СОГА2
| MTCL1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Идентификаторы | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Псевдонимы | MTCL1 , CCDC165, KIAA0802, SOGA2, фактор сшивания микротрубочек 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Внешние идентификаторы | Опустить : 615766 ; МГИ : 1915867 ; Гомологен : 41017 ; GeneCards : MTCL1 ; OMA : MTCL1 — ортологи | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Викиданные | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SOGA2 , также известный как супрессор глюкозной аутофагии, связанной 2 или CCDC165 , представляет собой белок , который у человека кодируется SOGA2 геном . [ 5 ] [ 6 ] SOGA2 имеет два человеческих паралога : SOGA1 и SOGA3 . [ 7 ] [ 8 ] У человека длина кодирующей последовательности гена составляет 151 349 пар оснований, мРНК состоит из 6092 пар оснований, а белковая последовательность состоит из 1586 аминокислот. Ген SOGA2 консервативен у горилл, павианов, галаго, крыс, мышей, кошек и других животных. Отдаленная консервация наблюдается у таких организмов, как зебры и анолисы. [ 9 ] SOGA2 повсеместно экспрессируется у людей, причем особенно высокая экспрессия наблюдается в головном мозге (особенно в мозжечке и гиппокампе), толстой кишке, гипофизе, тонком кишечнике, спинном мозге , семенниках и головном мозге плода. [ 10 ]
Ген
[ редактировать ]Локус
[ редактировать ]Ген SOGA2 расположен с номерами 8717369–8832775 на коротком плече 18-й хромосомы (18p11.22). [ 11 ]
Гомология и эволюция
[ редактировать ]Паралоги
[ редактировать ]Существует два основных аналога SOGA2: человеческий белок SOGA1 и человеческий белок SOGA3 . [ 9 ] SOGA1 участвует в подавлении глюкозы посредством аутофагии. Было показано, что [ 12 ] Скорость, с которой ортологи расходятся с человеческими SOGA2 (измеряется в % идентичности), приводит к тому, что приблизительное событие дупликации SOGA1 из SOGA2 составляет ~ 254,1 млн лет назад, а событие дупликации SOGA3 из SOGA2 ~ 329,1 млн лет назад.
| название белка | инвентарный номер | длина последовательности (аа) | идентичность последовательности белку человека | примечания |
|---|---|---|---|---|
| СОГА3 | НП_001012279.1 | 947 | 58% | консервативен в ~500 N-концевых аминокислотах |
| SOGA1 изоформа 2 | НП_954650.2 | 1016 аа | 65% | консервативен в первых ~900 а.к. |
| SOGA1 изоформа 1 | НП_542194.2 | 1661 | 41% | сохраняется по всей длине последовательности, за исключением ~950–1150 |
Ортологи
[ редактировать ]У эукариотов обнаружено множество ортологов. [ 9 ]
| общее имя | название белка | расхождение с человеческим происхождением (MYA) | инвентарный номер | длина последовательности (аа) | идентичность последовательности белку человека | различия в белковых доменах |
|---|---|---|---|---|---|---|
| горилла | белок SOGA2 | 8.8 | XP_004059220.1 | 1586 | 99% | |
| павиан | белок SOGA2 | 29 | XP_003914218 | 1587 | 98% | |
| галаго | белок SOGA3 | 74 | XP_003801047.1 | 1583 | 88% | DUF4201 нет |
| крыса | CCDC165 | 92.3 | XP_237548.6 | 2060 | 81% | DUF4201 нет |
| мышь | СОГА2 | 92.3 | НП_001107570.1 | 1893 | 80% | |
| домашний кот | белок SOGA2 | 94.2 | XP_003995077.1 | 1700 | 84% | DUF4201 нет |
| корова | CCDC166 | 94.2 | XP_581047.5 | 1525 | 74% | DUF4201 нет |
| Африканский слон | CCDC167-подобный | 98.7 | XP_003406836.1 | 1544 | 73% | |
| Зебра Финч | белок SOGA2 | 296 | XP_002193121.1 | 1598 | 69% | DUF4201 нет |
| Красный ДжунглиПтица | CCDC165 | 296 | XP_423729.3 | 1600 | 70% | DUF4201 нет |
| Каролина анол | неохарактеризованный белок, подобный KIAA0802 | 296 | XP_003225723.1 | 1839 | 67% | DUF4201 нет |
Отдаленные гомологи
[ редактировать ]| общее имя | название белка | расхождение с человеческим происхождением (MYA) | инвентарный номер | длина последовательности (аа) | идентичность последовательности белку человека | различия в белковых доменах |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Тропическая шпорцевая лягушка | неохарактеризованный белок C20orf117-подобный | 371.2 | XP_002942331.1 | 1584 | 39% | |
| фиолетовый морской еж | неохарактеризованный белок LOC578090 | 742.9 | XP_783370.2 | 1587 | 47% | DUF4201 нет |
| платяная вошь | Центромерный белок E, предполагаемый | 782.7 | XP_002429877.1 | 2086 | 30% | нет общих доменов |
| Южный домашний комар | консервативный гипотетический белок | 782.7 | XP_001843754.1 | 1878 | 32% | нет общих доменов |
| свиной червь | белок семейства повторов поверхностного антигена | 937.5 | XP_003380263.1 | 2030 | 36% | нет общих доменов |
Гомологические домены
[ редактировать ]SOGA2 наиболее консервативен в своей N-концевой области, где он содержит три домена с неизвестной функцией. [ 13 ]
Белок
[ редактировать ]Внутренний состав белка
[ редактировать ]SOGA2 богат глицином (отношение состава SOGA2 к среднему человеческому белку составляет 1,723), глутаматом (r = 1,647) и аргинином. (р = 1,357). Также он имеет более низкий, чем обычно, состав тирозина (r = 0,3406), изолейцина (r = 0,4430), фенилаланин (r = 0,5808) и валин (r = 0,6161). [ 14 ] [ 15 ]
Первичная структура и изоформы
[ редактировать ]SOGA2 имеет 4 изоформы: Q9Y4B5-1, Q9Y4B5-2, Q9Y4B5-3, Q9Y4B5-4. [ 16 ]
Домены и мотивы
[ редактировать ]SOGA2 содержит домен неизвестной функции 4201 (DUF4201) из номеров 16-235. Этот домен специфичен для семейства белков, содержащих спиральный домен эукариот. [ 17 ] Он также содержит две копии домена неизвестной функции 3166 (DUF3166): одну из номеров 140–235 и одну из номеров 269–364. [ 11 ]
Посттрансляционные модификации
[ редактировать ]Ожидается, что SOGA2 претерпит ряд посттрансляционных модификаций. Модификации человеческого SOGA2, общие для ортологов, включают:
- Сумойлирование по аминокислотам 87, 152, 235, 392 и 1379. [ 18 ]
- Сульфинирование по тирозинам 14 и 1249. [ 19 ]
- Фосфорилирование в ряде сайтов показано на следующем рисунке:
Вторичная структура
[ редактировать ]Консенсус программного обеспечения для прогнозирования PELE, [ 21 ] GOR4, [ 22 ] и SOSUICoil заключается в том, что во вторичной структуре SOGA2 преобладают альфа-спирали с вкраплениями областей случайного клубка. GOR4 показал, что в SOGA2 преобладают альфа-спирали; он предсказал всего лишь 5,61% остатки в конформации удлиненной цепи (параллельный или антипараллельный бета-лист), в отличие от 47,79% альфа-спирали и 46,6% случайных витков.
Третичная структура
[ редактировать ]SOGA2 имеет общие особенности последовательности в своей высококонсервативной N-концевой области. Эта гомология позволяет прогнозировать его третичную структуру на основе гомологии с опубликованными 3d-структурами через Phyre2. [ 24 ] и структура NCBI. [ 25 ]
 |
 |
Экспрессия генов
[ редактировать ]Промоутер
[ редактировать ]Промотор SOGA2 человека представлен ниже.
Данные об экспрессии генов
[ редактировать ]Профиль EST показывает, что у людей SOGA2 высоко экспрессируется во многих участках тела, включая кости, мозг, уши, глаза и многие другие. [ 26 ] В образцах рака печени имеется большое количество транскриптов. Данные человеческого микрочипа показывают, что SOGA2 экспрессируется умеренно, с особенно высокой экспрессией в головном мозге (особенно в мозжечке и гиппокампе), толстой кишке, гипофизе, тонкой кишке, спинном мозге , семенниках и головном мозге плода. [ 10 ] Данные микрочипов, специфичных для тканей головного мозга, показывают, что SOGA2 имеет высокую экспрессию в задней доле полушарий мозжечка и задней доле червя в мозге мыши . В большинстве других областей мозга экспрессия низкая. [ 27 ]
Варианты транскрипта
[ редактировать ]У человека ген SOGA2 производит 17 различных транскриптов, 8 из которых образуют белковый продукт (один подвергается нонсенс-опосредованному распаду). Основной транскрипт у человека имеет идентификатор транскрипта ENST00000359865 или SOGA2-001. [ 28 ]
Функция
[ редактировать ]Возможные факторы транскрипции
[ редактировать ]Возможные факторы транскрипции SOGA2 человека включают: [ 29 ]
- Фактор распознавания модулятора 2
- Белок 1, связывающий цАМФ-чувствительный элемент
- альтернативный вариант сплайсинга FOXP1
- MDS1/EVI1-подобный ген 1
- Икарос 2, возможный регулятор дифференцировки лимфоцитов
Взаимодействия
[ редактировать ]Эксперименты по коиммунопреципитации белковых комплексов ( Co-IP ) выявили взаимодействующие белки, такие как регуляторы гибели клеток , транспортеры АТФ-связывающей кассеты (ABC) и протеинкиназу А. белки, связывающие [ 30 ]
540 взаимодействующих белков включают ABCF1 , ACTB , ACTL6A , BCLAF1 , BCLAF1 , CHEK1 и MAGEE2. [ 30 ]
Анализ K-ближайшего соседа с помощью wolf pSort показывает, что у людей SOGA2 сосредоточен главным образом в ядре, цитоплазме и цитоядерной системе. космос. Существует небольшая вероятность того, что он локализуется в Гольджи. [ 31 ]
С помощью базы данных STRING также был идентифицирован ряд белковых взаимодействующих веществ, включая MARK2 , MARK4 и PPP2R2B .
Клиническое значение
[ редактировать ]SOGA2 не имеет известных в настоящее время заболеваний или мутаций.
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Jump up to: а б с GRCh38: Версия Ensembl 89: ENSG00000168502 – Ensembl , май 2017 г.
- ^ Jump up to: а б с GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000052105 – Ensembl , май 2017 г.
- ^ «Ссылка на Human PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
- ^ «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
- ^ Нагасе Т; Исикава К; Суяма М; Кикуно Р; Миядзима Н; Танака А; Котани Х; Номура Н; Охара О (апрель 1999 г.). «Прогнозирование кодирующих последовательностей неопознанных генов человека. XI. Полные последовательности 100 новых клонов кДНК головного мозга, которые кодируют большие белки in vitro» . ДНК Рез . 5 (5): 277–86. дои : 10.1093/dnares/5.5.277 . ПМИД 9872452 .
- ^ «Энтрез Джин: СОГА2» .
- ^ «СОГА1» . НКБИ . Проверено 27 апреля 2013 г.
- ^ «СОГА3» . НКБИ . Проверено 27 апреля 2013 г.
- ^ Jump up to: а б с "ВЗРЫВ" . NCBI ВЗРЫВ . Проверено 27 апреля 2013 г.
- ^ Jump up to: а б «ГЕО-профиль 10132039» . NCBI ГЕО . Проверено 27 апреля 2013 г.
- ^ Jump up to: а б «НЦБИ» . Национальный центр биотехнологической информации . Проверено 12 мая 2013 г.
- ^ Каухерд Р.Б., Кауэрд Р.Б., Асмар М.М. и др. (октябрь 2010 г.). «Адипонектин снижает выработку глюкозы за счет увеличения СОГА» . Являюсь. Дж. Патол . 177 (4): 1936–45. дои : 10.2353/ajpath.2010.100363 . ПМЦ 2947288 . ПМИД 20813965 .
- ^ «КЛУСТАЛЬВ» . Инструментарий биологии SDSC . Проверено 27 апреля 2013 г. [ постоянная мертвая ссылка ]
- ^ «Просмотр последовательности CLC» . Проверено 12 мая 2011 г. [ постоянная мертвая ссылка ]
- ^ Нагасе Т; Исикава К; Суяма М; Кикуно Р; Миядзима Н; Танака А; Котани Х; Номура Н; Охара О (январь 2011 г.). «Вычислительный анализ аминокислотного состава белков человека». Тенденции биоинформатики . 6 (1 и 2): 39–43.
- ^ «Генные карты» . Проверено 9 мая 2011 г.
- ^ «Консервативные домены NCBI» . Национальный центр биотехнологической информации . Проверено 12 мая 2013 г.
- ^ «СумоПлот» . АБГЕНТ . Проверено 27 апреля 2013 г.
- ^ «Сульфинатор» . экспази . Проверено 27 апреля 2013 г.
- ^ Блом Н; Гаммельтофт С; Брунак С. (декабрь 1999 г.). «Предсказание на основе последовательности и структуры сайтов фосфорилирования эукариотических белков». Дж. Мол. Биол . 294 (5): 1351–62. дои : 10.1006/jmbi.1999.3310 . ПМИД 10600390 .
- ^ «ПЕЛЕ» . Инструментарий биологии SDSC . Проверено 27 апреля 2013 г. [ постоянная мертвая ссылка ]
- ^ «ГОР4» . НПСА- пбил Проверено 27 апреля 2013 г. [ постоянная мертвая ссылка ]
- ^ «СОСУИКойл» . bp.nuap.nagoya-u.ac.jp . Архивировано из оригинала 22 июля 2011 г. Проверено 27 апреля 2013 г.
- ^ Jump up to: а б Келли Л.А.; Штернберг М.Ю. (2009). «Прогнозирование структуры белка в Интернете: пример использования сервера Phyre» (PDF) . Нат Проток . 4 (3): 363–71. дои : 10.1038/nprot.2009.2 . hdl : 10044/1/18157 . ПМИД 19247286 . S2CID 12497300 .
- ^ Jump up to: а б «Структура NCBI» . НКБИ . Проверено 13 мая 2013 г.
- ^ «Униген» . Национальный центр биотехнологической информации . Проверено 27 апреля 2013 г.
- ^ «Аллен Мозговой Атлас, эксперименты с микрочипами SOGA2» . Аллен Атлас мозга . Проверено 27 апреля 2013 г.
- ^ «Ансамбль: ген SOGA2» . Ансамбль . Проверено 27 апреля 2013 г.
- ^ «Эльдорадо» . Геноматикс . Проверено 8 мая 2013 г. [ постоянная мертвая ссылка ]
- ^ Jump up to: а б «База данных молекулярных взаимодействий – МИНТ» . Архивировано из оригинала 6 мая 2006 года . Проверено 9 мая 2011 г.
- ^ Хортон П., Парк К.Дж., Обаяши Т. и др. (июль 2007 г.). «WoLF PSORT: предиктор локализации белка» . Нуклеиновые кислоты Рез . 35 (проблема с веб-сервером): W585–7. дои : 10.1093/нар/gkm259 . ЧВК 1933216 . ПМИД 17517783 .
Дальнейшее чтение
[ редактировать ]- Штраусберг Р.Л., Фейнгольд Е.А., Граус Л.Х. и др. (2003). «Получение и первоначальный анализ более 15 000 полноразмерных последовательностей кДНК человека и мыши» . Учеб. Натл. акад. наук. США . 99 (26): 16899–903. Бибкод : 2002PNAS...9916899M . дои : 10.1073/pnas.242603899 . ПМК 139241 . ПМИД 12477932 .
- Браженович М., Джоберти Г., Кюстер Б. и др. (2004). «Комплексный протеомный анализ белковых комплексов Par человека выявляет взаимосвязанную белковую сеть» . Ж. Биол. Хим . 279 (13): 12804–11. дои : 10.1074/jbc.M312171200 . ПМИД 14676191 .
- Ота Т., Сузуки Ю., Нисикава Т. и др. (2004). «Полное секвенирование и характеристика 21 243 полноразмерных кДНК человека» . Нат. Жене . 36 (1): 40–5. дои : 10.1038/ng1285 . ПМИД 14702039 .
- Герхард Д.С., Вагнер Л., Фейнгольд Е.А. и др. (2004). «Статус, качество и расширение проекта полноразмерной кДНК Национального института здравоохранения: Коллекция генов млекопитающих (MGC)» . Геном Рез . 14 (10Б): 2121–7. дои : 10.1101/гр.2596504 . ПМК 528928 . ПМИД 15489334 .
- Нусбаум С., Зоди М.К., Боровски М.Л. и др. (2005). «Последовательность ДНК и анализ 18-й хромосомы человека» . Природа . 437 (7058): 551–5. Бибкод : 2005Natur.437..551N . дои : 10.1038/nature03983 . ПМИД 16177791 .
- Ноусиайнен М., Силье Х.Х., Зауэр Г. и др. (2006). «Фосфопротеомный анализ митотического веретена человека» . Учеб. Натл. акад. наук. США . 103 (14): 5391–6. Бибкод : 2006PNAS..103.5391N . дои : 10.1073/pnas.0507066103 . ПМЦ 1459365 . ПМИД 16565220 .
- Босолей С.А., Виллен Дж., Гербер С.А. и др. (2006). «Вероятностный подход к высокопроизводительному анализу фосфорилирования белков и локализации сайтов». Нат. Биотехнология . 24 (10): 1285–92. дои : 10.1038/nbt1240 . ПМИД 16964243 . S2CID 14294292 .
- Олсен Дж.В., Благоев Б., Гнад Ф. и др. (2006). «Глобальная, in vivo и сайт-специфическая динамика фосфорилирования в сигнальных сетях» . Клетка . 127 (3): 635–48. дои : 10.1016/j.cell.2006.09.026 . ПМИД 17081983 . S2CID 7827573 .