НДУФА13
НДУФА13 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Идентификаторы | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Псевдонимы | NDUFA13 , B16.6, CDA016, GRIM-19, GRIM19, CGI-39, субъединица A13 НАДН:убихиноноксидоредуктазы, MC1DN28 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Внешние идентификаторы | Опустить : 609435 ; МГИ : 1914434 ; Гомологен : 41083 ; Генные карты : NDUFA13 ; OMA : NDUFA13 — ортологи | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Викиданные | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
Субъединица 13 подкомплекса НАДН-дегидрогеназы [убихинон] 1 альфа представляет собой фермент , который у человека кодируется NDUFA13 геном . [ 5 ] [ 6 ] [ 7 ] [ 8 ] Белок NDUFA13 представляет собой субъединицу НАДН-дегидрогеназы (убихинона) , которая расположена во внутренней мембране митохондрий и является крупнейшим из пяти комплексов цепи переноса электронов . [ 9 ] [ 10 ]
Структура
[ редактировать ]Ген NDUFA13 расположен на плече хромосомы 19 в положении 13,2 и охватывает 11 995 пар оснований. [ 8 ] Ген производит белок массой 17 кДа, состоящий из 144 аминокислот . [ 11 ] [ 12 ] NDUFA13 — субъединица фермента НАДН-дегидрогеназы (убихинона) , крупнейшего из дыхательных комплексов. Структура имеет L-образную форму с длинным гидрофобным трансмембранным доменом и гидрофильным доменом периферического плеча, который включает все известные окислительно-восстановительные центры и сайт связывания НАДН. [ 9 ] Было отмечено, что N-концевой гидрофобный домен может сворачиваться в альфа-спираль, охватывающую внутреннюю мембрану митохондрий , с C-концевым гидрофильным доменом, взаимодействующим с глобулярными субъединицами Комплекса I. Высококонсервативная двухдоменная структура предполагает, что эта особенность имеет решающее значение для функции белка и то, что гидрофобный домен действует как якорь для комплекса НАДН-дегидрогеназы (убихинон) на внутренней стороне. митохондриальная мембрана. NDUFA13 является одной из примерно 31 гидрофобной субъединицы, образующей трансмембранную область Комплекса I, но это вспомогательная субъединица, которая, как полагают, не участвует в катализе. [ 13 ] Предсказанная вторичная структура представляет собой в основном альфа-спираль, но карбокси-концевая половина белка имеет высокий потенциал принять форму спиральной спирали. Аминоконцевая часть содержит предполагаемый бета-лист, богатый гидрофобными аминокислотами, которые могут служить сигналом импорта в митохондрии. [ 8 ] [ 10 ] [ 14 ]
Функция
[ редактировать ]Ген NDUFA13 человека кодирует субъединицу комплекса I дыхательной цепи , которая переносит электроны от НАДН к убихинону . [ 8 ] НАДН связывается с Комплексом I и переносит два электрона на изоаллоксазиновое кольцо протезного плеча флавинмононуклеотида (FMN) с образованием FMNH 2 . Электроны передаются через серию железо-серных кластеров (Fe-S) в протезной руке и, наконец, к коферменту Q10 (CoQ), который восстанавливается до убихинола (CoQH 2 ). Поток электронов изменяет окислительно-восстановительное состояние белка, что приводит к конформационному изменению и сдвигу p K ионизируемой боковой цепи, которая выкачивает четыре иона водорода из митохондриального матрикса. [ 9 ]
NDUFA13 имеет гомологичный белок, известный как GRIM-19 , белок, регулирующий гибель клеток. Он участвует в гибели клеток, индуцированной интерфероном /полностью-транс-ретиноевой кислотой (IFN/RA). Эта форма апоптотической активности ингибируется взаимодействием с вирусным IRF1 . GRIM-19 предотвращает трансактивацию генов -мишеней преобразователя сигнала и активатора транскрипции 3 (STAT3), но не других членов семейства STAT. [ 13 ]
Клиническое значение
[ редактировать ]Белок, гомологичный NDUFA13, GRIM-19, может играть роль в болезни Крона (БК), воспалительном заболевании кишечника (ВЗК), характеризующемся хроническим воспалением кишечного эпителия. Его экспрессия снижена в воспаленной слизистой оболочке больных этими заболеваниями. Белок 2, содержащий домен нуклеотидсвязывающей олигомеризации (NOD2), также известный как белок 15, содержащий домен рекрутирования каспаз (CARD15) или белок 1 воспалительных заболеваний кишечника (IBD1), действует как молекула распознавания цитозольных патогенов млекопитающих и играет антибактериальную функцию. роль, ограничивая выживаемость внутриклеточных инвазивных бактерий. GRIM-19 действует как нижестоящий антибактериальный эффектор в CARD15-опосредованных врожденных реакциях слизистой оболочки, регулируя реакцию эпителиальных клеток кишечника на микробы. После NOD2-опосредованного распознавания бактериального мурамилдипептида GRIM-19 необходим для активации NF-κB , ключевого компонента регуляции иммунного ответа на инфекцию. [ 13 ] [ 15 ]
Взаимодействия
[ редактировать ]Было показано, что NDUFA13 взаимодействует со STAT3 . [ 16 ]
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Перейти обратно: а б с GRCh38: Версия Ensembl 89: ENSG00000186010 – Ensembl , май 2017 г.
- ^ Перейти обратно: а б с GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000036199 – Ensembl , май 2017 г.
- ^ «Ссылка на Human PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
- ^ «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
- ^ Херст Дж., Кэрролл Дж., Фернли И.М., Шеннон Р.Дж., Уокер Дж.Э. (июль 2003 г.). «Ядерно-кодируемые субъединицы комплекса I из митохондрий бычьего сердца» . Биохим Биофиз Акта . 1604 (3): 135–50. дои : 10.1016/S0005-2728(03)00059-8 . ПМИД 12837546 .
- ^ Энджелл Дж.Э., Линднер Д.Д., Шапиро П.С., Хофманн Э.Р., Калваколану Д.В. (ноябрь 2000 г.). «Идентификация GRIM-19, нового гена, регулирующего гибель клеток, индуцируемого комбинацией интерферона-бета и ретиноевой кислоты, с использованием генетического подхода» . J Биол Хим . 275 (43): 33416–26. дои : 10.1074/jbc.M003929200 . ПМИД 10924506 .
- ^ Хуан Г, Лу Х, Хао А, Нг ДК, Понния С, Го К, Луфэй С, Цзэн Ц, Цао X (сентябрь 2004 г.). «GRIM-19, белок, регулирующий клеточную смерть, необходим для сборки и функционирования митохондриального комплекса I» . Мол Клеточная Биол . 24 (19): 8447–56. дои : 10.1128/MCB.24.19.8447-8456.2004 . ПМК 516758 . ПМИД 15367666 .
- ^ Перейти обратно: а б с д «Ген Энтреза: NDUFA13 НАДН-дегидрогеназа (убихинон) 1 альфа-субкомплекс, 13» .
- ^ Перейти обратно: а б с Пратт, Дональд Воэт, Джудит Г. Воэт, Шарлотта В. (2013). "18" Основы биохимии: жизнь на молекулярном уровне (4-е изд.). Хобокен, Нью-Джерси: Уайли. стр. 100-1 581–620. ISBN 9780470547847 .
{{cite book}}
: CS1 maint: несколько имен: список авторов ( ссылка ) - ^ Перейти обратно: а б Эмахазион Т., Бесков А., Гилленстен У., Брукс А.Дж. (ноябрь 1998 г.). «Радиационное гибридное картирование на основе интронов 15 генов комплекса I цепи переноса электронов человека». Цитогенетический клеточный генетик . 82 (1–2): 115–9. дои : 10.1159/000015082 . ПМИД 9763677 . S2CID 46818955 .
- ^ Зонг NC, Ли Х, Ли Х, Лам МП, Хименес Р.К., Ким С.С., Денг Н., Ким АК, Чой Дж.Х., Селайя И., Лием Д., Мейер Д., Одеберг Дж., Фанг С., Лу Х.Дж., Сюй Т., Вайс Дж. , Дуан Х., Улен М., Йейтс-младший, Апвейлер Р., Ге Дж., Хермякоб Х., Пинг П. (октябрь 2013 г.). «Интеграция биологии и медицины сердечного протеома с помощью специализированной базы знаний» . Исследование кровообращения . 113 (9): 1043–53. дои : 10.1161/CIRCRESAHA.113.301151 . ПМК 4076475 . ПМИД 23965338 .
- ^ «NDUFA13-НАДН-дегидрогеназа [убихинон] 1 альфа-подкомплекс, субъединица 13» . База знаний Атласа органических белков сердца (COPaKB) .
- ^ Перейти обратно: а б с «НДУФА13» . UniProt.org . Консорциум UniProt.
- ^ Тон С., Хван Д.М., Демпси А.А., Лью CC (январь 1998 г.). «Идентификация и первичная структура пяти субъединиц НАДН-убихинон оксидоредуктазы человека». Биохимия Биофиз Рес Коммьюнити . 241 (2): 589–94. дои : 10.1006/bbrc.1997.7707 . ПМИД 9425316 .
- ^ Барнич, Н; Хисамацу, Т; Агирре, Дж. Э.; Ксавье, Р; Райнекер, ХК; Подольский, ДК (13 мая 2005 г.). «GRIM-19 взаимодействует с доменом олигомеризации нуклеотидов 2 и служит нижестоящим эффектором антибактериальной функции в эпителиальных клетках кишечника» . Журнал биологической химии . 280 (19): 19021–6. дои : 10.1074/jbc.m413776200 . ПМИД 15753091 .
- ^ Чжан Дж., Ян Дж., Рой С.К., Тининини С., Ху Дж., Бромберг Дж.Ф., Поли В., Старк Г.Р., Калваколану Д.В. (август 2003 г.). «Регулятор клеточной гибели GRIM-19 является ингибитором преобразователя сигнала и активатором транскрипции 3» . Учеб. Натл. акад. наук. США 100 (16): 9342–7. Бибкод : 2003PNAS..100.9342Z . дои : 10.1073/pnas.1633516100 . ПМК 170920 . ПМИД 12867595 .
Дальнейшее чтение
[ редактировать ]- Лай Ч., Чжоу С.И., Чан Л.И., Лю К.С., Линь В. (2000). «Идентификация новых человеческих генов, эволюционно консервативных у Caenorhabditis elegans, с помощью сравнительной протеомики» . Геном Рез . 10 (5): 703–13. дои : 10.1101/гр.10.5.703 . ПМК 310876 . ПМИД 10810093 .
- Чидамбарам Н.В., Энджелл Дж.Э., Линг В., Хофманн Э.Р., Калваколану Д.В. (2000). «Хромосомная локализация человеческого GRIM-19, нового ИФН-бета и активируемого ретиноевой кислотой регулятора гибели клеток». J. Интерферон Цитокин Рез . 20 (7): 661–5. дои : 10.1089/107999000414844 . ПМИД 10926209 .
- Ху RM, Хань ЗГ, Сонг HD, Пэн Ю., Хуан QH, Рен SX, Гу YJ, Хуан Ч., Ли Ю.Б., Цзян CL, Фу Г, Чжан QH, Гу Б.В., Дай М, Мао Ю.Ф., Гао Г.Ф., Ронг Р. , Е М, Чжоу Дж, Сюй Ш, Гу Дж, Ши JX, Цзинь В.Р., Чжан К.К., У ТМ, Хуан Г.И., Чэнь Z, Чен Доктор медицинских наук, Чен Дж.Л. (2000). «Профилирование экспрессии генов в системе гипоталамус-гипофиз-надпочечники человека и полноразмерное клонирование кДНК» . Учеб. Натл. акад. наук. США . 97 (17): 9543–8. Бибкод : 2000PNAS...97.9543H . дои : 10.1073/pnas.160270997 . ПМК 16901 . ПМИД 10931946 .
- Фернли И.М., Кэрролл Дж., Шеннон Р.Дж., Рансуик М.Дж., Уокер Дж.Э., Херст Дж. (2001). «GRIM-19, продукт гена, регулирующего клеточную смерть, представляет собой субъединицу бычьей митохондриальной НАДН:убихиноноксидоредуктазы (комплекс I)» . Ж. Биол. Хим . 276 (42): 38345–8. дои : 10.1074/jbc.C100444200 . ПМИД 11522775 .
- Со Т., Ли Д., Шим Ю.С., Энджелл Дж.Э., Чидамбарам Н.В., Калваколану Д.В., Чой Дж. (2002). «Вирусный регуляторный фактор интерферона 1 герпесвируса, ассоциированного с саркомой Капоши, взаимодействует с регулятором гибели клеток GRIM19 и ингибирует гибель клеток, вызванную интерфероном/ретиноевой кислотой» . Дж. Вирол . 76 (17): 8797–807. doi : 10.1128/JVI.76.17.8797-8807.2002 . ПМК 136415 . ПМИД 12163600 .
- Мюррей Дж., Чжан Б., Тейлор С.В., Оглсби Д., Фэйи Э., Марусич М.Ф., Гош С.С., Капальди Р.А. (2003). «Субъединичный состав НАДН-дегидрогеназы человека, полученный методом быстрой одностадийной иммуноочистки» . Ж. Биол. Хим . 278 (16): 13619–22. дои : 10.1074/jbc.C300064200 . ПМИД 12611891 .
- Луфэй С., Ма Дж., Хуан Г., Чжан Т., Новотны-Дирмайр В., Онг CT, Цао X (2003). «GRIM-19, продукт гена, регулирующего смерть, подавляет активность Stat3 посредством функционального взаимодействия» . ЭМБО Дж . 22 (6): 1325–35. дои : 10.1093/emboj/cdg135 . ПМК 151078 . ПМИД 12628925 .
- Чжан Дж., Ян Дж., Рой С.К., Тининини С., Ху Дж., Бромберг Дж.Ф., Поли В., Старк Г.Р., Калваколану Д.В. (2003). «Регулятор клеточной гибели GRIM-19 является ингибитором преобразователя сигнала и активатором транскрипции 3» . Учеб. Натл. акад. наук. США . 100 (16): 9342–7. Бибкод : 2003PNAS..100.9342Z . дои : 10.1073/pnas.1633516100 . ПМК 170920 . ПМИД 12867595 .
- Ленер Б., Сандерсон К.М. (2004). «Схема взаимодействия белков для деградации мРНК человека» . Геном Рез . 14 (7): 1315–23. дои : 10.1101/гр.2122004 . ПМК 442147 . ПМИД 15231747 .
- Сузуки Ю, Ямашита Р, Широта М, Сакакибара Ю, Чиба Дж, Мидзусима-Сугано Дж, Накаи К, Сугано С (2004). «Сравнение последовательностей генов человека и мыши обнаруживает гомологичную блочную структуру в областях промотора» . Геном Рез . 14 (9): 1711–8. дои : 10.1101/гр.2435604 . ПМК 515316 . ПМИД 15342556 .
- Барнич Н., Хисамацу Т., Агирре Дж.Э., Ксавьер Р., Райнекер Х.К., Подольский Д.К. (2005). «GRIM-19 взаимодействует с доменом олигомеризации нуклеотидов 2 и служит нижестоящим эффектором антибактериальной функции в эпителиальных клетках кишечника» . Ж. Биол. Хим . 280 (19): 19021–6. дои : 10.1074/jbc.M413776200 . ПМИД 15753091 .
- Руал Дж.Ф., Венкатесан К., Хао Т., Хирозане-Кисикава Т., Дрико А., Ли Н., Берриз Г.Ф., Гиббонс Ф.Д., Дрез М., Айви-Гедехуссу Н., Клитгорд Н., Саймон С., Боксем М., Мильштейн С., Розенберг Дж., Голдберг Д.С., Чжан Л.В., Вонг С.Л., Франклин Г., Ли С., Альбала Дж.С., Лим Дж., Фротон С, Лламосас Е, Чевик С, Бекс С, Ламеш П, Сикорски Р.С., Ванденхаут Дж, Зогби Х.И., Смоляр А, Босак С., Секерра Р., Дусетт-Стамм Л., Кьюсик М.Е., Хилл Д.Е., Рот Ф.П., Видал М. ( 2005). «К карте сети белок-белковых взаимодействий человека в масштабе протеома». Природа . 437 (7062): 1173–8. Бибкод : 2005Natur.437.1173R . дои : 10.1038/nature04209 . ПМИД 16189514 . S2CID 4427026 .
- Хуан Г, Чен Ю, Лу Х, Цао Икс (2007). «Связь митохондриальной дыхательной цепи с гибелью клеток: важная роль митохондриального комплекса I в гибели раковых клеток, вызванной интерфероном-бета и ретиноевой кислотой» . Гибель клеток отличается . 14 (2): 327–37. дои : 10.1038/sj.cdd.4402004 . ПМИД 16826196 .
- Фогель Р.О., Дитерен К.Э., ван ден Хеувел Л.П., Виллемс П.Х., Смейтинк Дж.А., Купман В.Дж., Нейтманс Л.Г. (2007). «Идентификация промежуточных продуктов сборки митохондриального комплекса I путем отслеживания меченого NDUFS3 демонстрирует точку входа митохондриальных субъединиц» . Ж. Биол. Хим . 282 (10): 7582–90. дои : 10.1074/jbc.M609410200 . hdl : 2066/52607 . ПМИД 17209039 .
Эта статья включает текст из Национальной медицинской библиотеки США , который находится в свободном доступе .