ТЕДК2
| ТЕДК2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Идентификаторы | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Псевдонимы | TEDC2 , C16orf59, хромосома 16, открытая рамка считывания 59, эпсилон тубулина и дельта-комплекс 2. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Внешние идентификаторы | МГИ : 1919266 ; Гомологен : 45943 ; GeneCards : TEDC2 ; OMA : TEDC2 — ортологи | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Викиданные | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Эпсилон и дельта-комплекс тубулина 2 (TEDC2), также известный как открытая рамка считывания 59 хромосомы 16 (C16orf59), представляет собой белок , который у человека кодируется TEDC2 геном . Его инвентарный номер NCBI — NP_079384.2. [ 5 ]
Ген
[ редактировать ]
Локус
[ редактировать ]TEDC2 обнаружен на хромосоме 16 в позиции 16p13.3, или chr16:2,460,080-2,464,963 (охватывающей 4883 п.н.) на плюс-цепи. [ 6 ]
Гомология и эволюция
[ редактировать ]Ортологи
[ редактировать ]TEDC2 появился между 684-797 миллионами лет назад. Самый дальний его ортолог обнаружен у Branchiostoma floridae, флоридского ланцетника . [ 7 ] которые отделились от других хордовых около 684 миллионов лет назад. [ 8 ] Однако ген возник совсем недавно, 797 миллионов лет назад, когда протостомы и вторичноротые разошлись. [ 8 ] поскольку он не встречается ни у каких беспозвоночных. Ниже приведена таблица, показывающая 20 выбранных ортологов, найденная с помощью NCBI BLAST. [ 5 ]
| Род и вид | Общее имя | Клад | Дата расхождения (оценочная) [ 8 ] | Инвенционный номер | Длина | Личность | Сходство |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Мудрый человек | Человек | Млекопитающие | 0 млн лет назад | НП_079384.2 | 433 аа | 100% | 100% |
| Пан-троглодиты | Шимпанзе | Млекопитающие | 6,65 млн лет назад | XP_001163226.2 | 433 аа | 98% | 98% |
| Мышиная мышца | Домовая мышь | Млекопитающие | 90 млн лет назад | НП_082332.1 | 436 аа | 62% | 72% |
| Орцинус косатка | Орка | Млекопитающие | 96 млн лет назад | XP_012388677.1 | 445 аа | 71% | 78% |
| Лиса лисицы | Рыжая лиса | Млекопитающие | 96 млн лет назад | XP_025840713.1 | 432 аа | 68% | 74% |
| Дасипу девятнадцать | Девятипоясной броненосец | Млекопитающие | 105 млн лет назад | XP_012385078.1 | 469 аа | 69% | 77% |
| Цианист синий | Евразийская лазоревка | Птицы | 312 млн лет назад | XP_023792200.1 | 366 аа | 44% | 59% |
| Пигосцелис Аделия | Пингвин Адели | Птицы | 312 млн лет назад | XP_009325519.1 | 490 аа | 43% | 58% |
| Колумба Ливия | Скальный голубь | Птицы | 312 млн лет назад | XP_021147488.1 | 511 аа | 43% | 56% |
| Нумида с индейками | Цесарка в шлеме | Птицы | 312 млн лет назад | XP_021267460.1 | 574 аа | 40% | 67% |
| Дромайус новаяголландия | Emu | Птицы | 312 млн лет назад | XP_025956253.1 | 547 аа | 40% | 68% |
| Анолис Каролинский | Зеленая руда | Рептилии | 312 млн лет назад | XP_008122311.2 | 473 аа | 32% | 47% |
| Бивиттата Python | Бирманский питон | Рептилии | 312 млн лет назад | XP_007433089.1 | 607 аа | 32% | 50% |
| Погона виттицепс | Бородатый дракон | Рептилии | 312 млн лет назад | XP_020663843.1 | 578 аа | 31% | 45% |
| Ксенопус тропический | Западная когтистая лягушка | Амфибия | 352 млн лет назад | XP_002932464.1 | 452 аа | 30% | 45% |
| Леписостеус глазчатый | Пятнистый гар | Остейхтис | 435 млн лет назад | XP_015215377.1 | 193 аа | 37% | 48% |
| Склеропажи красавчики | Азиатская арована | Остейхтис | 435 млн лет назад | XP_018598511.1 | 186 аа | 29% | 47% |
| Парамормиропс кингслея | Слоновая рыба | Остейхтис | 435 млн лет назад | XP_023666461.1 | 473 аа | 29% | 46% |
| Каллоринхус милии | Австралийская акула-призрак | Хондриктиес | 473 млн лет назад | XP_007891790.1 | 540 аа | 32% | 49% |
| Branchiostoma floridae | Флоридский ланцетник | Цефалохордовые | 684 млн лет назад | XP_002611730.1 | 602 аа | 23% | 42% |
Паралоги
[ редактировать ]TEDC2 нет Других членов семейства генов , так как он не имеет паралогов ни в одном живом организме. [ 5 ]
Выражение
[ редактировать ]Факторы транскрипции
[ редактировать ]Консервативными предсказанными сайтами связывания транскрипционных факторов , обнаруженными в 5'-области выше TEDC2, являются WT1 , ZKSCAN3 (x2), AREB6, MZF1 (x2), ATF6 , ER и P53 . [ 9 ] Это предполагает, что эти факторы транскрипции, в частности, ZKSCAN3 и MZF1 на основе множественных консервативных сайтов связывания, имеют решающее значение в регуляции TEDC2. ZKSCAN3 — транскрипционный репрессор аутофагии. [ 10 ] Считается, что MZF1 играет роль супрессора опухоли и регулятора пролиферации клеток. [ 11 ] Эти консервативные сайты MZF1, наряду с консервативным сайтом p53, позволяют предположить, что TEDC2 может играть роль в пролиферации клеток и, следовательно, влиять на генез и развитие рака.
Локализация
[ редактировать ]Предполагается, что TEDC2 локализуется в ядре , а также может присутствовать в цитоплазме, митохондриях, пероксисомах и внеклеточном пространстве. [ 12 ]
Выражение
[ редактировать ]Он высоко экспрессируется в семенниках и EBV-трансформированных лимфоцитах . [ 13 ] Он также высоко экспрессируется в лимфатических узлах, печени плода, ранних эритроидных клетках и В-лимфобластах. [ 14 ] Он также наблюдается на более высоких уровнях как в эмбриональных стволовых клетках, так и в индуцированных плюрипотентных стволовых клетках, чем в фибробластах. [ 14 ] Наконец, по сравнению с другими генами, экспрессия TEDC2 значительно снижается в клетках рака молочной железы при эстрогенном голодании. [ 14 ]
Варианты стенограммы
[ редактировать ]
Ген имеет 10 экзонов . [ 15 ] Ген имеет 13 альтернативно сплайсированных транскриптов, из которых 6 кодируют белок, 1 подвергается нонсенс-опосредованному распаду и 6 остаются в интронах. [ 16 ]
Белок
[ редактировать ]Общие характеристики
[ редактировать ]TEDC2 кодируется геном TEDC2 с номером доступа NCBI NM_025108.3. Белок состоит из 433 аминокислот с прогнозируемой молекулярной массой 46,4 кДа. [ 6 ] Антитела против белка имеются, но образец изображения вестерн-блоттинга недоступен. [ 17 ]
Домены
[ редактировать ]TEDC2 содержит домен неизвестной функции, DUF4693, который у человека включает белки 148–431, составляющие примерно последние две трети белка. [ 5 ]
Вторичная структура
[ редактировать ]С помощью онлайн-инструментов биоинформатики прогнозируется, что TEDC2 будет иметь много альфа-спиралей и два хорошо сохранившихся предсказанных бета-складчатых листа вблизи конца белка. [ 18 ] [ 19 ]
Третичная структура
[ редактировать ]
Предполагается, что TEDC2 сформирует третичную структуру на основе своих альфа-спиралей. Многие из этих предсказанных альфа-спиралей высококонсервативны у ортологов, и один из примеров предсказанной третичной структуры, созданной I-TASSER, показан справа. [ 20 ]
Посттрансляционные модификации
[ редактировать ]
TEDC2 имеет хорошо консервативный предсказанный сайт O-GlcNAc на S114 у людей. [ 22 ] O-GlcNAцилированные белки обнаруживаются в основном в ядре, иногда также обнаруживаются в цитоплазме , и это динамическая модификация, часто удаляемая и повторно прикрепляющаяся. [ 23 ]
TEDC2 также имеет три консервативных предсказанных сайта C-маннозилирования. [ 24 ] Функция С-маннозилирования до сих пор неясна, но это присоединение альфа-маннозы к триптофану. [ 25 ]
TEDC2 также имеет множество возможных сайтов фосфорилирования , в том числе семь хорошо консервативных. [ 26 ] Фосфорилирование является важным средством регуляции, активации и инактивации белков, поэтому трудно определить какую-либо конкретную функцию по наличию серина или треонина, которые могут быть фосфорилированы. [ 27 ]
Взаимодействия
[ редактировать ]Белко-белковые взаимодействия
[ редактировать ]Было показано, что KDM1A , лизин-специфическая деметилаза , физически связана с TEDC2. [ 28 ] [ 29 ] TEDC2 также взаимодействует с FEZ1 , белком фасцикуляции и удлинения. FEZ1, или белок фасцикуляции и элонгации 1, необходим для роста аксонов, но считается, что он также участвует в контроле транскрипции. [ 30 ]
Существуют также экспериментальные доказательства взаимодействия TEDC2 с TUBE1 и C14orf80. TUBE1, или тубулин эпсилон 1, участвует в работе центриолей во время клеточного деления, а функция C14orf80 неизвестна. [ 31 ] TEDC2 также совместно экспрессируется с CDC45 или белком 45, контролирующим клеточное деление, который необходим для инициации репликации хромосомной ДНК, а также совместной экспрессией с CDT1 , фактором лицензирования репликации ДНК, необходимым для предрепликационной сборки. [ 32 ]
Функция и клиническое значение
[ редактировать ]Функция TEDC2 еще точно не известна научному сообществу, но профиль его экспрессии, предсказанные сайты связывания транскрипционных факторов и другие белок-белковые взаимодействия позволяют сделать некоторые прогнозы. TEDC2 локализован в ядре и часто экспрессируется в развивающихся тканях, таких как стволовые клетки , а также в дифференцированной ткани плода, поэтому он, вероятно, играет роль в репликации ДНК и/или делении клеток . [ 12 ] [ 14 ] Это также согласуется с предсказанными или известными белок-белковыми взаимодействиями TEDC2, поскольку он может взаимодействовать с белками, участвующими в делении клеток (TUBE1, CDC45, CDT1), а также оставаться под транскрипционным контролем опухолевых супрессоров (WT1, MZF1, P53). [ 9 ] Кроме того, учитывая наличие сайта связывания элемента, отвечающего на эстроген, возможно, что TEDC2 играет роль в развитии опухоли при мутации. [ 9 ]
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Jump up to: а б с GRCh38: Версия Ensembl 89: ENSG00000162062 – Ensembl , май 2017 г.
- ^ Jump up to: а б с GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000024118 – Ensembl , май 2017 г.
- ^ «Ссылка на Human PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
- ^ «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
- ^ Jump up to: а б с д «Тубулин-эпсилон и дельта-комплекс белок 2 [Homo sapiens] - Белок - NCBI» . www.ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 3 марта 2019 г.
- ^ Jump up to: а б www.genecards.org https://www.genecards.org/cgi-bin/carddisp.pl?gene=TEDC2 . Проверено 8 февраля 2019 г.
- ^ «гипотетический белок BRAFLDRAFT_128731 [Branchiostoma floridae] - Белок - NCBI» . www.ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 25 февраля 2019 г.
- ^ Jump up to: а б с «Дерево Времени:: Временная шкала жизни» . www.timetree.org . Проверено 3 марта 2019 г.
- ^ Jump up to: а б с «Геноматикс: ввод MatInspector» . www.genomatix.de . Проверено 5 мая 2019 г.
- ^ Чаухан С., Гудвин Дж.Г., Чаухан С., Маньям Дж., Ван Дж., Камат А.М., Бойд Д.Д. (апрель 2013 г.). «ZKSCAN3 является главным репрессором транскрипции аутофагии» . Молекулярная клетка . 50 (1): 16–28. doi : 10.1016/j.molcel.2013.01.024 . ПМК 3628091 . ПМИД 23434374 .
- ^ Габоли М., Риск П.А., Гурриери С., Катторетти Г., Ронкетти С., Кордон-Кардо С., Броксмейер Х.Э., Хромас Р., Пандольфи П.П. (июль 2001 г.). «Mzf1 контролирует пролиферацию клеток и онкогенез» . Гены и развитие . 15 (13): 1625–30. дои : 10.1101/gad.902301 . ПМК 312729 . ПМИД 11445537 .
- ^ Jump up to: а б «ОТДЕЛЕНИЯ — C16orf59» . www.competitions.jensenlab.org . Проверено 8 февраля 2019 г.
- ^ "Портал GTEx - C16orf59" . ГТекс . Получено 08.02.19.
- ^ Jump up to: а б с д «Главная — ГЕО — NCBI» . www.ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 22 апреля 2019 г.
- ^ «Комплекс тубулина эпсилон и дельта 2 (TEDC2), мРНК человека разумного» . 2018-12-29.
{{cite journal}}: Для цитирования журнала требуется|journal=( помощь ) - ^ «Ген: TEDC2 (ENSG00000162062) - Краткое описание - Homo sapiens - Браузер генома Ensembl 95» . useast.ensembl.org . Проверено 25 февраля 2019 г.
- ^ «Антитело к C16ORF59, полученное в кролике HPA051394» . Сигма-Олдрич . Проверено 5 мая 2019 г.
- ^ «CFSSP: Сервер прогнозирования вторичной структуры Чоу и Фасмана» . www.biogem.org . Проверено 22 апреля 2019 г.
- ^ «JPred: сервер прогнозирования вторичной структуры белка» . www.compbio.dundee.ac.uk . Проверено 22 апреля 2019 г.
- ^ Jump up to: а б «Сервер I-TASSER для прогнозирования структуры и функций белков» . zhanglab.ccmb.med.umich.edu . Проверено 5 мая 2019 г.
- ^ «DOG 2.0 — Визуализация доменной структуры белка» . www.dog.biocuckoo.org . Проверено 5 мая 2019 г.
- ^ «Сервер ИньОЯн 1.2» . www.cbs.dtu.dk. Проверено 22 апреля 2019 г.
- ^ Варки А., Каммингс Р.Д., Эско Дж.Д., Стэнли П., Харт Г.В., Эби М. и др. (2015). «Модификация O-GlcNAc» . В Варки А., Каммингс Р.Д., Эско Дж.Д., Стэнли П. (ред.). Основы гликобиологии (3-е изд.). Лабораторный пресс Колд-Спринг-Харбор. doi : 10.1101/гликобиология.3e.019 (неактивен 31 января 2024 г.). ПМИД 28876858 . Проверено 22 апреля 2019 г.
{{cite book}}: CS1 maint: DOI неактивен по состоянию на январь 2024 г. ( ссылка ) - ^ «Сервер NetCGlyc 1.0» . www.cbs.dtu.dk. Проверено 22 апреля 2019 г.
- ^ Ихара Ю, Инай Ю, Икезаки М, Мацуи И.С., Манабе С., Ито Ю (2015). «C-маннозилирование: модификация триптофана в клеточных белках». Гликосаука: биология и медицина . стр. 1091–9. дои : 10.1007/978-4-431-54836-2_67-1 . ISBN 9784431548362 . S2CID 82050024 .
- ^ «Сервер NetPhos 3.1» . www.cbs.dtu.dk. Проверено 22 апреля 2019 г.
- ^ Грингард, Пол; Нестлер, Эрик Дж. (1999). «Фосфорилирование белков имеет фундаментальное значение в биологической регуляции» . Базовая нейрохимия: молекулярные, клеточные и медицинские аспекты (6-е изд.).
- ^ «База данных молекулярного взаимодействия – основной ресурс ELIXIR» . Проверено 22 апреля 2019 г.
- ^ «mentha: интерактивный браузер» . www.mentha.uniroma2.it . Проверено 22 апреля 2019 г.
- ^ Ассманн Э.М., Альборгетти М.Р., Камарго М.Э., Кобарг Дж. (апрель 2006 г.). «Димеризация FEZ1 и взаимодействие с белками, регулирующими транскрипцию, затрагивают его спиральную область» . Журнал биологической химии . 281 (15): 9869–81. дои : 10.1074/jbc.M513280200 . ПМИД 16484223 .
- ^ Бреслоу Д.К., Хугендорн С., Копп А.Р., Моргенс Д.В., Ву Б.К., Кеннеди М.К., Хан К., Ли А., Хесс Г.Т., Бассик М.К., Чен Дж.К., Начури М.В. (март 2018 г.). «Скрининг передачи сигналов Hedgehog на основе CRISPR дает представление о функции ресничек и цилиопатиях» . Природная генетика . 50 (3): 460–471. дои : 10.1038/s41588-018-0054-7 . ПМЦ 5862771 . ПМИД 29459677 .
- ^ «STRING: сети функциональных белковых ассоциаций» . string-db.org . Проверено 22 апреля 2019 г.