Патрокладограмма
Патрокладограмма — это кладистическая модель ветвления, которая была точно изменена с помощью святоотеческих расстояний (т. е. расхождений между линиями); разновидность филограммы . [1] Патристическое расстояние определяется как «количество апоморфных ступенчатых изменений, разделяющих два таксона на кладограмме». [2] и используется исключительно для определения степени отклонения признака от общего предка. Это означает, что кладистические и патристические расстояния объединяются для построения нового дерева с использованием различных фенетических алгоритмов . [3] Цель патрокладограммы в биологической классификации — сформировать гипотезу о том, какие эволюционные процессы на самом деле задействованы, прежде чем принимать таксономическое решение. [4] Патрокладограммы основаны на биостатистике , которая включает, помимо прочего: экономию , матрицу расстояний , методы правдоподобия и байесовскую вероятность . Некоторыми примерами геномно связанных данных , которые можно использовать в качестве входных данных для этих методов, являются: молекулярные последовательности всего генома , последовательности , частоты генов, сайты рестрикции , матрицы расстояний, уникальные признаки, мутации, такие как SNP , и митохондриального генома данные .
Меры предосторожности при использовании патрокладограммы
[ редактировать ]Патрокладограммы — это графики, утверждающие гипотезы сходства, тогда как филогенетические деревья — это графики, утверждающие гипотезы об общем происхождении . Если патрокладограмма логически не соответствует сопоставимой гипотезе филогенетического дерева, ее не следует использовать для определения монофилетических групп. Использование патрокладограмм может исказить интерпретацию новой эволюции или представить гомологичные черты как гомопластичные . [5]
Программы для анализа патрокладограмм
[ редактировать ]Большинство филограмм сохраняются в каком-либо варианте формата Ньюика , например: PAUP* , MEGA, Molecular Evolutionary Genetics Analysis , Clustal , PHYLIP или Nexus file . Эти различные версии формата Ньюика затем можно использовать в качестве входных данных для определения святоотеческих расстояний при формировании патрокладограммы. Есть две широко используемые части программного обеспечения ; один используется для анализа святоотеческого расстояния, а другой — для создания видимой патрокладограммы.
См. обе программы ниже:
ПАТРИСТИЧЕСКИЙ
[ редактировать ]Patristic — это Java-программа, которая использует в качестве входных данных различные файлы деревьев и вычисляет их святоотеческие расстояния. Патристика позволяет сохранять и редактировать эти расстояния. Patristic предоставляет различные графические представления результатов, а также возможность сохранить их в формате CSV для построения графиков с помощью Excel. [6]
РАМИ
[ редактировать ]RAMI использует длину ветвей для создания кластеров, которые затем можно визуализировать в виде патрокладограммы. [7]
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Хёрандль Э; Стюсси Т.Ф. (2010). «Парафилетические группы как естественные единицы биологической классификации» . Таксон . 59 (2): 345–350. дои : 10.1002/tax.592001 .
- ^ Стюсси ТФ; Кениг С (май 2008 г.). «Патрокладистская классификация» . Таксон . 57 (2): 594–601. дои : 10.2307/25066026 . JSTOR 25066026 .
- ^ Ачиган-Дако, Енох Г. (2008). Анализ филогенетических и генетических вариаций видов тыквенных (Cucurbitaceae) из Западной Африки: определение стратегий сохранения . Кювилье Верлаг. стр. 1–145. ISBN 978-3867277853 .
- ^ Хёрандль Э. (апрель 2010 г.). «За пределами кладистики: расширение эволюционных классификаций на более глубокие временные уровни» . Таксон . 59 (2): 345–350. дои : 10.1002/tax.592001 .
- ^ Уайли Э.О. (февраль 2009 г.). «Патрокладистика, ничего нового» . Таксон . 58 (1): 2–6. дои : 10.1002/tax.581002 .
- ^ Фурман М.; Гиббс М.Дж. (2006). «PATRISTIC: программа для расчета патристических расстояний и графического сравнения компонентов генетических изменений» . Эволюционная биология BMC . 6 : 1–5. дои : 10.1186/1471-2148-6-1 . ПМЦ 1352388 . ПМИД 16388682 .
- ^ Помье Т.; Канбек Б.; Лундберг П.; Хагстрем А.; Тунлид А. (2009). «RAMI: инструмент для идентификации и характеристики филогенетических кластеров в микробных сообществах» . Биоинформатика . 25 (6): 736–742. doi : 10.1093/биоинформатика/btp051 . ПМК 2654800 . ПМИД 19223450 .
Дальнейшее чтение
[ редактировать ]- Хёрандль, Эльвира; Стюсси, Тод Ф. (декабрь 2010 г.), «Парафилетические группы как естественные единицы биологической классификации», Taxon , 59 (6): 1641–1653, doi : 10.1002/tax.596001
- Стюсси, Тод Ф. (февраль 2009 г.), «Парадигмы биологической классификации (1707–2007): что-нибудь действительно изменилось?», Taxon , 58 (1): 68–76, doi : 10.1002/tax.581010
Внешние ссылки
[ редактировать ]| Соответствующие поля | ||
|---|---|---|
| Основные понятия | ||
| Методы вывода | ||
| Текущие темы | ||
| Групповые черты | ||
| Типы групп | ||
| Номенклатура | ||
  | Эта статья, посвященная биоинформатике, незавершена . Вы можете помочь Википедии, расширив ее . |