Апратаксин

Aptx
Доступные структуры
PDB	Поиск ортолога: PDBE RCSB
showСписок кодов идентификаторов PDB
	3KT9, 4NDF, 4NDG, 4NDH, 4NDI
Идентификаторы
Aliases	APTX, AOA, AOA1, AXA1, EAOH, EOAHA, FHA-HIT, aprataxin
External IDs	OMIM: 606350; MGI: 1913658; HomoloGene: 41634; GeneCards: APTX; OMA:APTX - orthologs
showGene location (Human)
Chr.	Chromosome 9 (human)
End	33,025,168 bp
showGene location (Mouse)
Chr.	Chromosome 4 (mouse)
End	40,703,194 bp
showRNA expression pattern
	Top expressed in
	epithelium of colon; ; islet of Langerhans; ; gonad; ; skin of leg; ; right adrenal cortex; ; skin of abdomen; ; stromal cell of endometrium; ; left adrenal gland; ; right uterine tube; ; mucosa of transverse colon;
	Top expressed in
	seminiferous tubule; ; spermatid; ; neural layer of retina; ; morula; ; ventricular zone; ; superior frontal gyrus; ; granulocyte; ; ganglionic eminence; ; muscle of thigh; ; neural tube;
	More reference expression data
	More reference expression data
showGene ontology
Molecular function	DNA binding; protein N-terminus binding; polynucleotide 3'-phosphatase activity; chromatin binding; metal ion binding; damaged DNA binding; phosphoprotein binding; protein binding; phosphoglycolate phosphatase activity; catalytic activity; double-stranded RNA binding; double-stranded DNA binding; hydrolase activity; DNA 5'-adenosine monophosphate hydrolase activity; nucleic acid binding; DNA-3'-diphospho-5'-guanosine diphosphatase; single-stranded DNA binding; mismatched DNA binding; single-strand break-containing DNA binding;
Cellular component	cytoplasm; chromatin; nucleolus; nucleus; nucleoplasm;
Biological process	regulation of protein stability; cellular response to DNA damage stimulus; DNA ligation; double-strand break repair; response to hydrogen peroxide; DNA repair; polynucleotide 3' dephosphorylation; nucleic acid phosphodiester bond hydrolysis; single strand break repair; dephosphorylation;
	Sources:Amigo / QuickGO
hideOrthologs
	54840
	66408
	ENSG00000137074
	ENSMUSG00000028411
	Q7Z2E3
	Q7TQC5
showNM_001195248; NM_001195249; NM_001195250; NM_001195251; NM_001195252;
	NM_001195254; NM_017692; NM_175069; NM_175072; NM_175073
	NM_001025444; NM_001025445; NM_025545
showNP_001182177; NP_001182178; NP_001182179; NP_001182180; NP_001182181;
	NP_001182183; NP_778239; NP_778243; NP_001355924; NP_001355925; NP_001355926; NP_001355927; NP_001355928; NP_001355929; NP_001355930; NP_001355931; NP_001355932; NP_001355933; NP_001355934; NP_001355935; NP_001357598; NP_001357599; NP_001357602
	NP_001020615; NP_001020616; NP_079821
	Wikidata
View/Edit Human	View/Edit Mouse

Апратаксин - это белок , который у людей кодируется APTX геном . ^{[ 5 ]}^{[ 6 ]}^{[ 7 ]}

Этот ген кодирует член суперсемейства гистидиновой триады (HIT), некоторые из которых обладают нуклеотидсвязывающей и диаденозин-полифосфатной гидролазой. Кодированный белок может играть роль в одноцепочечной репарации ДНК . Мутации в этом гене были связаны с атаксией -кокулярной апраксией . Для этого гена были идентифицированы множественные варианты транскрипта, кодирующие различные изоформы, однако не было определено полная природа некоторых вариантов. ^{[ 7 ]}

Функция

Aprataxin removes AMP from DNA ends following abortive ligation attempts by DNA Ligase IV during non-homologous end joining, thereby permitting subsequent attempts at ligation.^[8]^[9]

DNA strand breaks

Ataxia oculomotor apraxia-1 is a neurological disorder caused by mutations in the APTX gene that encodes aprataxin.^[10] The neurological disorder appears to be caused by the gradual accumulation of unrepaired DNA strand breaks resulting from abortive DNA ligation events.^[10]

Premature aging

Aptx^−/− mutant mice have been generated, but they lack an obvious phenotype.^[10] Another mouse model was generated in which a mutation of superoxide dismutase I (SOD1) is expressed in an Aptx^−/− mouse.^[11] The SOD1 mutation causes a reduction in transcription recovery following oxidative stress. These mice showed accelerated cellular senescence. This study also demonstrated a protective role of Aptx in vivo and suggested that the loss of Aptx function results in progressive accumulation of DNA breaks in the nervous system, triggering hallmarks of systemic premature aging ^[11] (see DNA damage theory of aging).

Interactions

Aprataxin has been shown to interact with:

References

^ Jump up to: ^a ^b ^c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000137074 – Ensembl, May 2017
^ Jump up to: ^a ^b ^c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000028411 – Ensembl, May 2017
^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
^ Date H, Onodera O, Tanaka H, Iwabuchi K, Uekawa K, Igarashi S, Koike R, Hiroi T, Yuasa T, Awaya Y, Sakai T, Takahashi T, Nagatomo H, Sekijima Y, Kawachi I, Takiyama Y, Nishizawa M, Fukuhara N, Saito K, Sugano S, Tsuji S (Oct 2001). "Early-onset ataxia with ocular motor apraxia and hypoalbuminemia is caused by mutations in a new HIT superfamily gene". Nat Genet. 29 (2): 184–8. doi:10.1038/ng1001-184. PMID 11586299. S2CID 25665707.
^ Moreira MC, Barbot C, Tachi N, Kozuka N, Uchida E, Gibson T, Mendonca P, Costa M, Barros J, Yanagisawa T, Watanabe M, Ikeda Y, Aoki M, Nagata T, Coutinho P, Sequeiros J, Koenig M (Oct 2001). "The gene mutated in ataxia-ocular apraxia 1 encodes the new HIT/Zn-finger protein aprataxin". Nat Genet. 29 (2): 189–93. doi:10.1038/ng1001-189. PMID 11586300. S2CID 23001321.
^ Jump up to: ^a ^b "Entrez Gene: APTX aprataxin".
^ Rass U, Ahel I, West SC (December 2008). "Molecular mechanism of DNA deadenylation by the neurological disease protein aprataxin". J. Biol. Chem. 283 (49): 33994–4001. doi:10.1074/jbc.M807124200. PMC 2662222. PMID 18836178.
^ Reynolds JJ, El-Khamisy SF, Katyal S, Clements P, McKinnon PJ, Caldecott KW (March 2009). "Defective DNA ligation during short-patch single-strand break repair in ataxia oculomotor apraxia 1". Mol. Cell. Biol. 29 (5): 1354–62. doi:10.1128/MCB.01471-08. PMC 2643831. PMID 19103743.
^ Jump up to: ^a ^b ^c Ahel I, Rass U, El-Khamisy SF, Katyal S, Clements PM, McKinnon PJ, Caldecott KW, West SC (2006). "The neurodegenerative disease protein aprataxin resolves abortive DNA ligation intermediates". Nature. 443 (7112): 713–6. Bibcode:2006Natur.443..713A. doi:10.1038/nature05164. PMID 16964241. S2CID 4431045.
^ Jump up to: ^a ^b Carroll J, Page TK, Chiang SC, Kalmar B, Bode D, Greensmith L, Mckinnon PJ, Thorpe JR, Hafezparast M, El-Khamisy SF (2015). "Expression of a pathogenic mutation of SOD1 sensitizes aprataxin-deficient cells and mice to oxidative stress and triggers hallmarks of premature ageing". Hum. Mol. Genet. 24 (3): 828–40. doi:10.1093/hmg/ddu500. PMC 4291253. PMID 25274775.
^ Jump up to: ^a ^b Date H, Igarashi S, Sano Y, Takahashi T, Takahashi T, Takano H, Tsuji S, Nishizawa M, Onodera O (December 2004). "The FHA domain of aprataxin interacts with the C-terminal region of XRCC1". Biochem. Biophys. Res. Commun. 325 (4): 1279–85. doi:10.1016/j.bbrc.2004.10.162. PMID 15555565.
^ Jump up to: ^a ^b ^c Gueven N, Becherel OJ, Kijas AW, Chen P, Howe O, Rudolph JH, Gatti R, Date H, Onodera O, Taucher-Scholz G, Lavin MF (May 2004). "Aprataxin, a novel protein that protects against genotoxic stress". Hum. Mol. Genet. 13 (10): 1081–93. doi:10.1093/hmg/ddh122. PMID 15044383.
^ Клементс PM, Breslin C, Deeks ED, Byrd PJ, Ju L, Bieganowski P, Brenner C, Moreira MC, Taylor AM, Caldecott KW (ноябрь 2004 г.). «Ген-продукт атаксии-окуломоторной апраксии 1 играет роль, отличную от ATM и взаимодействует с белками RESTION DNA LAND LAND XRCC1 и XRCC4». Репарация ДНК (Amst.) . 3 (11): 1493–502. doi : 10.1016/j.dnarep.2004.06.017 . PMID 15380105 .

Дальнейшее чтение

Aicardi J, Barbosa C, Andermann E, et al. (1989). «Атаксио-кокулярная моторная апраксия: синдром, имитирующий атаксию-телагиэктазию». Энн. Неврол . 24 (4): 497–502. doi : 10.1002/ana.410240404 . PMID 3239952 . S2CID 45836910 .
Gascon GG, Abdo N, Sigut D и To. (1995). "Атаксис-окулоторный синдром" J. Child Neurol 10 (2): 118–22. два 10.1177/088307389501000210: 7782601PMID 26080242S2CID
Hannan MA, Sigut D, Waghray M, Gascon GG (1995). «Синдром атаксии-кокулярной моторной апраксии: исследование клеточной радиочувствительности пациентов и их семей» . J. Med. Генет . 31 (12): 953–6. doi : 10.1136/jmg.31.12.953 . PMC 1016697 . PMID 7891378 .
Morethira MC, Barbot C, Tachi N, et al. (2001). «Картографирование гомозиготности португальских и японских форм атаксии-окуломоторной апраксии до 9p13 и доказательства генетической гетерогенности» . Являюсь. J. Hum. Генет . 68 (2): 501–8. doi : 10.1086/318191 . PMC 1235299 . PMID 11170899 .
Бреннер C (2002). «Подсказка, FHIT и GALT: функция, структура, эволюция и механизм трех ветвей суперсемейства гистидиновой триады нуклеотид -гидролаз и трансформасов» . Биохимия . 41 (29): 9003–14. doi : 10.1021/bi025942q . PMC 2571077 . PMID 12119013 .
Shimazaki H, Takiyama Y, Sakoe K, et al. (2002). «Ранняя атаксия с глазной моторной апраксией и гипоалбуминемией: мутации гена апратаксина». Неврология . 59 (4): 590–5. doi : 10.1212/wnl.59.4.590 . PMID 12196655 . S2CID 19576330 .
Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et al. (2003). «Генерация и первоначальный анализ более 15 000 полноразмерных последовательностей кДНК человека и мыши» . Прокурор Нат. Академический Наука США . 99 (26): 16899–903. Bibcode : 2002pnas ... 9916899m . doi : 10.1073/pnas.242603899 . PMC 139241 . PMID 12477932 .
Тренель C, Флери М., Морейра М.К. и соавт. (2004). «Фенотипическая изменчивость мутаций гена апратаксина». Неврология . 60 (5): 868–70. doi : 10.1212/01.wnl.0000048562.88536.a4 . PMID 12629250 . S2CID 29358633 .
Le Ber I, Moresha MC, Rivaud-Péchoux S, et al. (2003). «Атаксия мозжечка с глазовой апраксией тип 1: клинические и генетические исследования» . Мозг . 126 (Pt 12): 2761–72. doi : 10.1093/brain/awg283 . PMID 14506070 .
Sekijima Y, Hashimoto T, Onodera O, et al. (2004). «Тяжелая генерализованная дистония как представление пациента с мутацией гена апротаксина». Монета Расстройство 18 (10): 1198–200. doi : 10.1002/mds.10526 . PMID 14534929 . S2CID 28225863 .
Ota T, Suzuki Y, Nishikawa T, et al. (2004). «Полное секвенирование и характеристика 21 243 полноразмерных человеческих кДНК» . НАТ Генет . 36 (1): 40–5. doi : 10.1038/ng1285 . PMID 14702039 .
Sano Y, Date H, Igarashi S, et al. (2004). «Апратаксин, причинный белок для EAOH представляет собой ядерный белок с потенциальной ролью белка репарации ДНК». Энн. Неврол . 55 (2): 241–9. doi : 10.1002/ana.10808 . PMID 14755728 . S2CID 25338143 .
Gueven N, Becherel OJ, Kijas AW, et al. (2004). «Апратаксин, новый белок, который защищает от генотоксического стресса» . Гул Мол Генет . 13 (10): 1081–93. doi : 10.1093/hmg/ddh122 . PMID 15044383 .
Humphray SJ, Oliver K, Hunt AR, et al. (2004). «Последовательность ДНК и анализ хромосомы человека 9» . Природа . 429 (6990): 369–74. Bibcode : 2004natur.429..369h . doi : 10.1038/nature02465 . PMC 2734081 . PMID 15164053 .
Habeck M, Zühlke C, Bentele KH, et al. (2004). «Мутации апратаксина являются редкой причиной ранней атаксии в Германии». J. Neurol . 251 (5): 591–4. doi : 10.1007/s00415-004-0374-7 . PMID 15164193 . S2CID 20280677 .
Хирано М., Нишиваки Т., Кария С. и др. (2004). «Новые варианты сплайсинга увеличивают молекулярное разнообразие апратаксина, гена, ответственного за раннюю атаксию с глазной моторной апраксией и гипоалбуминемией». Нейроски. Летал 366 (2): 120–5. doi : 10.1016/j.neulet.2004.05.034 . PMID 15276230 . S2CID 37647769 .
Amouri R, Moresha MC, Zouari M, et al. (2005). «Мутации гена апретаксина в тунисских семьях». Неврология . 63 (5): 928–9. doi : 10.1212/01.wnl.0000137044.06573.46 . PMID 15365154 . S2CID 41637052 .
Clements PM, Breslin C, Deeks ED, et al. (2005). «Ген-продукт атаксии-окуломоторной апраксии 1 играет роль, отличную от ATM и взаимодействует с белками RESTION DNA LAND LAND XRCC1 и XRCC4». Репарация ДНК (Amst.) . 3 (11): 1493–502. doi : 10.1016/j.dnarep.2004.06.017 . PMID 15380105 .

Внешние ссылки

[refGRCh38Ensembl-1] Jump up to: ^a ^b ^c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000137074 – Ensembl, May 2017

[refGRCm38Ensembl-2] Jump up to: ^a ^b ^c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000028411 – Ensembl, May 2017

[3] "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.

[4] "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.

[pmid11586299-5] Date H, Onodera O, Tanaka H, Iwabuchi K, Uekawa K, Igarashi S, Koike R, Hiroi T, Yuasa T, Awaya Y, Sakai T, Takahashi T, Nagatomo H, Sekijima Y, Kawachi I, Takiyama Y, Nishizawa M, Fukuhara N, Saito K, Sugano S, Tsuji S (Oct 2001). "Early-onset ataxia with ocular motor apraxia and hypoalbuminemia is caused by mutations in a new HIT superfamily gene". Nat Genet. 29 (2): 184–8. doi:10.1038/ng1001-184. PMID 11586299. S2CID 25665707.

[pmid11586300-6] Moreira MC, Barbot C, Tachi N, Kozuka N, Uchida E, Gibson T, Mendonca P, Costa M, Barros J, Yanagisawa T, Watanabe M, Ikeda Y, Aoki M, Nagata T, Coutinho P, Sequeiros J, Koenig M (Oct 2001). "The gene mutated in ataxia-ocular apraxia 1 encodes the new HIT/Zn-finger protein aprataxin". Nat Genet. 29 (2): 189–93. doi:10.1038/ng1001-189. PMID 11586300. S2CID 23001321.

[entrez-7] Jump up to: ^a ^b "Entrez Gene: APTX aprataxin".

[pmid18836178-8] Rass U, Ahel I, West SC (December 2008). "Molecular mechanism of DNA deadenylation by the neurological disease protein aprataxin". J. Biol. Chem. 283 (49): 33994–4001. doi:10.1074/jbc.M807124200. PMC 2662222. PMID 18836178.

[pmid19103743-9] Reynolds JJ, El-Khamisy SF, Katyal S, Clements P, McKinnon PJ, Caldecott KW (March 2009). "Defective DNA ligation during short-patch single-strand break repair in ataxia oculomotor apraxia 1". Mol. Cell. Biol. 29 (5): 1354–62. doi:10.1128/MCB.01471-08. PMC 2643831. PMID 19103743.

[Ahel-10] Jump up to: ^a ^b ^c Ahel I, Rass U, El-Khamisy SF, Katyal S, Clements PM, McKinnon PJ, Caldecott KW, West SC (2006). "The neurodegenerative disease protein aprataxin resolves abortive DNA ligation intermediates". Nature. 443 (7112): 713–6. Bibcode:2006Natur.443..713A. doi:10.1038/nature05164. PMID 16964241. S2CID 4431045.

[Carroll-11] Jump up to: ^a ^b Carroll J, Page TK, Chiang SC, Kalmar B, Bode D, Greensmith L, Mckinnon PJ, Thorpe JR, Hafezparast M, El-Khamisy SF (2015). "Expression of a pathogenic mutation of SOD1 sensitizes aprataxin-deficient cells and mice to oxidative stress and triggers hallmarks of premature ageing". Hum. Mol. Genet. 24 (3): 828–40. doi:10.1093/hmg/ddu500. PMC 4291253. PMID 25274775.

[pmid15555565-12] Jump up to: ^a ^b Date H, Igarashi S, Sano Y, Takahashi T, Takahashi T, Takano H, Tsuji S, Nishizawa M, Onodera O (December 2004). "The FHA domain of aprataxin interacts with the C-terminal region of XRCC1". Biochem. Biophys. Res. Commun. 325 (4): 1279–85. doi:10.1016/j.bbrc.2004.10.162. PMID 15555565.

[pmid15044383-13] Jump up to: ^a ^b ^c Gueven N, Becherel OJ, Kijas AW, Chen P, Howe O, Rudolph JH, Gatti R, Date H, Onodera O, Taucher-Scholz G, Lavin MF (May 2004). "Aprataxin, a novel protein that protects against genotoxic stress". Hum. Mol. Genet. 13 (10): 1081–93. doi:10.1093/hmg/ddh122. PMID 15044383.

[pmid15380105-14] Клементс PM, Breslin C, Deeks ED, Byrd PJ, Ju L, Bieganowski P, Brenner C, Moreira MC, Taylor AM, Caldecott KW (ноябрь 2004 г.). «Ген-продукт атаксии-окуломоторной апраксии 1 играет роль, отличную от ATM и взаимодействует с белками RESTION DNA LAND LAND XRCC1 и XRCC4». Репарация ДНК (Amst.) . 3 (11): 1493–502. doi : 10.1016/j.dnarep.2004.06.017 . PMID 15380105 .

[1]

[2]

[3]

[4]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[8]

[9]

[10]

[11]

[12]

[13]

[14]