ГОТЭЙР

ГОТЭЙР
Идентификаторы
Псевдонимы	HOTAIR , HOXAS, HOXC-AS4, HOXC11-AS1, NCRNA00072, антисмысловая РНК транскрипта HOX, длинная нетранслируемая РНК HOTAIR, человек
Внешние идентификаторы	Опустить : 611400 ; GeneCards : HOTAIR ; ОМА : HOTAIR - ортологи
показывать Местоположение гена ( человек )
Chr.	Chromosome 12 (human)
End	53,974,956 bp
показывать экспрессии РНК Характер
	Top expressed in
	testicle; ; Achilles tendon; ; popliteal artery; ; tibial arteries; ; gonad; ; skin of leg; ; saphenous vein; ; right testis; ; skin of abdomen; ; sural nerve;
	n/a
	More reference expression data
	n/a
скрывать Ортологи
	100124700
	н/д
	ENSG00000228630
	н/д
	н ; а
	н/д
	н/д
	н/д
	н/д
	н/д
	Викиданные
Просмотр/редактирование человека

HOTAIR (для HOX транскрипта антисмысловой РНК ) ^{[ 3 ]} Это человеческий ген , расположенный между HOXC11 и HOXC12 на хромосоме 12 . Это первый пример РНК, экспрессируемой на одной хромосоме, которая, как было обнаружено, влияет на транскрипцию задних генов кластера HOXD, расположенных на хромосоме 2. Последовательность и функция HOTAIR различны у людей и мышей. ^{[ 4 ]} Анализ последовательности HOTAIR показал, что он существует у млекопитающих, имеет плохо консервативные последовательности и значительно консервативные структуры и эволюционировал быстрее, чем близлежащие гены HoxC. ^{[ 5 ]} Последующее исследование выявило, что HOTAIR имеет консервативный некодирующий элемент длиной 32 нуклеотида ( CNE ), который имеет паралогичную копию в области кластера HOXD (расположенной между HOXD11 и HOXD12). ^{[ 6 ]} предполагая, что консервативные последовательности HOTAIR предшествуют событиям дупликации всего генома в корне позвоночных. В то время как консервативная последовательность, паралогичная кластеру HOXD, имеет длину 32 нуклеотида, последовательность HOTAIR, консервативная от человека до рыбы, имеет длину около 200 нуклеотидов и отмечена признаками активного энхансера (двунаправленная транскрипция, пики H3K4me1 и H3K27ac ). ^{[ 6 ]}

Ген и транскрибируемый продукт РНК

Ген HOTAIR содержит 6232 п.н. и кодирует некодирующую молекулу РНК длиной 2,2 т.п.н., которая контролирует экспрессию генов. Его исходная ДНК расположена в HOXC кластере генов . Он переносится с хромосомы 12 на хромосому 2 с помощью белка Suz-Twelve . ^{[ 7 ]}

Функция

конец 5'- HOTAIR взаимодействует с белком группы Polycomb Repressive Complex 2 ( PRC2 ) и в результате регулирует состояние хроматина . Он необходим для подавления генов локуса HOXD с помощью PRC2. ^{[ 8 ]}^{[ 9 ]} PRC2 необязателен для HOTAIR-опосредованного подавления транскрипции. ^{[ 10 ]} конец 3'- HOTAIR взаимодействует с гистонов деметилазой LSD1 . ^{[ 9 ]}

Это важный фактор эпигенетической дифференциации кожи на поверхности тела. Кожа с разных анатомических позиций различима, например, кожа век заметно отличается от кожи подошвы. ^{[ 8 ]}^{[ 11 ]}

Клиническое значение

HOTAIR высоко экспрессируется при метастатическом раке молочной железы. Высокие уровни экспрессии в первичных опухолях молочной железы являются важным предиктором последующего метастазирования и смерти. Частично это связано с HOTAIR-опосредованной сверхэкспрессией онкогена HER2 за счет секвестрации миР-331-3p, которая является негативным регулятором экспрессии HER2. ^{[ 12 ]} В клетках, особенно в тех, которые чрезмерно экспрессируют PRC2 , предотвращение экспрессии HOTAIR приводит к снижению инвазивного потенциала этой клетки. ^{[ 13 ]} Он также участвует в развитии плоскоклеточного рака пищевода . ^{[ 14 ]}

Ссылки

^ Перейти обратно: ^а ^б ^с GRCh38: Версия Ensembl 89: ENSG00000228630 – Ensembl , май 2017 г.
^ «Ссылка на Human PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
^ «Запись о генных картах на HOTAIR» . Проверено 20 июля 2010 г.
^ Шордере П., Дюбул Д. (май 2011 г.). «Структурные и функциональные различия длинных некодирующих РНК у мыши и человека» . ПЛОС Генетика . 7 (5): e1002071. дои : 10.1371/journal.pgen.1002071 . ПМК 3102750 . ПМИД 21637793 .
^ Хэ С, Лю С, Чжу Х (апрель 2011 г.). «Последовательность, структура и эволюционные особенности HOTAIR у млекопитающих» . Эволюционная биология BMC . 11 (1): 102. Бибкод : 2011BMCEE..11..102H . дои : 10.1186/1471-2148-11-102 . ПМК 3103462 . ПМИД 21496275 .
^ Перейти обратно: ^а ^б Непал С., Таранта А., Хаджиев Ю., Пундхир С., Майдель П., Ленхард Б. и др. (апрель 2020 г.). «Предково-дублированный консервативный некодирующий элемент предполагает двойную регуляторную роль HOTAIR в цис- и транс-цис» . iScience . 23 (4): 101008. Бибкод : 2020iSci...23j1008N . дои : 10.1016/j.isci.2020.101008 . ПМЦ 7139118 . PMID 32268280 .
^ Петерик А. (август 2008 г.). «Генетика: производственная линия» . Природа . 454 (7208): 1042–5. дои : 10.1038/4541042а . ПМИД 18756228 .
^ Перейти обратно: ^а ^б Ринн Дж.Л., Кертеш М., Ван Дж.К., Скваццо С.Л., Сюй X, Бругманн С.А. и др. (июнь 2007 г.). «Функциональное разграничение активных и молчащих доменов хроматина в локусах HOX человека с помощью некодирующих РНК» . Клетка . 129 (7): 1311–23. дои : 10.1016/j.cell.2007.05.022 . ПМК 2084369 . ПМИД 17604720 .
^ Перейти обратно: ^а ^б Цай М.К., Мэнор О., Ван Ю., Мосаммапараст Н., Ван Дж.К., Лан Ф. и др. (август 2010 г.). «Длинная некодирующая РНК как модульный каркас комплексов модификации гистонов» . Наука . 329 (5992): 689–93. Бибкод : 2010Sci...329..689T . дои : 10.1126/science.1192002 . ПМЦ 2967777 . ПМИД 20616235 .
^ Портозо М., Рагаццини Р., Бренчич Ж., Мойани А., Мишо А., Василев И. и др. (апрель 2017 г.). «PRC2 необязателен для HOTAIR -опосредованной репрессии транскрипции» . Журнал ЭМБО . 36 (8): 981–994. дои : 10.15252/embj.201695335 . ПМК 5391141 . ПМИД 28167697 .
^ Чуонг CM (январь 2003 г.). «Гены гомеобокса, заживление ран плода и региональная специфичность кожи» . Журнал исследовательской дерматологии . 120 (1): 9–11. дои : 10.1046/j.1523-1747.2003.00002.x . ПМЦ 4383243 . ПМИД 12535191 .
^ Лю XH, Сунь М., Не FQ, Ge YB, Чжан Э.Б., Инь Д.Д. и др. (апрель 2014 г.). «Lnc РНК HOTAIR функционирует как конкурирующая эндогенная РНК, регулируя экспрессию HER2 путем поглощения миР-331-3p при раке желудка» . Молекулярный рак . 13:92 . дои : 10.1186/1476-4598-13-92 . ПМК 4021402 . ПМИД 24775712 .
^ Гупта Р.А., Шах Н., Ван К.С., Ким Дж., Хорлингс Х.М., Вонг DJ и др. (апрель 2010 г.). «В некодирующей РНК HOTAIR перепрограммирует состояние хроматина, способствуя метастазированию рака» . Природа . 464 (7291): 1071–6. Бибкод : 2010Natur.464.1071G . дои : 10.1038/nature08975 . ПМК 3049919 . ПМИД 20393566 .
^ Чен Ф.Дж., Сунь М., Ли С.К., Ву Ц.К., Цзи Л., Лю З.Л. и др. (ноябрь 2013 г.). «Повышение регуляции длинной некодирующей РНК HOTAIR способствует метастазированию плоскоклеточного рака пищевода и плохому прогнозу». Молекулярный канцерогенез . 52 (11): 908–15. дои : 10.1002/mc.21944 . ПМИД 24151120 . S2CID 12457373 .

Дальнейшее чтение

Ву CJ, Kingston RE (июнь 2007 г.). «HOTAIR поднимает некодирующие РНК на новый уровень» . Клетка . 129 (7): 1257–9. дои : 10.1016/j.cell.2007.06.014 . ПМИД 17604716 . S2CID 18124576 .
Халил А.М., Гуттман М., Уарте М., Гарбер М., Радж А., Ривеа Моралес Д. и др. (июль 2009 г.). «Многие большие межгенные некодирующие РНК человека связываются с комплексами, модифицирующими хроматин, и влияют на экспрессию генов» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 106 (28): 11667–72. Бибкод : 2009PNAS..10611667K . дои : 10.1073/pnas.0904715106 . ПМК 2704857 . ПМИД 19571010 .
Ван Ю, Чанг ХИ (сентябрь 2010 г.). «HOTAIR: Полет некодирующих РНК при метастазах рака» . Клеточный цикл . 9 (17): 3391–2. дои : 10.4161/cc.9.17.13122 . ПМК 3066151 . ПМИД 20864820 .
Хунг Т., Чанг ХИ (сентябрь 2010 г.). «Длинные некодирующие РНК в регуляции генома: перспективы и механизмы» . Биология РНК . 7 (5): 582–5. дои : 10.4161/rna.7.5.13216 . ПМЦ 3073254 . ПМИД 20930520 .
Канеко С., Ли Г., Сон Дж., Сюй К.Ф., Маргерон Р., Нойберт Т.А., Рейнберг Д. (декабрь 2010 г.). «Фосфорилирование компонента Ezh2 PRC2 регулируется клеточным циклом и усиливает его связывание с нкРНК» . Гены и развитие . 24 (23): 2615–20. дои : 10.1101/gad.1983810 . ПМК 2994035 . ПМИД 21123648 .
Сунь Л., Фанг Дж. (январь 2011 г.). «Писатель встречает ластик в HOTAIR» . Acta Biochimica et Biophysica Sinica . 43 (1): 1–3. дои : 10.1093/abbs/gmq110 . ПМИД 21138898 .
Ян З, Чжоу Л, Ву ЛМ, Лай MC, Се HY, Чжан Ф, Чжэн СС (май 2011 г.). «Сверхэкспрессия длинной некодирующей РНК HOTAIR предсказывает рецидив опухоли у пациентов с гепатоцеллюлярной карциномой после трансплантации печени». Анналы хирургической онкологии . 18 (5): 1243–50. дои : 10.1245/s10434-011-1581-y . ПМИД 21327457 . S2CID 21457941 .
Не Ю, Лю Икс, Цюй С, Сун Е, Цзоу Х, Гун С (апрель 2013 г.). «Длинная некодирующая РНК HOTAIR является независимым прогностическим маркером прогрессирования и выживания карциномы носоглотки» . Раковая наука . 104 (4): 458–64. дои : 10.1111/cas.12092 . ПМЦ 7657223 . ПМИД 23281836 . S2CID 207103684 .

Внешние ссылки

Эта статья о гене человека й хромосоме незавершена в 12 - . Вы можете помочь Википедии, расширив ее .

[refGRCh38Ensembl-1] Перейти обратно: ^а ^б ^с GRCh38: Версия Ensembl 89: ENSG00000228630 – Ensembl , май 2017 г.

[2] «Ссылка на Human PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .

[3] «Запись о генных картах на HOTAIR» . Проверено 20 июля 2010 г.

[4] Шордере П., Дюбул Д. (май 2011 г.). «Структурные и функциональные различия длинных некодирующих РНК у мыши и человека» . ПЛОС Генетика . 7 (5): e1002071. дои : 10.1371/journal.pgen.1002071 . ПМК 3102750 . ПМИД 21637793 .

[5] Хэ С, Лю С, Чжу Х (апрель 2011 г.). «Последовательность, структура и эволюционные особенности HOTAIR у млекопитающих» . Эволюционная биология BMC . 11 (1): 102. Бибкод : 2011BMCEE..11..102H . дои : 10.1186/1471-2148-11-102 . ПМК 3103462 . ПМИД 21496275 .

[Nepal_2020-6] Перейти обратно: ^а ^б Непал С., Таранта А., Хаджиев Ю., Пундхир С., Майдель П., Ленхард Б. и др. (апрель 2020 г.). «Предково-дублированный консервативный некодирующий элемент предполагает двойную регуляторную роль HOTAIR в цис- и транс-цис» . iScience . 23 (4): 101008. Бибкод : 2020iSci...23j1008N . дои : 10.1016/j.isci.2020.101008 . ПМЦ 7139118 . PMID 32268280 .

[pmid18756228-7] Петерик А. (август 2008 г.). «Генетика: производственная линия» . Природа . 454 (7208): 1042–5. дои : 10.1038/4541042а . ПМИД 18756228 .

[Rinn-8] Перейти обратно: ^а ^б Ринн Дж.Л., Кертеш М., Ван Дж.К., Скваццо С.Л., Сюй X, Бругманн С.А. и др. (июнь 2007 г.). «Функциональное разграничение активных и молчащих доменов хроматина в локусах HOX человека с помощью некодирующих РНК» . Клетка . 129 (7): 1311–23. дои : 10.1016/j.cell.2007.05.022 . ПМК 2084369 . ПМИД 17604720 .

[pmid20616235-9] Перейти обратно: ^а ^б Цай М.К., Мэнор О., Ван Ю., Мосаммапараст Н., Ван Дж.К., Лан Ф. и др. (август 2010 г.). «Длинная некодирующая РНК как модульный каркас комплексов модификации гистонов» . Наука . 329 (5992): 689–93. Бибкод : 2010Sci...329..689T . дои : 10.1126/science.1192002 . ПМЦ 2967777 . ПМИД 20616235 .

[10] Портозо М., Рагаццини Р., Бренчич Ж., Мойани А., Мишо А., Василев И. и др. (апрель 2017 г.). «PRC2 необязателен для HOTAIR -опосредованной репрессии транскрипции» . Журнал ЭМБО . 36 (8): 981–994. дои : 10.15252/embj.201695335 . ПМК 5391141 . ПМИД 28167697 .

[pmid12535191-11] Чуонг CM (январь 2003 г.). «Гены гомеобокса, заживление ран плода и региональная специфичность кожи» . Журнал исследовательской дерматологии . 120 (1): 9–11. дои : 10.1046/j.1523-1747.2003.00002.x . ПМЦ 4383243 . ПМИД 12535191 .

[12] Лю XH, Сунь М., Не FQ, Ge YB, Чжан Э.Б., Инь Д.Д. и др. (апрель 2014 г.). «Lnc РНК HOTAIR функционирует как конкурирующая эндогенная РНК, регулируя экспрессию HER2 путем поглощения миР-331-3p при раке желудка» . Молекулярный рак . 13:92 . дои : 10.1186/1476-4598-13-92 . ПМК 4021402 . ПМИД 24775712 .

[pmid20393566-13] Гупта Р.А., Шах Н., Ван К.С., Ким Дж., Хорлингс Х.М., Вонг DJ и др. (апрель 2010 г.). «В некодирующей РНК HOTAIR перепрограммирует состояние хроматина, способствуя метастазированию рака» . Природа . 464 (7291): 1071–6. Бибкод : 2010Natur.464.1071G . дои : 10.1038/nature08975 . ПМК 3049919 . ПМИД 20393566 .

[14] Чен Ф.Дж., Сунь М., Ли С.К., Ву Ц.К., Цзи Л., Лю З.Л. и др. (ноябрь 2013 г.). «Повышение регуляции длинной некодирующей РНК HOTAIR способствует метастазированию плоскоклеточного рака пищевода и плохому прогнозу». Молекулярный канцерогенез . 52 (11): 908–15. дои : 10.1002/mc.21944 . ПМИД 24151120 . S2CID 12457373 .

[1]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]

[ 9 ]

[ 10 ]

[ 11 ]

[ 12 ]

[ 13 ]

[ 14 ]