Orf9c
| Бетакоронавирус нехарактерный белок 14 | |||
|---|---|---|---|
| Идентификаторы | |||
| Символ | bcov_orf14 | ||
| Pfam | PF17635 | ||
| InterPro | IPR035113 | ||
| |||
ORF9C (ранее также называемый ORF14 ) - это рамка считывания (ORF) в коронавируса геномах подрода открытая сарбековируса . [ 1 ] Это 73 кодона длиной в геноме SARS-COV-2 . [ 2 ] Хотя он часто включается в списки сарбековирусом генов белковых белков с вируса , экспериментальные и биоинформатические данные свидетельствуют о том, что ORF9C может не быть функциональным геном, кодирующим белок . [ 3 ]
Номенклатура
[ редактировать ]В номенклатуре была несоответствия, используемой для этого гена в научной литературе. В некоторой работе над SARS-COV это называлось ORF14. [ 4 ] Иногда его называют ORF9B, в то время как его более длинный сосед UPSTEAM ORF9B получили имя ORF9A. Текущая рекомендованная номенклатура называет этот ген как ORF9C, а ген восходящего потока - ORF9B. [ 2 ]
Выражение и взаимодействие
[ редактировать ]ORF9C является одним из двух перекрывающихся генов, полностью содержащихся в рамке открытого считывания гена N, кодирующего белок нуклеокапсида коронавируса , другой - ORF9B . Неясно, экспрессируется ли ORF9C во время инфекций SARS-COV-2; По сообщениям, это не переводится в экспериментальных условиях. [ 5 ] При экспериментально сверхэкспрессии белок взаимодействует с рецепторами Sigma и с путем NF-KB . [ 1 ] [ 6 ] Белок SARS-COV образует самостоятельные действия, предполагающие образование димера белка высшего порядка или олигомера . [ 7 ]
Эволюция
[ редактировать ]ORF9C имеет около 74% идентичности последовательности между SARS-COV и SARS-COV-2. [ 1 ]
варианты SARS-COV-2 Были идентифицированы преждевременные стоп-кодоны , в которых вводятся или где его начальный кодон был потерян, а аминокислотная последовательность плохо сохраняется , подтверждая гипотезу о том, что он не кодирует функциональный белок. [ 3 ] [ 6 ]
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Подпрыгнуть до: а беременный в Редондо Н., Залдавар-Лопес С., Гарридо Дж.Дж., Монтойя М (7 июля 2021 года). «Собственные белки SARS-COV-2 в вирусном патогенезе: известные и неизвестные» . Границы в иммунологии . 12 : 708264. DOI : 10.3389/fimmu.2021.708264 . PMC 8293742 . PMID 34305949 .
- ^ Подпрыгнуть до: а беременный Jungreis I, Nelson CW, Ardern Z, Finkel Y, Krogan NJ, Sato K, et al. (Июнь 2021 г.). «Конфликтующие и неоднозначные названия перекрывающихся ORF в геноме SARS-COV-2: резолюция на основе гомологии» . Вирусология . 558 : 145–151. doi : 10.1016/j.virol.2021.02.013 . PMC 7967279 . PMID 33774510 .
- ^ Подпрыгнуть до: а беременный Jungreis I, Sealfon R, Kellis M (май 2021). «Содержание гена SARS-COV-2 и влияние мутации COVID-19 путем сравнения 44 генома сарбековируса» . Природная связь . 12 (1): 2642. Bibcode : 2021natco..12.2642J . doi : 10.1038/s41467-021-22905-7 . PMC 8113528 . PMID 33976134 .
- ^ Марра М.А., Джонс С.Дж., Астелл К.Р., Холт Р.А., Брукс-Уилсон А., Баттерфилд Ю.С. и др. (Май 2003 г.). «Последовательность генома коронавируса, ассоциированного с SARS» . Наука . 300 (5624): 1399–1404. Bibcode : 2003sci ... 300.1399m . doi : 10.1126/science.1085953 . PMID 12730501 . S2CID 5491256 .
- ^ Finkel Y, Mizrahi Oh, Nachshon A, (Январь 2021 г.). "Кодирующая способность SARS-COV-2 " Природа 589 (7840): 125–1 Bibcode : 2021 Natur . doi : 10.1038/ s41586-020-2739-1 PMID 32906143 . S2CID 221624633
- ^ Подпрыгнуть до: а беременный Гордон Д.Е., Джанг Г.М., Бухадду М., Сюй Дж., Обернер К., Уайт К.М. и др. (Июль 2020 г.). «Карта взаимодействия белка SARS-COV-2 выявляет мишени для перепрофилирования лекарств» . Природа . 583 (7816): 459–468. Bibcode : 2020nater.583..459G . doi : 10.1038/s41586-020-2286-9 . PMC 7431030 . PMID 32353859 .
- ^ Von Brunn A, Teepe C, Simpson JC, Pepperkok R, Friedel CC, Zimmer R, et al. (Май 2007). «Анализ внутривирусных белковых взаимодействий SARS Coronavirus orfeome» . Plos один . 2 (5): E459. Bibcode : 2007ploso ... 2..459V . doi : 10.1371/journal.pone.0000459 . PMC 1868897 . PMID 17520018 .
