Альфа-1-В гликопротеин
А1БГ | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Идентификаторы | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Псевдонимы | A1BG , A1B, ABG, GAB, HYST2477, гликопротеин альфа-1-B | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Внешние идентификаторы | Опустить : 138670 ; МГИ : 2152878 ; Гомологен : 11167 ; Генные карты : A1BG ; OMA : A1BG — ортологи | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Викиданные | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
Гликопротеин альфа-1-B 54,3 кДа представляет собой белок массой у человека, кодируемый геном A1BG . [ 5 ] Белок, кодируемый этим геном, представляет собой гликопротеин плазмы с неизвестной функцией. Белок демонстрирует сходство последовательностей с вариабельными областями некоторых белков-членов супергенного семейства иммуноглобулинов . У пациентов с аденокарциномой протоков поджелудочной железы наблюдается сверхэкспрессия A1BG в панкреатическом соке . [ 6 ]
Ген
[ редактировать ]Район
[ редактировать ]A1BG расположен на отрицательной цепи ДНК 19 хромосомы от 58 858 172 до 58 864 865. [ 7 ] Кроме того, A1BG расположен непосредственно рядом с геном ZSCAN22 (58 838 385–58 853 712) на положительной цепи ДНК, а также с генами ZNF837 (58 878 990–58 892 389, комплементарный) и ZNF497 (58865723–58 874 214 комплементарный) на отрицательная цепочка. [ 7 ]
Выражение
[ редактировать ]A1BG экспрессируется на высоких уровнях в печени взрослого человека и плода . [ 8 ] Кроме того, молочная железа демонстрирует примерно вдвое меньшую экспрессию, чем печень. [ 8 ] Следовые количества экспрессии A1BG можно обнаружить в крови , головном мозге , легких , лимфатических узлах , яичниках , семенниках , поджелудочной железе и поджелудочной железе . [ 8 ] печени Опухоли демонстрируют повышенные уровни транскриптов A1BG. [ 8 ]
мРНК
[ редактировать ]структура мРНК
[ редактировать ]Ген содержит 20 различных интронов . [ 9 ] Транскрипция производит 15 различных мРНК , 10 альтернативно сплайсированных вариантов и 5 несплайсированных форм. [ 9 ] Существует 4 вероятных альтернативных промотора , 4 неперекрывающихся альтернативных последних экзона и 7 проверенных альтернативных сайтов полиаденилирования . [ 9 ] мРНК, по-видимому, различаются укорочением 5'-конца, укорочением 3'-конца, наличием или отсутствием 4 экзонов кассеты, перекрытием экзонов с разными границами, сплайсингом или сохранением 3 интронов. [ 9 ]
Белок
[ редактировать ]Характеристики
[ редактировать ]Программа статистического анализа белка (SAPS) компании San Diego Super Computer определила, что гликопротеин альфа-1B имеет 495 аминокислотных остатков, изоэлектрическую точку 5,47 и молекулярную массу 54,3 кДа. Кроме того, было предположено, что в гликопротеине альфа-1B не существует трансмембранных доменов. [ 10 ] По данным NCBI, аминокислотная последовательность MLVVFLLLWGVTWGPVTEA представляет собой сигнальный пептид на N-конце белка, который может функционировать как сигнал импорта эндоплазматического ретикулума. [ 10 ]
Посттрансляционные модификации
[ редактировать ]Программа NetAcet 1.0 подсчитала, что первые пять аминокислотных остатков служат сайтом N-ацетилирования. [ 11 ] Программа NetGlycate 1.0 предсказала, что лизины, расположенные в остатках 78, 114 и 227, служат точками гликирования. [ 12 ] Программа NetNES 1.1 предсказала, что лейцин в остатке 47 будет сигналом ядерного экспорта. [ 13 ] Программа NetNGlyc 1.0 предсказала четыре сайта N-гликозилирования, два из которых представляют собой высококонсервативные внутренне повторяющиеся последовательности. [ 14 ] [ 15 ] Программа NetCGlyc1.0 предсказала, что ни один из остатков триптофана не служит сайтом C-маннозилирования. [ 16 ]
Белковые взаимодействия
[ редактировать ]Исследование Udby et al. показали, что богатый цистеином секреторный белок 3 является лигандом гликопротеина альфа-1B в плазме человека, и они предполагают, что комплекс A1BG-CRISP-3 выполняет аналогичную функцию в защите кровообращения от потенциально вредного воздействия свободного CRISP-3. [ 17 ]
Пол-зависимая роль в сердечной функции
[ редактировать ]Самки мышей с сердечным условным нокаутом A1BG демонстрируют плохую сердечную функцию, но мыши-самцы с таким же нокаутом не страдают. [ 18 ]
Гомология
[ редактировать ]Ортологи
[ редактировать ]Помимо приведенной ниже таблицы, гликопротеин альфа-1В сохраняется также у белощекого хохлатого гиббона , павиана , боливийской беличьей обезьяны , овцы , собаки , кабана , китайской землеройки , китайского хомяка , черной летучей лисицы , кролика , морской свинки. , гигантская панда , корова , крыса и голый землекоп . [ 19 ] Кроме того, весьма вероятно, что A1BG в дальнейшем консервативен во всей кладе млекопитающих .
рода Виды | Общее название организма | Отличие от людей (MYA) [ 20 ] | Инвентарный номер белка NCBI | Идентичность последовательности | Длина белка | Общее название гена |
---|---|---|---|---|---|---|
Мудрый человек [ 21 ] | Человек | -- | НП_570602 | 100% | 495 | А1БГ |
Пан-троглодиты [ 22 ] | Шимпанзе | 6.2 | XP_001146669 | 97.0% | 501 | ПРЕДСКАЗЫВАЕМО: изоформа 4 альфа-1B-гликопротеина |
Пан паниск [ 23 ] | Бонобо | 6.3 | XP_003816677 | 97.0% | 499 | А1БГ |
Горилла горилла горилла [ 24 ] | Горилла | 8.8 | XP_004061652 | 95.0% | 275 | ПРЕДСКАЗАН: альфа-1B-гликопротеин |
Понго пигмей [ 25 ] | Орангутан | 15.7 | XP_002829953 | 95.0% | 495 | изоформа 1 альфа-1B-гликопротеина |
Макака мулатта [ 26 ] | Обезьяна-резус | 29.0 | XM_001101821 | 88.0% | 351 | гипотетический белок EGK_11172, частичный |
Каллитрикс Якх [ 27 ] | Мартышка | 42.6 | XP_002762619 | 83.0% | 500 | А1БГ |
Мышиная мышца [ 28 ] | Мышь | 91.0 | НП_001074536 | 44.0% | 512 | предшественник альфа-1B-гликопротеина |
Кот [ 29 ] | Кот | 94.2 | XP_003997399 | 62.0% | 481 | ПРЕДСКАЗАН: альфа-1B-гликопротеин |
Лошадь лошадь [ 30 ] | Лошадь | 97.4 | XP_001495344 | 58.0% | 568 | ПРЕДСКАЗАН: альфа-1B-гликопротеиноподобный |
Локсодонта африканская [ 31 ] | Африканский кустарниковый слон | 104.7 | XP_003406722 | 61.0% | 520 | ПРЕДСКАЗАН: альфа-1B-гликопротеиноподобный |
Паралоги
[ редактировать ]не Для гликопротеина альфа-1В паралоги обнаружены. [ 32 ]
Гомологические домены
[ редактировать ]Первоначальное выравнивание гликопротеина альфа-1B с помощью NCBI Blast показывает, что белок в основном состоит из трех доменов иммуноглобулина . [ 33 ] Существует большой сегмент аминокислот от положения 297 до 400, который, как показано, не является доменом иммуноглобулина. Однако выравнивание NCBI BLAST только аминокислот от 297 до 400 показывает, что последняя последовательность действительно является четвертым доменом иммуноглобулина. [ 34 ] В конечном счете, гликопротеин альфа-1B, по-видимому, в основном состоит из четырех доменов иммуноглобулина.
Клиническое значение
[ редактировать ]Стероидорезистентный нефротический синдром
[ редактировать ]Уровень альфа-1-гликопротеина повышается в 11 раз в моче у пациентов со стероидрезистентным нефротическим синдромом . [ 35 ] A1BG присутствовал у 7 из 19 пациентов со СРНС и отсутствовал у всех пациентов со стероидчувствительным нефротическим синдромом. [ 35 ] Фрагмент A1BG массой 13,8 кДа обладал высокой дискриминационной способностью в отношении стероидорезистентности при детском нефротическом синдроме, но присутствует только у части пациентов. [ 35 ]
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Перейти обратно: а б с GRCh38: Версия Ensembl 89: ENSG00000121410 – Ensembl , май 2017 г.
- ^ Перейти обратно: а б с GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000022347 – Ensembl , май 2017 г.
- ^ «Ссылка на Human PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
- ^ «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
- ^ «Ген Энтреза: гликопротеин Альфа-1-В» . Проверено 9 ноября 2012 г.
- ^ Тянь М., Цуй Ю.З., Сун Г.Х., Цзун М.Дж., Чжоу XY, Чэнь Ю., Хань JX (2008). «Протеомный анализ идентифицирует MMP-9, DJ-1 и A1BG как сверхэкспрессированные белки в соке поджелудочной железы у пациентов с аденокарциномой протоков поджелудочной железы» . БМК Рак . 8 : 241. дои : 10.1186/1471-2407-8-241 . ПМК 2528014 . ПМИД 18706098 .
- ^ Перейти обратно: а б «Гликопротеин A1BG альфа-1-В» . Проверено 10 мая 2013 г.
- ^ Перейти обратно: а б с д «Профиль EST — Hs.529161» . ЮниДжин . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США . Проверено 11 мая 2013 г.
- ^ Перейти обратно: а б с д «АсеВью: A1BG» . Проверено 11 мая 2013 г.
- ^ Перейти обратно: а б Брендель В., Бухер П., Нурбахш И.Р., Блейсделл Б.Е., Карлин С. (март 1992 г.). «Методы и алгоритмы статистического анализа белковых последовательностей» . Учеб. Натл. акад. наук. США . 89 (6): 2002–6. Бибкод : 1992PNAS...89.2002B . дои : 10.1073/pnas.89.6.2002 . ПМК 48584 . ПМИД 1549558 .
- ^ Кимер Л., Бендцен Дж.Д., Блом Н. (апрель 2005 г.). «NetAcet: предсказание сайтов N-концевого ацетилирования» . Биоинформатика . 21 (7): 1269–70. doi : 10.1093/биоинформатика/bti130 . ПМИД 15539450 .
- ^ Йохансен М.Б., Кимер Л., Брунак С. (сентябрь 2006 г.). «Анализ и прогнозирование гликирования белков млекопитающих» . Гликобиология . 16 (9): 844–53. CiteSeerX 10.1.1.128.831 . дои : 10.1093/гликоб/cwl009 . ПМИД 16762979 .
- ^ ла Кур Т., Кимер Л., Мёлгаард А., Гупта Р., Скривер К., Брунак С. (июнь 2004 г.). «Анализ и прогноз сигналов ядерного экспорта, богатых лейцином» . Белок англ. Дес. Сел . 17 (6): 527–36. дои : 10.1093/протеин/gzh062 . ПМИД 15314210 . Проверено 10 мая 2013 г.
- ^ Гупта, Р. «Прогнозирование сайтов N-гликозилирования в белках человека» . Проверено 10 мая 2013 г.
- ^ Хиггинс Д.Г., Блисби А.Дж., Фукс Р. (апрель 1992 г.). «CLUSTAL V: улучшенное программное обеспечение для множественного выравнивания последовательностей». Вычислить. Прил. Биосци . 8 (2): 189–91. дои : 10.1093/биоинформатика/8.2.189 . ПМИД 1591615 .
- ^ Юлениус, Карин (2007). «NetCGlyc1.0: Прогнозирование сайтов C-маннозилирования млекопитающих» . Гликобиология . 17 (8): 868–876. дои : 10.1093/гликоб/cwm050 . ПМИД 17494086 . Проверено 10 мая 2013 г.
- ^ Удби Л., Соренсен О.Э., Пасс Дж., Джонсен А.Х., Берендт Н., Боррегаард Н., Кьельдсен Л. (октябрь 2004 г.). «Богатый цистеином секреторный белок 3 является лигандом альфа1B-гликопротеина в плазме человека». Биохимия . 43 (40): 12877–86. дои : 10.1021/bi048823e . ПМИД 15461460 .
- ^ Ши, Вэй; Шэн, Синьлей; Дорр, Керри М.; Хаттон, Джозайя Э.; Эмерсон, Джеймс И.; Дэвис, Хейли А.; Андраде, Тиа Д.; Уоссон, Лорен К.; Греко, Тодд М.; Хашимото, Ютака; Федершпиль, Джоэл Д. (октябрь 2021 г.). «Сердечная протеомика выявляет зависящие от половых хромосом различия между мужчинами и женщинами, которые возникают до образования гонад» . Развивающая клетка . 56 (21): 3019–3034.e7. дои : 10.1016/j.devcel.2021.09.022 . ПМК 9290207 . PMID 34655525 .
- ^ «Результаты NCBI Blast для последовательности белка A1BG» . Проверено 11 мая 2013 г.
- ^ «Древо времени» .
- ^ «гликопротеин альфа-1-В [Homo sapiens]» . Проверено 11 мая 2013 г.
- ^ «ПРОГДАНО: изоформа 4 альфа-1B-гликопротеина [пантроглодиты]» . НКБИ . Проверено 10 мая 2013 г.
- ^ «ПРОГДАНО: альфа-1B-гликопротеин [Pan paniscus]» . Проверено 11 мая 2013 г.
- ^ «ПРОГДАНО: альфа-1В-гликопротеин» . Проверено 10 мая 2013 г.
- ^ «Отправить: ПРЕДСКАЗАННО: изоформа 1 альфа-1B-гликопротеина [Pongo abelii]» . Проверено 11 мая 2013 г.
- ^ «гипотетический белок EGK_11172, частичный [Macaca mulatta]» . Проверено 11 мая 2013 г.
- ^ «ПРОГДАНО: альфа-1B-гликопротеин [Callithrix jacchus]» . Проверено 11 мая 2013 г.
- ^ «Предшественник альфа-1B-гликопротеина [Mus musculus]» . Проверено 11 мая 2013 г.
- ^ «ПРОГДАНО: альфа-1B-гликопротеин [Felis catus]» . Проверено 11 мая 2013 г.
- ^ «ПРОГДАНО: альфа-1В-гликопротеиноподобный» . Проверено 11 мая 2013 г.
- ^ «ПРОГДАНО: альфа-1В-гликопротеиноподобный [Loxodonta africana]» .
- ^ «Ген A1BG» . Институт науки Вейсмана . Проверено 10 мая 2013 г.
- ^ «Поиск по консервативному домену NCBI» . Проверено 10 мая 2013 г.
- ^ «Взрыв NCBI: белковая последовательность» . Проверено 10 мая 2013 г.
- ^ Перейти обратно: а б с Пияфани Н., Ма К., Кремен О., Чех К., Грейс К., Мицнефес М., Девараджан П., Беннетт М.Р. (июнь 2011 г.). «Открытие и первоначальная проверка фрагментации гликопротеина α 1-B как дифференциального биомаркера мочи при стероидорезистентном нефротическом синдроме у детей» . Протеомика: Клиническое применение . 5 (5–6): 334–42. дои : 10.1002/prca.201000110 . ПМК 7039306 . ПМИД 21591266 .
Внешние ссылки
[ редактировать ]- человека A1BG Расположение генома и страница сведений о гене A1BG в браузере генома UCSC .