ORF9b
| Липидсвязывающий белок бетакоронавируса | |||
|---|---|---|---|
 Рентгеновская кристаллографическая структура димера белка ORF9b SARS-CoV, показывающая молекулу липида в центральной полости (желтый). Из PDB : 2CME . [ 1 ] | |||
| Идентификаторы | |||
| Символ | bCoV_lipid_BD | ||
| Пфам | PF09399 | ||
| ИнтерПро | ИПР018542 | ||
| |||
ORF9b (ранее иногда называемый ORF13 ) — это ген который кодирует вирусный дополнительный белок у коронавирусов подрода Sarbecovirus , , включая SARS-CoV и SARS-CoV-2 . Это перекрывающийся ген которого , открытая рамка считывания полностью содержится в гене N, кодирующем белок нуклеокапсида коронавируса . [ 2 ] [ 3 ] [ 4 ] Кодируемый белок 97 аминокислотных остатков. SARS-CoV имеет длину [ 2 ] [ 3 ] и 98 при SARS-CoV-2, [ 4 ] в обоих случаях образуется димер белка .
Номенклатура
[ редактировать ]В научной литературе имеются противоречия в номенклатуре, используемой для этого гена. В некоторых работах по SARS-CoV он упоминается как ORF13. Его также иногда называют ORF9a, в результате чего нижестоящая ORF из 76 кодонов в SARS-CoV также перекрывается с геном N и обозначается ORF9b. В рекомендуемой номенклатуре более длинная ORF обозначается как 9b, а нисходящая, более короткая ORF — как ORF9c . [ 5 ]
Структура
[ редактировать ]Белок ORF9b имеет длину 97 аминокислотных остатков в SARS-CoV. [ 2 ] [ 3 ] и 98 — SARS-CoV-2. [ 4 ] Он образует бета-листами , богатый гомодимер , с гидрофобной полостью в центре, которая связывает липиды . [ 2 ] [ 3 ] [ 4 ] Липидсвязывающая полость может служить необычным механизмом прикрепления белка к мембранам. [ 1 ]
Фрагмент белка ORF9b SARS-CoV-2 был структурно охарактеризован в белковом комплексе с Tom70 , в котором ORF9b образует альфа-спираль, а не структуру бета-листа, наблюдаемую изолированно. [ 6 ] Такое поведение переключения кратности также согласуется с предсказаниями биоинформатики и может также иметь место для гомолога SARS-CoV. [ 7 ]
Выражение и локализация
[ редактировать ]ORF9b — один из двух перекрывающихся генов, полностью содержащихся в открытой рамке считывания гена N, кодирующего белок нуклеокапсида коронавируса , второй — ORF9c . ORF9b экспрессируется путем сканирования рибосомы с ее бицистронной субгеномной РНК . [ 2 ] [ 3 ] [ 8 ] В отличие от своего соседа ORF9c, его длина хорошо консервативна у сарбековирусов , и есть убедительные доказательства того, что он является функциональным геном, кодирующим белок . [ 9 ]
При SARS-CoV белок локализован в эндоплазматическом ретикулуме (ЭР). [ 3 ] и внутриклеточным пузырькам . [ 2 ] [ 1 ] Он не имеет последовательности ядерной локализации , но может проникать в ядро клетки путем пассивной диффузии ; однако у него есть последовательность ядерного экспорта для выхода из ядра. [ 2 ] [ 3 ] Сообщается, что у SARS-CoV-2 он связан с митохондриальной мембраной. [ 4 ]
Функция
[ редактировать ]Функция белка ORF9b недостаточно изучена. Это не является необходимым для репликации вируса . [ 2 ]
Взаимодействие вирусных белков
[ редактировать ]Сообщается, что белок ORF9b взаимодействует с рядом других вирусных белков, включая ORF6 , неструктурный белок 5 , неструктурный белок 14 и белок оболочки коронавируса . [ 2 ] Он был обнаружен в зрелых вирионах SARS-CoV и, таким образом, может быть второстепенным структурным белком вируса . [ 2 ] [ 3 ] [ 8 ]
Эффекты клеток-хозяев
[ редактировать ]хозяина Белок ORF9b может участвовать в модуляции ответа иммунной системы . Сообщается, что белок SARS-CoV-2 подавляет интерфероновый ответ посредством взаимодействия с Tom70 , компонентом митохондриальной транслоказы комплекса внешней мембраны (TOM). [ 6 ] [ 10 ]
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Jump up to: а б с Мейер С., Арическу А.Р., Ассенберг Р., Аплин Р.Т., Гилберт Р.Дж., Граймс Дж.М. и др. (июль 2006 г.). «Кристаллическая структура ORF-9b, липидсвязывающего белка коронавируса SARS» . Структура . 14 (7): 1157–1165. дои : 10.1016/j.str.2006.05.012 . ПМК 7126280 . ПМИД 16843897 .
- ^ Jump up to: а б с д и ж г час я дж Лю Д.С., Фунг Т.С., Чонг К.К., Шукла А., Хильгенфельд Р. (сентябрь 2014 г.). «Акцессорные белки SARS-CoV и других коронавирусов» . Противовирусные исследования . 109 : 97–109. дои : 10.1016/j.antiviral.2014.06.013 . ПМЦ 7113789 . ПМИД 24995382 .
- ^ Jump up to: а б с д и ж г час Макбрайд Р., Филдинг, Британская Колумбия (ноябрь 2012 г.). «Роль дополнительных белков тяжелого острого респираторного синдрома (ТОРС)-коронавируса в патогенезе вируса» . Вирусы . 4 (11): 2902–2923. дои : 10.3390/v4112902 . ПМК 3509677 . ПМИД 23202509 .
- ^ Jump up to: а б с д и Редондо Н., Сальдивар-Лопес С., Гарридо Х.Дж., Монтойя М. (7 июля 2021 г.). «Акцессорные белки SARS-CoV-2 в вирусном патогенезе: известные и неизвестные» . Границы в иммунологии . 12 : 708264. дои : 10.3389/fimmu.2021.708264 . ПМЦ 8293742 . ПМИД 34305949 .
- ^ Юнгрейс И., Нельсон К.В., Ардерн З., Финкель Ю., Кроган Н.Дж., Сато К. и др. (июнь 2021 г.). «Противоречивые и неоднозначные названия перекрывающихся ORF в геноме SARS-CoV-2: решение на основе гомологии» . Вирусология . 558 : 145–151. дои : 10.1016/j.virol.2021.02.013 . ПМЦ 7967279 . ПМИД 33774510 .
- ^ Jump up to: а б Гао X, Чжу К, Цинь Б, Олиерик В, Ван М, Цуй С (май 2021 г.). «Кристаллическая структура SARS-CoV-2 Orf9b в комплексе с человеческим TOM70 предполагает необычные взаимодействия вируса с хозяином» . Природные коммуникации . 12 (1): 2843. Бибкод : 2021NatCo..12.2843G . дои : 10.1038/s41467-021-23118-8 . ПМЦ 8121815 . ПМИД 33990585 .
- ^ Портер Л.Л. (август 2021 г.). «Предсказуемое переключение складки белка ORF9b SARS-CoV-2» . Белковая наука . 30 (8): 1723–1729. дои : 10.1002/pro.4097 . ПМЦ 8242659 . ПМИД 33934422 .
- ^ Jump up to: а б Сюй К., Чжэн Б.Дж., Цзэн Р., Лу В., Линь Ю.П., Сюэ Л. и др. (июнь 2009 г.). «Аксессуарный белок 9b коронавируса тяжелого острого респираторного синдрома представляет собой вирион-ассоциированный белок» . Вирусология . 388 (2): 279–285. дои : 10.1016/j.virol.2009.03.032 . ПМК 7103405 . ПМИД 19394665 .
- ^ Юнгрейс I, Силфон Р., Келлис М. (май 2021 г.). «Содержимое гена SARS-CoV-2 и влияние мутации COVID-19 путем сравнения 44 геномов сарбековируса» . Природные коммуникации . 12 (1): 2642. Бибкод : 2021NatCo..12.2642J . дои : 10.1038/s41467-021-22905-7 . ПМЦ 8113528 . ПМИД 33976134 .
- ^ Цзян Х.В., Чжан Х.Н., Мэн Ц.Ф., Се Дж., Ли Ю., Чен Х. и др. (сентябрь 2020 г.). «SARS-CoV-2 Orf9b подавляет реакцию интерферона I типа, нацеливаясь на TOM70» . Клеточная и молекулярная иммунология . 17 (9): 998–1000. дои : 10.1038/s41423-020-0514-8 . ПМЦ 7387808 . ПМИД 32728199 .
