Orf10
| ORF10 белок, SARS-2 | |
|---|---|
| Идентификаторы | |
| Символ | Orf10_sars-the-2 |
| InterPro | IPR044342 |
ORF10 -это открытая рамка считывания (ORF), обнаруженная в SARS - COV-2 геноме коронавируса . Это 38 кодонов длиной. [ 1 ] Он не сохраняется во всех сарбековирусах (включая SARS-COV ). В исследованиях, вызванных пандемией Covid-19 , ORF10 привлек исследование, один из двух вирусных генов белков, не сохраняющихся между SARS-COV и SARS-COV-2 [ 2 ] и первоначально был описан как ген, кодирующий белок, вероятно, при положительном отборе . [ 3 ] Однако, хотя он иногда включается в списки вспомогательных генов SARS-COV-2, экспериментальные и биоинформатические данные свидетельствуют о том, что ORF10, вероятно, не является функциональным геном, кодирующим белок. [ 4 ]
Характеристики
[ редактировать ]ORF10 расположен вниз по течению от гена N, который кодирует белок -нуклеокапсид коронавируса . Это аннотированная открытая рамка считывания, которая наиболее дальнейшей к 3 'концу генома. Он кодирует 38- аминокислотный гипотетический белок. [ 1 ]
Выражение и функция
[ редактировать ]Маловероятно, что ORF10 транслируется в естественных условиях, поскольку субгеномная РНК, содержащая область ORF10, не обнаружена, хотя существует некоторый следования рибосом . сигнал [ 5 ] При экспериментально сверхэкспрессии белок ORF10, как сообщается, взаимодействует с ZYG11B и его Cullin-Ring Ligase комплексом белка . [ 6 ] Тем не менее, было показано, что это взаимодействие является неохотниным в in vitro исследованиях вирусного жизненного цикла . [ 7 ]
Эволюция
[ редактировать ]В некоторых исследованиях геномов SARS-COV-2 описывались ORF10, вероятно, будут функциональными и при положительном отборе . [ 3 ] Тем не менее, преждевременные стоп-кодоны были идентифицированы в вариантах SARS-COV-2 [ 8 ] и во многих последовательностях сарбековируса , предполагая, что предполагаемый белковый продукт не является необходимым для репликации вируса . [ 4 ] Потеря ORF10 также не показала влияния на репликацию в экспериментальных условиях in vitro . [ 8 ] было предложено В результате анализа биоинформатики , что явное сохранение последовательностей у SARS-COV-2 ORF10 может быть связано не с функцией кодирования белка, а из-за консервативной РНК-вторичной структуры в регионе. [ 4 ] Консервативная область, которая выходит за рамки самого ORF10, перекрывается с областью псевдоокнота коронавируса , вторичной структуры, которая, как известно, участвует в репликации генома. [ 4 ]
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Jump up to: а беременный Редондо Н., Залдавар-Лопес С., Гарридо Дж.Дж., Монтойя М (7 июля 2021 года). «Собственные белки SARS-COV-2 в вирусном патогенезе: известные и неизвестные» . Границы в иммунологии . 12 : 708264. DOI : 10.3389/fimmu.2021.708264 . PMC 8293742 . PMID 34305949 .
- ^ Xu J, Zhao S, Teng T, Abdalla AE, Zhu W, Xie L, et al. (Февраль 2020 г.). «Систематическое сравнение двух передаваемых человеком коронавирусами от животных: SARS-COV-2 и SARS-COV» . Вирусы . 12 (2): 244. doi : 10.3390/v12020244 . PMC 7077191 . PMID 32098422 .
- ^ Jump up to: а беременный Cagliani R, Forni D, Clerici M, Sironi M (сентябрь 2020 г.). «Потенциал кодирования и сохранение последовательности SARS-COV-2 и родственных вирусов животных» . Инфекция, генетика и эволюция . 83 : 104353. Bibcode : 2020INFGE..8304353C . doi : 10.1016/j.meegid.2020.104353 . PMC 7199688 . PMID 32387562 .
- ^ Jump up to: а беременный в дюймовый Jungreis I, Sealfon R, Kellis M (май 2021). «Содержание гена SARS-COV-2 и влияние мутации COVID-19 путем сравнения 44 генома сарбековируса» . Природная связь . 12 (1): 2642. Bibcode : 2021natco..12.2642J . doi : 10.1038/s41467-021-22905-7 . PMC 8113528 . PMID 33976134 .
- ^ Finkel Y, Mizrahi Oh, Nachshon A, (Январь 2021 г.). "Кодирующая способность SARS-COV-2 " Природа 589 (7840): 125–1 Bibcode : 2021 Natur . doi : 10.1038/ s41586-020-2739-1 PMID 329066143 . S2CID 221624633
- ^ Гордон Д.Е., Джанг Г.М., Бухадду М., Сюй Дж., Обернер К., Уайт К.М. и др. (Июль 2020 г.). «Карта взаимодействия белка SARS-COV-2 выявляет мишени для перепрофилирования лекарств» . Природа . 583 (7816): 459–468. Bibcode : 2020nater.583..459G . doi : 10.1038/s41586-020-2286-9 . PMC 7431030 . PMID 32353859 .
- ^ Mena El, Donahue CJ, Vaites LP, Li J, Rona G, O'Leary C, et al. (Апрель 2021 г.). «Комплекс ORF10-Cullin-2-ZIG11B не требуется для инфекции SARS-COV-2» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 118 (17): E2023157118. Bibcode : 2021pnas..11823157M . doi : 10.1073/pnas.2023157118 . PMC 8092598 . PMID 33827988 .
- ^ Jump up to: а беременный Pancer K, Milewska A, Owcarek K, Dabrowska A, Kowalski M, łabaj PP, et al. (Декабрь 2020 г.). «SARS-COV-2 ORF10 не является необходимым in vitro или in vivo у людей» . PLO -патогены . 16 (12): E1008959. doi : 10.1371/journal.ppat.1008959 . PMC 7755277 . PMID 33301543 .
