ORF3c
| ORF3c | |||
|---|---|---|---|
| Идентификаторы | |||
| Организм | |||
| Символ | ORF3c | ||
| ЮниПрот | P0DTG1 | ||
| |||
ORF3c — ген обнаруженный у коронавирусов подрода , Sarbecovirus , включая SARS-CoV и SARS-CoV-2 . Впервые он был идентифицирован в геноме SARS-CoV-2 и кодирует 41 аминокислоты неструктурный белок из с неизвестной функцией. [ 1 ] [ 2 ] [ 3 ] Он также присутствует в геноме SARS-CoV, но не был обнаружен до идентификации гомолога SARS-CoV-2 . [ 4 ]
Номенклатура
[ редактировать ]В научной литературе существует значительная путаница вокруг номенклатуры, используемой для дополнительных белков SARS -CoV-2 , особенно нескольких перекрывающихся генов с ORF3a . [ 4 ] Предсказанный белковый продукт гена ORF3c по крайней мере однажды был назван «белком 3b». [ 5 ] но его не следует путать с негомологичным геном ORF3b . [ 4 ] Он также был описан под названием ORF3h. [ 2 ] и ORF3a.iORF1 . [ 6 ] В рекомендуемой номенклатуре SARS-CoV-2 для этого гена используется термин ORF3c . [ 4 ]
Сравнительная геномика
[ редактировать ]ORF3c — это перекрывающийся ген которого , открытая рамка считывания перекрывается как ORF3a, так и ORF3d в геноме SARS-CoV-2 . Это потенциально представляет собой редкий пример всех трех возможных рамок считывания одной и той же области последовательности, кодирующей функциональные белки. [ 7 ] [ 4 ]
Биоинформатический анализ последовательностей сарбековируса показывает, что последовательность и длина ORF3c хорошо консервативны , что указывает на то, что он, вероятно, кодирует функциональный белок. [ 1 ] [ 3 ] [ 2 ] Похоже, что оно подлежит очищающему отбору . [ 1 ] [ 7 ]
Характеристики
[ редактировать ]Эксперименты по профилированию рибосом подтверждают, что ген ORF3c экспрессирует белковый продукт. [ 6 ] относительно короткий белок, состоящий из 41 остатка, Предполагается, что содержит трансмембранный домен и имеет характеристики, указывающие на виропорин . [ 2 ]
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Jump up to: а б с Ферт AE (октябрь 2020 г.). «Предположительный новый белок SARS-CoV, 3c, кодируемый ORF, перекрывающей ORF3a» . Журнал общей вирусологии . 101 (10): 1085–1089. дои : 10.1099/jgv.0.001469 . ПМЦ 7660454 . PMID 32667280 .
- ^ Jump up to: а б с д Кальяни Р., Форни Д., Клеричи М., Сирони М. (сентябрь 2020 г.). «Потенциал кодирования и сохранение последовательности SARS-CoV-2 и родственных вирусов животных» . Инфекция, генетика и эволюция . 83 : 104353. doi : 10.1016/j.meegid.2020.104353 . ПМК 7199688 . ПМИД 32387562 .
- ^ Jump up to: а б Юнгрейс I, Силфон Р., Келлис М. (май 2021 г.). «Содержимое гена SARS-CoV-2 и влияние мутации COVID-19 путем сравнения 44 геномов сарбековируса» . Природные коммуникации . 12 (1): 2642. doi : 10.1038/s41467-021-22905-7 . hdl : 1721.1/130581 . ПМЦ 8113528 . ПМИД 33976134 .
- ^ Jump up to: а б с д и Юнгрейс И., Нельсон К.В., Ардерн З., Финкель Ю., Кроган Н.Дж., Сато К. и др. (июнь 2021 г.). «Противоречивые и неоднозначные названия перекрывающихся ORF в геноме SARS-CoV-2: решение на основе гомологии» . Вирусология . 558 : 145–151. дои : 10.1016/j.virol.2021.02.013 . hdl : 1721.1/130363 . ПМЦ 7967279 . ПМИД 33774510 .
- ^ Павеси А (июль 2020 г.). «Новое понимание эволюционных особенностей вирусных перекрывающихся генов с помощью дискриминантного анализа» . Вирусология . 546 : 51–66. дои : 10.1016/j.virol.2020.03.007 . ПМЦ 7157939 . ПМИД 32452417 .
- ^ Jump up to: а б Финкель Ю., Мизрахи О., Накшон А., Вайнгартен-Габбай С., Моргенштерн Д., Яхалом-Ронен Ю. и др. (январь 2021 г.). «Кодирующая способность SARS-CoV-2» . Природа . 589 (7840): 125–130. дои : 10.1038/s41586-020-2739-1 . ПМИД 32906143 .
- ^ Jump up to: а б Нельсон К.В., Ардерн З., Голдберг Т.Л., Мэн С., Куо Ч., Людвиг С. и др. (октябрь 2020 г.). «Динамически развивающийся новый перекрывающийся ген как фактор пандемии SARS-CoV-2» . электронная жизнь . 9 : e59633. doi : 10.7554/eLife.59633 . ПМЦ 7655111 . ПМИД 33001029 .
