Resf1
| Resf1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Идентификаторы | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Псевдонимы | RESF1 , C12ORF35, UTA2-1, GET, Фактор молчания ретроэлемента 1, KIAA1551 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Внешние идентификаторы | MGI : 1914496 ; Гомологен : 19251 ; GeneCards : Resf1 ; OMA : RESF1 - Ортологи | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Викидид | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Фактор молчания ретроэлемента 1 - это белок , который у людей кодируется RESF1 геном . RESF1 широко экспрессируется в лимфатических узлах , яичниках , приложении и селезенке . [ 5 ] RESF1 показывает характеристики незначительного антигена гистосовместимости , а также возможности супрессора опухолей. [ 6 ] [ 7 ] Высокая экспрессия в лимфатических узлах и селезенке указывает на функцию в иммунной системе .
Ген
[ редактировать ]RESF1 является геном, кодирующим белок, обнаруженный на хромосоме 12 и отображается до 12p11.21. [ 8 ] Альтернативные названия для этого гена включают транскрипт экспрессии гонады (GET), UTA2-1 и C12ORF35. [ 5 ] Resf1 имеет 7 экзонов, 3 из которых происходят до начального кодона . [ 5 ]
Экспрессия ткани
[ редактировать ]Нормальный
[ редактировать ]Исследование нормального профилирования экспрессии тканей человека показывает, что RESF1 высоко экспрессируется в тимусе, селезенке, костном мозге и печени. [ 9 ] Это интересно, поскольку это связано с общими органами, связанными с иммунной системой .
Паттерны экспрессии ткани генной ткани, обнаруженные в Национальном центре биотехнологической информации, негреновая профиль показал, что была также высокая экспрессия RESF1 в лимфатических узлах , матке , во рту , щитовидной железе , гортани и крови . [ 10 ]
Рак
[ редактировать ]Оценка экспрессии RESF1 в состояниях здравоохранения была выполнена с использованием профиля EST NCBI Unigene. [ 11 ] Хотя RESF1 высоко экспрессируется в опухолях матки, он также высоко экспрессируется в матке, что позволяет предположить, что вряд ли ген тесно связан с раком матки. Тем не менее, RESF1 может быть связан с опухолями надпочечников, так как была более низкая экспрессия этого гена в нормальной ткани почек.
Транскрипт
[ редактировать ]Сайты связывания транскрипции
[ редактировать ]Сайты связывания фактора транскрипции в промоторе RESF1 включали в них в основном факторы транскрипции, которые были связаны с клетками костного мозга, антителами, продуцирующими клетками и клетками крови. [ 12 ] Это поддерживает ассоциацию RESF1 с функционирующей иммунной системой.
Белок
[ редактировать ]RESF1 составляет 1747 аминокислоты в длину и имеет одну домен неизвестной функции, DUF4617. [ 13 ] Молекулярный вес RESF1 составляет 194,9 кдала. [ 14 ] Базальная изоэлектрическая точка составляет 8,95. [ 15 ] Прогноз локализации предполагает, что RESF1, вероятно, является ядерным белком. [ 15 ]
Белковая структура
[ редактировать ]Вторичная структура RESF1 состоит из в основном случайных структур катушек (приблизительно 59,2%), немногие альфа -спирали (24% остатков) и меньше расширенных нитей (15,8% остатков). [ 16 ]
Прогнозируемая трехмерная структура была создана с использованием рабочего пространства швейцарской модели, показанного выше. [ 17 ]
Белковые взаимодействия
[ редактировать ]RESF1 взаимодействует с Nanog, MDM2 , EXOC1 и Calml3 . Эти взаимодействия также предполагают, что RESF1 является ядерным белком , и что он может быть связан с белками-супрессорами опухоли и белками иммунной системы. [ 18 ]
EXOC1 был вовлечен в исследование шизофрении, которое связывает ген риска шизофренией (DISC1) с сетью белковых взаимодействий. [ 19 ] В этом исследовании использовался двухгибридный анализ в качестве доказательства взаимодействия белка между RESF1 и EXOC1. EXOC1 функционирует как ответ на микробные инфекции, что снижает синтез вирусной РНК и трансляцию белка. [ 20 ]
Было предсказано, что Nanog взаимодействует с RESF1 на основе аффинного захвата-МС, который связывал наног с белками, связанными с клеточным циклом. В этом исследовании использовалась аффинная очистка в сочетании с масс -спектрометрией высокой точности для поиска специфических белковых взаимодействий. [ 21 ] Также было обнаружено, что Nanog является важным транскрипционным фактором в эмбриональных стволовых клетках, особенно участвующих в экспрессии генов, чтобы воздействовать на судьбу клеток. [ 22 ]
MDM2 - это ген, который взаимодействует с другими, чтобы влиять на клеточный цикл и апоптоз и расположен в тканях, общих для Resf1, таких как матка и лимфатический узел. [ 23 ] Было обнаружено, что MDM2 взаимодействует с RESF1 с использованием библиотеки дисплея фага. Это взаимодействие также предполагает, что RESF1 является ядерным белком, поскольку MDM2 и его варианты сплайсинга содержат сигналы ядерной локализации для нуклеоплазматического распределения. [ 24 ]
Было обнаружено, что Calml3 взаимодействует с RESF1 на основе анализа Affinity Capture-MS, аналогично тому, как было обнаружено, что Nanog взаимодействует с RESF1. [ 25 ] Исследование экспрессии CALML3 в эпидермальном развитии показало, что CALML3 был полезным маркером для развития, а потеря экспрессии CALML3 коррелировала со злокачественными фенотипами. [ 26 ]
Эволюционные отношения
[ редактировать ]Ортологи
[ редактировать ]Самыми близкими ортологами для RESF1 являются приматы, однако, консервативные последовательности можно найти в китах, медведях, змеях, птицах, черепахах и лягушках. Ортологи RESF1 разошлись до 353 миллионов лет назад ( Xenopus laevis ), в то время как ближайший эволюционный ортолог - Papio Anubis , который расходился примерно 28,1 миллиона лет назад.
| Научное название | Имя | Вступление | Сходство последовательности % | Дата дивергенции (MYA) |
|---|---|---|---|---|
| Empus | Оливковый пабун | XP_003906231.2 | 28.1 | 28.1 |
| Propithecus Choebereli | Коронированный включает в себя | XP_012496506 | 81 | 73 |
| Физический катадон | Спермат | XP_007116796.1 | 74 | 94 |
| Delphinapterus Leagues | Beluga Whale | XP_022433618.1 | 74 | 94 |
| Калипт Анна | Колибри Анны | XP_008493940 | 55 | 312 |
| Chrysemys Picta Belli | Западная окрашенная черепаха | XP_008175485.1 | 43 | 312 |
| Python Bivittatus | Бирманский питон | XP_007443900.1 | 43 | 312 |
| Xenopus laevis | Африканская когтяная лягушка | XP_018107375 | 43 | 353 |
Филогенетическое дерево
[ редактировать ]Основное филогенетическое дерево RESF1 было создано из 20 ортологов и гена человека RESF1.
Молекулярная филогения
[ редактировать ]График, показанный ниже молекулярной эволюции Resf1, показывает, что он эволюционировал относительно быстро по сравнению с как с цитохромом C , медленно развивающимся белком и фибриногеновым альфа , который развивался быстрее, чем цитохром C. предполагает, что это может быть ген, который быстро меняется в ответ на окружающую среду, например, введение патогена .
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Jump up to: а беременный в GRCH38: Ensembl Release 89: ENSG00000174718 - Ensembl , май 2017 г.
- ^ Jump up to: а беременный в GRCM38: Ensembl Release 89: Ensmusg00000032712 - Ensembl , май 2017 г.
- ^ «Человеческая PubMed ссылка:» . Национальный центр информации о биотехнологии, Национальная медицина США .
- ^ «Мышь Pubmed ссылка:» . Национальный центр информации о биотехнологии, Национальная медицина США .
- ^ Jump up to: а беременный в «Нехарактерный белок Resf1 [Homo sapiens] - белок - NCBI» . www.ncbi.nlm.nih.gov . Получено 2018-02-04 .
- ^ Roopenian D, Choi Ey, Brown A (декабрь 2002 г.). «Иммуногеномика антигенов незначительных гистосовместимости». Иммунологические обзоры . 190 : 86–94. doi : 10.1034/j.1600-065x.2002.19007.x . PMID 12493008 . S2CID 22243976 .
- ^ East Birds R, Mininma MC, из Elk M, Spapeen RM, To Raa GD, Giovannone B, Fores A, Borle D, Kater AP, Griffion M, Perchorest HM, Mutis T (март 2013 г.). «На пути к эффективной и безопасной иммунотерапии от аллогенных голосов голосовать за трансплантацию клеток: идентификация или гематуопоя-специфично очень гистокомпейность антиген UTA2-1» . Лейкемия . 27 (3): 642–9. doi : 10 1038/leu.2012,277 . PMC 3593180 . PMID 2307962 .
- ^ "Resf1 ген" . Генные карты .
- ^ Yanai I, Benjamin H, Shmoish M, Chalifa-Caspi V, Shklar M, Ophir R, Bar-Even A, Horn-Saban S, Safran M, Domany E, Lancet D, Shmueli O (март 2005 г.). «Профили транскрипции среднего уровня в масштабах генома выявляют отношения уровня экспрессии в спецификации тканей человека» . Биоинформатика . 21 (5): 650–9. doi : 10.1093/bioinformatics/bti042 . PMID 15388519 .
- ^ "Дом - Unigene - NCBI" . www.ncbi.nlm.nih.gov . Получено 2018-04-23 .
- ^ "Дом - Unigene - NCBI" . www.ncbi.nlm.nih.gov . Получено 2018-05-06 .
- ^ «Эльдорадо» . Genomatix . Получено 18 апреля 2018 года .
- ^ «Вход белка на Resf1» . NCBI (Национальный центр информации о биотехнологии) .
- ^ Embl-Ebi. «SAPS <Статистика последовательности <embl-ebi» . www.ebi.ac.uk. Получено 2018-04-23 .
- ^ Jump up to: а беременный "Добро пожаловать на psort.org !!" Полем psort.org . Получено 2018-04-23 .
- ^ Combet C, Blanchet C, Geourjon C, Deléage G (март 2000 г.). «NPS@: анализ последовательности сетевого белка». Тенденции в биохимических науках . 25 (3): 147–50. doi : 10.1016/s0968-0004 (99) 01540-6 . PMID 10694887 .
- ^ Biasini M, Bienert S, Waterhouse A, Arnold K, Studer G, Schmidt T, Kiefer F, Gallo Cassarino T, Bertoni M, Bordoli L, Schwede T (июль 2014 г.). «Швейцарская модель: моделирование третичной и четвертичной структуры белка с использованием эволюционной информации» . Исследование нуклеиновых кислот . 42 (Проблема веб -сервера): W252–8. doi : 10.1093/nar/gku340 . PMC 4086089 . PMID 24782522 .
- ^ "RESF1" . Биография 3.4 . Получено 19 апреля 2018 года .
- ^ Camargo LM, Collura V, Rain JC, Mizuguchi K, Hermjakob H, Kerrien S, Bonnerert TP, Whiting PJ, Brandon NJ (январь 2007 г.). «Разрубленная в шизофрении 1 Interactome: данные о тесной связи генов риска и потенциальной синаптической основы для шизофрении». Молекулярная психиатрия . 12 (1): 74–86. doi : 10.1038/sj.mp.4001880 . PMID 17043677 .
- ^ "Exoc1" . Генные карты . Получено 5 мая 2018 года .
- ^ Оливьеро Г., Мунавар Н., Уотсон А., Стребель Г., Мэннинг Г., Бардвелл В., Брэкен А.П., Кэгни Г. (декабрь 2015 г.). «Вариант Polycomb Repressor Complex 1 Component PCGF1 взаимодействует с подсети из плюрипотентности, которая включает DPPA4, регулятор эмбриогенеза» . Научные отчеты . 5 : 18388. Bibcode : 2015natsr ... 518388o . doi : 10.1038/srep18388 . PMC 4685312 . PMID 26687479 .
- ^ Blinka S, Rao S (декабрь 2017 г.). «Экспрессия Nanog в эмбриональных стволовых клетках - идеальная модельная система для рассечения функции усилителя» . Биологии . 39 (12). doi : 10.1002/bies.201700086 . PMC 5878941 . PMID 28977693 .
- ^ Guo Z, Wang X, Li H, Gao Y (2013). «Скрининг субстратов E3 с использованием живой библиотеки дисплея фага» . Plos один . 8 (10): E76622. BIBCODE : 2013PLOSO ... 876622G . doi : 10.1371/journal.pone.0076622 . PMC 3790729 . PMID 24124579 .
- ^ Schuster K, Fan L, Harris LC (апрель 2007 г.). «Варианты сплайсинга MDM2 преимущественно локализуются в нуклеоплазме, опосредованной сигналом ядерной локализации COOH» . Молекулярное исследование рака . 5 (4): 403–12. doi : 10.1158/1541-7786.mcr-06-0146 . PMID 17426254 .
- ^ Huttlin EL, Ting L, Bruckner RJ, Gebreab F, Gygi MP, Szpyt J, et al. (Июль 2015). «Биоплексная сеть: систематическое исследование человеческого взаимодействия» . Клетка . 162 (2): 425–440. doi : 10.1016/j.cell.2015.06.043 . PMC 4617211 . PMID 26186194 .
- ^ Bennett Rd, Pithelkow MR, Strehler EE (2013). «Иммунолокализация чувствительного к опухоле кальмодулиноподобного белка Calml3 при нормальной коже человека и гиперпролиферативных кожных заболеваниях» . Plos один . 8 (4): E62347. Bibcode : 2013ploso ... 862347b . doi : 10.1371/journal.pone.0062347 . PMC 3630146 . PMID 23638045 .