ORF3b
| ORF3b | |||
|---|---|---|---|
| Идентификаторы | |||
| Организм | |||
| Символ | ORF3b | ||
| ЮниПрот | P59633 | ||
| |||
| ORF3b | |||
|---|---|---|---|
| Идентификаторы | |||
| Организм | |||
| Символ | ORF3b | ||
| ЮниПрот | P0DTF1 | ||
| |||
ORF3b — ген обнаруженный у коронавирусов подрода , Sarbecovirus , кодирующий короткий неструктурный белок . Он присутствует как в SARS-CoV (вызывающем заболевание SARS ), так и в SARS-CoV-2 (вызывающем COVID-19 ), хотя белковый продукт у этих двух вирусов имеет очень разную длину. Кодируемый белок у SARS-CoV-2 значительно короче: всего 22 аминокислотных остатка по сравнению со 153–155 у SARS-CoV. [ 1 ] [ 2 ] Сообщалось, что как более длинные белки SARS-CoV, так и более короткие белки SARS-CoV-2 являются антагонистами интерферона . [ 2 ] Неясно, экспрессирует ли ген SARS-CoV-2 функциональный белок. [ 3 ]
Номенклатура
[ редактировать ]В научной литературе существует значительная путаница вокруг номенклатуры, используемой для дополнительных белков SARS -CoV-2 , особенно нескольких перекрывающихся генов с ORF3a . [ 1 ] Из-за различий в геномах SARS-CoV и SARS-CoV-2 две отдельные открытые рамки считывания (ORF) в геноме SARS-CoV-2 получили название «ORF3b». В SARS-CoV ORF3b представляет собой ген, состоящий из 155 кодонов . У SARS-CoV-2 гомологичная область генома включает несколько стоп-кодонов в одной рамке считывания , в результате чего ген усекается из 22 кодонов. В результате в некоторых статьях термин «ORF3b» использовался для обозначения более поздней ORF с 57 кодонами. [ 1 ] Путаницу усугубляет тот факт, что оба белковых продукта из 57 кодонов [ 4 ] и белковый продукт из 22 кодонов [ 2 ] Было описано, что они оказывают такое же действие, как и антагонисты интерферона . [ 1 ] Кроме того, предполагаемый продукт еще одной третьей ORF из 41 кодона по крайней мере один раз был описан как «белок 3b». [ 5 ] [ 1 ] Многочисленные публикации о SARS-CoV-2 неоднозначно относятся к «ORF3b». [ 1 ]
В рекомендуемой номенклатуре SARS-CoV-2 используется термин ORF3b для обозначения 22-кодонового гена, гомологичного 5'- концу ORF3b в SARS-CoV. Термин ORF3c используется для гена, состоящего из 41 кодона, а термин ORF3d используется для гена, состоящего из 57 кодонов. [ 1 ]
Сравнительная геномика
[ редактировать ]Как и другие гены, кодирующие вспомогательные белки, ORF3b расположен в геноме рядом с генами, кодирующими структурные белки вируса . Это один из нескольких перекрывающихся генов в этой области генома, перекрывающий ORF3a и, в случае SARS-CoV , ген E, кодирующий белок оболочки . [ 1 ] Его длина значительно варьируется: от 22 аминокислот у SARS-CoV-2 до примерно 155 остатков у SARS-CoV. [ 1 ] с другими родственными коронавирусами летучих мышей, имеющими промежуточные усечения различной длины. [ 6 ] [ 7 ] Это единственная ORF в сарбековирусов подроде со значительными различиями в длине среди известных родственных вирусов. [ 2 ] Его последовательность недостаточно консервативна у видов SARSr-CoV . [ 3 ]
Выражение и локализация
[ редактировать ]При SARS-CoV белок ORF3b транслируется через внутренний сайт входа в рибосому (IRES). [ 8 ] Он имеет сигнал ядерной локализации на С-конце локализуется в ядрышках . и митохондриях и [ 8 ] Это не является необходимым для репликации вируса . [ 8 ]
В случае SARS-CoV-2 неясно, функционален ли ORF3b. Протеомные исследования, секвенирование РНК субгеномной РНК , профилирование рибосом и сравнительная геномика — все они использовались для изучения функционального содержания генов SARS-CoV-2 и обнаружили мало доказательств того, что ORF3b экспрессирует функциональный белок. [ 3 ] Сообщалось, что белок SARS-CoV-2 при экспрессии в клеточной культуре локализуется преимущественно в цитозоле . [ 2 ] Сообщается, что укороченные формы белка коронавирусов летучих мышей также являются цитозольными, вероятно, из-за потери последовательности С-концевой ядерной локализации. [ 7 ]
Функция
[ редактировать ]Рост клеток
[ редактировать ]Сообщалось, что при SARS-CoV ORF3b индуцирует G0 / G1 остановку клеточного цикла и апоптоз при исследовании в культуре клеток . [ 8 ] [ 9 ]
Антагонист интерферона
[ редактировать ]При SARS-CoV ORF3b был описан как антагонист интерферона , подавляющий реакцию интерферона I типа посредством ингибирования IRF3 . [ 8 ] Исследования укороченного белка ORF3b SARS-CoV-2 в культуре клеток позволяют предположить, что он является более сильным антагонистом интерферона, чем белок SARS-CoV, что может быть связано с его длиной и различиями в субклеточной локализации. [ 2 ]
Влияние на AP-1
[ редактировать ]Сообщается, что при SARS-CoV белок ORF3b активирует фактор транскрипции AP-1 через JNK и ERK сигнальные пути . [ 10 ] [ 8 ]
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Jump up to: а б с д и ж г час я Юнгрейс И., Нельсон К.В., Ардерн З., Финкель Ю., Кроган Н.Дж., Сато К. и др. (июнь 2021 г.). «Противоречивые и неоднозначные названия перекрывающихся ORF в геноме SARS-CoV-2: решение на основе гомологии» . Вирусология . 558 : 145–151. дои : 10.1016/j.virol.2021.02.013 . hdl : 1721.1/130363 . ПМЦ 7967279 . ПМИД 33774510 .
- ^ Jump up to: а б с д и ж Конно Ю., Кимура И., Уриу К., Фукуши М., Ирие Т., Коянаги Ю. и др. (сентябрь 2020 г.). «SARS-CoV-2 ORF3b является мощным антагонистом интерферона, активность которого увеличивается за счет встречающегося в природе варианта элонгации» . Отчеты по ячейкам . 32 (12): 108185. doi : 10.1016/j.celrep.2020.108185 . ПМЦ 7473339 . ПМИД 32941788 .
- ^ Jump up to: а б с Юнгрейс I, Силфон Р., Келлис М. (май 2021 г.). «Содержимое гена SARS-CoV-2 и влияние мутации COVID-19 путем сравнения 44 геномов сарбековируса» . Природные коммуникации . 12 (1): 2642. Бибкод : 2021NatCo..12.2642J . дои : 10.1038/s41467-021-22905-7 . hdl : 1721.1/130581 . ПМЦ 8113528 . ПМИД 33976134 .
- ^ Лу Р., Чжао X, Ли Дж., Ню П., Ян Б., Ву Х. и др. (февраль 2020 г.). «Геномная характеристика и эпидемиология нового коронавируса 2019 года: значение для происхождения вируса и связывания с рецепторами» . Ланцет . 395 (10224): 565–574. дои : 10.1016/S0140-6736(20)30251-8 . ПМК 7159086 . ПМИД 32007145 .
- ^ Павеси А (июль 2020 г.). «Новое понимание эволюционных особенностей вирусных перекрывающихся генов с помощью дискриминантного анализа» . Вирусология . 546 : 51–66. дои : 10.1016/j.virol.2020.03.007 . ПМЦ 7157939 . ПМИД 32452417 .
- ^ Ху Б., Цзэн Л.П., Ян XL, Ge XY, Чжан В., Ли Б и др. (ноябрь 2017 г.). «Обнаружение богатого генофонда коронавирусов, связанных с атипичной пневмонией летучих мышей, дает новое понимание происхождения коронавируса атипичной пневмонии» . ПЛОС Патогены . 13 (11): e1006698. дои : 10.1371/journal.ppat.1006698 . ПМК 5708621 . ПМИД 29190287 .
- ^ Jump up to: а б Чжоу П., Ли Х., Ван Х., Ван Л.Ф., Ши Цзи (февраль 2012 г.). «Гомологи ORF3b коронавируса, подобного тяжелому острому респираторному синдрому летучих мышей, проявляют различную антагонистическую активность интерферона» . Журнал общей вирусологии . 93 (Часть 2): 275–281. дои : 10.1099/vir.0.033589-0 . ПМИД 22012463 .
- ^ Jump up to: а б с д и ж Лю Д.С., Фунг Т.С., Чонг К.К., Шукла А., Хильгенфельд Р. (сентябрь 2014 г.). «Акцессорные белки SARS-CoV и других коронавирусов» . Противовирусные исследования . 109 : 97–109. дои : 10.1016/j.antiviral.2014.06.013 . ПМЦ 7113789 . ПМИД 24995382 .
- ^ Юань X, Шань Y, Чжао Z, Чэнь J, Цун Y (август 2005 г.). «Арест G0/G1 и апоптоз, индуцированные белком SARS-CoV 3b в трансфицированных клетках» . Вирусологический журнал . 2 (66): 66. дои : 10.1186/1743-422X-2-66 . ПМК 1190220 . ПМИД 16107218 .
- ^ Варшни Б., Лал С.К. (июнь 2011 г.). «Дополнительный белок 3b SARS-CoV индуцирует транскрипционную активность AP-1 посредством активации путей JNK и ERK». Биохимия . 50 (24): 5419–5425. дои : 10.1021/bi200303r . ПМИД 21561061 .
