CCDC109B

МКУБ
Идентификаторы
Псевдонимы	MCUB , EMRE, MCUb, CCDC109B, Ccdc109b, спирально-спиральный домен, содержащий 109B, митохондриальная доминантно-негативная бета-субъединица унипортера кальция, доминантно-негативная бета-субъединица митохондриального унипортера кальция
Внешние идентификаторы	МГИ : 1914065 ; Гомологен : 23056 ; GeneCards : MCUB ; ОМА : MCUB — ортологи
showМестоположение гена ( человек )
Chr.	Chromosome 4 (human)
End	109,688,719 bp
showМестоположение гена ( Мышь )
Chr.	Chromosome 3 (mouse)
End	129,763,855 bp
show экспрессии РНК Характер
	Top expressed in
	monocyte; ; germinal epithelium; ; secondary oocyte; ; palpebral conjunctiva; ; granulocyte; ; lymph node; ; appendix; ; gingival epithelium; ; blood; ; Achilles tendon;
	Top expressed in
	lumbar spinal ganglion; ; endothelial cell of lymphatic vessel; ; primary oocyte; ; pituitary gland; ; secondary oocyte; ; stroma of bone marrow; ; trigeminal ganglion; ; calvaria; ; habenula; ; thymus;
	More reference expression data
	n/a
showГенная онтология
Molecular function	uniporter activity; ion channel activity; calcium channel inhibitor activity; calcium channel activity;
Cellular component	membrane; integral component of membrane; intrinsic component of membrane; calcium channel complex; mitochondrion; integral component of mitochondrial inner membrane; uniplex complex; mitochondrial inner membrane;
Biological process	mitochondrial calcium ion homeostasis; ion transport; calcium import into the mitochondrion; calcium ion transport; mitochondrial calcium ion transmembrane transport;
	Sources:Amigo / QuickGO
hideОртологи
	55013
	66815
	ENSG00000005059
	ENSMUSG00000027994
	Q9NWR8
	Q810S1
	НМ_017918
	НМ_001293644 ; НМ_025779
	НП_060388
	НП_001280573 ; НП_080055
	Викиданные
Просмотр/редактирование человека	Просмотр/редактирование мыши

Спирально-спиральный домен, содержащий 109B (CCDC109B), представляет собой потенциальный белок- унипортер кальция , обнаруженный в мембране клеток человека и кодируемый геном CCDC109B . Хотя CCDC109B является трансмембранным белком , неясно, расположен ли он внутри клеточной мембраны или митохондриальной мембраны.

Информация о генах

CCDC109B расположен в районе 4q25 и имеет 128 520 пар оснований длину . CCDC109B содержит восемь экзонов и расположен на положительной цепи четвертой хромосомы. CCDC109B имеет девять вариантов транскрипта вследствие альтернативного сплайсинга . ^{[ 5 ]} Неспайсированная версия этого гена является самым длинным и наиболее распространенным вариантом, обнаруженным в клетках человека, и имеет длину 1298 пар оснований.

Расположение гена CCDC109B на хромосоме 4.

Информация о белке

При трансляции белок CCDC109B состоит из 336 аминокислот и имеет молекулярную массу 39,1 кДа. 3'-конец этого белка высококонсервативен и содержит домены, имеющие решающее значение для функции белка.

Белковые домены

Домен с неизвестной функцией 607 (DUF607). Функция этого домена в значительной степени неизвестна, хотя он может служить переносчиком кальция, когда CCDC109B образует гомоолигомеры. DUF607 консервативен у ортологов и расположен ближе к 3'-концу этого белка, хотя DUF607 присутствует на большей части длины белка. ^{[ 6 ]}

Трансмембранная область: CCDC109B содержит две трансмембранные области, расположенные внутри DUF607, что делает его многопроходным мембранным белком. Поскольку существует две трансмембранные области, как N-конец , так и С-конец расположены на одной стороне мембраны и локализованы на цитозольной стороне клеточной мембраны. ^{[ 6 ]}

Мотив DIME : этот мотив представляет собой полностью консервативную область, обнаруженную во всех ортологах этого белка, внутри DUF607 и между трансмембранными доменами. Мотив DIME представляет собой последовательность из 23 аминокислот, которая имеет последовательность: QxGxLAxLTWWxYSWDIMEPVTYF, где буквы соответствуют фактическому аминокислотному остатку, а «x» представляет аминокислоты, которые не консервативны в этой последовательности. Во всем белке CCDC109B нет других консервативных аминокислотных последовательностей, длина которых превышает три аминокислоты. ^{[ 6 ]} Мотив DIME предполагаемо играет роль в транспорте кальция и, скорее всего, важен для DUF607. ^{[ 7 ]}

Посттрансляционные модификации

Сайты фосфорилирования

Белок CCDC109B содержит несколько вероятных сайтов фосфорилирования по остаткам серина, треонина и тирозина. ^{[ 8 ]}

Сайты фосфорилирования серина: положения аминокислот 77, 213, 315 и 322.
Сайт фосфорилирования треонина: положение аминокислоты 53.
Сайт фосфорилирования тирозина: позиция аминокислоты 274.

Сайт сумойлирования

В CCDC109B имеется один вероятный сайт сумойлирования по аминокислотному остатку 306, который представляет собой лизин. ^{[ 9 ]} Этот остаток высоко консервативен среди ортологов.

Третичная структура

Хотя известно, что CCDC109B является трансмембранным белком, правильная укладка его N-конца и С-конца неясна.

Гомология

CCDC109B демонстрирует сохранение у позвоночных, включая млекопитающих, птиц, рептилий и амфибий. По-видимому, существует некоторая консервация у более ранних организмов, таких как мухи, черви и растения, но процент идентичности очень низок, и эти организмы имеют множество ортологичных структур, которые могут не быть CCDC109B. Ортологи, обнаруженные у организмов, не являющихся позвоночными, также могут фактически быть паралогами CCDC109B, которые все еще имеют некоторую идентичность с CCDC109B.

В таблице ниже показана сохранение CCDC109B среди позвоночных организмов:

Вид Род	Общее название организма	Отличие от людей (MYA) ^{[ 10 ]}	Присоединение белка NCBI	Сходство последовательностей ^{[ 6 ]}	Длина белка
Мудрый человек	Люди	--	НП_060388.2	100%	336
я поставил абелиуса	Орангутан	15.7	XP_002815099	96%	336
Айлуропода меланолеука	Панда	94.2	XP_002929388.1	86%	469
Кот	Домашняя кошка	94.2	XP_003985143.1	86%	333
Ориктолагус куникулюс	Кролик	92.3	XP_002717237.1	83%	325
Знакомая волчья собака	Домашняя собака	94.2	XP_535692.2	82%	337
Бос Телец	Корова	94.1	НП_001068639.1	81%	335
Крицетулюс серый	Хомяк	92.3	XP_003512344.1	79%	348
Мышиная мышца	Мышь	92.3	НП_080055.2	74%	345
Африканская локсодонта	Слон	98.7	XP_003410529.1	74%	428
Петух есть петух	Курица	296	XP_420651.3	63%	345
Анолис Каролинский	Ящерица	296	XP_003221841.1	59%	319
Саркофил harrisii	Тасманийский дьявол	162.6	XP_003772954.1	59%	342
Ксенопус левис	Лягушка	371.2	НП_001087837.1	55%	319

Паралог CCDC109B

CCDC109B имеет единственный паралог в геноме человека . Этот паралог — CCDC109A, более известный как Mitochondrial Calcium Uniporter (MCU). ^{[ 7 ]} MCU расположен во внутренней мембране митохондрии и встречается в виде олигомера , транспортирующего ионы кальция в митохондрии. MCU является важным компонентом митохондриальной мембраны, и подавление MCU прекращает поглощение кальция. Мотив DIME, который также консервативен в CCDC109B, отвечает за поглощение кальция, а мутация в этом регионе ингибирует эту функцию. ^{[ 7 ]} CCDC109B и MCU имеют 43% идентичности, при этом мотив DIME полностью сохраняется.

Профиль выражения

CCDC109B экспрессируется на высоких уровнях в иммунной системе и системе кровообращения. ^{[ 11 ]} CCDC109B экспрессируется в B-клетках , дендритных клетках, T-клетках и естественных клетках-киллерах . Экспрессия CCDC109B отсутствует в жировой ткани человека, надпочечниках, мочевом пузыре, костном мозге, ухе, пищеводе, гортани, паращитовидной железе, гипофизе, селезенке, щитовидной железе, трахеи или тканях пуповины. ^{[ 12 ]}

Роль в болезни

CCDC109B может способствовать развитию ряда заболеваний, включая различные лимфомы и лейкемии. ^{[ 13 ]} Изменения экспрессии CCDC109B также присутствуют при других заболеваниях, таких как глиобластомы , лимфома Дауди Беркитта , мышечная дистрофия Дюшенна , карциномы молочной железы и промиелоцитарный лейкоз HL-60. CCDC109B также может способствовать атопического дерматита развитию кожного и синдрома Джоба . ^{[ 14 ]} Однако механизмы роли CCDC109B в этих заболеваниях неясны и недостаточно изучены в ходе исследований.

Белково-белковое взаимодействие

Транскрипционные факторы

CCDC109B имеет промоторную область, содержащую сайты связывания транскрипционных факторов . Эта промоторная область имеет длину примерно 500 нуклеотидов и расположена непосредственно перед началом трансляции . Известные факторы транскрипции, связывающие CCDC109B, включают: ^{[ 15 ]}

Факторы домена вилочной головки (FKHD)
Факторы миелоидного цинкового пальца 1 (MZF1)
Ген плеоморфной аденомы (PLAG)
C2H2 Факторы транскрипции цинковых пальцев 2 (ZF02)
Семейство транскрипционных факторов SMAD позвоночных (SMAD)
Твист-подсемейство транскрипционных факторов bHLH класса B (HAND)
CCAAT/улучшенный связывающий белок (CEBP)
Ядерный фактор активированных Т-клеток (NFAT)

Клеточные белки

CCDC109B взаимодействует с ZBTB16 , который является с цинковыми пальцами фактором транскрипции и, вероятно, играет роль в деградации белка. Взаимодействие CCDC109B с ZBTB16 определяли с помощью двухгибридного скрининга дрожжей. ^{[ 16 ]} Пока неясно, как CCDC109B взаимодействует с ZBTB16.

Другие белки, с которыми взаимодействует CCDC109B, в настоящее время неизвестны.

Ссылки

^ Перейти обратно: ^а ^б ^с GRCh38: Версия Ensembl 89: ENSG00000005059 – Ensembl , май 2017 г.
^ Перейти обратно: ^а ^б ^с GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000027994 – Ensembl , май 2017 г.
^ «Ссылка на Human PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
^ «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
^ «NCBI AceView CCDC109B» . Проверено 10 октября 2016 г.
^ Перейти обратно: ^а ^б ^с ^д «NCBI ВЗРЫВ» .
^ Перейти обратно: ^а ^б ^с Боман Дж.М., Перокки Ф., Гиргис Х.С., Плованич М., Белчер-Тимме К.А., Санчак Й., Бао XR, Стриттматтер Л., Голдбергер О., Котелянский В., Мутха В.К. (2011). «Интегративная геномика идентифицирует MCU как важный компонент митохондриального унипортера кальция» . Природа . 476 (7360): 341–345. Бибкод : 2011Natur.476..341B . дои : 10.1038/nature10234 . ПМЦ 3486726 . ПМИД 21685886 .
^ «НетФос» .
^ «Программа анализа SUMOPlot» .
^ «Древо времени» .
^ «ГЕОПрофиль CCDC109B» .
^ «НЦБИ ЭСТ» .
^ «Геневестигатор» . Архивировано из оригинала 11 июля 2011 г.
^ Ребане А., Циммерманн М., Ааб А., Баурехт Х., Корек А., Карельсон М. и др. (май 2012 г.). «Механизмы IFN-γ-индуцированного апоптоза кератиноцитов кожи человека у больных атопическим дерматитом» . J Аллергия Клин Иммунол . 129 (5): 1297–1306. дои : 10.1016/j.jaci.2012.02.020 . ПМИД 22445417 .
^ «Геноматикс Эльдорадо» . Архивировано из оригинала 2 декабря 2021 г. Проверено 11 мая 2013 г.
^ «ГенеКардс ZBTB16» .

Внешние ссылки

СМИ, связанные с Ccdc109b , на Викискладе?

[refGRCh38Ensembl-1] Перейти обратно: ^а ^б ^с GRCh38: Версия Ensembl 89: ENSG00000005059 – Ensembl , май 2017 г.

[refGRCm38Ensembl-2] Перейти обратно: ^а ^б ^с GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000027994 – Ensembl , май 2017 г.

[3] «Ссылка на Human PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .

[4] «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .

[NCBI_AceView-5] «NCBI AceView CCDC109B» . Проверено 10 октября 2016 г.

[BLAST-6] Перейти обратно: ^а ^б ^с ^д «NCBI ВЗРЫВ» .

[pmid21685886-7] Перейти обратно: ^а ^б ^с Боман Дж.М., Перокки Ф., Гиргис Х.С., Плованич М., Белчер-Тимме К.А., Санчак Й., Бао XR, Стриттматтер Л., Голдбергер О., Котелянский В., Мутха В.К. (2011). «Интегративная геномика идентифицирует MCU как важный компонент митохондриального унипортера кальция» . Природа . 476 (7360): 341–345. Бибкод : 2011Natur.476..341B . дои : 10.1038/nature10234 . ПМЦ 3486726 . ПМИД 21685886 .

[NetPhos-8] «НетФос» .

[SUMOPlot_Analysis_Program-9] «Программа анализа SUMOPlot» .

[Time_Tree-10] «Древо времени» .

[GEOProfile_CCDC109B-11] «ГЕОПрофиль CCDC109B» .

[NCBI_EST-12] «НЦБИ ЭСТ» .

[Genevestigator-13] «Геневестигатор» . Архивировано из оригинала 11 июля 2011 г.

[14] Ребане А., Циммерманн М., Ааб А., Баурехт Х., Корек А., Карельсон М. и др. (май 2012 г.). «Механизмы IFN-γ-индуцированного апоптоза кератиноцитов кожи человека у больных атопическим дерматитом» . J Аллергия Клин Иммунол . 129 (5): 1297–1306. дои : 10.1016/j.jaci.2012.02.020 . ПМИД 22445417 .

[Genomatix-15] «Геноматикс Эльдорадо» . Архивировано из оригинала 2 декабря 2021 г. Проверено 11 мая 2013 г.

[GeneCards_ZBTB16-16] «ГенеКардс ZBTB16» .

[1]

[2]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]

[ 9 ]

[ 10 ]

[ 11 ]

[ 12 ]

[ 13 ]

[ 14 ]

[ 15 ]

[ 16 ]