ТКАИМ
| ТКАИМ | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Идентификаторы | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Псевдонимы | TCAIM , C3orf23, TOAG-1, TOAG1, ингибитор активации Т-клеток, митохондриальный, ингибитор активации Т-клеток, митохондриальный | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Внешние идентификаторы | МГИ : 1196217 ; Гомологен : 45481 ; GeneCards : TCAIM ; OMA : TCAIM — ортологи | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Викиданные | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
TCAIM — это белок , который у человека кодируется TCAIM . геном [ 5 ] [ 6 ] (Ингибитор активации Т-клеток, митохондриальный).
Ген
[ редактировать ]Ген расположен на хромосоме 3 , в положении 3p21.31, и имеет длину 71 333 основания. Графика изображения показана ниже на рис. 1.2. Белок TCAIM имеет длину 496 остатков и весит 57925 Да. Он существует в четырех различных изоформах . TCAIM высококонсервативен среди разных видов, но гомологии с семействами белков с известными функциями обнаружено не было. [ 7 ]
Стенограмма
[ редактировать ]Существует 8 альтернативно сплайсированных экзонов, которые кодируют 4 варианта транскрипта . Первичный транскрипт длиной 3520 п.н. хорошо консервативен среди ортологов, при этом человеческая изоформа 1 имеет высокую идентичность с ортологичными белками. Транскрипт X1 содержит 11 экзонов, которые образуют полипептид длиной 496 аминокислотных остатков. [ 8 ]
Белок
[ редактировать ]Общие свойства
[ редактировать ]| Свойство | Препротеин | Расщепленный белок | Зрелый белок |
|---|---|---|---|
| Длина аминокислоты | 496 | 470 | 470 |
| Изоэлектрическая точка | 8.7 | 8.5 | 8.2-8.6 |
| Молекулярный вес | 58 кдал | 55 кдал | ~55-57 |
Изоэлектрическая точка значительно выше средней для белков человека (6,81). [ 9 ]
Структура
[ редактировать ]Справа показана предсказанная третичная структура белка. Он состоит в основном из длинных альфа-спиралей с несколькими спиральными областями и нитями, разбросанными по всей длине белка. Концы белка состоят из участков спиралей, противоположных N- и С-концевым концам.
Выражение
[ редактировать ]TCAIM умеренно выражен (50-75%) в большинстве тканей организма. [ 10 ] Однако исследование NCBI GEO, в котором обсуждалось влияние болезненных состояний на экспрессию мРНК TCAIM, показало, что экспрессия белка на самом деле повышена в ВПЧ-положительных тканях по сравнению с ВПЧ-отрицательными тканями. Другое исследование показало, что экспрессия TCAIM повышена у людей с диабетом 2 типа и резистентностью к инсулину . Экспрессия TCAIM, по-видимому, зависит от конкретного болезненного состояния в различных случаях. [ 11 ]
Субклеточная локализация
[ редактировать ]Белок содержит митохондриальный сигнальный пептид, локализующий его в митохондриальном матриксе . [ 12 ] Анализ с помощью EXPASY программы локализации [ 13 ] подтвердил этот вывод. Высокая изоэлектрическая точка человеческого белка является дополнительным доказательством митохондриальной локализации из-за высокого pH митохондриального матрикса.
Посттрансляционные модификации
[ редактировать ]Сайты расщепления
[ редактировать ]Белок первоначально расщепляется для удаления 26 аминокислот с N-конца. Это сигнальный пептид после его локализации в митохондриях. [ 12 ]
фосфорилирование
[ редактировать ]Существует ряд предсказанных сайтов фосфорилирования , как показано на рисунке справа. Остатки серина с большей вероятностью подвергаются фосфорилированию, чем остатки треонина или тирозина .
О-связанное гликозилирование
[ редактировать ]Справа показано несколько предсказанных сайтов с o-ссылками . Ни один из них до сих пор не был определен экспериментально. [ когда? ]
Гомология и эволюция
[ редактировать ]Гомологи
[ редактировать ]Сравнивание Homo sapiens TCAIM и Danio rerio (рыбка данио) гомологов проводили с использованием инструментария SDSC. Между двумя ортологами существует примерно 55% идентичности с глобальным показателем выравнивания 1817. Два ортолога последовательно схожи на протяжении всей своей последовательности. Различия между двумя генами обусловлены, казалось бы, случайными сегментами неконсервативных и полуконсервативных остатков, разбросанными по двум выравниваниям. Эта разница может быть связана с несходством между двумя организмами. [ 14 ]
Эволюционная история
[ редактировать ]TCAIM расходился гораздо быстрее, чем цитохром С , но немного медленнее, чем фибриноген . [ 15 ]
Функция
[ редактировать ]известно немного Об этой функции ; предполагается, что этот белок может играть роль в апоптозе Т -клеток . TCAIM может играть роль в передаче сигналов врожденного иммунитета через митохондрии. [ 16 ]
Клиническое значение
[ редактировать ]Исследование было проведено Vogel et al. Ранее они обнаружили, что TCAIM высоко экспрессируется в трансплантатах и тканях пациентов, перенесших трансплантацию, с развивающейся толерантностью и что белок локализован в митохондриях. В этом исследовании они обнаружили, что TCAIM взаимодействует и регулируется дендритными клетками CD11c(+) . [ 16 ] Другая статья Хендриксона и др. el кратко упоминает TCAIM. Они обнаружили, что генетические варианты кодируемых в ядре митохондриальных генов влияют на прогрессирование СПИДа . [ 7 ] Третья статья представляет собой еще одно исследование, которое находит доказательства того, что TCAIM (наряду с митохондриальными генами) может использоваться в качестве маркера у пациентов, чтобы предсказать, смогут ли они принять аллотрансплантат или отклонить его. [ 17 ]
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Перейти обратно: а б с GRCh38: Ensembl выпуск 89: ENSG00000179152 – Ensembl , май 2017 г.
- ^ Перейти обратно: а б с GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000046603 – Ensembl , май 2017 г.
- ^ «Ссылка на Human PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
- ^ «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
- ^ Штраусберг Р.Л., Фейнгольд Э.А., Граус Л.Х., Дерге Дж.Г., Клаузнер Р.Д., Коллинз Ф.С., Вагнер Л., Шенмен К.М., Шулер Г.Д., Альтшул С.Ф., Зееберг Б., Бютов К.Х., Шефер К.Ф., Бхат Н.К., Хопкинс РФ, Джордан Х., Мур Т. , Макс СИ, Ван Дж, Се Ф, Дьяченко Л, Марусина К, Фармер А.А., Рубин Г.М., Хонг Л., Стэплтон М., Соарес М.Б., Бональдо М.Ф., Казавант Т.Л., Шитц Т.Е., Браунштейн М.Дж., Усдин Т.Б., Тошиюки С., Карнинчи П., Пранге С., Раха С.С., Локельяно Н.А., Петерс Г.Дж. , Абрамсон Р.Д., Муллахи С.Дж., Босак С.А., Макьюэн П.Дж., МакКернан К.Дж., Малек Дж.А., Гунаратне П.Х., Ричардс С., Уорли К.С., Хейл С., Гарсия А.М., Гей Л.Дж., Хулик С.В., Виллалон Д.К., Музный Д.М., Содергрен Э.Дж., Лу Х, Гиббс Р.А., Фэйи Дж., Хелтон Е., Кеттеман М., Мадан А. , Родригес С, Санчес А, Уайтинг М, Мадан А, Янг А.С., Шевченко Ю, Буффар Г.Г., Блэйксли Р.В., Тачман Дж.В., Грин ЭД, Диксон М.К., Родригес А.С., Гримвуд Дж., Шмутц Дж., Майерс Р.М., Баттерфилд Ю.С., Крживинский М.И., Скальска Ю., Смаилус Д.Е., Шнерх А., Шейн Дж.Е., Джонс С.Дж., Марра М.А. (декабрь 2002 г.). «Создание и первоначальный анализ более 15 000 полноразмерных последовательностей кДНК человека и мыши» . Proc Natl Acad Sci США . 99 (26): 16899–903. Бибкод : 2002PNAS...9916899M . дои : 10.1073/pnas.242603899 . ПМК 139241 . ПМИД 12477932 .
- ^ «Ген Энтрез: хромосома 3 C3orf23, открытая рамка считывания 23» .
- ^ Перейти обратно: а б Хендриксон С.Л., Лаутенбергер Дж.А., Чинн Л.В., Маласки М., Сезгин Э., Кингсли Л.А., Годерт Дж.Дж., Кирк Г.Д., Гомпертс Э.Д., Бухбиндер С.П., Тройер Дж.Л., О'Брайен С.Дж. (2010). «Генетические варианты кодируемых в ядре митохондриальных генов влияют на прогрессирование СПИДа» . ПЛОС ОДИН . 5 (9): e12862. Бибкод : 2010PLoSO...512862H . дои : 10.1371/journal.pone.0012862 . ПМЦ 2943476 . ПМИД 20877624 .
- ^ «Ингибитор активации Т-клеток TCAIM, митохондриальный [Homo sapiens (человек)] - Ген - NCBI» .
- ^ Козловски, Лукаш П. «Протеом-pI - Статистика базы данных изоэлектрических точек протеома». isoelectricpointdb.org. Проверено 30 апреля 2017 г.
- ^ Улен М. и др., 2015. Тканевая карта протеома человека. Наука PubMed: 25613900 DOI: 10.1126/science.1260419
- ^ "GDS161/RC_N95260_at" .
- ^ Перейти обратно: а б «Ген TCAIM - GeneCards | Белок TCAIM | Антитело TCAIM» .
- ^ «ExPASy: Портал ресурсов SIB по биоинформатике — Категории» .
- ^ Майерс Э.В., Миллер В. (1988). «Оптимальные выравнивания в линейном пространстве». Компьютерные приложения в биологических науках . 4 (1): 11–7. CiteSeerX 10.1.1.107.6989 . дои : 10.1093/биоинформатика/4.1.11 . ПМИД 3382986 .
- ^ «Главная страница браузера генома UCSC» .
- ^ Перейти обратно: а б Фогель С.З., Шликкейзер С., Юрхотт К., Акьюез Л., Шуман Дж., Аппельт С., Фогт К., Шредер М., Вает М., Берберих-Зибельт Ф., Лутц М.Б., Грютц Г., Савицки Б. (2015). «TCAIM снижает способность дендритных клеток к праймированию Т-клеток путем ингибирования TLR-индуцированного притока Ca2+ и продукции IL-2» (PDF) . Журнал иммунологии . 194 (7): 3136–46. doi : 10.4049/jimmunol.1400713 . ПМИД 25750433 .
- ^ Савицки Б., Бушелл А., Стегер У., Джонс Н., Риш К., Зиперт А., Леманн М., Шмитт-Кносалла И., Фогт К., Гебур И., Вуд К., Волк HD (2007). «Идентификация генных маркеров для прогнозирования отторжения или постоянного принятия аллотрансплантата» . Американский журнал трансплантологии . 7 (5): 1091–102. дои : 10.1111/j.1600-6143.2007.01768.x . ПМИД 17456197 . S2CID 20348485 .
Внешние ссылки
[ редактировать ]Дальнейшее чтение
[ редактировать ]- Мерле А., Розенфельдер Х., Шупп И. и др. (2006). «База данных LIFEdb в 2006 году» . Нуклеиновые кислоты Рез . 34 (Проблема с базой данных): D415–8. дои : 10.1093/nar/gkj139 . ПМЦ 1347501 . ПМИД 16381901 .
- Виман С., Арлт Д., Хубер В. и др. (2004). «От ORFeome к биологии: конвейер функциональной геномики» . Геном Рез . 14 (10Б): 2136–44. дои : 10.1101/гр.2576704 . ПМК 528930 . ПМИД 15489336 .
- Герхард Д.С., Вагнер Л., Фейнгольд Е.А. и др. (2004). «Статус, качество и расширение проекта полноразмерной кДНК Национального института здравоохранения: Коллекция генов млекопитающих (MGC)» . Геном Рез . 14 (10Б): 2121–7. дои : 10.1101/гр.2596504 . ПМК 528928 . ПМИД 15489334 .
- Ота Т., Сузуки Ю., Нисикава Т. и др. (2004). «Полное секвенирование и характеристика 21 243 полноразмерных кДНК человека» . Нат. Жене . 36 (1): 40–5. дои : 10.1038/ng1285 . ПМИД 14702039 .
- Симпсон Дж.К., Велленройтер Р., Пустка А. и др. (2001). «Систематическая субклеточная локализация новых белков, выявленная с помощью крупномасштабного секвенирования кДНК» . Представитель ЭМБО . 1 (3): 287–92. дои : 10.1093/embo-reports/kvd058 . ПМЦ 1083732 . ПМИД 11256614 .
- Виманн С., Вейль Б., Велленройтер Р. и др. (2001). «К каталогу человеческих генов и белков: секвенирование и анализ 500 новых полных кДНК человека, кодирующих белки» . Геном Рез . 11 (3): 422–35. дои : 10.1101/gr.GR1547R . ПМК 311072 . ПМИД 11230166 .
- Хартли Дж.Л., Темпл Г.Ф., Браш М.А. (2001). «Клонирование ДНК с использованием сайт-специфической рекомбинации in vitro» . Геном Рез . 10 (11): 1788–95. дои : 10.1101/гр.143000 . ПМК 310948 . ПМИД 11076863 .