РБП3
| РБП3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Идентификаторы | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Псевдонимы | RBP3 , D10S64, D10S65, D10S66, IRBP, RBPI, RP66, ретинол-связывающий белок 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Внешние идентификаторы | Опустить : 180290 ; МГИ : 97878 ; Гомологен : 9261 ; GeneCards : RBP3 ; ОМА : RBP3 — ортологи | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Викиданные | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ретинол-связывающий белок 3, интерстициальный ( RBP3 ), также известный как межфоторецепторный ретиноид-связывающий белок ( IRBP ), представляет собой белок , который у человека кодируется RBP3 геном . [ 5 ] RBP3 Ортологи [ 6 ] были идентифицированы у большинства эвтерий, за исключением тенреков и броненосцев . Горизонтальный перенос генов от бактерий был предложен для объяснения эволюции глаза у хордовых . [ 7 ]
Функция
[ редактировать ]Межфоторецепторный который, как известно , ретиноид -связывающий белок представляет собой крупный гликопротеин, связывает ретиноиды и обнаруживается преимущественно в межфоторецепторном матриксе сетчатки между пигментным эпителием сетчатки (RPE) и фоторецепторными клетками. Считается, что он транспортирует ретиноиды между РПЭ и фоторецепторами, что играет решающую роль в зрительном процессе. [ 8 ] [ 9 ]
Ген
[ редактировать ]Ген IRBP человека имеет длину примерно 9,5 т.п.н. и состоит из четырех экзонов, разделенных тремя интронами . Интроны имеют длину 1,6-1,9 т.п.н. Ген транскрибируется фоторецепторами и клетками ретинобластомы в мРНК длиной примерно 4,3 тыс. оснований, которая транслируется и процессируется в гликозилированный белок массой 135 000 Да.
Структура
[ редактировать ]Аминокислотную последовательность человеческого IRBP можно разделить на четыре смежных домена гомологии с идентичностью 33-38%, что указывает на серию событий дупликации генов. В гене границы этих доменов не определяются экзон-интронными соединениями, как можно было бы ожидать. Первые три домена гомологии и часть четвертого кодируются первым большим экзоном, длина которого составляет 3180 пар оснований. Оставшаяся часть четвертого домена кодируется тремя последними экзонами, длина которых составляет 191, 143 и примерно 740 пар оснований соответственно. [ 5 ]
Приложение
[ редактировать ]Ген rbp3 обычно используется у животных в качестве филогенетического маркера ядерной ДНК . [ 6 ] пионерском исследовании для доказательства монофилии рукокрылых Экзон 1 впервые был использован в . [ 10 ] Затем его использовали для вывода о филогении отрядов плацентарных млекопитающих . [ 11 ] [ 12 ] из основных клад Rodentia и , [ 13 ] Макросцелея , [ 14 ] и приматы . [ 15 ] RBP3 также полезен на более низких таксономических уровнях, например , у муроидных грызунов. [ 16 ] и малагасийские приматы, [ 17 ] на уровне филогеографии у грызунов Geomys и Apodemus , [ 18 ] [ 19 ] и даже для целей идентификации видов хищных животных . [ 20 ]
Обратите внимание, что интрон 1 RBP3 также использовался для исследования филогенетики плоскогривых приматов. [ 21 ]
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Перейти обратно: а б с GRCh38: Версия Ensembl 89: ENSG00000265203 – Ensembl , май 2017 г.
- ^ Перейти обратно: а б с GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000041534 – Ensembl , май 2017 г.
- ^ «Ссылка на Human PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
- ^ «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
- ^ Перейти обратно: а б «Ген Энтрез: ретинол-связывающий белок 3 RBP3, интерстициальный» .
- ^ Перейти обратно: а б «Филогенетический маркер OrthoMaM: ген RBP3, экзон 1» . [ постоянная мертвая ссылка ]
- ^ Каллурая К.А., Вайцель А.Дж., Цу Б.В., Догерти, доктор медицинских наук (18 апреля 2023 г.). «Бактериальное происхождение ключевой инновации в эволюции глаза позвоночных» . Труды Национальной академии наук . 120 (16): e2214815120. Бибкод : 2023PNAS..12014815K . дои : 10.1073/pnas.2214815120 . ISSN 0027-8424 . ПМК 10120077 . ПМИД 37036996 .
- ^ Пенниси Э (10 апреля 2023 г.). «Древний ген, украденный у бактерий, подготовил почву для человеческого зрения» . Наука . дои : 10.1126/science.adi2029 . Проверено 11 апреля 2023 г.
- ^ Кусакабе Т.Г., Такимото Н., Джин М., Цуда М. (октябрь 2009 г.). «Эволюция и происхождение зрительного ретиноидного цикла у позвоночных» . Философские труды Б. 364 (1531): 2897–2910. дои : 10.1098/rstb.2009.0043 . ПМЦ 2781855 . ПМИД 19720652 .
- ^ Стэнхоуп М.Дж., Челюсняк Дж., Си Дж.С., Никерсон Дж., Гудман М. (июнь 1992 г.). «Молекулярный взгляд на эволюцию млекопитающих на основе гена, кодирующего белок, связывающий межфоторецепторный ретиноид, с убедительными доказательствами монофилии летучих мышей». Молекулярная филогенетика и эволюция . 1 (2): 148–60. дои : 10.1016/1055-7903(92)90026-Д . ПМИД 1342928 .
- ^ Стэнхоуп М.Дж., Смит М.Р., Уодделл В.Г., Портер К.А., Шивджи М.С., Гудман М. (август 1996 г.). «Эволюция млекопитающих и ген межфоторецепторного ретиноидсвязывающего белка (IRBP): убедительные доказательства существования нескольких надпорядковых клад». Журнал молекулярной эволюции . 43 (2): 83–92. Бибкод : 1996JMolE..43...83S . дои : 10.1007/BF02337352 . PMID 8660440 . S2CID 25865281 .
- ^ Мэдсен О., Скалли М., Дуади СиДжей, Као DJ, ДеБри Р.В., Адкинс Р., Амрин Х.М., Стэнхоуп М.Дж., де Йонг В.В., Спрингер М.С. (февраль 2001 г.). «Параллельные адаптивные излучения в двух основных кладах плацентарных млекопитающих». Природа . 409 (6820): 610–4. дои : 10.1038/35054544 . ПМИД 11214318 . S2CID 4398233 .
- ^ Хучон Д., Мэдсен О., Сиббальд М.Дж., Амент К., Стэнхоуп М.Дж., Катцефлис Ф., де Йонг В.В., Дузери Э.Дж. (июль 2002 г.). «Филогения грызунов и временные рамки эволюции Glires: данные обширной выборки таксонов с использованием трех ядерных генов» . Молекулярная биология и эволюция . 19 (7): 1053–65. doi : 10.1093/oxfordjournals.molbev.a004164 . ПМИД 12082125 .
- ^ Дуади С.Дж., Кацефлис Ф., Раман Дж., Спрингер М.С., Стэнхоуп М.Дж. (июль 2003 г.). «Сахара как викариантный агент и роль климатических событий миоцена в разнообразии отряда млекопитающих Macroscelidea (слоновые землеройки)» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 100 (14): 8325–30. Бибкод : 2003PNAS..100.8325D . дои : 10.1073/pnas.0832467100 . ПМК 166228 . ПМИД 12821774 .
- ^ Пу С., Дузери Э.Дж. (май 2004 г.). «Филогения приматов, изменения скорости эволюции и время дивергенции: вклад ядерного гена IRBP». Американский журнал физической антропологии . 124 (1): 01–16. дои : 10.1002/ajpa.10322 . ПМИД 15085543 .
- ^ Янса С.А., Векслер М. (апрель 2004 г.). «Филогения муроидных грызунов: взаимоотношения внутри и между основными линиями, определяемые последовательностями генов IRBP». Молекулярная филогенетика и эволюция . 31 (1): 256–76. дои : 10.1016/j.ympev.2003.07.002 . ПМИД 15019624 .
- ^ Хорват Дж.Э., Вайсрок Д.В., Эмбри С.Л., Фиорентино И., Балхофф Дж.П., Каппелер П., Рэй Г.А., Уиллард Х.Ф., Йодер А.Д. (март 2008 г.). «Разработка и применение филогеномного инструментария: раскрытие эволюционной истории лемуров Мадагаскара» . Геномные исследования . 18 (3): 489–99. дои : 10.1101/гр.7265208 . ПМК 2259113 . ПМИД 18245770 .
- ^ Дженовей Х.Х., Гамильтон М.Дж., Белл Д.М., Чемберс Р.Р., Брэдли Р.Д. (2008). «Гибридные зоны, генетическая изоляция и систематика карманных сусликов (род Geomys ) в Небраске» . Дж. Млекопитающее . 89 (4): 826–836. дои : 10.1644/07-мамм-а-408.1 .
- ^ Томодзава М., Сузуки Х. (март 2008 г.). «Тенденция центрального и периферического структурирования в последовательностях митохондриальных и ядерных генов японской лесной мыши Apodemus speciosus». Зоологическая наука . 25 (3): 273–85. дои : 10.2108/zsj.25.273 . ПМИД 18393564 . S2CID 38824060 .
- ^ Оливейра Р., Кастро Д., Годиньо Р., Луикарт Дж., Алвес ПК (июнь 2009 г.). «Идентификация видов с использованием небольшого ядерного гена: применение к симпатрическим диким хищникам Юго-Западной Европы». Консервировать. Жене . 11 (3): 1023–1032. дои : 10.1007/s10592-009-9947-4 . S2CID 21422211 .
- ^ Шнайдер Х., Сампайо И., Харада М.Л., Баррозу К.М., Шнайдер М.П., Челюсняк Дж., Гудман М. (июнь 1996 г.). «Молекулярная филогения обезьян Нового Света (Platyrrini, приматы) на основе двух несвязанных ядерных генов: интрона 1 IRBP и последовательностей эпсилон-глобина». Американский журнал физической антропологии . 100 (2): 153–79. doi : 10.1002/(SICI)1096-8644(199606)100:2<153::AID-AJPA1>3.0.CO;2-Z . ПМИД 8771309 .
Дальнейшее чтение
[ редактировать ]- Фонг С.Л., Фонг В.Б., Моррис Т.А., Кедзи К.М., Bridges CD (март 1990 г.). «Характеристика и сравнительные структурные особенности гена интерстициального ретинол-связывающего белка человека» . Журнал биологической химии . 265 (7): 3648–53. дои : 10.1016/S0021-9258(19)39642-5 . ПМИД 2303470 .
- Альбини А., Тоффенетти Дж., Чжу З., Чадер Г.Дж., Нунан Д.М. (сентябрь 1990 г.). «Гипометилирование промотора и первого экзона межфоторецепторного ретиноидсвязывающего белка (IRBP) связано с экспрессией гена» . Исследования нуклеиновых кислот . 18 (17): 5181–7. дои : 10.1093/нар/18.17.5181 . ПМК 332140 . ПМИД 2402443 .
- Лю Г.И., Ма Д.П., Ян Ю.В., Гэн Л., Чжу С., Баер В. (май 1989 г.). «Интерстициальный ретиноидсвязывающий белок человека. Структура гена и первичная структура» . Журнал биологической химии . 264 (14): 8200–6. дои : 10.1016/S0021-9258(18)83169-6 . ПМИД 2542268 .
- Си Дж.С., Борст Д.Э., Редмонд Т.М., Никерсон Дж.М. (август 1989 г.). «Клонирование кДНК, кодирующих ретиноид-связывающий белок интерфоторецептора человека (IRBP), и сравнение с последовательностями бычьего IRBP» . Джин . 80 (1): 99–108. дои : 10.1016/0378-1119(89)90254-0 . ПМИД 2792773 . S2CID 34897302 .
- Накамура Ю., Латроп М., Брэгг Т., Лепперт М., О'Коннелл П., Джонс С., Лалуэль Дж. М., Уайт Р. (ноябрь 1988 г.). «Расширенная карта генетического сцепления маркеров 10-й хромосомы человека». Геномика . 3 (4): 389–92. дои : 10.1016/0888-7543(88)90133-4 . ПМИД 2907505 .
- Фонг С.Л., компакт-диск Bridges (октябрь 1988 г.). «Внутреннее квадрупликация в структуре интерстициального ретинол-связывающего белка человека, полученная на основе его клонированной кДНК» . Журнал биологической химии . 263 (30): 15330–4. дои : 10.1016/S0021-9258(19)37592-1 . ПМИД 3170584 .
- Лиу Дж.И., Фонг С.Л., Госден Дж., Ван Туинен П., Ледбеттер Д.Х., Кристи С., Раут Д., Бхаттачарья С., Кук Р.Г., Ли Ю. (июль 1987 г.). «Человеческий интерстициальный ретинол-связывающий белок (IRBP): клонирование, частичная последовательность и хромосомная локализация». Соматическая клетка и молекулярная генетика . 13 (4): 315–23. дои : 10.1007/BF01534925 . ПМИД 3455009 . S2CID 20206120 .
- Фонг С.Л., Кук Р.Г., Альварес Р.А., Лиу Г.И., Ландерс Р.А., Бриджес CD (сентябрь 1986 г.). «Гомологии N-концевых последовательностей интерстициальных ретинол-связывающих белков 10 видов позвоночных» . Письма ФЭБС . 205 (2): 309–12. дои : 10.1016/0014-5793(86)80918-8 . ПМИД 3743780 . S2CID 45787370 .
- Редмонд Т.М., Виггерт Б., Роби Ф.А., Чейдер Г.Дж. (ноябрь 1986 г.). «Межвидовая консервация структуры межфоторецепторного ретиноид-связывающего белка. Сходства и различия, выявленные с помощью пептидного картирования и N-концевого секвенирования» . Биохимический журнал . 240 (1): 19–26. дои : 10.1042/bj2400019 . ПМК 1147370 . ПМИД 3827838 .
- Чен Ю, Хоутон Л.А., Бренна Дж.Т., Ной Н. (август 1996 г.). «Докозагексаеновая кислота модулирует взаимодействие межфоторецепторного ретиноидсвязывающего белка с 11-цис-ретиналем» . Журнал биологической химии . 271 (34): 20507–15. дои : 10.1074/jbc.271.34.20507 . ПМИД 8702792 .
- Шоу Н.С., Ной Н. (февраль 2001 г.). «Интерфоторецепторный ретиноид-связывающий белок содержит три сайта связывания ретиноидов». Экспериментальное исследование глаз . 72 (2): 183–90. дои : 10.1006/exer.2000.0945 . ПМИД 11161734 .
- Фольц Д.Р., Най Дж.С. (август 2001 г.). «Гиперфосфорилирование и ассоциация с RBP внутриклеточного домена Notch1». Связь с биохимическими и биофизическими исследованиями . 286 (3): 484–92. дои : 10.1006/bbrc.2001.5421 . ПМИД 11511084 .
- Ховард О.М., Донг Х.Ф., Су С.Б., Каспи Р.Р., Чен X, Плотц П., Оппенгейм Дж.Дж. (июнь 2005 г.). «Аутоантигены передают сигнал через хемокиновые рецепторы: антигены увеита индуцируют миграцию лимфоцитов, экспрессирующих CXCR3 и CXCR5, и незрелых дендритных клеток» . Кровь . 105 (11): 4207–14. дои : 10.1182/кровь-2004-07-2697 . ПМК 1895027 . ПМИД 15713799 .
Внешние ссылки
[ редактировать ]- Запись GeneReviews/NCBI/NIH/UW об обзоре пигментного ретинита
- «Обзор выравнивания кодирующей ДНК и белковых последовательностей маркера RBP3» . OrthoMaM — биологическая база данных маркеров ортологичных млекопитающих .
Эволюционный маркер rbp3 можно найти вместе с филогенией соответствующего гена.
[ постоянная мертвая ссылка ]