Список программного обеспечения для визуализации центровки
Эта страница является подразделом списка программного обеспечения для выравнивания последовательностей .
Несколько инструментов визуализации выравнивания обычно служат четырем целям:
- Помогите общему пониманию крупномасштабных выравниваний ДНК или белков.
- Визуализация выравнивания рисунков и публикаций
- Редактируйте и контролируйте автоматически созданные трассы вручную.
- Глубокий анализ
Остальная часть этой статьи посвящена только множественным глобальным выравниваниям гомологичных белков. Первые два являются естественным следствием того, что большинство представлений выравниваний и их аннотаций нечитабельны для человека и лучше всего изображаются в знакомом формате строки последовательности и столбца выравнивания, примеры которого широко распространены в литературе. Третье необходимо, поскольку алгоритмы как для множественного выравнивания последовательностей, так и для структурного выравнивания используют эвристики, которые не всегда работают идеально. Четвертый — отличный пример того, как интерактивные графические инструменты позволяют работнику, занимающемуся анализом последовательностей, удобно использовать различные вычислительные инструменты для изучения филогенетических последствий выравнивания; или для прогнозирования структуры и функциональных свойств конкретной последовательности, например, сравнительное моделирование.
Согласование просмотрщиков, редакторов
[ редактировать ]| Имя | Интегрированные инструменты прогнозирования структуры | Можно выравнивать последовательности | Умеет рассчитывать филогенетические деревья. | Другие особенности | Поддержка форматов | Лицензия | Может работать в браузере | Операционные платформы | Связь |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Алан | Нет | Нет | Нет | Позволяет быстро и непосредственно просматривать выравнивания последовательностей в терминале Linux без X-пересылки. | БЫСТРО , Кластал | Бесплатно, GPL 3 | Нет | Linux-терминал | Официальный сайт |
| Але ( emacs плагин ) | Нет | Да | Нет | Нет | ГенБанк, EMBL, FASTA , PHYLIP | Бесплатно, лицензия GPL | Нет | ГНУ Эмакс | Официальный сайт |
| АлиВью 2021 | Нет | МЫШЦЫ интегрированы; могут быть определены другие программы, такие как MAFFT | Внешние программы, такие как FastTree, можно вызывать изнутри. | Быстрая и простая навигация с помощью неограниченной функции увеличения и уменьшения масштаба с помощью колесика мыши. Обрабатывает неограниченное выравнивание размера файла. Вырожденная конструкция праймера. | ФАСТА , ФАСТК , ФИЛИП , Нексус , MSF, Кластал | Бесплатно, GPL 3 | ? | Кроссплатформенность – Mac OS, Линукс, Окна | Официальный сайт |
| НДС | Нет | Нет | Нет | Консольная версия (без графического интерфейса), но с цветами. Кодирующая ДНК окрашена кодоном. | ФАСТА , ФИЛИП , Нексус , Кластал , Стокгольм | Бесплатно, GPL 3 | Нет | Кросс-платформенный | Официальный сайт , см. также alv на GitHub |
| вилка | редактируемая структура, отображение связей в областях спиральной последовательности, 2D-просмотр молекул | MUSCLE, MAFFT, ClustalW, ProbCons, FastAligner (выравнивание региона+автоматическая ссылка) | arb-parsimony & -NJ, RAxML, PHYML, Phylip, FastTree2, MrBayes | Редактирует огромные трассы и деревья. Поддерживает NUC + AA. Отображает кодоны ниже ДНК. Пользовательское выделение столбцов (например, с помощью профилей сохранения). Проектирует, сопоставляет и визуализирует датчики . | FASTA , GenBank , EMBL , Ньюик | Проприетарное , бесплатное ПО , лицензия на арбитраж , открытый изменяемый исходный код. | Нет | Linux, Mac OS (доморощенный) | Официальный сайт |
| База за базой | Нет | МЫШЦЫ | UPGMA, Нью-Джерси , полные и одиночные связи, WPMGA | Визуальная сводка, таблицы процентной идентичности, некоторые интегрированные инструменты расширенного анализа. | Genbank, FASTA , EMBEL, Clustal , побазовые файлы | Проприетарное , бесплатное ПО , необходима регистрация. | ? | ? | Официальный сайт |
| БиоПравить | Нет | Кластал Ж | Элементарно, умею читать PHYLIP | Плазмидный рисунок, хроматограммы ABI, | Генбанк, FASTA , PHYLIP 3.2 и 4, НБРФ-ПИР | Проприетарное , бесплатное ПО | Нет | Windows (95/98/NT/2000/XP) | Официальный сайт |
| Биоцифра | Нет | Да | Да | ? | Генбанк, FASTA | Собственный , коммерческий | ? | ? | Официальный сайт |
| биосинтаксис | Нет | Нет | Нет | Встроенная поддержка подсветки синтаксиса для Vim , less , gedit и Sublime. | FASTA , FASTQ , Clustal , SAM , VCF и другие. | Бесплатно, GPL 3 | Нет | Vim, Less, GEdit и Sublime | Официальный сайт |
| КоробкаТень | Нет | Нет | Нет | Специально для нескольких выравниваний | Формат MSF, записанный PILEUP, READSEQ или SEQIO (fmtseq); Формат ALN, написанный Clustal W. | Бесплатно, общественное достояние | Нет | МСДОС, ВМС | Официальный сайт |
| КИНО | Нет, но можно читать и показывать аннотации 2D-структур. | Кластал Ж | Нет | Dotplot, 6-кадровый перевод, Blast | Nexus , MSF , Clustal , FASTA , PHYLIP , PIR , PRINTS | Проприетарное , бесплатное ПО | Нет | Кроссплатформенность — Mac OS, Linux, Windows. | Официальный сайт |
| Просмотрщик CLC (бесплатная версия) | Только коммерческая версия | Clustal , MUSCLE, T-Coffee, MAFFT, Kalign, разные | УПГМА, Нью-Джерси | Рабочие процессы, поиск в blast-genbank | много | Проприетарное , бесплатное ПО . Больше возможностей доступно в коммерческих версиях. | Нет | ? | Официальный сайт |
| CIAlign | Нет | Нет | Нет | Визуализация выравнивания в виде готовых к публикации изображений, очистка выравнивания. | ГОСТ | Бесплатно, Массачусетский технологический институт | Нет | Линукс, Виндовс, МакОС | Официальный сайт |
| Средство просмотра Clustal X | Нет | Кластал Ж | Нью-Джерси | Анализ качества центровки | Нексус , MSF, Кластал , ФАСТА , ФИЛИП | Проприетарное бесплатное ПО для академического использования. | Нет | Командная строка | Официальный сайт |
| Приложение цилиндрического выравнивания | Нет | Нет | Нет | 3D, анимация, детализация, выбор легенды | BLAST XML, собственный XML, GFF3, Clustal W, INSDSet, расширяемый пользователем с помощью XSLT | Бесплатно, CDDL 1. Доступно для двойного лицензирования. | ? | Кроссплатформенность — Mac OS, Linux, Windows. | Официальный сайт |
| Цилиндрический просмотрщик BLAST | Нет | Нет | Нет | 3D, анимация, детализация, выбор легенды | BLAST XML, собственный XML, GFF3, Clustal W, INSDSet, расширяемый пользователем с помощью XSLT | Бесплатно, лицензия GPL | ? | ? | Официальный сайт |
| РАСШИФРОВАТЬ | Да | Да | УПГМА, Нью-Джерси , ML | Разработка праймер-зонда, обнаружение химеры | ФАСТ, ФАСТК, ГенБанк | Бесплатно, лицензия GPL | Нет | Мак ОС, Windows | Официальный сайт |
| Дискавери Студия | Да | Align123, Clustal W, S-ALIGN | UPGMA, Нью-Джерси , с начальной загрузкой и лучшим деревом | Визуализатор поддерживает структуру и последовательность 2D и 3D; полная версия имеет обширный функционал для белков, нуклеотидов и т. д. | BSML, EMBL, GB, HELM, Clustal , FASTA , GDE, PDB , SEQ, SPT, ... | Проприетарная , коммерческая программа , программа просмотра бесплатна. | ? | Линукс, Винда | Официальный сайт |
| ДНКСП | ? | ? | ? | Может вычислить несколько статистических данных популяционной генетики, реконструировать гаплотипы с помощью PHASE. | ФАСТА , Нексус , МЕГА, ФИЛИП | Проприетарное , коммерческое , бесплатное ПО для некоммерческого использования. | ? | Кроссплатформенность — Mac OS, Linux, Windows. | Официальный сайт |
| DNASTAR Пакет молекулярной биологии Lasergene | Да | Да | Да | Выравнивайте последовательности ДНК, РНК, белка или ДНК + белок с помощью различных алгоритмов парного и множественного выравнивания последовательностей, генерируйте филогенетические деревья для прогнозирования эволюционных взаимоотношений, исследуйте треки последовательностей для просмотра содержимого GC, доли пробелов, логотипов последовательностей, трансляции. | ABI, Multi-Seq ДНК, FASTA , GCG Pileup, GenBank, Phred | Доступны собственные , коммерческие и академические лицензии. | ? | Мак ОС, Windows | Официальный сайт |
| emacs — биорежим | ? | ? | ? | ? | ? | Бесплатно, лицензия GPL | ? | ? | Официальный сайт |
| зенитная артиллерия | Нет | Может выполнять нечеткое выравнивание всего генома | Нет | Очень быстрая, легко настраиваемая визуализация WYSIWYG с опциями фильтрации и нечеткости. | ГОСТ | Проприетарное , коммерческое , бесплатное ПО для некоммерческого использования. | ? | ? | Официальный сайт |
| Генедок | Нет, но можно читать и показывать аннотации | Попарно | Нет, но можно читать и показывать аннотации | гель-симуляция, статистика, несколько представлений, просто | много | Проприетарное , бесплатное ПО | ? | ? | официального сайта Таблица возможностей |
| Гениальный | Да - на базе EMBOSS инструментов | Clustal , MUSCLE, MAUVE, профиль, перевод | UPGMA, Нью-Джерси , PhyML, плагин MrBayes, плагин PAUP* | Сборка всего генома, рестрикционный анализ, клонирование, разработка праймеров, дотплот и многое другое. | >40 форматов файлов, импортируемых и экспортируемых | Собственный , коммерческий ; личный, плавучий | ? | Кроссплатформенность — Mac, Windows, Linux. | Официальный сайт |
| Интегрированный браузер генома (IGB) | Нет | Нет | Нет | Последовательности и функции из файлов, URL-адресов и произвольных серверов DAS и QuickLoad. | БАМ, ФАСТ , ПСЛ | Бесплатно, CPL | ? | Кроссплатформенность — Mac, Windows, Linux. | Официальный сайт |
| интерактивное Древо Жизни (iTOL) | Нет | Нет | ? | Инструмент просмотра и аннотаций филогенетического дерева, который может визуализировать выравнивания непосредственно на дереве. Помимо выравниваний могут отображаться различные другие типы наборов данных. | ГОСТ | Собственность , бесплатное использование | Да | Браузер | Официальный сайт |
| IVisTMSA | Нет | Clustal Omega, ClustalW2, MAFFT, MUSCLE, BioJava интегрированы для построения выравнивания. | Инструмент расчета деревьев вычисляет филогенетическое дерево с использованием API BioJava и позволяет пользователю рисовать деревья с помощью Archeopteryx. | Программное обеспечение представляет собой пакет из 7 интерактивных визуальных инструментов для множественного выравнивания последовательностей. Основное внимание уделяется управлению большими выравниваниями. Включает MSApad, компаратор MSA, инструмент реконструкции MSA, генератор FASTA и калькулятор матрицы идентификаторов MSA. | Clustal W, MSF, PHYLIP , PIR , GDE, Nexus | Проприетарное , бесплатное ПО | ? | ? | www.ivistmsa.com |
| Джалвью | Прогнозирование вторичной структуры с помощью JPred 4 | Clustal O , Clustal , GLprobs, MSAprobs, MUSCLE , MAFFT , Probcons, TCoffee, через веб-сервисы | УПГМА , Нью-Джерси | Последовательности и функции, полученные с настраиваемых пользователем и публично зарегистрированных серверов, например, EMBL , EBI , PDB , Pfam , Rfam , UniProt получение доступа . Получение данных о структуре/модели из PDB и 3D-маяков, включая PDBe , AlphaFold DB , SWISS-MODEL . | FASTA , Pfam , MSF, Clustal , BLC, PIR , Stockholm , VCF , AMSA, BioJSON, Clustal, ENA , GenBank , GFF2 , GFF3 , JnetFile, PHYLIP , PileUp , RNAML, CIF , mmCIF , PDB . | Бесплатно, лицензия GPL | JalviewJS (Javascript) | Кроссплатформенность — macOS, Linux, Windows и другие с виртуальной машиной Java. | Официальный сайт |
| Евтрейс | Интегрирован со средством просмотра структуры WebMol. | Нет | Нет | Многовалентный браузер для выравнивания последовательностей, филогении и структуры. Выполняет интерактивный эволюционный след и другой анализ, основанный на филогении. | ФАСТА , MSF, Кластал , ФИЛИП , Ньюик , PDB | Проприетарное , коммерческое , бесплатное ПО для академического использования. | ? | Кроссплатформенность – Mac OS, Linux, Окна | Официальное руководство на сайте |
| JSAV | Нет | Нет | Нет | Компонент JavaScript, позволяющий интегрировать средство просмотра выравнивания в веб-страницы. | Массив объектов JavaScript | Бесплатно, GPL 2 | Да | Браузер | Официальный сайт |
| Люцидное выравнивание | Нет | Нет | Нет | Встроенное средство просмотра выравнивания рабочего стола, использует жесты трекпада/мыши. Позволяет передавать удаленные данные | БАМ, ФАСТК, ФАСТА | Проприетарное , коммерческое , бесплатное ПО для академического использования. | Нет | MacOS | Официальный сайт |
| Маэстро | Да | Кластал Икс | Да | Сопоставление последовательности с 3D-структурой, редактирование-моделирование структуры-последовательности | Кластал , FASTA PDB | Проприетарное бесплатное ПО для академического использования. | ? | ? | Официальный сайт |
| МЕГА | Нет | Родной Кластал W | UPGMA, Нью-Джерси , Мэн, член парламента, с начальной загрузкой и проверкой достоверности | Расширенная поддержка филогенетического анализа | ФАСТА, Кластал , Нексус, МЕГА и т. д. | Проприетарное , бесплатное ПО , необходима регистрация. | ? | ? | Официальный сайт |
| Молекулярная операционная среда (MOE) | Да | Да | Да | Часть обширной коллекции приложений для преобразования последовательности в структуру, включая моделирование гомологии; 3D визуализация и т.д. | Clustal , FASTA , PDB , EMBL, GCG, GCG_MSF, Genbank, PHYLIP , PIR , raw_seq | Собственный | ? | ? | Официальный сайт |
| MSAReveal.org | Нет | Нет | Нет | Опциональная окраска. При нажатии AA отображается трехбуквенный код и порядковый номер. Прикосновение к консенсусу показывает частоты АА в этом столбце. Подсчеты и проценты ароматических соединений, зарядов, пробелов. | ГОСТ | Бесплатное, Creative Commons с указанием авторства, некоммерческое совместное использование | ? | ? | Официальный сайт |
| Multiseq ( плагин VMD ) | Нет, но может отображать и выравнивать 3D-структуры. | Clustal W, MAFFT, Штамп (структурный) | Процентная идентичность, кластерная , MAFFT, структурная | Написание сценариев через Tcl , преобразование последовательности в трехмерную структуру. | ФАСТА, ПДБ, АЛН, ФИЛИП , НЕКСУС | Проприетарное бесплатное ПО , но VMD бесплатен только для некоммерческого использования. | ? | ? | Официальный сайт |
| МВью | Нет | Нет | Нет | Совмещенное выравнивание из пакетов blast и fasta, различные преобразования формата MSA, разметка HTML, шаблоны консенсуса. | Поиск BLAST, FASTA поиск , Clustal , HSSP, FASTA , PIR , MSF | Бесплатно, лицензия GPL | Нет | Кроссплатформенность — Mac OS, Linux, Windows. | Официальный сайт |
| ПФААТ | Нет, но может отображать 3D-структуры | Кластал Ж | Нью-Джерси | Ручная аннотация, оценки сохранности | Нексус , MSF, Кластал , FASTA , PFAAT | Проприетарное , бесплатное ПО | ? | ? | Официальный сайт |
| Ralee (плагин emacs для редактирования РНК и др.) | ? | Структура РНК | ? | ? | Стокгольм | Бесплатно, лицензия GPL | ? | ? | Официальный сайт |
| Редактор S2S РНК | 2D-структура | Выравнивание | Нет | Взаимодействие «база-база», просмотрщик 2D-3D | БЫСТРО , RnaML | Проприетарное , бесплатное ПО | ? | ? | Официальный сайт |
| вид на море | Нет | местный MUSCLE- Clustal W | Экономия, дистанционные методы, PhyML | Точечный график, vim клавиши редактирования, подобные | Нексус , MSF, Clustal , FASTA , PHYLIP , MASE | Бесплатно, GPL 3 | ? | Линукс, Мак ОС, Windows | Официальный сайт |
| Секотрон | Нет | МЫШЦЫ , МАФФТ | UPGMA , Нью-Джерси , ML (Фишер) | Ручное выравнивание, визуализация дерева | Nexus , Clustal , FASTA , PHYLIP , MEGA , Стокгольм , НБРФ/ ПИР , квартира GDE | Бесплатно, лицензия GPL | ? | Мак ОС Х | на официальном сайте Публикация |
| Секилаб | Да | Да | Нет | Связывание результатов выравнивания с инструментами анализа (дизайн праймеров, подвижность геля и карты, Plasmapper, дизайн siRNA, прогнозирование эпитопов), сохранение журналов исследований, создание пользовательских панелей инструментов | Номер доступа, номер GI, идентификатор PDB, FASTA , перетаскивание с внешнего URL-адреса из пользовательского интерфейса. | Проприетарное , бесплатное ПО | ? | ? | Официальный сайт |
| SeqPup | Нет | ? | ? | ? | ? | Проприетарное , бесплатное ПО | ? | ? | Официальный сайт |
| Секулятор | Нет | Попарное выравнивание | Нет | простое редактирование выравнивания | MSF | Проприетарное , бесплатное ПО | ? | ? | Официальный сайт |
| СнипВиз | Нет | Нет | Нет (но может отображать их) | Чистый Javascript и HTML; подходит для интеграции в веб-сайты | ФАСТА, Ньюик | Бесплатно, Апач 2.0 | Да | Браузеры | Официальный сайт , издание |
| Ремень | Jnet, NNPREDICT, Витая катушка, 16 различных ТМ-спиралей | 15 различных методов | Нью-Джерси | Точечный график, соседи по структуре, 3D-суперпозиция, бласт-поиск, анализ мутаций-SNP, особенности последовательности, BioJava интерфейс | MSF, Стокгольм , Clustal W, Nexus , FASTA , PDB , Embl, GenBank , hssp , Pfam | Бесплатно, лицензия GPL | ? | ? | Официальный сайт |
| Таблетка | Нет | Нет | Нет | Высокопроизводительная графическая программа просмотра для просмотра сборок и выравниваний последовательностей нового поколения. | ACE , AFG, MAQ, SOAP2, SAM , BAM , FASTA , FASTQ , GFF3 | Бесплатно, пункт BSD 2 | ? | ? | Официальный сайт |
| ГЕН | Да | MUSCLE , Kalign , Clustal W , ClustalO , ClustalX , MAFFT , T-Coffee , алгоритм Смита – Уотермана | Да | Много | FASTA , FASTQ , GenBank , EMBL , ABIF, SCF, Clustal W, Стокгольм , Ньюик, PDB , MSF, GFF | Бесплатно, лицензия GPL | ? | ? | Официальный сайт |
| Средство просмотра структуры последовательностей VISSA | Вторичная структура ДССП | Кластал Икс | Нет | Сопоставление последовательности с трехмерной структурой | Кластал , БЫСТРО | Проприетарное , бесплатное ПО | ? | ? | Официальный сайт |
| ДНКпи | Нет | МЫШЦЫ | Нет | Редактирование файлов GenBank, рисование плазмид, хроматограмм ABI, | ФАСТ , ФАСТК , ГенБанк | Бесплатно, GPL 3 | ? | ? | Официальный сайт |
| Аннотатор выравнивания | Да | По последовательности или смешанной последовательности и структуре | Включает археоптерикса | DAS и определяемые пользователем аннотации. Сценарный. Экспорт в HTML, Word, Jalview . | Много | Бесплатно, лицензия GPL | Да | iOS, Android, MS-Mobile, Браузеры | Официальный сайт |