ОРФ3d
| ОРФ3d | |||
|---|---|---|---|
| Идентификаторы | |||
| Организм | |||
| Символ | ОРФ3d | ||
| ЮниПрот | P0DTG0 | ||
| |||
ORF3d — это ген , обнаруженный в SARS-CoV-2 (вирусе, вызывающем COVID-19 ) и по крайней мере в одном близкородственном коронавирусе, обнаруженном у панголинов , хотя он не обнаружен в других близкородственных вирусах Sarbecovirus подрода . Он состоит из 57 кодонов и кодирует новый 57 аминокислотных остатков белок из с неизвестной функцией. [ 1 ] по крайней мере две изоформы Описаны , из которых более короткая форма из 33 остатков, ORF3d-2 , может быть более экспрессируемой или даже единственной экспрессируемой формой. [ 1 ] [ 2 ] Сообщается, что он является антигенным , и антитела к белку ORF3d встречаются у пациентов, выздоровевших от COVID-19 . [ 3 ] ) нет гомолога В геноме близкородственного SARS-CoV (который вызывает заболевание SARS . [ 1 ] [ 4 ]
Номенклатура
[ редактировать ]В научной литературе существует значительная путаница вокруг номенклатуры, используемой для дополнительных белков SARS -CoV-2 , особенно нескольких перекрывающихся генов с ORF3a . [ 4 ] Во многих научных статьях ORF3d и его белковый продукт называются ORF3b из-за путаницы, вызванной различиями в длине ORF3b у SARS-CoV (около 155 кодонов ) и SARS-CoV-2 (всего 22 кодона). [ 4 ] Путаницу усугубляет тот факт, что оба белковых продукта из 57 кодонов [ 5 ] и белковый продукт из 22 кодонов [ 6 ] Было описано, что они оказывают такое же действие, как и антагонисты интерферона . [ 4 ]
В рекомендуемой номенклатуре SARS-CoV-2 используется термин ORF3b для 22-кодонового гена, гомологичного 5'- концу ORF3b в SARS-CoV, и используется термин ORF3d для 57-кодонного гена. [ 4 ]
Сравнительная геномика
[ редактировать ]ORF3d — это перекрывающийся ген которого , открытая рамка считывания перекрывается как ORF3a, так и ORF3c в геноме SARS-CoV-2 . Это потенциально представляет собой редкий пример всех трех возможных рамок считывания одной и той же области последовательности, кодирующей функциональные белки. [ 1 ] [ 4 ] ORF3d не присутствует в SARS-CoV или других родственных коронавирусах, за исключением коронавируса, обнаруженного у панголинов . [ 1 ] Последовательности генома SARS-CoV-2 широко отбирались на протяжении всей пандемии COVID-19 примеры вариантов SARS-CoV-2 с усечениями в ORF3d из-за введения стоп-кодона с относительно высокой распространенностью. , и были выявлены [ 1 ] [ 7 ]
Биоинформатический анализ региона ORF3d предполагает, что последовательность предсказанного белкового продукта недостаточно консервативна , и повышает вероятность того, что ген не кодирует функциональный белок, несмотря на экспериментальные доказательства экспрессии белка. [ 8 ]
Выражение
[ редактировать ]Белок ORF3d имеет две изоформы : одну длиной 57 аминокислотных остатков и одну длиной 33 остатка, последняя из которых известна как ORF3d-2. [ 1 ] Существуют экспериментальные данные из таких исследований, как профилирование рибосом на предмет экспрессии по крайней мере ORF3d-2, но без четких доказательств полноразмерной ORF3d. [ 1 ] [ 2 ]
Функция
[ редактировать ]Функция белка ORF3d неизвестна, и возможно, что этот ген не кодирует белок, играющий какую-либо функциональную роль в жизненном цикле вируса. [ 8 ] При экспрессии в экспериментальных условиях в культуре клеток белок ORF3d оказывается антагонистом интерферона . [ 5 ]
сильных реакциях антител на пептиды Сообщалось о из ORF3d у пациентов, выздоровевших от COVID-19 . [ 3 ]
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Jump up to: а б с д и ж г час Нельсон К.В., Ардерн З., Голдберг Т.Л., Мэн С., Куо Ч., Людвиг С. и др. (октябрь 2020 г.). «Динамически развивающийся новый перекрывающийся ген как фактор пандемии SARS-CoV-2» . электронная жизнь . 9 : e59633. doi : 10.7554/eLife.59633 . ПМЦ 7655111 . ПМИД 33001029 .
- ^ Jump up to: а б Финкель Ю., Мизрахи О., Накшон А., Вайнгартен-Габбай С., Моргенштерн Д., Яхалом-Ронен Ю. и др. (январь 2021 г.). «Кодирующая способность SARS-CoV-2» (PDF) . Природа . 589 (7840): 125–130. Бибкод : 2021Nature.589..125F . дои : 10.1038/s41586-020-2739-1 . ПМИД 32906143 . S2CID 218582461 .
- ^ Jump up to: а б Хачим А., Кавиан Н., Коэн К.А., Чин А.В., Чу Д.К., Мок К.К. и др. (октябрь 2020 г.). «Антитела ORF8 и ORF3b являются точными серологическими маркерами ранней и поздней инфекции SARS-CoV-2» . Природная иммунология . 21 (10): 1293–1301. дои : 10.1038/s41590-020-0773-7 . ПМИД 32807944 . S2CID 221136730 .
- ^ Jump up to: а б с д и ж Юнгрейс И., Нельсон К.В., Ардерн З., Финкель Ю., Кроган Н.Дж., Сато К. и др. (июнь 2021 г.). «Противоречивые и неоднозначные названия перекрывающихся ORF в геноме SARS-CoV-2: решение на основе гомологии» . Вирусология . 558 : 145–151. дои : 10.1016/j.virol.2021.02.013 . hdl : 1721.1/130363 . ПМЦ 7967279 . ПМИД 33774510 .
- ^ Jump up to: а б Лу Р., Чжао X, Ли Дж., Ню П., Ян Б., Ву Х. и др. (февраль 2020 г.). «Геномная характеристика и эпидемиология нового коронавируса 2019 года: значение для происхождения вируса и связывания с рецепторами» . Ланцет . 395 (10224): 565–574. дои : 10.1016/S0140-6736(20)30251-8 . ПМК 7159086 . ПМИД 32007145 .
- ^ Конно Ю., Кимура И., Уриу К., Фукуши М., Ирие Т., Коянаги Ю. и др. (сентябрь 2020 г.). «SARS-CoV-2 ORF3b является мощным антагонистом интерферона, активность которого увеличивается за счет встречающегося в природе варианта элонгации» . Отчеты по ячейкам . 32 (12): 108185. doi : 10.1016/j.celrep.2020.108185 . ПМЦ 7473339 . ПМИД 32941788 .
- ^ Лам Дж.Ю., Юэнь К.К., Ип Дж.Д., Вонг В.М., То К.К., Юэнь К.Ю., Кок К.Х. (декабрь 2020 г.). «Потеря orf3b в циркулирующих штаммах SARS-CoV-2» . Новые микробы и инфекции . 9 (1): 2685–2696. дои : 10.1080/22221751.2020.1852892 . ПМЦ 7782295 . ПМИД 33205709 .
- ^ Jump up to: а б Юнгрейс I, Силфон Р., Келлис М. (май 2021 г.). «Содержимое гена SARS-CoV-2 и влияние мутации COVID-19 путем сравнения 44 геномов сарбековируса» . Природные коммуникации . 12 (1): 2642. Бибкод : 2021NatCo..12.2642J . дои : 10.1038/s41467-021-22905-7 . hdl : 1721.1/130581 . ПМЦ 8113528 . ПМИД 33976134 .
