TM6SF2
| TM6SF2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Идентификаторы | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Псевдонимы | TM6SF2 , трансмембранная 6 суперсемейство. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Внешние идентификаторы | Омим : 606563 ; MGI : 1933210 ; Гомологен : 77694 ; GeneCards : TM6SF2 ; OMA : TM6SF2 - ортологи | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Викидид | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
TM6SF2 - это трансмембранная 6 суперсемейство 2 человека, который кодирует белок с тем же названием. Этот ген иначе называется KIAA1926. [ 5 ] Его точная функция в настоящее время неизвестна.
Расположение
[ редактировать ]TM6SF2 расположен на хромосоме 19 именно в локусе 19P13.3-P12. Он окружен SUGP1 (белок, содержащий домен, содержащий SURP и G-Patch, который считается ролью в сплайсинге до мРНК [ 5 ] ) и HAPLN4 (белок 4 гиалуронана и протеогликана 4, который связывается с гиалуроновой кислотой и может участвовать в образовании внеклеточного матрикса [ 5 ] ) гены вверх по течению и вниз по течению соответственно. [ 6 ]
Эволюционные аспекты
[ редактировать ]Ортологи
[ редактировать ]TM6SF2 - умеренно консервативный ген. Существуют ортологи в нескольких филах, которые расходились как беспозвоночные. 82 организмы были идентифицированы как имеющие ортологи этого гена. Наиболее далекие ортологи TM6SF2 - в Zebra Fish ( Danio Rerio ) и The Deer Tick ( ixodes Scapularis ). [ 6 ] Ниже приведена сводная таблица некоторых ортологов генов, полученных из базы данных NCBI.
| Научное название | Общее название | Дата дивергенции (MYA) | NCBI [ 6 ] номер доступа | Длина последовательности | Процент личности | Процентное сходство |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Homo Sapiens | Человек | 0 | NP_001001524.2 | 377 | 100 | 100 |
| Пан троглодиты | Шимпанзе | 6.3 | XP_001140342.2 | 377 | 99 | 99 |
| Homo Sapiens | Мышь | 92.3 | XP_003125904 | 378 | 79 | 87 |
| Ceratotherium pub | Южный белый носорог | 94.2 | XP_004422975.1 | 376 | 89 | 92 |
| Козел | Козел | 94.2 | XP_005682141.1 | 343 | 89 | 86 |
| Миотис Davidii | Мышь ушала летучая мышь | 94.2 | XP_006778388.1 | 338 | 86 | 91 |
| Mustela puctorius furo | Домашний хорьк | 94.2 | XP_004760922.1 | 376 | 84 | 89 |
| Викугна Пакос | Альпака | 94.2 | XP_006199087.1 | 376 | 84 | 89 |
| Дом собаки | Собака | 94.2 | XP_852125.1 | 376 | 83 | 89 |
| Orcinus orca | Убийственный кит | 94.2 | XP_004277546.1 | 376 | 82 | 88 |
| Телец Лес | Корова | 94.2 | XP_005208509.1 | 376 | 74 | 80 |
| Африканская Локсодонта | Африканский саванна слон | 98.7 | XP_003413566.1 | 377 | 90 | 93 |
| Аллигатор Mississipiens | Американский аллигатор | 296 | XP_006271093.1 | 346 | 67 | 79 |
| Офиофаг Ханна | Король Кобра | 296 | ETE70999 | 292 | 25.3 | ? |
| Галлус Галлус | Курица | 296 | XP_423447.3 | 374 | 62 | 74 |
| Сокол | Сапсан | 296 | XP_005244205.1 | 376 | 59 | 73 |
| Xenopus tropicalis | Лягушка с западным когтями | 371.2 | XP_004760922.1 | 375 | 58 | 74 |
| Дания Ворс | Рыбок данио | 400.1 | NP_001074130 | 374 | 44.3 | ? |
| Латимерия Чалумна | Колокант | 414.9 | XP_005989673.1 | 327 | 63 | 75 |
| Ixodes Scapularis | Оленьи тика | 782.7 | XP_002406440.1 | 113 | 45.1 | ? |
Паралоги
[ редактировать ]TM6SF1 был идентифицирован как паралог TM6SF2 у людей [ 6 ] о котором мало известно.
Гомологичные области
[ редактировать ]Домен неизвестной функции DUF2781 высоко сохранен в гомологах. DUF2781 принадлежит к семейству PFAM10914 , которое включает нехарактеризованные эукариотические белки, некоторые из которых являются мембранными белками [ 6 ]
МРНК
[ редактировать ]РНК -продукт составляет 1483 пары оснований длиной и сплайсирован альтернативно для получения семи различных изоформ (альтернативные мРНК A - F с формой A наиболее распространены) с различными комбинациями 10 идентифицированных экзонов. [ 7 ] МикроРНА MIR-1343 связывается с 3 'UTR-сайтом, который называется 7mer-M8 (как предсказано TargetScan [ 8 ] ).
Складывающие шаблоны
[ редактировать ]5 'и 3 -' области UTR мРНК показывают некоторую петлю STEM для стабильности. Большая часть этой химии, по -видимому, происходит в 5 -дюймовом регионе, в которой есть три петли STEM по сравнению с 3 -дюймовым регионом только с одним. [ 9 ]
Экзоны и интроны
[ редактировать ]Существует десять разных экзонов , а те, которые выражают, зависят от того, как идет альтернативная сплайсинг. Есть четыре альтернативных участка полиаденилирования . [ 7 ]
Промоторный регион
[ редактировать ]Промотор этого гена вверх по течению и охватывает базы с 19383923 по 19384700 (длиной 778 п.н.) на минусной цепи хромосомы 19. Существует несколько факторов транскрипции, способных связывать эту область промотора, включая белок , связывающий чувствительный элемент, SMAD3 , KLF3 , Egr1 , Sox / sry , pax2 / pax5 [ 10 ] и две области SNP также были идентифицированы. [ 11 ] Прогнозируемые факторы транскрипции, которые будут связывать промотор TM6SF2, предполагают, что этот белок функционирует в росте и регуляции опухоли, а также в определении пола в меньшей степени.
Белок
[ редактировать ]Белок TM6SF2 содержит 377 аминокислот и составляет 42 554 Да, большую с изоэлектрической точкой около 7,7. [ 12 ]
Домены и мотивы
[ редактировать ]Существует домен неизвестной функции, DUF2781 (семейство PFAM10914), охватывающее аминокислоты с 218 по 359 в С-конце белка. [ 6 ] В этом белке девять трансмембранных областей. Первый содержит сигнальный пептид, который в конечном итоге расщепляется после локализации белка в ER. Терминальная последовательность KHHQ - это сигнал удержания эндоплазматической ретикулумы. [ 13 ]
Вторичная структура
[ редактировать ]Несколько альфа -спиралей и бета -нити образуются зрелым белком с тринадцатью спиралями (включая трансмембранные спирали) и пятнадцать бета -листов . предсказали [ 14 ]
Структура 3 ° и 4 °
[ редактировать ]Группы белков в этом белке не обязательно взаимодействуют таким образом, чтобы образовать третичные и четвертичные структуры. Предполагается, что присутствующие цистеины не образуют стабильные дисульфидные связи . [ 15 ]
Посттрансляционные модификации
[ редактировать ]Идут две основные посттрансляционные модификации; Фосфорилирование в сайтах тирозина, серина и триптофана и два сайта сумоилирования с низкой вероятностью. [ 16 ]
Расходы выражения
[ редактировать ]У людей экспрессия TM6SF2 была задокументирована на стадии взрослых только специально в кишечнике и печени в умеренных количествах, а также эмбриональной ткани и яичнике на низких уровнях. Другие источники указывают на экспрессию в мозге, легких, яичке, желудке, сердце, толстой кишке, почек и жировой ткани. [ 17 ]
Исследования субклеточной локализации белка с конфокальной микроскопией показали, что TM6SF2 локализуется в эндоплазматическом ретикулуме и промежуточной компартменте ER-Golgi клеток печени человека. [ 18 ]
Белковые взаимодействия
[ редактировать ]До настоящего времени не было установлено никаких известных белковых взаимодействий. [ 19 ] [ 20 ] [ 21 ]
Клиническое значение
[ редактировать ]В исследовании, в котором использовались готовые наборы для прогнозирования отторжения сердечного аллотрансплантата с использованием только периферической крови, отторжение трансплантата было связано со снижением уровня экспрессии TM6SF2, наряду с другими генами. [ 22 ]
Вариант вызывает гена TM6SF2 восприимчивость к неалкогольной жировой заболеванию печени из -за нарушения продукции липопротеинов (LLDL) с очень низкой плотностью. [ 23 ]
Ингибирование TM6SF2 было связано с пониженной секрецией липопротеинов, богатых TG (TRL) и повышенной концентрацией клеточной TG и содержанием липидных капель, тогда как сверхэкспрессия TM6SF2 снижала стеатоз печени. TM6SF2 является регулятором метаболизма жира в печени с противоположным воздействием на секрецию TRL и содержания липидов в печени. [ 18 ]
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Подпрыгнуть до: а беременный в GRCH38: Ensembl Release 89: ENSG00000213996 - ENSEMBL , май 2017 г.
- ^ Подпрыгнуть до: а беременный в GRCM38: Ensembl Release 89: Ensmusg00000036151 - Ensembl , май 2017 г.
- ^ «Человеческая PubMed ссылка:» . Национальный центр информации о биотехнологии, Национальная медицина США .
- ^ «Мышь Pubmed ссылка:» . Национальный центр информации о биотехнологии, Национальная медицина США .
- ^ Подпрыгнуть до: а беременный в GeneCards® Сайт базы данных человека https://www.genecards.org/
- ^ Подпрыгнуть до: а беременный в дюймовый и фон Национальный центр информации о биотехнологии, веб -сайт Национальной библиотеки медицины США https://www.ncbi.nlm.nih.gov/
- ^ Подпрыгнуть до: а беременный Национальный центр информации о биотехнологии, веб -сайт Национальной медицины США. AceView Program. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ieb/research/acembly/
- ^ Agarwal V, Bell GW, Nam JW, Bartel DP (август 2015). «Прогнозирование эффективных микроРНК -целевых сайтов в мРНК млекопитающих» . элиф . 4 : E05005. doi : 10.7554/elife.05005 . PMC 4532895 . PMID 26267216 .
- ^ Mfold Web Server: 1995-2014, Michael Zuker & Nick Markham, © Rensselaer Polytechnic Institute. Устроенный Институтом РНК, Колледж искусств и наук, Государственный университет Нью -Йорка в Олбани. http://mfold.rna.albany.edu/?q=mfold/rna-Folding-Form
- ^ Genomatix Gene2promoter Program. http://www.genomatix.de/ Архивировано 2021-12-02 на машине Wayback
- ^ Национальный центр биотехнологической информации, веб -сайт Национальной медицины США. SNP: Программа в Женеву. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/snp/
- ^ Сан -Диего Супер компьютер (SDSC) Biology Workbench Online программа. Программа оценки белка SAPS. http://workbench.sdsc.edu/
- ^ Петерсен Т.Н., Брунак С., фон Хейне Г., Нильсен Х (сентябрь 2011 г.). «SignalP 4.0: различающие сигнальные пептиды из трансмембранных областей» . Природные методы . 8 (10): 785–6. doi : 10.1038/nmeth.1701 . PMID 21959131 . S2CID 16509924 .
- ^ Сан -Диего Супер компьютер (SDSC) Biology Workbench Online программа. Чофас программа.
- ^ Программа DINULFIND: CERONI, A. Casherini, A. Vullo и P. Frasconi. Диульфинд: дисульфидное состояние связывания и сервер прогнозирования подключения цистеина, исследования нуклеиновых кислот, 34 (проблема веб-сервера): W177-w181, 2006. http://disulfind.dsi.unifi.it/
- ^ Распространенный портал ресурсов биоинформатики. Протеомический инструмент. http://expasy.org/proteomics
- ^ Национальный центр биотехнологической информации, веб -сайт Национальной медицины США. Гео профили. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geoprofiles
- ^ Подпрыгнуть до: а беременный Махдессиан Х., Таксиархис А., Попов С., Сильвейра А., Франко-Эрецида А., Хамстен А., Эрикссон П., Ван'т Хофт Ф. (июнь 2014 г.). «TM6SF2 является регулятором метаболизма жира в печени, влияющей на секрецию триглицеридов и содержание липидов печени» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 111 (24): 8913–8. Bibcode : 2014pnas..111.8913m . doi : 10.1073/pnas.1323785111 . PMC 4066487 . PMID 24927523 .
- ^ Как программа "База данных Mint" . Архивировано из оригинала на 2006-05-06 . Получено 2011-05-09 .
- ^ Интактная программа http://www.ebi.ac.uk/intact/
- ^ Программа строки http://string.embl.de/
- ^ США Патентное ведомство. Предикторы отторжения трансплантации, определяемые профилированием экспрессии гена периферической крови. Номер публикации; US8053182 B2. Тип публикации; Грант Номер заявки; США 10/587 569. Номер PCT; PCT/US2005/002697. Дата публикации; 8 ноября 2011 года. Изобретатели; Томас Каппола, Джонатан А. Эпштейн.
- ^ Kozlitina J, Smagris E, Stender S, Nordestgaard BG, Zhou HH, Tybjærg-Hansen A, Vogt TF, Hobbs HH, Cohen JC (апрель 2014 г.). «Исследование ассоциации по всему экзоме идентифицирует вариант TM6SF2, который дает восприимчивость к неалкогольной жировой болезни печени» . Природа генетика . 46 (4): 352–6. doi : 10.1038/ng.2901 . PMC 3969786 . PMID 24531328 .