Разностный гель-электрофорез
Разностный гель-электрофорез ( DIGE ) — это форма гель-электрофореза , при которой до трех различных образцов белка можно пометить спектрально разрешимыми флуоресцентными красителями соответствующего размера и заряда (например, Cy3, Cy5, Cy2) перед двумерным гель-электрофорезом . [1]
Процедура
[ редактировать ]Три образца смешивают и загружают в IEF ( изоэлектрофокусирующую хроматографию) для первого измерения, а полоску переносят на SDS PAGE. После гель-электрофореза гель сканируют с длиной волны возбуждения каждого красителя один за другим, поэтому каждый образец можно увидеть отдельно (если мы сканируем гель с длиной волны возбуждения красителя Cy3, мы увидим в геле только образец, помеченный этим красителем). Этот метод используется для выявления изменений в количестве белков (например, между образцом здорового человека и образцом больного человека), посттрансляционных модификаций, усечений и любых модификаций, которые могут изменить размер или изоэлектрическую точку белков. . Бинарные сдвиги могут быть слева направо (изменение изоэлектрической точки), вертикальные (изменение размера) или диагональные (изменение как размера, так и изоэлектрической точки). Взаимная маркировка проводится для того, чтобы убедиться, что наблюдаемые изменения не связаны с взаимодействием, зависящим от красителя. [ нужна ссылка ]
Преимущества
[ редактировать ]Он преодолевает ограничения традиционного 2D-электрофореза, связанные с различиями между гелями. Это может быть значительным даже для идентичных образцов. Поскольку белки из разных типов образцов (например, здоровых/больных, вирулентных/невирулентных) анализируются в одном и том же геле, их можно напрямую сравнивать. Чтобы сделать это с помощью традиционного 2D-электрофореза, требуется большое количество трудоемких повторов. [ нужна ссылка ]
Стандарты
[ редактировать ]В экспериментах с несколькими гелями обычно в каждый гель добавляют внутренний стандарт. Внутренний стандарт готовят путем смешивания нескольких или всех образцов в эксперименте. Это позволяет измерить содержание белка в каждом образце относительно внутреннего стандарта. Поскольку известно, что количество каждого белка во внутреннем стандарте одинаково в каждом геле, этот метод уменьшает вариации между гелями. [2]
См. также
[ редактировать ]Ссылки
[ редактировать ]- ^ Унлю М., Морган М.Э., Минден Дж.С. Разностный гель-электрофорез: метод с одним гелем для обнаружения изменений в белковых экстрактах. Электрофорез. Октябрь 1997 г.; 18 (11): 2071-7. ПМИД 9420172
- ^ Албан, Эндрю; Дэвид, Стивен Олу; Бьоркестен, Леннарт; Андерссон, Кристиан; Слодж, Эрик; Льюис, Стив; Карри, Ян (2003). «Новая экспериментальная схема для сравнительного двумерного анализа гелей: двумерный разностный гель-электрофорез с использованием объединенного внутреннего стандарта». Протеомика . 3 (1): 36–44. дои : 10.1002/pmic.200390006 . ISSN 1615-9853 . ПМИД 12548632 .
