C11orf97
| C11orf97 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Идентификаторы | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Псевдонимы | C11ORF97 , LINC01171, Хромосома 11 Открытая рамка считывания 97 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Внешние идентификаторы | MGI : 1916575 ; Гомологен : 75283 ; GeneCards : C11orf97 ; OMA : C11ORF97 - Ортологи | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Wikidata | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C11ORF97 , или хромосома 11 открытого считывания 97, является белком, который у людей кодируется геном C11ORF97. [ 5 ] Предполагается, что он локализуется в цитоплазме и играет роль в ресничном базальном организме. [ 6 ] Основываясь на его белковом взаимодействиях, считается, что он играет роль в синдроме Льерре и печеночной коме . [ 7 ]
Ген
[ редактировать ]Ген человека C11orf97 составляет 19 663 балла, включая все интроны, охватывающей позицию 94 512 461 до 94 532 123. [ 8 ] Он обнаруживается на длинной руке хромосомы 11 при 11Q21, с ориентацией плюс пряди. [ 8 ] У Human C11orf97 есть только один известный вариант. [ 8 ]
транскрипт мРНК
[ редактировать ]
Выражение
[ редактировать ]Human C11ORF97 expression is seen in many tissues, however, it is mainly seen in the lungs and the brain.[9][10] According to Human Protein Atlas, the consensus dataset for RNA tissue specificity on C11ORF97 shows six different parts of the brain having some of the highest expression, stating that the enriched groups are brain, choroid plexus, fallopian tube, and lung.[11] According to The Human Protein Atlas, human C11ORF97 RNA tissue specificity was highest in different parts of the brain, as well as the lungs. Although it was high in testes, this is most likely not significant to this gene.[12]
Protein
[edit]Features
[edit]The one variant of C11ORF97 produced in humans is 126 amino acids in length, and a predicted weight of 13.9 kDa.[5][13] It has an isoelectric point of pH 9.87.[14] It has no transmembrane regions, and no domains of unknown functions. The amino acid composition from SAPS tool shows that there is enriched G and R, and highly lessened S, T, D, and F amino acids.[15]
Subcellular localization
[edit]Human C11ORF97 expected localization is in the cytoplasm, with a score of 0.5188, according to DeepLoc.[16] The following tools produced no results when searching for C11ORF97 localization: NetNES, SignalP, TatP, or Human Protein Atlas. A nuclear localization signal, as well as a nuclear export signal was found, suggesting that C11ORF97 most likely has a role in the nucleus, and is then exported to the cytoplasm.
Structure
[edit]
The tertiary structure was viewed through AlphaFold, i-TASSER and annotated with NCBI's iCN3D tool.[17][18] These results are shown in the figures to the right, all of them include similar, or near identical features—two alpha helices and no beta sheets.
The C-scores for the 5 i-TASSER models, in order, are -3.59, -4.88, -5.00, -4.47, and -5.00. Thus, the first structure in this figure has the most confidence compared to the other four predicted structures.
Function
[edit]Protein-protein interactions
[edit]There were only a couple protein-protein interactions found for human C11ORF97, with a medium or higher confidence threshold.[19]
| Name | Full Name | Score | Identification | Description |
|---|---|---|---|---|
| MORN2 | MORN repeat-containing protein 2 | 0.693 | Textmining | Predicted to be involved in cell differentiation and spermatogenesis. Associated with Lemierre’s Syndrome and Hepatic Coma. |
| CRACR2A | Calcium release activated channel regulator 2A | 0.583 | Textmining | Enables GTPase activity and calcium ion binding. Involved in activation of store-operated calcium channel activity and store-operated calcium entry. |
Post-translational modifications
[edit]
There are many post-translational modifications found in Human C11ORF97, many of which are conserved in orthologs. There are many phosphorylation sites, as well as a SUMOinteraction and sumoylation site, and others.[20] These types post-translational modifications have various functions, and can play a role in cell growth and proliferation. A more detailed description is seen in the illustration to the right.
Homology and evolution
[edit]Human C11ORF97 protein is found in vertebrates and invertebrates. It is found in the following vertebrates: mammals, birds, reptiles, amphibians, and fish. Human C11ORF97 seems to have first appeared in invertebrates 686 million years ago. All of the comparisons are seen in Table 2 below. An unrooted phylogenetic tree is also provided, showing the predicted likelihood of how the orthologs for this gene are related.[21] Multiple sequence alignments for strict and distant orthologs are also provided as figures. The codes for the 3 letter abbreviations are the same between figures.
| группа | Род, виды | Общее название | Таксономическая группа | Дата дивергенции (MYA) | номер доступа | Длина последовательности (AA) | идентичность последовательности (%) | Сходство последовательности (%) |
| Млекопитающие | Homo Sapiens | человек | Приматы | 0 | NP_00117391.1 | 126 | 100 | 100 |
| Homo Sapiens | мышь | Роденция | 87 | NP_083582.2 | 121 | 71.4 | 77 | |
| AILUROPODA MELANOLEUCA | Гигантская панда | Хищник | 94 | XP_019648185.2 | 127 | 84.3 | 88.2 | |
| Miniopterus natalensis | Натальная длинная летучая мышь | Chiroptera | 94 | XP_016062178.1 | 97 | 47.2 | 50 | |
| Птица | Apteryx rowi | Окарито Браун Киви | Apterygiformes | 319 | XP_025927683 | 125 | 42.8 | 54.5 |
| Тинамус Гуттатус | Белый тинаму | Tinamiformes | 319 | XP_010210901.1 | 120 | 34.2 | 49 | |
| Apus apus | Обыкновенный Свифт | Аподиформ | 319 | XP_051500140 | 121 | 33.8 | 45.8 | |
| Галлус Галлус | курица | Галлеформ | 319 | XP_040517768.1 | 264 | 20.1 | 28.6 | |
| Рептилии | Terrapene Carolina Triunguis | Трехточатая коробка черепаха | Черепахи | 319 | XP_024064440.1 | 118 | 46.8 | 54.7 |
| Раффингей обрезка | Эолийская настенная ящерица | Шкалы | 319 | XP_053241613.1 | 121 | 42.7 | 52.4 | |
| Трикультура Тигрис | Тигр гремучая змея | Шкалы | 319 | XP_039205026.1 | 133 | 40 | 53.8 | |
| Каретта Каретта | Loggerhead-Turtle | Черепахи | 319 | XP_048699259.1 | 130 | 38.8 | 46.2 | |
| Амфибии | Rhinatrema bivittatum | Двухстановленный Caecilian | Гимнофона | 352 | XP_029458218.1 | 149 | 26.6 | 36.2 |
| Geotrypetes seraphini | Габун Цецильс | Гимнофона | 352 | XP_033805672.1 | 185 | 21.8 | 30.1 | |
| Хила Сарда | Сардинская лягушка | Приносит | 352 | XP_056417471.1 | 184 | 19 | 27.5 | |
| Xenopus laevis | Африканская когтяная лягушка | Приносит | 352 | OCT93259.1 | 167 | 18 | 28.6 | |
| Рыба | Leaucora herucaacea | Маленький катание | Раджиформ | 462 | XP_055493278.1 | 144 | 19.8 | 30.5 |
| Пакет Pedinata | Рыба с маленькими зубами | Pristiformes | 462 | XP_051882720.1 | 77 | 19.5 | 35.9 | |
| Беспозвоночные | Халиотис Руфесенс | Красный убалон | Veetisto | 686 | XP_046353937.1 | 139 | 16.7 | 26.9 |
| Gigantopelta Aegis | глубокая морская улитка | Неомфалин | 686 | XP_041350579.1 | 154 | 15.8 | 23 |
Паралоги
[ редактировать ]Не было найдено никаких паралогов для белка C11ORF97 человека.
Клиническое значение/патология
[ редактировать ]Основываясь на его белковом взаимодействиях, он предсказывается, что он будет играть роль в синдроме Льерре и печеночной коме . [ 7 ] Также было обнаружено, что C11ORF97 тесно связан с цилиарным движением, который наблюдается через несколько опубликованных документов. [ 22 ] [ 23 ] C11ORF97 также был упомянут в опубликованной статье, которая касалась респираторных заболеваний, Covid-19. [ 24 ]
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Jump up to: а беременный в GRCH38: Ensembl Release 89: ENSG00000257057 - ENSEMBL , май 2017 г.
- ^ Jump up to: а беременный в GRCM38: Ensembl Release 89: Ensmusg00000031927 - Ensembl , май 2017 г.
- ^ «Человеческая PubMed ссылка:» . Национальный центр информации о биотехнологии, Национальная медицина США .
- ^ «Мышь Pubmed ссылка:» . Национальный центр информации о биотехнологии, Национальная медицина США .
- ^ Jump up to: а беременный «Нехарактеризованный белок C11orf97 [Homo sapiens]» . Национальный центр биоинформатики (NCBI) .
- ^ "C11ORF97" . NextProt . SIB Швейцарский институт биоинформатики . Получено 2023-12-07 .
- ^ Jump up to: а беременный «Болезни - утро2» . Болезнь.jensenlab.org . Получено 2023-12-07 .
- ^ Jump up to: а беременный в «C11ORF97 Хромосома 11 Открытая кадр считывания 97 [Homo Sapiens (Human)] - ген» . Национальный центр биоинформатики (NCBI) . Национальная библиотека медицины США . Получено 2023-12-07 .
- ^ Fagerberg L, Hallström BM, Oksvold P, Kampf C, Jureinovic D, Odeberg J, et al. (Февраль 2014 г.). «Анализ тканевой экспрессии человека с помощью генома интеграции транскриптомики и протеомики на основе антител» . Молекулярная и клеточная протеомика . 13 (2): 397–406. doi : 10.1074/mcp.m113.035600 . PMC 3916642 . PMID 24309898 .
- ^ Дафф Мо, Олсон С., Вей Х, Гаррет С.К., Осман А., Болисетти М. и др. (Май 2015). «Обще геном идентификация нулевой нуклеотидной рекурсивного сплайсинга у дрозофилы» . Природа . 521 (7552): 376–379. Bibcode : 2015natur.521..376d . doi : 10.1038/nature14475 . PMC 4529404 . PMID 25970244 .
- ^ «Экспрессия ткани C11ORF97 - резюме» . Атлас белка человека . Получено 2023-12-07 .
- ^ «Экспрессия ткани C11ORF97 - резюме» . Атлас белка человека . Получено 2023-12-16 .
- ^ "CK097_HUMAN" . Uniprot . A0A1B0GVM6 . Получено 2023-12-07 .
- ^ «Изоэлектрическая точка белка» . www.bioinformatics.org . Получено 2023-12-07 .
- ^ «SAPS <Статистика последовательности <embl-ebi» . www.ebi.ac.uk. Получено 2023-12-07 .
- ^ "DeepLoc 2.0" . DTU Health Tech - биоинформационные услуги . Получено 2023-12-07 .
- ^ "I-Tasser Results" . zhanggroup.org . Получено 2023-12-07 .
- ^ «ICN3D: веб-3D-структура просмотра» . Национальный центр биоинформатики (NCBI) . Национальная библиотека медицины США . Получено 2023-12-07 .
- ^ «C11orf97 белок (человек)» . Сеть взаимодействия строк . Получено 2023-12-16 .
- ^ «GPS-Sumo: прогнозирование сайтов Sumoylation и мотивов SUMO-Interacting» . sumo.biocuckoo.cn . Получено 2023-12-16 .
- ^ "Филогения FR" .
- ^ Stauber M, Boldt K, Wrede C, Weidemann M, Kellner M, Schuster-Gossler K, et al. (Сентябрь 2017). «1700012B09RIK, эффекторный ген FoxJ1, активный в ресничных тканях мыши, но не существенный для подвижного килиогенеза». Биология развития . 429 (1): 186–199. doi : 10.1016/j.ydbio.2017.06.027 . PMID 28666954 .
- ^ Merlino J (2022). «Роль первичного реснички в перекрестных помех между ожирением и раком» . cdr.lib.unc.edu . doi : 10.17615/gqs5-kz52 . Получено 2023-12-16 .
- ^ Вастрад Б., Вастрад С, Тенгли А (декабрь 2020 г.). «Биоинформатика анализ значимых генов, родственных путей и диагностических биомаркеров-кандидатов и молекулярных мишеней в SARS-COV-2/Covid-19» . Джин сообщает . 21 : 100956. DOI : 10.1016/j.genrep.2020.100956 . PMC 7854084 . PMID 33553808 .