ZCCHC18
| ZCCHC18 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Идентификаторы | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Псевдонимы | ZCCHC18 , PNMA7B, SIZN2, цинковый палец типа CCHC, содержащий 18 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Внешние идентификаторы | МГИ : 1914245 ; Гомологен : 121722 ; Генные карты : ZCCHC18 ; OMA : ZCCHC18 — ортологи | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Викиданные | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CCHC-тип цинкового пальца, содержащий 18 (ZCCHC18), представляет собой белок , который у человека кодируется геном ZCCHC18 . Он также известен как белок 2 цинковых пальцев, взаимодействующий с Smad (SIZN2), член семейства паранеопластических антигенов Ma 7b (PNMA7B) и LOC644353. [ 4 ] [ 5 ] Для описания этого белка использовались и другие названия, такие как цинковый палец, домен CCHC, содержащий 12 псевдогенов 1, P0CG32, ZCC18_HUMAN.
ZCCHC18 принадлежит к семейству ZCCHC12 или паранеопластическому Ма (PNMA). Это лиганд-зависимый коактиватор транскрипции ядерных рецепторов. Его домен цинкового пальца - CCHC, который связывается с ионом цинка (подробную информацию о мотиве CCHC см. в разделе «Белки»). [ 6 ]
Стоит отметить, что у млекопитающих PNMA происходит от ретротранспозонов Ty3/Gypsy с длинным терминальным повтором (LTR), а семейство PNMA кодирует Gag-подобный белок. [ 7 ] Хотя полные функции остаются неизвестными, большинство генов PNMA экспрессируются в мозге макак и мышей. [ 8 ] PNMA1, 2 и 3 были обнаружены в сыворотке крови пациентов с паранеопластическими неврологическими расстройствами. Семейство также включает модулятор апоптоза 1, играющий роль в апоптозе, зависимом от рецептора смерти. [ 9 ]
Ген
[ редактировать ]Расположение
[ редактировать ]Ген ZCCHC18 расположен на длинном плече Х-хромосомы , позиция локуса Xq22.2. Этот ген содержит 3 экзона gt-ag и 2 отдельных интрона , которые транскрибируются в 3 альтернативно сплайсированные мРНК . из 403 аминокислот Однако только одна сплайсированная мРНК (NM_001143978.2, 2951 п.о.) предположительно кодирует белок , тогда как остальные не кодируют белки. [ 10 ]
Джин Район
[ редактировать ]Соседние гены включают SLC25A53 (на отрицательной цепи) (около 8000 пар оснований (п.н.) выше) и FAM199X (на положительной цепи) (около 50 800 пар оснований ниже). [ 6 ]
Выражение
[ редактировать ]ZCCHC18 повсеместно экспрессируется в яичниках, головном мозге (мозжечке), эндометрии, лимфатических узлах, селезенке и 22 других тканях человека и других видов. [ 11 ] Судя по данным экспрессии RNA-Seq из GTEx (53 ткани от 570 доноров), самая высокая медиана экспрессии наблюдается в мозге-мозжечке (4,74 RPKM), тогда как общая медиана экспрессии составляет 67,54 RPKM. [ 12 ]
Промоутер
[ редактировать ]Возможные сайты связывания транскрипции анализируются с помощью Genomatix. [ 13 ] перечислены в таблице ниже:
| Матричная семья | Подробная информация о семье | Позиция привязки | Стрэнд | Матричный сим. | Последовательность |
|---|---|---|---|---|---|
| V$AP1R | Факторы, связанные с MAF и AP1 | 1225 | - | 0.996 | gcacggcgtcAGCAgctcggacgca |
| В$МЗФ1 | Миелоидный цинковый палец 1 фактор | 1040 | - | 0.995 | agGGGGaagcg |
| V$ZF02 | Факторы транскрипции цинковых пальцев C2H2 2 | 1916 | - | 0.993 | caccccgCCCCcgacacccaaca |
| V$CAAT | Факторы связывания CCAAT | 1368 | - | 0.991 | gcggCCAAtcagcgg |
| V$SORY | SOX/SRY-определяющие пол/яички и связанные с ними факторы коробки HMG | 307 | + | 0.989 | gggtcaCAAAgggctgtcgaaat |
| В$ZFHX | Факторы транскрипции гомеодомена двуручных цинковых пальцев | 1029 | + | 0.988 | acgctGTTTcccc |
| V$ZTRE | Транскрипционный регуляторный элемент цинка | 503 | - | 0.984 | кляпGGAGggggtgagga |
| V$ZTRE | Транскрипционный регуляторный элемент цинка | 2165 | + | 0.984 | gcgGGAGggcaggaggc |
| V$NEUR | NeuroD, Beta2, домен HLH | 774 | + | 0.982 | ctccCATCtggcttt |
| V$MIZ1 | Myc-взаимодействующий белок 1 с цинковыми пальцами | 480 | + | 0.981 | tcagcCCTCtc |
| V$IKRS | Семейство цинковых пальцев Ikaros | 1483 | + | 0.98 | cctGGGAaccgt |
| В$CEBP | Ccaat/белок, связывающий усилитель | 713 | + | 0.979 | tcatcTGTGaaatgg |
| В$ГАТА | Факторы связывания GATA | 724 | + | 0.974 | tggaGATAatggt |
| О$ИНТЕР | Элементы инициатора основного промотора | 1407 | + | 0.972 | tcTCAGtcgcc |
| V$AP2F | Белок-активатор 2 | 1281 | - | 0.936 | ctgGCCGgcggggccg |
| V$MAZF | Myc-ассоциированные цинковые пальцы | 1126 | + | 0.904 | cccgGAGGagagc |
Гомология
[ редактировать ]Ортологи
[ редактировать ]Ортологи ZCCHC18 можно найти у большинства хордовых ( млекопитающих , амфибий , рептилий , Osteichthyes , но не у членистоногих , Aves , Chondrichthyes ), иглокожих и книдарий, но не у грибов , растений , инфузорий , архей или бактерий .
Паралоги
[ редактировать ]идентифицировано восемь возможных паралогов ZCCHC18 У Homo sapiens .
| Имя гена | Присоединение | Покрытие | E-значение | Идентичность последовательности, % |
|---|---|---|---|---|
| ПНМА7А(ZCCHC12) | НП_776159.1 | 99% | 0 | 84% |
| ПНМА3 | НП_001269464.1 | 91% | 4.00E-40 | 29% |
| ПНМА1 | НП_006020.4 | 45% | 3.00Э-39 | 43% |
| ПНМА5 | НП_443158.1 | 47% | 4.00Э-39 | 41% |
| ПНМА2 | НП_009188.1 | 48% | 5.00Э-39 | 41% |
| ПНМА6А (ПНМА6С) | НП_116271.3 | 52% | 6.00Е-27 | 38% |
| ПНМА6Е | НП_001338223.1 | 48% | 4.00E-21 | 36% |
| ПНМА6Ф (ПНМА6БЛ) | НП_001341909.1 | 54% | 1.00E-18 | 33% |
Примечание. PNMA4 (псевдонимы: модулятор апоптоза 1, MOAP1 ), по-видимому, не похож на ZCCHC18 (идентичность и сходство между ZCCHC18 и MOAP1 составляют 15% и 32,1% соответственно).
Стенограмма
[ редактировать ]Варианты сращивания
[ редактировать ]
Включая 5'-UTR и 3'-UTR, ZCCHC18 простирается от chrX: 104 112 526-104 115 846 и содержит в общей сложности 3321 пару оснований (п.н.) (5'-UTR: 1206 п.н. и 3'-UTR: 523 п.н.). Он содержит 3 экзона и 2 отдельных интрона gt-ag, которые транскрибируются в 3 альтернативно сплайсированные мРНК. Однако только одна сплайсированная мРНК (NM_001143978.2, 2951 п.н.) предположительно кодирует белок с 403 аминокислотами (кодирующая область: hg38 chrX:104,114,112-104,115,323, всего 1212 п.н.), тогда как другие не кодируют белки. [ 6 ] [ 15 ] [ 16 ]
) имеется 7 изоформ Zcchc18 По сравнению с мРНК ZCCHC18 человека, которая имеет 3 изоформы, у мышей ( Mus musculus ) нет изоформ , а у кошек ( Felis catus ) и леопарда ( Panthera pardus .
Белок
[ редактировать ]ZCCHC18 представляет собой человеческий белок, состоящий из 403 аминокислот и прогнозируемой молекулярной массы 45 160 дальтон. Его базальная изоэлектрическая точка составляет 7,02 (нефосфорилированное состояние), а изоэлектрическая точка снижается с увеличением количества фосфорилируемых остатков. Общие последовательности ZCCHC18 включают KRED и LVIFM. Обычно он электронейтрален (нет кластеров или сегментов с положительным или отрицательным зарядом) и не имеет высокогидрофобных сегментов.
Вторичная структура
[ редактировать ]
Предсказание вторичной структуры недостаточно охарактеризованного белка можно выполнить с использованием базы данных PRBI. [ 17 ] Фира2, [ 14 ] и Я-ТАССЕР. [ 18 ] Предсказание вторичной структуры ZCCHC18 было проанализировано Phyre2.
Третичная структура
[ редактировать ]Третичная структура была предсказана I-TASSER [ 18 ] в попытке оптимизировать C-оценку, TM-оценку и плотность кластера. Предсказанная третичная структура ZCCHC18 показана на рисунке.
Посттрансляционные модификации
[ редактировать ]
Прогнозируемые посттрансляционные модификации (ПТМ) получают с помощью Prosite, [ 19 ] и многие другие инструменты. [ 20 ] [ 21 ] [ 22 ] [ 23 ] [ 24 ] [ 25 ] [ 26 ] Ключевые изменения в переводе постов суммированы здесь.
Субклеточная локализация
[ редактировать ]ZCCHC18 первично локализуется в ядре (под иммунофлуоресцентной микроскопией выглядит как ядерное пятнышко, дискретный внеядрышковый субъядерный домен). [ 27 ]
Функция
[ редактировать ]
Хотя точная функция ZCCHC18 до сих пор полностью не известна, основная аминокислотная последовательность белка CCHC типа «цинковый палец» (Znf) может быть хорошо охарактеризована как консервативно расположенные цистеин и гистидин . [ 7 ] Остатки Cys и His полностью консервативны в положениях 1 (Cys), 4 (Cys), 9 (His) и 14 (Cys) [как первый Cys в последовательности, обозначенной как Cys (1)]. Консервативно замещенные глицины встречаются в положениях 5 и 8, а ароматические или гидрофобные аминокислоты - в положениях 2 (или 3) и 10. Этот мотив часто выражается как Cys-X2-Cys-X4-His-X4-Cys.
Структура доменов цинковых пальцев позволяет белку вступать в тандемный контакт с молекулами-мишенями посредством множества пальцеобразных выступов. Эти домены могут связываться с цинком или другими металлами, такими как железо, или даже не связываться с металлами (стабилизируясь за счет солевых мостиков). [ 28 ] Точный механизм работы домена Znf ZCCHC18 до сих пор неизвестен.
Взаимодействующие белки
[ редактировать ]ZCCHC18, возможно, может взаимодействовать с внутриклеточным доменом EGFR. Этот отчет был основан на двух подходах белок-белкового взаимодействия (PPI), мембранном двухгибридном дрожжевом (MYTH) и мембранном двухгибридном млекопитающих (MMTH), для картирования PPI между человеческими рецепторными тирозинкиназами (RTK) и фосфатазами. . [ 29 ]
Клиническое значение
[ редактировать ]Ассоциация болезней
[ редактировать ]
Изучая данные секвенирования РНК из Атласа генома рака (TCGA), [ 30 ] глиома имеет повышенную экспрессию РНК (медиана 1,9 FPKM [фрагментов на килобазу экзона на миллион чтений]), тогда как другие типы рака имеют лишь минимальную экспрессию (средний уровень экспрессии ниже 0,5 FPKM). Что касается экспрессии белка ZCCHC18, плоскоклеточный и базальноклеточный рак, а также случаи уротелиального рака демонстрировали цитоплазматическую иммунореактивность от умеренной до сильной. Остальные раковые клетки были слабо окрашены или отрицательны. Опросив 4440 образцов опухолей 15 типов рака из TCGA, [ 13 ] анализ показал разную частоту мутаций белка при разных типах рака. Мутация ZCCHC18 часто встречалась при раке эндометрия (~ 2,4%), за которым следовали рак мочевого пузыря (~0,8%), карцинома головы/шеи (~0,4%), рак яичников (~0,4%) и рак молочной железы (<0,2%).
Генетическое тестирование
[ редактировать ]По состоянию на май 2021 года Fulgent Genetics была единственной коммерческой компанией, которая проводила генетическое тестирование на делецию или дупликацию ZCCHC18 посредством анализа последовательности всей кодирующей области ( секвенирование следующего поколения ) на предмет возможных заболеваний, вызванных мутациями этого конкретного гена, которые передаются по наследству. из генома родителя. Однако клиническая валидность и полезность еще не доказаны. [ 31 ]
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Jump up to: а б с GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000031428 – Ensembl , май 2017 г.
- ^ «Ссылка на Human PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
- ^ «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
- ^ «Ген ZCCHC18» . Генные карты .
- ^ «Ген: ZCCHC18 (ENSG00000166707) - Краткое описание - Homo sapiens - Браузер генома Ensembl 91» . useast.ensembl.org . Проверено 22 февраля 2018 г.
- ^ Jump up to: а б с «Ген человека ZCCHC18 (ENST00000611638.4) Описание и указатель страниц» . genome.ucsc.edu . Проверено 30 апреля 2018 г.
- ^ Jump up to: а б Саммерс МФ (январь 1991 г.). «Мотив цинкового пальца для одноцепочечных нуклеиновых кислот? Исследования методом ядерного магнитного резонанса». Журнал клеточной биохимии . 45 (1): 41–8. дои : 10.1002/jcb.240450110 . ПМИД 2005183 . S2CID 45192514 .
- ^ Такаджи М., Комацу Ю., Ватакабе А., Хашикава Т., Ямамори Т. (декабрь 2009 г.). «Ген 5-го паранеопластического антигена (PNMA5) преимущественно экспрессируется в ассоциативных областях специфичным для приматов способом» . Кора головного мозга . 19 (12): 2865–79. дои : 10.1093/cercor/bhp062 . ПМЦ 2774394 . ПМИД 19366867 .
- ^ Ивасаки С., Сузуки С., Пелеканос М., Кларк Х., Оно Р., Шоу Дж., Ренфри М.Б., Канеко-Исино Т., Ишино Ф. (октябрь 2013 г.). «Идентификация нового гена PNMA-MS1 у сумчатых предполагает, что гены PNMA, полученные из ретротранспозонов LTR, развивались по-разному у сумчатых и плацентарных» . Исследование ДНК . 20 (5): 425–36. дои : 10.1093/dnares/dst020 . ПМЦ 3789554 . ПМИД 23704700 .
- ^ «Браузер 1000 геномов» . www.ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 22 февраля 2018 г.
- ^ «ZCCHC18 цинковый палец CCHC-типа, содержащий 18 [Homo sapiens (человек)] - Ген - NCBI» . www.ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 30 апреля 2018 г.
- ^ «Экспрессия гена ZCCHC18 (ENSG00000166707.6)» . Портал GTEx . 2018-04-30.
- ^ Jump up to: а б «Геноматикс: Человек ZCCHC18» . www.genomatix.de . Проверено 10 мая 2018 г.
- ^ Jump up to: а б с Келли, Лоуренс. «Сервер распознавания складок белка PHYRE2» . www.sbg.bio.ic.ac.uk. Проверено 10 мая 2018 г.
- ^ Тьерри-Миг, Даниэль; Тьерри-Миг, Жан. «AceView: Gene:ZCCHC18, полная аннотация генов человека, мыши и червя с помощью мРНК или ESTsAceView» . www.ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 30 апреля 2018 г.
- ^ «Ген: ZCCHC18 (ENSG00000166707) - Краткое описание - Homo sapiens - Браузер генома Ensembl 92» . useast.ensembl.org . Проверено 30 апреля 2018 г.
- ^ UCBL, Институт биологии и химии белков - UMR5086 - CNRS -. «NPS@: прогноз вторичной структуры GOR4» . npsa-prabi.ibcp.fr . Проверено 10 мая 2018 г.
{{cite web}}: CS1 maint: числовые имена: список авторов ( ссылка ) - ^ Jump up to: а б с «Сервер I-TASSER для прогнозирования структуры и функций белков» . zhanglab.ccmb.med.umich.edu . Проверено 10 мая 2018 г.
- ^ «Просайт: Человек ZCCHC18» .
- ^ «Сервер NetAcet 1.0» . www.cbs.dtu.dk. Проверено 10 мая 2018 г.
- ^ «Программа анализа SUMOplot™ | Abgent» . www.abgent.com . Проверено 10 мая 2018 г.
- ^ «GPS-SUMO: прогнозирование сайтов SUMOylation и мотивов SUMO-взаимодействия» . sumosp.biocuckoo.org . Проверено 10 мая 2018 г.
- ^ «CSS-Palm — Прогнозирование места пальмитоилирования» . csspalm.biocuckoo.org . Проверено 10 мая 2018 г.
- ^ ":::BDM-PUB - Прогнозирование сайтов убиквитинирования с помощью байесовского дискриминантного метода:::" . bdmpub.biocuckoo.org . Проверено 10 мая 2018 г.
- ^ «ЭксПАСи-Сульфинатор» . web.expasy.org . Проверено 10 мая 2018 г.
- ^ «Сервер прогнозов MYR» . mendel.imp.ac.at . Проверено 10 мая 2018 г.
- ^ Jump up to: а б «ZCCHC18 - Белок 18, содержащий домен CCHC с цинковым пальцем - Homo sapiens (человек) - ген и белок ZCCHC18» . www.uniprot.org . Проверено 10 мая 2018 г.
- ^ ЭМБЛ-ЭБИ, ИнтерПро. «Цинковый палец, тип CCHC (IPR001878) < InterPro < EMBL-EBI» . www.ebi.ac.uk. Проверено 22 февраля 2018 г.
- ^ Яо З, Даровски К, Сен-Дени Н, Вонг В, Оффенспергер Ф, Вильдье А, Амин С, Малти Р, Аоки Х, Го Х, Сюй Ю, Иорио С, Котляр М, Эмили А, Юришика И, Нил БГ, Бабу М, Гинграс АС, Стагляр И (январь 2017 г.). «Глобальный анализ взаимодействия рецепторной тирозинкиназы и протеинфосфатазы» . Молекулярная клетка . 65 (2): 347–360. дои : 10.1016/j.molcel.2016.12.004 . ПМЦ 5663465 . ПМИД 28065597 .
- ^ «Поиск: ZCCHC18 — Атлас белков человека» . www.proteinatlas.org . Проверено 10 мая 2018 г.
- ^ «ZCCHC18 — Испытания — GTR — NCBI» . www.ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 22 февраля 2018 г.