Алициклобациловые

Алициклобациловые
Научная классификация
Домен:	Бактерии
Тип:	Бациллота
Сорт:	Бациллы
Заказ:	Бациллы
Семья:	Алициклобациловые ; да Коста и Рейни, 2009 г.
Роды
	Алициклобацилла ; Коллибацилла ; Эффузибацилла ; Ферроацидибактерии ; Кирпидия ; Сульфоацидибактерии ; Тумебацилла ;

Alicyclobacillaceae — семейство бактерий грамположительных . Все представители этого семейства аэробы и образуют эндоспоры . ^{[ 2 ]}

Семейство включает четыре рода: Alicyclobacillus , Effusibacillus , Kyrpidia и Tumebacillus . ^{[ 2 ]} Первоначально созданное в 2009 году, Alicyclobacillaceae было монофилетическим семейством, включавшим только род Alicyclobacillus . В 2011 году был предложен новый род Kyrpidia , который был отнесен к семейству Alicyclobacillaceae, а Tumebacillus . также к семейству ^{[ 3 ]} В 2014 году новый род Effusibacillus был предложен и добавлен в качестве четвертого представителя Alicyclobacillaceae. ^{[ 2 ]}

Alicyclobacillus — крупнейший род Alicyclobacillaceae, насчитывающий более 20 достоверно опубликованных видов. Все виды ацидофильны и имеют термоустойчивые эндоспоры. Многие виды являются обычными почвенными организмами. Некоторые виды Alicyclobacillus (особенно A. acidoterrestris ) вызывают порчу пастеризованного фруктового сока. ^{[ 4 ]}

Effusibacillus включает три вида (по состоянию на 2019 год). Представители этого рода были выделены из озера в Японии, озера в Антарктиде и из крови женщины. E. lacus и E. pohliae являются термофилами, с оптимальной температурой роста выше 50 °C, тогда как оптимальная температура роста для E. consociatus составляет 30 °C. ^{[ 2 ]}^{[ 5 ]}^{[ 6 ]}

Кирпидия включает два вида (по состоянию на 2019 год). Оба вида Kyrpidia были изолированы из районов высокой вулканической активности в Тоскане , Италии и на Азорских островах . Оптимальная температура роста для обоих представителей рода составляет примерно 55 °C. ^{[ 7 ]}^{[ 8 ]}

Tumebacillus включает 8 видов. Представители этого рода были выделены из арктической вечной мерзлоты, образцов почвы, сточных вод маниоки, разлагающейся пены водорослей, речной воды и кишечника стервятника. ^{[ 9 ]} Тумебацилла была обнаружена при обследовании носовых дыхательных путей младенцев, подземном метро в Норвегии и горной обсерватории в Австрии . ^{[ 10 ]}^{[ 11 ]}^{[ 12 ]}

Ни один представитель Alicyclobacillaceae не оказался заразным. Effusibacillus consociatus была выделена из крови человека, а Tumebacillus обнаружена при обследовании носовых дыхательных путей детей раннего возраста, но ни в одном случае бактерии не оказались причиной инфекции. ^{[ 10 ]}^{[ 6 ]}

Филогения

Принятая в настоящее время таксономия основана на Списке названий прокариот, имеющих номенклатуру (LPSN). ^{[ 13 ]} и Национальный центр биотехнологической информации (NCBI) ^{[ 14 ]}

на основе 16S рРНК ДП _08_2023 ^{[ 15 ]}^{[ 16 ]}^{[ 17 ]}

120 маркерных белков на основе GTDB 08-RS214 ^{[ 18 ]}^{[ 19 ]}^{[ 20 ]}

Алициклобациловые

	Collibacillus Jojima et al. 2023 год

	Tumebacillus Steven et al. 2008 год

Effusibacillus Watanabe, Кодзима и Фукуи, 2014 г.

Кирпидия Кленк и др. 2012 год

	Ферроацидибактерии Джонсон и др. 2023 год

	Sulfoacidibacillus Johnson et al. 2023 год

Алициклобациллы Wisotzkey et al. 1992 год

«Кирпидиалес»	Кирпидия {"Кирпидиевые"}

«Тумебациллы»

	Effusibacillus {"Effusibacillaceae"}

	Тумебациллы {"Тумебациллы"}

«Алициклобациллы»

	« Acidibacillus » Holanda et al. 2015 {"Ацидибактериальные"}

	Алициклобациллы {Alicyclobacillaceae}

См. также

Ссылки

^ да Коста, MS; Рейни, ФА (2009). Семья II. Семейство Алициклобациловые. ноябрь Руководство Берджи по систематической бактериологии . Том. 3 (2-е изд.). п. 229.
^ Перейти обратно: ^а ^б ^с ^д Ватанабэ, М.; Кодзима, Х.; Фукуи, М. (23 мая 2014 г.). «Предложение Effusibacillus lacus gen. nov., sp. nov. и реклассификация Alicyclobacillus pohliae в Effusibacillus pohliae comb. nov. и Alicyclobacillus consociatus в Effusibacillus consociatus comb. nov.» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 64 (Часть 8): 2770–2774. дои : 10.1099/ijs.0.055814-0 .
^ Кленк, Ханс-Петер; Лапидус, Алла; Черткова, Ольга; Коупленд, Алекс; Дель Рио, Тихана Главина; Нолан, Мэтт; Лукас, Сьюзен; Чен, Фэн; Тайс, Хоуп; Ченг, Ян-Фан; Хан, Клифф; Брюс, Дэвид; Гудвин, Линн; Питлак, Сэм; Пати, Амрита; Иванова, Наталья; Мавроматис, Константинос; Даум, Крис; Чен, Эми; Паланиаппан, Кришна; Чанг, Юн-цзюань; Земля, Мириам; Хаузер, Лорен; Джеффрис, Синтия Д.; Деттер, Джон К.; Роде, Манфред; Абт, Бирте; Пукалл, Рюдигер; Гёкер, Маркус; Бристоу, Джеймс; Марковиц, Виктор; Гугенгольц, Филип; Эйзен, Джонатан А. (23 сентября 2011 г.). «Полная последовательность генома термофильного, окисляющего водород типового штамма Bacillus tusciae (T2T) и реклассификация в новый род Kyrpidia gen. nov. как Kyrpidia tusciae com. nov. и исправление семейства Alicyclobacillaceae da Costa and Rainey, 2010» . Стандарты в геномных науках . 5 (1): 121–134. дои : 10.4056/sigs.2144922 . ПМК 3236038 .
^ Порнпукдеваттана, Сойсуда; Джиндапрасерт, Афача; Масса, Сальваторе (7 февраля 2019 г.). «Порча алициклобакилл и борьба с ними - обзор». Критические обзоры в области пищевой науки и питания . 60 (1): 108–122. дои : 10.1080/10408398.2018.1516190 .
^ Империо, Т.; Вити, К.; Марри, Л. (1 января 2008 г.). «Alicyclobacillus pohliae sp. nov., термофильная бактерия, образующая эндоспоры, выделенная из геотермальной почвы северо-западного склона горы Мельбурн (Антарктида)» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 58 (1): 221–225. дои : 10.1099/ijs.0.65092-0 .
^ Перейти обратно: ^а ^б Глезер, СП; Фальсен, Э.; Мартин, К.; Кампфер, П. (19 апреля 2013 г.). «Alicyclobacillus consociatus sp. nov., выделенный из клинического образца человека». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 63 (Часть 10): 3623–3627. дои : 10.1099/ijs.0.048173-0 .
^ Райнер, Джон Эберхард; Лапп, Кристиан Йонас; Банк, Бойк; Спроер, Катрин; Оверманн, Джордж; Гешер, Джон (18 января 2018 г.). «Полная последовательность генома штамма EA-1 Kyrpidia sp., термофильной бактерии Knallgas, выделенной с Азорских островов» . Геномные объявления . 6 (3). doi : 10.1128/genomeA.01505-17 . ПМЦ 5773743 .
^ Райнер, Йоханнес Эберхард; Юнг, Тобиас; Лапп, Кристиан Йонас; Зидлер, Марвин; Банк, Бойк; Оверманн, Йорг; Гешер, Йоханнес (1 декабря 2018 г.). «Kyrpidia spormannii sp. nov., термофильный, окисляющий водород, факультативный автотроф, выделенный из гидротермальных систем на острове Сан-Мигель, и исправленное описание рода Kyrpidia» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 68 (12): 3735–3740. дои : 10.1099/ijsem.0.003037 .
^ Сун, Ходзюн; Ким, Хён Сик; Ли, Джун-Янг; Канг, Вурим; Ким, Пиль Су; Хён, Дон Ук; Так, Юон Юнг; Юнг, Ми-Джа; Юн, Джи-Хён; Ким, Мин Су; Шин, На-Ри; Кто, Тэ Ун; Ро, Чон Рэ; Парк, Сунь Дук; Шим, Хён Ын; Пэ, Джин Ву (1 мая 2018 г.). «Tumebacillus avium sp. nov., выделенный из кишечника черного стервятника Aegypius monachus» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 68 (5): 1659–1664. дои : 10.1099/ijsem.0.002725 .
^ Перейти обратно: ^а ^б Хасэгава, Кохей; Линнеманн, Рэйчел В.; Мансбах, Джонатан М.; Аджами, Надим Дж.; Спинола, Дженис А.; Петрозино, Джозеф Ф.; Стоун, Питер А.; Стивенсон, Мишель Д.; Салливан, Эшли Ф.; Томпсон, Эми Д.; Камарго, Чарльз А. (ноябрь 2017 г.). «Профиль микробиоты носовых путей и тяжелый бронхиолит у младенцев» . Журнал детских инфекционных болезней . 36 (11): 1044–1051. дои : 10.1097/INF . ПМЦ 5479744 .
^ Дибвад, Мариус; Гранум, Пер Эйнар; Брюхайм, Пер; Блатни, Джанет Марта (15 марта 2012 г.). «Характеристика воздушно-капельных бактерий на станции метро» . Прикладная и экологическая микробиология . 78 (6): 1917–1929. дои : 10.1128/АЕМ.07212-11 . ПМК 3298144 .
^ Элс, Нора; Лароз, Кэтрин; Бауманн-Штанцер, Катрин; Тинья-Перье, Роми; Кеушниг, Кристоф; Фогель, Тимоти М.; Саттлер, Биргит (4 сентября 2019 г.). «Микробный состав в сезонных временных рядах свободного тропосферного воздуха и осадков свидетельствует о разделении сообществ» . Аэробиология . 35 (4): 671–701. дои : 10.1007/s10453-019-09606-x .
^ АС Парте; и др. «Алициклобациловые» . Список названий прокариот, имеющих номенклатуру (LPSN) . Проверено 9 сентября 2022 г.
^ Сэйерс; и др. «Алициклобациловые» . База данных таксономии Национального центра биотехнологической информации (NCBI) . Проверено 9 сентября 2022 г.
^ «ЛТП» . Проверено 20 ноября 2023 г.
^ «Дерево LTP_all в формате Ньюика» . Проверено 20 ноября 2023 г.
^ «Примечания к выпуску LTP_08_2023» (PDF) . Проверено 20 ноября 2023 г.
^ «Выпуск GTDB 08-RS214» . База данных геномной таксономии . Проверено 10 мая 2023 г.
^ "bac120_r214.sp_label" . База данных геномной таксономии . Проверено 10 мая 2023 г.
^ «История таксонов» . База данных геномной таксономии . Проверено 10 мая 2023 г.

Эта бациллах статья о незавершена . Вы можете помочь Википедии, расширив ее .

[dacosta-1] да Коста, MS; Рейни, ФА (2009). Семья II. Семейство Алициклобациловые. ноябрь Руководство Берджи по систематической бактериологии . Том. 3 (2-е изд.). п. 229.

[watanabe-2] Перейти обратно: ^а ^б ^с ^д Ватанабэ, М.; Кодзима, Х.; Фукуи, М. (23 мая 2014 г.). «Предложение Effusibacillus lacus gen. nov., sp. nov. и реклассификация Alicyclobacillus pohliae в Effusibacillus pohliae comb. nov. и Alicyclobacillus consociatus в Effusibacillus consociatus comb. nov.» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 64 (Часть 8): 2770–2774. дои : 10.1099/ijs.0.055814-0 .

[3] Кленк, Ханс-Петер; Лапидус, Алла; Черткова, Ольга; Коупленд, Алекс; Дель Рио, Тихана Главина; Нолан, Мэтт; Лукас, Сьюзен; Чен, Фэн; Тайс, Хоуп; Ченг, Ян-Фан; Хан, Клифф; Брюс, Дэвид; Гудвин, Линн; Питлак, Сэм; Пати, Амрита; Иванова, Наталья; Мавроматис, Константинос; Даум, Крис; Чен, Эми; Паланиаппан, Кришна; Чанг, Юн-цзюань; Земля, Мириам; Хаузер, Лорен; Джеффрис, Синтия Д.; Деттер, Джон К.; Роде, Манфред; Абт, Бирте; Пукалл, Рюдигер; Гёкер, Маркус; Бристоу, Джеймс; Марковиц, Виктор; Гугенгольц, Филип; Эйзен, Джонатан А. (23 сентября 2011 г.). «Полная последовательность генома термофильного, окисляющего водород типового штамма Bacillus tusciae (T2T) и реклассификация в новый род Kyrpidia gen. nov. как Kyrpidia tusciae com. nov. и исправление семейства Alicyclobacillaceae da Costa and Rainey, 2010» . Стандарты в геномных науках . 5 (1): 121–134. дои : 10.4056/sigs.2144922 . ПМК 3236038 .

[4] Порнпукдеваттана, Сойсуда; Джиндапрасерт, Афача; Масса, Сальваторе (7 февраля 2019 г.). «Порча алициклобакилл и борьба с ними - обзор». Критические обзоры в области пищевой науки и питания . 60 (1): 108–122. дои : 10.1080/10408398.2018.1516190 .

[5] Империо, Т.; Вити, К.; Марри, Л. (1 января 2008 г.). «Alicyclobacillus pohliae sp. nov., термофильная бактерия, образующая эндоспоры, выделенная из геотермальной почвы северо-западного склона горы Мельбурн (Антарктида)» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 58 (1): 221–225. дои : 10.1099/ijs.0.65092-0 .

[glaeser-6] Перейти обратно: ^а ^б Глезер, СП; Фальсен, Э.; Мартин, К.; Кампфер, П. (19 апреля 2013 г.). «Alicyclobacillus consociatus sp. nov., выделенный из клинического образца человека». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 63 (Часть 10): 3623–3627. дои : 10.1099/ijs.0.048173-0 .

[7] Райнер, Джон Эберхард; Лапп, Кристиан Йонас; Банк, Бойк; Спроер, Катрин; Оверманн, Джордж; Гешер, Джон (18 января 2018 г.). «Полная последовательность генома штамма EA-1 Kyrpidia sp., термофильной бактерии Knallgas, выделенной с Азорских островов» . Геномные объявления . 6 (3). doi : 10.1128/genomeA.01505-17 . ПМЦ 5773743 .

[8] Райнер, Йоханнес Эберхард; Юнг, Тобиас; Лапп, Кристиан Йонас; Зидлер, Марвин; Банк, Бойк; Оверманн, Йорг; Гешер, Йоханнес (1 декабря 2018 г.). «Kyrpidia spormannii sp. nov., термофильный, окисляющий водород, факультативный автотроф, выделенный из гидротермальных систем на острове Сан-Мигель, и исправленное описание рода Kyrpidia» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 68 (12): 3735–3740. дои : 10.1099/ijsem.0.003037 .

[sung-9] Сун, Ходзюн; Ким, Хён Сик; Ли, Джун-Янг; Канг, Вурим; Ким, Пиль Су; Хён, Дон Ук; Так, Юон Юнг; Юнг, Ми-Джа; Юн, Джи-Хён; Ким, Мин Су; Шин, На-Ри; Кто, Тэ Ун; Ро, Чон Рэ; Парк, Сунь Дук; Шим, Хён Ын; Пэ, Джин Ву (1 мая 2018 г.). «Tumebacillus avium sp. nov., выделенный из кишечника черного стервятника Aegypius monachus» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 68 (5): 1659–1664. дои : 10.1099/ijsem.0.002725 .

[Nasal_Airway_Microbiota_Profile_and-10] Перейти обратно: ^а ^б Хасэгава, Кохей; Линнеманн, Рэйчел В.; Мансбах, Джонатан М.; Аджами, Надим Дж.; Спинола, Дженис А.; Петрозино, Джозеф Ф.; Стоун, Питер А.; Стивенсон, Мишель Д.; Салливан, Эшли Ф.; Томпсон, Эми Д.; Камарго, Чарльз А. (ноябрь 2017 г.). «Профиль микробиоты носовых путей и тяжелый бронхиолит у младенцев» . Журнал детских инфекционных болезней . 36 (11): 1044–1051. дои : 10.1097/INF . ПМЦ 5479744 .

[11] Дибвад, Мариус; Гранум, Пер Эйнар; Брюхайм, Пер; Блатни, Джанет Марта (15 марта 2012 г.). «Характеристика воздушно-капельных бактерий на станции метро» . Прикладная и экологическая микробиология . 78 (6): 1917–1929. дои : 10.1128/АЕМ.07212-11 . ПМК 3298144 .

[12] Элс, Нора; Лароз, Кэтрин; Бауманн-Штанцер, Катрин; Тинья-Перье, Роми; Кеушниг, Кристоф; Фогель, Тимоти М.; Саттлер, Биргит (4 сентября 2019 г.). «Микробный состав в сезонных временных рядах свободного тропосферного воздуха и осадков свидетельствует о разделении сообществ» . Аэробиология . 35 (4): 671–701. дои : 10.1007/s10453-019-09606-x .

[LPSN-13] АС Парте; и др. «Алициклобациловые» . Список названий прокариот, имеющих номенклатуру (LPSN) . Проверено 9 сентября 2022 г.

[NCBI-14] Сэйерс; и др. «Алициклобациловые» . База данных таксономии Национального центра биотехнологической информации (NCBI) . Проверено 9 сентября 2022 г.

[LTP-15] «ЛТП» . Проверено 20 ноября 2023 г.

[16] «Дерево LTP_all в формате Ньюика» . Проверено 20 ноября 2023 г.

[17] «Примечания к выпуску LTP_08_2023» (PDF) . Проверено 20 ноября 2023 г.

[about-18] «Выпуск GTDB 08-RS214» . База данных геномной таксономии . Проверено 10 мая 2023 г.

[tree-19] "bac120_r214.sp_label" . База данных геномной таксономии . Проверено 10 мая 2023 г.

[taxon_history-20] «История таксонов» . База данных геномной таксономии . Проверено 10 мая 2023 г.

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]

[ 9 ]

[ 10 ]

[ 11 ]

[ 12 ]

[ 13 ]

[ 14 ]

[ 15 ]

[ 16 ]

[ 17 ]

[ 18 ]

[ 19 ]

[ 20 ]