ethier M, Sheng Y, Vasilescu J, Abu-Farha M, Lambert JP, Ducewel HS, Stewart II, Kuehl B, Hogue K, Colwill K, Gladwish K, Muskat B, Kinach R, Adams SL, Moran MF, Morin GB, Topaloglou T, Figeys D (2007). «Крупномасштабное картирование взаимодействия белка белка человека с помощью масс-спектрометрии» . Биология молекулярных систем . 3 (1): 89. doi : 10.1038/msb4100134 . PMC 1847948 . PMID 17353931 .
^ McCarty JS, Toh Sy, Li P (октябрь 1999 г.). «Изучение DFF45 в его роли шаперона и ингибитора: два независимых ингибирующих домена нуклеазной активности DFF40». Биохимическая и биофизическая исследовательская коммуникация . 264 (1): 176–80. doi : 10.1006/bbrc.1999.1497 . PMID 10527860 .

Дальнейшее чтение

Наканума Ю., Цунеяма К., Сасаки М., Харада К (август 2000). «Разрушение желчных протоков при первичном циррозе желчи». Лучшая практика и исследования Baillière. Клиническая гастроэнтерология . 14 (4): 549–70. doi : 10.1053/bega.2000.0103 . PMID 10976014 .
Maruyama K, Sugano S (январь 1994 г.). «Олиго-капитализация: простой метод замены структуры крышки эукариотических мРНК олигорибонуклеотидами». Ген . 138 (1–2): 171–4. doi : 10.1016/0378-1119 (94) 90802-8 . PMID 8125298 .
Suzuki Y, Yoshitomo-Nakagawa K, Maruyama K, Suyama A, Sugano S (октябрь 1997 г.). «Строительство и характеристика обогащенной полной длиной и библиотекой кДНК с 5'-эндом». Ген . 200 (1–2): 149–56. doi : 10.1016/s0378-1119 (97) 00411-3 . PMID 9373149 .
Enaring H, Yokoyama H, Okawa K, Iwamatsu, Nagata S (январь 1998 г.). «ДНКаза, активируемая каспазой, которая разрушает ДНК во время порфоза, и ее ингибитор ICAD» Природа 391 (6662): 43–5 Bibcode : 1998natur.391 ... 43e Doi : 10.1038/ 3 PMID 94222506 S2CID 4407426 .
Лю Х, Зоу Х, Видлак П., Гаррард В., Ван Х (май 1999). «Активация апоптотической эндонуклеазы DFF40 (активированная каспазой ДНКаза или нуклеаза). Олигомеризация и прямое взаимодействие с гистоном H1» . Журнал биологической химии . 274 (20): 13836–40. doi : 10.1074/jbc.274.20.13836 . PMID 10318789 .
Gu J, Dong RP, Zhang C, McLaughlin DF, Wu MX, Schlossman SF (июль 1999 г.). «Функциональное взаимодействие DFF35 и DFF45 с активированной каспазой фрагментацией фрагментации ДНК DFF40» . Журнал биологической химии . 274 (30): 20759–62. doi : 10.1074/jbc.274.30.20759 . PMID 10409614 .
OH JJ, Grosshans DR, Wong SG, Slamon DJ (октябрь 1999). «Идентификация дифференциально экспрессируемых генов, связанных с сверхэкспрессией HER-2/Neu в клетках рака молочной железы человека» . Исследование нуклеиновых кислот . 27 (20): 4008–17. doi : 10.1093/nar/27.20.4008 . PMC 148668 . PMID 10497265 .
McCarty JS, Toh Sy, Li P (октябрь 1999 г.). «Изучение DFF45 в его роли шаперона и ингибитора: два независимых ингибирующих домена нуклеазной активности DFF40». Биохимическая и биофизическая исследовательская коммуникация . 264 (1): 176–80. doi : 10.1006/bbrc.1999.1497 . PMID 10527860 .
McCarty JS, Toh Sy, Li P (октябрь 1999 г.). «Многочисленные домены DFF45 связываются синергически с DFF40: роли расщепления каспазы и секвестрации домена активатора DFF40». Биохимическая и биофизическая исследовательская коммуникация . 264 (1): 181–5. doi : 10.1006/bbrc.1999.1498 . PMID 10527861 .
Lugovskoy AA, Zhou P, Chou JJ, McCarty JS, Li P, Wagner G (декабрь 1999 г.). «Структура раствора домена CIDE-N CIDE-B и модель для взаимодействия CIDE-N/CIDE-N в пути фрагментации ДНК апоптоза» . Клетка . 99 (7): 747–55. doi : 10.1016/s0092-8674 (00) 81672-4 . PMID 10619428 .
Otomo T, Sakahira H, Uegaki K, Nagata S, Yamazaki T (август 2000 г.). «Структура гетеродимерного комплекса между доменом САПР в ИКАД и ICAD». Природа структурная биология . 7 (8): 658–62. doi : 10.1038/77957 . PMID 10932250 . S2CID 12925074 .
Скерри Л., Палмерини Ф., Дьявол Э., Дефранс Т., Буабдалла Р., Хассун Дж., Бирг Ф. (октябрь 2000 г.). «Частая ядерная локализация ICAD и цитоплазматической коэкспрессии каспазы-8 и каспазы-3 в лимфомах человека». Журнал патологии . 192 (2): 194–202. doi : 10.1002/1096-9896 (2000) 9999: 9999 <:: AID-path685> 3.0.co; 2-m . PMID 11004695 . S2CID 23831471 .
Zhou P, Lugovskoy AA, McCarty JS, Li P, Wagner G (май 2001 г.). «Структура решений DFF40 и DFF45 N-концевого домена комплекса и взаимная активность шаперона DFF40 и DFF45» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 98 (11): 6051–5. Bibcode : 2001pnas ... 98.6051Z . doi : 10.1073/pnas.111145098 . PMC 33420 . PMID 11371636 .
Шариф-Аскари Э., Алам А., Рено Э., Бересфорд П.Дж., Скотто С., Шарма К., Ли Д., Девольф В.Е., Натталл М.Е., Либерман Дж., Секали Р.П. (июнь 2001 г.). «Прямое расщепление фактора фрагментации ДНК человека-45 с помощью гранзима B индуцирует активированную каспазой высвобождение ДНКазы и фрагментацию ДНК» . Embo Journal . 20 (12): 3101–13. doi : 10.1093/emboj/20.12.3101 . PMC 150191 . PMID 11406587 .
Цукада Т., Ватанабе М., Ямасима Т (декабрь 2001 г.). «Последствия CAD и DNASE II в некрозе ишемического нейрона, специфичные для гиппокампа приматов» . Журнал нейрохимии . 79 (6): 1196–206. doi : 10.1046/j.1471-4159.2001.00679.x . PMID 11752060 .
Абель Ф., Шеберг Р.М., Эйескар К., Крона С., Мартинссон Т (февраль 2002 г.). «Анализ апоптотических регуляторов CASP9 и DFFA при 1P36,2 выявляет редкие варианты аллеля в опухолях нейробластомы человека» . Британский журнал рака . 86 (4): 596–604. doi : 10.1038/sj.bjc.66001111 . PMC 2375272 . PMID 11870543 .
Charrier L, Jarry A, Toquet C, Bou-Hanna C, Chedorge M, Denis M, Vallette G, Laboisse CL (апрель 2002 г.). «Рост-фаза-зависимая экспрессия ICAD-L/DFF45 модулирует паттерн апоптоза в клетках рака толстой кишки человека». РАНКА . 62 (7): 2169–74. PMID 11929840 .

Эта статья включает текст из общественного достояния PFAM и InterPro : IPR015121

[refGRCh38Ensembl-1] Jump up to: ^а ^{беременный} ^в GRCH38: Ensembl Release 89: ENSG00000160049 - ENSEMBL , май 2017 г.

[refGRCm38Ensembl-2] Jump up to: ^а ^{беременный} ^в GRCM38: Ensembl Release 89: Ensmusg00000028974 - Ensembl , май 2017 г.

[3] «Человеческая PubMed ссылка:» . Национальный центр информации о биотехнологии, Национальная медицина США .

[4] «Мышь Pubmed ссылка:» . Национальный центр информации о биотехнологии, Национальная медицина США .

[pmid9605855-5] Leek JP, Carr IM, Bell SM, Markham AF, Lench NJ (Jun 1998). «Назначение гена фактора фрагментации ДНК (DFFA) для полос хромосом человека 1P36.3-> p36.2 с помощью гибридизации in situ». Цитогенетика и клеточная генетика . 79 (3–4): 212–3. doi : 10.1159/000134725 . PMID 9605855 .

[pmid9108473-6] Лю Х, Зоу Х, Слотер С, Ван Х (апрель 1997 г.). «DFF, гетеродимерный белок, который функционирует ниже каспазы-3, чтобы вызвать фрагментацию ДНК во время апоптоза» . Клетка . 89 (2): 175–84. doi : 10.1016/s0092-8674 (00) 80197-x . PMID 9108473 . S2CID 14800864 .

[entrez-7] Jump up to: ^а ^{беременный} «Ген Entrez: фактор фрагментации ДНК DFFA, 45 кДа, альфа -полипептид» .

[pmid12144788-8] Fukushima K, Kikuchi J, Koshiba S, Kigawa T, Kuroda Y, Yokoyama S (август 2002 г.). «Структура решения домена DFF-C DFF45/ICAD. Структурная основа для регуляции апоптотической фрагментации ДНК». Журнал молекулярной биологии . 321 (2): 317–27. doi : 10.1016/s0022-2836 (02) 00588-0 . PMID 12144788 .

[pmid17353931-9] Юинг Р.М., Чу П., Элизма Ф., Ли Х, Тейлор П., Клили С., МакБрум-Сираджевский Л., Робинсон М.Д., О'Коннор Л., Ли М., Тейлор Р., Дхарзее М., Хо Й., Хейлбут А., Мур Л., Чжан S, Ornatsky O, Bukhman YV, Ethier M, Sheng Y, Vasilescu J, Abu-Farha M, Lambert JP, Ducewel HS, Stewart II, Kuehl B, Hogue K, Colwill K, Gladwish K, Muskat B, Kinach R, Adams SL, Moran MF, Morin GB, Topaloglou T, Figeys D (2007). «Крупномасштабное картирование взаимодействия белка белка человека с помощью масс-спектрометрии» . Биология молекулярных систем . 3 (1): 89. doi : 10.1038/msb4100134 . PMC 1847948 . PMID 17353931 .

[pmid10527860-10] McCarty JS, Toh Sy, Li P (октябрь 1999 г.). «Изучение DFF45 в его роли шаперона и ингибитора: два независимых ингибирующих домена нуклеазной активности DFF40». Биохимическая и биофизическая исследовательская коммуникация . 264 (1): 176–80. doi : 10.1006/bbrc.1999.1497 . PMID 10527860 .

[1]

[2]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]

[ 9 ]

[ 10 ]