✖


Jump to content

Одноклеточный анализ

Эта единственная клетка демонстрирует процесс, описанный в центральной догме молекулярной биологии , который представляет собой все этапы, которые исследователи заинтересованы в количественной оценке (ДНК, РНК и белок).

В области клеточной биологии , анализа одиночных клеток и субклеточного анализа. [1] — это изучение геномики , транскриптомики , протеомики , метаболомики и межклеточных взаимодействий на уровне отдельных клеток. [2] [3] [4] Концепция анализа отдельных клеток возникла в 1970-х годах. До открытия гетерогенности анализ отдельных клеток в основном относился к анализу или манипулированию отдельной клеткой в ​​основной популяции клеток в определенных условиях с использованием оптического или электронного микроскопа. [5] На сегодняшний день из-за гетерогенности, наблюдаемой как в популяциях эукариотических, так и в прокариотических клеток, анализ одной клетки позволяет обнаружить механизмы, не наблюдаемые при изучении массовой популяции клеток. [6] Такие технологии, как сортировка клеток, активируемая флуоресценцией (FACS), позволяют точно изолировать выбранные отдельные клетки из сложных образцов, а технологии высокопроизводительного разделения отдельных клеток [7] [8] [9] обеспечить одновременный молекулярный анализ сотен или тысяч отдельных несортированных клеток; это особенно полезно для анализа вариаций транскриптома в генотипически идентичных клетках, что позволяет определить подтипы клеток, которые иначе невозможно обнаружить. Развитие новых технологий расширяет наши возможности анализа генома и транскриптома отдельных клеток. [10] а также количественно оценить их протеом и метаболом . [11] [12] [13] Методы масс-спектрометрии стали важными аналитическими инструментами для протеомного и метаболомного анализа отдельных клеток. [14] [15] Последние достижения позволили количественно оценить тысячи белков в сотнях отдельных клеток. [16] и, таким образом, сделать возможными новые типы анализа. [17] [18] Секвенирование in situ и флуоресцентная гибридизация in situ (FISH) не требуют выделения клеток и все чаще используются для анализа тканей. [19]

Одноклеточная изоляция

[ редактировать ]

Многие методы анализа отдельных клеток требуют изоляции отдельных клеток. В настоящее время для выделения отдельных клеток используются следующие методы: диэлектрофоретическая цифровая сортировка, ферментативное расщепление, FACS , гидродинамические ловушки, микродиссекция с лазерным захватом , ручной сбор, микрофлюидика , струйная печать или IJP, микроманипуляция , серийное разведение и рамановский пинцет.

Ручной сбор отдельных клеток — это метод, при котором клетки в суспензии просматриваются под микроскопом и индивидуально отбираются с помощью микропипетки . [20] [21] Рамановский пинцет — это метод, в котором рамановская спектроскопия сочетается с оптическим пинцетом , который использует лазерный луч для захвата клеток и манипулирования ими. [22]

В методе диэлектрофоретической цифровой сортировки используется полупроводниковый контролируемый массив электродов в микрофлюидном чипе для улавливания отдельных клеток в диэлектрофоретических (DEP) клетках. Идентификация клеток обеспечивается сочетанием флуоресцентных маркеров с наблюдением изображений. Точность доставки обеспечивается за счет контролируемого полупроводниковым движением клеток DEP в проточной кювете.

Я струйная печать [23] сочетает микрофлюидику с MEMS на CMOS-чипе, чтобы обеспечить индивидуальный контроль над большим количеством печатающих сопел, используя ту же технологию, что и домашняя струйная печать. IJP позволяет регулировать силу сдвига при выбросе образца, что значительно повышает выживаемость клеток. Этот подход в сочетании с оптическим контролем и распознаванием изображений на основе искусственного интеллекта не только гарантирует дозирование отдельных клеток в луночный планшет или другую среду, но также может оценить качество образца клеток, отбраковывая дефектные клетки, мусор и фрагменты.

Разработка микрофлюидных биочипов на основе гидродинамики с каждым годом растет. В этом методе клетки или частицы захватываются в определенной области для анализа одиночных клеток (SCA), как правило, без применения внешних силовых полей, таких как оптические, электрические, магнитные или акустические. Существует необходимость изучить понимание SCA в естественном состоянии клетки, и разработка этих методов крайне важна для этого исследования. Исследователи подчеркнули обширную потенциальную область, которую необходимо изучить для разработки устройств на основе биочипов, отвечающих требованиям рынка и исследователей. Гидродинамическая микрофлюидика облегчает разработку пассивных лабораторных приложений. Последний обзор дает отчет о последних достижениях в этой области, а также об их механизмах, методах и приложениях. [24]

Ассоциированные технологии

[ редактировать ]

В методе диэлектрофоретической цифровой сортировки используется полупроводниковый контролируемый массив электродов в микрофлюидном чипе для улавливания отдельных клеток в диэлектрофоретических (DEP) клетках. Идентификация клеток обеспечивается сочетанием флуоресцентных маркеров с наблюдением изображений. Точность доставки обеспечивается за счет контролируемого полупроводниковым движением клеток DEP в проточной кювете.

Гидродинамические ловушки позволяют изолировать отдельную клетку в «ловушке» в один момент времени посредством пассивного микрофлюидного транспорта. Количество изолированных клеток можно манипулировать в зависимости от количества ловушек в системе.

В методе микродиссекции с лазерным захватом используется лазер для рассечения и отделения отдельных клеток или срезов из представляющих интерес образцов тканей. Эти методы включают наблюдение за клеткой под микроскопом, чтобы можно было идентифицировать и пометить участок для анализа, чтобы лазер мог разрезать клетку. Затем клетку можно извлечь для анализа.

Ручной сбор отдельных клеток — это метод, при котором клетки в суспензии просматриваются под микроскопом и индивидуально отбираются с помощью микропипетки .

Микрофлюидика позволяет изолировать отдельные клетки для дальнейшего анализа. Следующие принципы описывают различные микрофлюидные процессы разделения отдельных клеток: изоляция «капли в масле», пневматические мембранные клапаны и гидродинамические ловушки для клеток. В микрофлюидике на основе «капли в масле» используются заполненные маслом каналы для удержания разделенных капель воды. Это позволяет локализовать и изолировать одну клетку изнутри масляных каналов. Пневматические мембранные клапаны используют манипулирование давлением воздуха для изоляции отдельных клеток за счет отклонения мембраны. Манипулирование источником давления позволяет открывать или закрывать каналы в микрофлюидной сети. Обычно система требует присутствия оператора и ограничена в пропускной способности.

Техника рамановских пинцетов сочетает в себе использование рамановской спектроскопии и оптических пинцетов , которые используют лазерный луч для захвата клеток и манипулирования ими.

Разработка микрофлюидных биочипов на основе гидродинамики с каждым годом растет. В этом методе клетки улавливаются в определенной области для анализа отдельных клеток (SCA). Обычно это происходит без применения внешних силовых полей, таких как оптические, электрические, магнитные или акустические. Существует необходимость изучить возможности SCA в естественном состоянии клетки, и разработка этих методов крайне важна для этого исследования. Исследователи подчеркнули необходимость разработки устройств на основе биочипов, отвечающих требованиям рынка и исследователей. Гидродинамическая микрофлюидика облегчает разработку пассивных лабораторных приложений.

Геномика

[ редактировать ]

Техники

[ редактировать ]

Геномика одиночных клеток во многом зависит от увеличения количества копий ДНК, обнаруженных в клетке, чтобы их было достаточно для секвенирования. Это привело к разработке стратегий полногеномной амплификации (WGA). В настоящее время стратегии WGA можно сгруппировать в три категории:

  • Контролируемое праймирование и ПЦР-амплификация: ПЦР WGA с адаптером-линкером
  • Случайное праймирование и ПЦР-амплификация: DOP-PCR, MALBAC.
  • Случайное праймирование и изотермическая амплификация: MDA

Во многих сравнительных исследованиях сообщается, что адаптер-линкер PCR WGA лучше всего подходит для анализа диплоидных мутаций отдельных клеток благодаря его очень низкому эффекту выпадения аллелей. [25] [26] [27] и для профилирования изменения количества копий из-за низкого шума как с aCGH, так и с низкочастотным секвенированием NGS. [28] [29] Этот метод применим только к клеткам человека, как фиксированным, так и нефиксированным.

Один из широко распространенных методов WGA называется полимеразной цепной реакцией с вырожденными олигонуклеотидами (DOP-PCR). Этот метод использует хорошо зарекомендовавший себя метод ПЦР амплификации ДНК, чтобы попытаться амплифицировать весь геном с использованием большого набора праймеров . Было показано, что, несмотря на простоту, этот метод имеет очень низкий охват генома. Улучшением DOP-PCR является множественная амплификация смещения (MDA), в которой используются случайные праймеры и высокоточный фермент , обычно ДНК-полимераза Φ29 , для достижения амплификации более крупных фрагментов и большего охвата генома, чем DOP-PCR. Несмотря на эти улучшения, MDA по-прежнему имеет смещение, зависящее от последовательности (определенные части генома амплифицируются больше, чем другие, из-за их последовательности). Метод, который, как было показано, в значительной степени позволяет избежать систематической ошибки, наблюдаемой в DOP-PCR и MDA, представляет собой циклы множественного отжига и амплификации на основе циклов (MALBAC). Смещение в этой системе уменьшается за счет копирования только исходной цепи ДНК, а не копирования копий. Основным недостатком использования MALBA является меньшая точность по сравнению с DOP-PCR и MDA из-за фермента, используемого для копирования ДНК. [11] После амплификации с использованием любого из вышеперечисленных методов ДНК можно секвенировать с использованием метода Сэнгера или секвенирования следующего поколения (NGS).

Цель

[ редактировать ]

Есть два основных применения изучения генома на уровне отдельных клеток. Одним из приложений является отслеживание изменений, происходящих в бактериальных популяциях, где часто наблюдаются фенотипические различия. Эти различия не учитываются при массовом секвенировании популяции, но их можно наблюдать при секвенировании отдельных клеток. [30] Второе важное применение — изучение генетической эволюции рака. Поскольку раковые клетки постоянно мутируют, представляет большой интерес посмотреть, как рак развивается на генетическом уровне. Эти закономерности соматических мутаций и аберрации числа копий можно наблюдать с помощью секвенирования отдельных клеток. [2]

Транскриптомика

[ редактировать ]

Техники

[ редактировать ]

В транскриптомике отдельных клеток используются методы секвенирования, аналогичные геномике отдельных клеток, или прямое обнаружение с использованием флуоресцентной гибридизации in situ . Первым шагом в количественном определении транскриптома является преобразование РНК в кДНК с помощью обратной транскриптазы , чтобы содержимое клетки можно было секвенировать с использованием методов NGS, как это делается в геномике. После преобразования кДНК недостаточно для секвенирования, поэтому для обеспечения возможности секвенирования к кДНК применяются те же методы амплификации ДНК, которые обсуждаются в области геномики отдельных клеток. [2] С другой стороны, флуоресцентные соединения, прикрепленные к зондам гибридизации РНК, используются для идентификации конкретных последовательностей, а последовательное применение различных зондов РНК позволит создать комплексный транскриптом. [31] [32]

Цель

[ редактировать ]

Цель транскриптомики отдельных клеток — определить, какие гены экспрессируются в каждой клетке. Транскриптом часто используется для количественной оценки экспрессии гена вместо протеома из-за трудностей, связанных в настоящее время с амплификацией уровней белка. [2]

Есть три основные причины, по которым экспрессию генов изучают с использованием этого метода: изучение динамики генов, сплайсинга РНК и типирования клеток. Динамику генов обычно изучают, чтобы определить, какие изменения в экспрессии генов влияют на различные характеристики клеток. Например, этот тип транскриптомного анализа часто используется для изучения эмбрионального развития. Исследования сплайсинга РНК сосредоточены на понимании регуляции различных изоформ транскриптов . Транскриптомика отдельных клеток также использовалась для типирования клеток, когда гены, экспрессируемые в клетке, используются для идентификации типов клеток. Основная цель типирования клеток — найти способ определить идентичность клеток, не имеющих известных генетических маркеров . [2]

Экспрессия РНК может служить показателем обилия белка. Однако численность белка регулируется сложным взаимодействием между экспрессией РНК и посттранскрипционными процессами. Хотя это технически сложнее, трансляцию можно контролировать с помощью профилирования рибосом в отдельных клетках. [33]

Протеомика

[ редактировать ]

Техники

[ редактировать ]

Существует три основных подхода к протеомике одиночных клеток: методы на основе антител, методы на основе флуоресцентных белков и методы на основе масс-спектроскопии. [34] [18]

Методы на основе антител

[ редактировать ]

В методах, основанных на антителах, используются разработанные антитела для связывания с интересующими белками, что позволяет идентифицировать относительное количество нескольких отдельных мишеней с помощью одного из нескольких различных методов.

Визуализация: антитела могут быть связаны с флуоресцентными молекулами, такими как квантовые точки , или помечены органическими флуорофорами для обнаружения с помощью флуоресцентной микроскопии . Поскольку к каждому антителу прикреплены квантовые точки разного цвета или уникальные флуорофоры, можно идентифицировать несколько разных белков в одной клетке. Квантовые точки можно смыть с антител, не повреждая образец, что позволяет проводить несколько раундов количественного определения белка с использованием этого метода на одном и том же образце. [35] В методах, основанных на органических флуорофорах, флуоресцентные метки прикрепляются обратимой связью, такой как ДНК-гибрид (которая может плавиться/диссоциировать в условиях низкого содержания соли). [36] или химически инактивированные, [37] позволяя проводить несколько циклов анализа с количественной оценкой 3-5 целей за цикл. Эти подходы использовались для количественной оценки содержания белка в образцах биопсии пациентов (например, рака) для картирования вариабельной экспрессии белка в тканях и/или опухолях. [37] и для измерения изменений в экспрессии белка и передаче сигналов клетками в ответ на лечение рака. [36]

Массовая цитометрия : изотопы редких металлов, обычно не встречающиеся в клетках или тканях, могут быть прикреплены к отдельным антителам и обнаружены с помощью масс-спектрометрии для одновременной и чувствительной идентификации белков. [38] Эти методы могут быть сильно мультиплексированы для одновременной количественной оценки многих мишеней (панелей до 38 маркеров) в отдельных клетках. [39]

Количественная оценка ДНК-антител: другой метод на основе антител преобразует уровни белка в уровни ДНК. [34] Преобразование в ДНК позволяет повысить уровень белка и использовать NGS для количественного определения белков. В одном из таких подходов для каждого белка, необходимого для количественного определения, выбираются два антитела. Затем два антитела модифицируются, чтобы к ним была присоединена одноцепочечная ДНК, которая является комплементарной. Когда два антитела связываются с белком, комплементарные цепи отжигаются и образуют двухцепочечный сегмент ДНК, который затем можно амплифицировать с помощью ПЦР. Каждая пара антител, предназначенных для одного белка, помечена другой последовательностью ДНК. Затем ДНК, амплифицированную с помощью ПЦР, можно секвенировать и количественно определить уровни белка. [40]

Методы на основе масс-спектрометрии

[ редактировать ]

В протеомике, основанной на масс-спектроскопии, для идентификации пептидов необходимы три основных этапа: подготовка проб, разделение пептидов и идентификация пептидов. Несколько групп сосредоточили свое внимание на ооцитах или клетках очень ранней стадии дробления, поскольку эти клетки необычно велики и предоставляют достаточно материала для анализа. [41] [42] [43] [44] Другой подход, протеомика одиночных клеток с помощью масс-спектрометрии (SCoPE-MS), позволил количественно оценить тысячи белков в клетках млекопитающих с типичными размерами клеток (диаметр 10-15 мкм) путем объединения клеток-носителей и одноклеточного штрих-кодирования. [45] [46] Второе поколение, SCoPE2, [47] [48] увеличена производительность за счет автоматизированной и миниатюрной подготовки проб; [49] Это также улучшило количественную надежность и охват протеома за счет оптимизации ЖХ-МС/МС на основе данных. [50] и идентификация пептидов. [51] Чувствительность и последовательность этих методов были дополнительно улучшены за счет определения приоритетов. [52] и массовая параллельная подготовка проб в каплях нанолитрового размера. [53] Другое направление анализа одноклеточных белков основано на масштабируемой системе мультиплексного независимого от данных сбора данных (plexDIA), которая позволяет экономить время за счет параллельного анализа как пептидных ионов, так и образцов белка, тем самым обеспечивая мультипликативный выигрыш в производительности. [54] [55] [56]

Разделение белков разного размера можно осуществить с помощью капиллярного электрофореза (КЭ) или жидкостной хроматографии (ЖХ) (использование жидкостной хроматографии с масс-спектроскопией также известно как ЖХ-МС). [42] [43] [44] [45] На этом этапе пептиды упорядочиваются перед количественным определением с использованием тандемной масс-спектроскопии (МС/МС). Основное различие между методами количественного определения заключается в том, что некоторые используют метки на пептидах, такие как тандемные массовые метки (TMT) или диметиловые метки , которые используются для определения того, из какой клетки произошел определенный белок (белки, поступающие из каждой клетки, имеют разные метки), в то время как другие используют а не метки (определите количество ячеек по отдельности). Данные масс-спектроскопии затем анализируются путем пропускания данных через базы данных, которые преобразуют информацию об идентифицированных пептидах в количественную оценку уровней белка. [42] [43] [44] [45] [57] Эти методы очень похожи на те, которые используются для количественного определения протеома объемных клеток , с модификациями, позволяющими использовать очень небольшой объем образца. [58]

Методы ионизации, используемые в анализе одиночных клеток на основе масс-спектрометрии.
[ редактировать ]

Для анализа отдельных клеток можно использовать огромное разнообразие методов ионизации. Выбор метода ионизации имеет решающее значение для обнаружения аналита. Решающее значение может иметь то, какой тип соединений является ионизируемым и в каком состоянии они появляются, например, заряд и возможная фрагментация ионов. [59] Несколько примеров ионизации упомянуты в параграфах ниже.

Нано-ДЕЗИ
[ редактировать ]

Одним из возможных способов измерения содержания одиночных клеток является нано-DESI (наноспрей-десорбция-ионизация электрораспылением). В отличие от десорбционной ионизации электрораспылением , которая представляет собой метод десорбции, nano-DESI представляет собой метод жидкостной экстракции , который позволяет брать образцы с небольших поверхностей и поэтому подходит для анализа отдельных клеток. В nano-DESI два капилляра из плавленого кварца расположены V-образной формы, образуя угол прибл. 85 градусов. Два капилляра соприкасаются, поэтому между ними может образоваться жидкостный мостик, позволяющий брать образцы с поверхностей размером до одной клетки. Первичный капилляр доставляет растворитель к поверхности образца, где происходит экстракция, а вторичный капилляр направляет растворитель с экстрагированными молекулами на вход МС. Масс-спектрометрия (МС) Nano-DESI позволяет проводить чувствительное молекулярное профилирование и количественную оценку эндогенных частиц размером всего в несколько сотен фмоль-с в отдельных клетках с более высокой производительностью. Ланекофф и др. идентифицировали 14 аминокислот, 6 метаболитов и несколько липидных молекул из одиночных клеток щеки с помощью nano-DESI MS. [60]

повредить
[ редактировать ]

При лазерной абляции ионизации электрораспылением (LAESI) лазер используется для абляции поверхности образца, а испускаемые молекулы ионизируются в газовой фазе заряженными каплями электрораспыления. Подобно DESI, ионизация происходит в условиях окружающей среды . Андертон и др . использовали этот метод ионизации в сочетании с масс-спектрометром с преобразованием Фурье для анализа 200 отдельных клеток Allium cepa (красного лука) с высоким пространственным разрешением. [61]

ВИМС
[ редактировать ]

Масс-спектрометрия вторичных ионов (ВИМС) — это метод, аналогичный DESI, но, хотя DESI является методом ионизации окружающей среды, SIMS происходит в вакууме . Поверхность твердого образца бомбардируется высокосфокусированным пучком первичных ионов . Когда они ударяются о поверхность, молекулы вылетают с поверхности и ионизируются. Выбор первичных ионов определяет размер пучка, а также степень ионизации и фрагментации. [62] Парик и др. выполнили метаболомику, чтобы проследить, как пурины синтезируются в пуриносомах , и использовали изотопную маркировку и SIMS-визуализацию, чтобы напрямую наблюдать горячие точки метаболической активности в замороженных клетках HeLa. [63]

МАЛЬДИ
[ редактировать ]

При матричной лазерной десорбции и ионизации (MALDI) образец помещается в химическую матрицу , способную поглощать энергию лазера. Подобно ВИМС, ионизация происходит в вакууме. Лазерное облучение удаляет материал матрицы с поверхности и приводит к образованию заряженных частиц матрицы в газовой фазе, молекулы аналита ионизируются из этой заряженной химической матрицы. Лю и др. использовали MALDI-MS для обнаружения восьми фосфолипидов из отдельных клеток A549. [64] Визуализация MALDI MS может использоваться для пространственной метаболомики и анализа отдельных клеток. [65] [66]

Цель

[ редактировать ]

Цель изучения протеома — лучше понять активность клеток на уровне отдельных клеток. Поскольку белки отвечают за определение того, как действует клетка, понимание протеома отдельной клетки дает лучшее понимание того, как работает клетка и как экспрессия генов меняется в клетке из-за различных стимулов окружающей среды. Хотя транскриптомика преследует ту же цель, что и протеомика, она не так точна при определении экспрессии генов в клетках, поскольку не учитывает посттранскрипционную регуляцию . [12] Транскриптомика по-прежнему важна, поскольку изучение разницы между уровнями РНК и белка может дать представление о том, какие гены регулируются посттранскрипционно.

Метаболомика

[ редактировать ]

Техники

[ редактировать ]

Существует четыре основных метода, используемых для количественной оценки метаболома отдельных клеток: обнаружение на основе флуоресценции, флуоресцентные биосенсоры, биосенсоры FRET и масс-спектроскопия. Первые три перечисленных метода используют флуоресцентную микроскопию для обнаружения молекул в клетке. Обычно в этих анализах используются небольшие флуоресцентные метки, прикрепленные к интересующим молекулам, однако было показано, что это слишком инвазивно для метаболомики отдельных клеток и изменяет активность метаболитов. Текущее решение этой проблемы заключается в использовании флуоресцентных белков, которые будут действовать как детекторы метаболитов, флуоресцируя всякий раз, когда они связываются с интересующим метаболитом. [67]

Масс-спектроскопия становится наиболее часто используемым методом метаболомики одиночных клеток. Его преимущества заключаются в том, что нет необходимости разрабатывать флуоресцентные белки для всех интересующих молекул, и он способен обнаруживать метаболиты в фемтомольном диапазоне. [15] Подобно методам, обсуждаемым в протеомике, также был достигнут успех в сочетании масс-спектроскопии с методами разделения, такими как капиллярный электрофорез, для количественного определения метаболитов. Этот метод также способен обнаруживать метаболиты, присутствующие в фемтомольных концентрациях. [67] Было продемонстрировано, что другой метод, использующий капиллярный микроотбор проб в сочетании с масс-спектрометрией с разделением по подвижности ионов, улучшает молекулярный охват и разделение ионов для метаболомики одиночных клеток. [21] [68] Исследователи пытаются разработать метод, который сможет реализовать то, чего не хватает современным методам: высокую производительность, более высокую чувствительность к метаболитам с более низким содержанием или низкой эффективностью ионизации, хорошую воспроизводимость и возможность количественного определения метаболитов. [69]

Цель

[ редактировать ]

Целью метаболомики одиночных клеток является лучшее понимание на молекулярном уровне основных биологических тем, таких как: рак, стволовые клетки, старение, а также развитие устойчивости к лекарствам. В целом метаболомика фокусируется главным образом на понимании того, как клетки справляются со стрессами окружающей среды на молекулярном уровне, а также на более динамичном понимании клеточных функций. [67]

Реконструкция траекторий развития

[ редактировать ]

Транскриптомные анализы отдельных клеток позволили определить траектории развития реконструкции. Ветвление этих траекторий описывает дифференцировку клеток. Были разработаны различные методы для реконструкции ветвящихся траекторий развития на основе транскриптомных данных одиночных клеток. [70] [71] [72] [73] [74] Они используют различные передовые математические концепции оптимальной транспортировки. [72] к основным графам. [73] Некоторые библиотеки программного обеспечения для реконструкции и визуализации траекторий дифференциации линий находятся в свободном доступе в Интернете. [75]

Межклеточное взаимодействие

[ редактировать ]

Межклеточные взаимодействия характеризуются стабильными и преходящими взаимодействиями.

См. также

[ редактировать ]

Ссылки

[ редактировать ]
  1. ^ Сюздак Г. (сентябрь 2023 г.). «Субклеточная количественная визуализация метаболитов на уровне органелл». Природный метаболизм . 5 (9): 1446–1448. дои : 10.1038/s42255-023-00882-z . ПМИД   37679555 . S2CID   261607846 .
  2. ^ Перейти обратно: а б с д и Ван Д., Бодовиц С. (июнь 2010 г.). «Анализ одиночных клеток: новый рубеж в «омике» » . Тенденции в биотехнологии . 28 (6): 281–90. дои : 10.1016/j.tibtech.2010.03.002 . ПМЦ   2876223 . ПМИД   20434785 .
  3. ^ Хабиби И., Чеонг Р., Липняцки Т., Левченко А., Эмамян Э.С., Абди А. (апрель 2017 г.). «Вычисление и измерение ошибок принятия решений ячейками с использованием данных одной ячейки» . PLOS Вычислительная биология . 13 (4): e1005436. Бибкод : 2017PLSCB..13E5436H . дои : 10.1371/journal.pcbi.1005436 . ПМК   5397092 . ПМИД   28379950 .
  4. ^ Меруан А., Рей-Вилламисар Н., Лу Ю., Лиади И., Ромен Г., Лу Дж. и др. (октябрь 2015 г.). «Автоматическое профилирование индивидуальных межклеточных взаимодействий с помощью высокопроизводительной покадровой микроскопии в сетках нанолунок (TIMING)» . Биоинформатика . 31 (19): 3189–97. doi : 10.1093/биоинформатика/btv355 . ПМК   4693004 . ПМИД   26059718 .
  5. ^ Лу Дж., Хо Х., Конг С., Ван Т., Хо Ю. (сентябрь 2019 г.). «Технологические достижения в многомасштабном анализе одиночных клеток в биомедицине». Продвинутые биосистемы . 3 (11): e1900138. дои : 10.1002/adbi.201900138 . ПМИД   32648696 . S2CID   203101696 .
  6. ^ Альтшулер С.Дж., Ву Л.Ф. (май 2010 г.). «Клеточная гетерогенность: имеют ли различия значение?» . Клетка . 141 (4): 559–63. дои : 10.1016/j.cell.2010.04.033 . ПМЦ   2918286 . ПМИД   20478246 .
  7. ^ Ху П., Чжан В., Синь Х., Дэн Г. (25 октября 2016 г.). «Выделение и анализ одиночных клеток» . Границы клеточной биологии и биологии развития . 4 : 116. дои : 10.3389/fcell.2016.00116 . ПМК   5078503 . ПМИД   27826548 .
  8. ^ Мора-Кастилья С., То С., Ваезеслами С., Мори Р., Сринивасан С., Дамди Дж. Н. и др. (август 2016 г.). «Технологии миниатюризации для эффективной подготовки одноклеточных библиотек для секвенирования следующего поколения» . Журнал автоматизации лабораторий . 21 (4): 557–67. дои : 10.1177/2211068216630741 . ПМЦ   4948133 . ПМИД   26891732 .
  9. ^ Чжэн Г.С., Терри Дж.М., Белградер П., Рывкин П., Бент З.В., Уилсон Р. и др. (январь 2017 г.). «Массовое параллельное цифровое транскрипционное профилирование отдельных клеток» . Природные коммуникации . 8 : 14049. Бибкод : 2017NatCo...814049Z . дои : 10.1038/ncomms14049 . ПМК   5241818 . ПМИД   28091601 .
  10. ^ Меркателли Д., Бальбони Н., Пальма А., Алео Э., Санна П.П., Перини Г. и др. (январь 2021 г.). «Анализ одноклеточной генной сети и транскрипционный ландшафт клеточных линий нейробластомы, амплифицированных MYCN» . Биомолекулы . 11 (2): 177. doi : 10.3390/biom11020177 . ПМЦ   7912277 . ПМИД   33525507 .
  11. ^ Перейти обратно: а б Хуан Л., Ма Ф., Чепмен А., Лу С., Се XS (2015). «Одноклеточная амплификация и секвенирование цельного генома: методология и приложения» . Ежегодный обзор геномики и генетики человека . 16 (1): 79–102. doi : 10.1146/annurev-genom-090413-025352 . ПМИД   26077818 . S2CID   12987987 .
  12. ^ Перейти обратно: а б Ву А.Р., Ван Дж., Стритс А.М., Хуан Ю (июнь 2017 г.). «Одноклеточный транскрипционный анализ». Ежегодный обзор аналитической химии . 10 (1): 439–462. doi : 10.1146/annurev-anchem-061516-045228 . ПМИД   28301747 . S2CID   40069109 .
  13. ^ Циорис К., Торрес А.Дж., Дус ТБ, Лав Дж.К. (2014). «Новый набор инструментов для оценки отдельных клеток» . Ежегодный обзор химической и биомолекулярной инженерии . 5 : 455–77. doi : 10.1146/annurev-chembioeng-060713-035958 . ПМК   4309009 . ПМИД   24910919 .
  14. ^ Коми Т.Дж., До Т.Д., Рубахин С.С., Свидлер СП (март 2017 г.). «Классификация клеток на основе их химического профиля: прогресс в одноклеточной масс-спектрометрии» . Журнал Американского химического общества . 139 (11): 3920–3929. дои : 10.1021/jacs.6b12822 . ПМЦ   5364434 . ПМИД   28135079 .
  15. ^ Перейти обратно: а б Чжан Л., Вертес А. (апрель 2018 г.). «Одноклеточные масс-спектрометрические подходы к исследованию клеточной гетерогенности» . Ангеванде Хеми . 57 (17): 4466–4477. дои : 10.1002/anie.201709719 . ПМИД   29218763 . S2CID   4928231 .
  16. ^ Славов Н. (июнь 2020 г.). «Анализ одноклеточных белков методом масс-спектрометрии» . Современное мнение в области химической биологии . 60 : 1–9. arXiv : 2004.02069 . дои : 10.1016/j.cbpa.2020.04.018 . ISSN   1367-5931 . ПМЦ   7767890 . ПМИД   32599342 . S2CID   219966629 .
  17. ^ Шпехт Х., Славов Н. (август 2018 г.). «Трансформационные возможности протеомики одноклеточных клеток» . Журнал исследований протеома . 17 (8): 2565–2571. doi : 10.1021/acs.jproteome.8b00257 . ПМК   6089608 . ПМИД   29945450 .
  18. ^ Перейти обратно: а б Славов Н. (январь 2020 г.). «Распаковка протеома в одиночных клетках» . Наука . 367 (6477): 512–513. Бибкод : 2020Sci...367..512S . дои : 10.1126/science.aaz6695 . ПМК   7029782 . ПМИД   32001644 .
  19. ^ Ли Дж. Х. (июль 2017 г.). «Реконструкция экспрессии генов De Novo в космосе» . Тенденции молекулярной медицины . 23 (7): 583–593. doi : 10.1016/j.molmed.2017.05.004 . ПМЦ   5514424 . ПМИД   28571832 .
  20. ^ Гросс А., Шендубе Дж., Циммерманн С., Стееб М., Ценгерле Р., Колтай П. (июль 2015 г.). «Технологии выделения одноклеточных клеток» . Международный журнал молекулярных наук . 16 (8): 16897–919. дои : 10.3390/ijms160816897 . ПМЦ   4581176 . ПМИД   26213926 .
  21. ^ Перейти обратно: а б Чжан Л., Вертес А. (октябрь 2015 г.). «Энергетический заряд, окислительно-восстановительное состояние и обмен метаболитов в отдельных гепатоцитах человека, выявленные с помощью масс-спектрометрии с капиллярным микроотбором» . Аналитическая химия . 87 (20): 10397–405. дои : 10.1021/acs.analchem.5b02502 . ПМИД   26398405 .
  22. ^ Фариа ЕС, Гарднер П. (январь 2012 г.). «Анализ одиночных эукариотических клеток с использованием рамановского пинцета». Линдстрем С., Андерссон-Сван Х. (ред.). Одноклеточный анализ . Методы молекулярной биологии. Том. 853. Хумана Пресс. стр. 151–67. дои : 10.1007/978-1-61779-567-1_12 . ISBN  978-1-61779-566-4 . ПМИД   22323146 .
  23. ^ «ММС» . ММС . Проверено 15 мая 2024 г.
  24. ^ Нараянамурти В., Нагараджан С., Самсури Ф., Шридхар Т.М. (30 июня 2017 г.). «Микрофлюидный гидродинамический захват для анализа одиночных клеток: механизмы, методы и применение» . Аналитические методы . 9 (25): 3751–3772. дои : 10.1039/C7AY00656J . ISSN   1759-9679 .
  25. ^ Бабаян А., Алави М., Гормли М., Мюллер В., Викман Х., Макмаллин Р.П. и др. (август 2017 г.). «Сравнительное исследование амплификации всего генома и эффективности секвенирования следующего поколения одиночных раковых клеток» . Онкотаргет . 8 (34): 56066–56080. дои : 10.18632/oncotarget.10701 . ПМЦ   5593545 . ПМИД   28915574 .
  26. ^ Биндер В., Бартенхаген С., Окпаньи В., Гомберт М., Молендик Б., Беренс Б. и др. (октябрь 2014 г.). «Новый рабочий процесс для полногеномного секвенирования отдельных клеток человека» . Человеческая мутация . 35 (10): 1260–70. дои : 10.1002/humu.22625 . ПМИД   25066732 . S2CID   27392899 .
  27. ^ Боргстрем Э., Патерлини М., Молд Дж.Э., Фризен Дж., Лундеберг Дж. (2017). «Сравнение методов амплификации всего генома для секвенирования экзома отдельных клеток человека» . ПЛОС ОДИН . 12 (2): e0171566. Бибкод : 2017PLoSO..1271566B . дои : 10.1371/journal.pone.0171566 . ПМК   5313163 . ПМИД   28207771 .
  28. ^ Норманд Э., Кдайсат С., Би В., Шоу С., Ван ден Вейвер И., Боде А. и др. (сентябрь 2016 г.). «Сравнение трех методов амплификации всего генома для обнаружения геномных аберраций в отдельных клетках». Пренатальная диагностика . 36 (9): 823–30. дои : 10.1002/pd.4866 . ПМИД   27368744 . S2CID   5537482 .
  29. ^ Вандер Плаетсен А.С., Делей Л., Корнелис С., Тиллеман Л., Ван Ньювербург Ф., Дефорс Д. (декабрь 2017 г.). «Профилирование STR и анализ вариаций числа копий на отдельных сохраненных клетках с использованием современных методов амплификации всего генома» . Научные отчеты . 7 (1): 17189. Бибкод : 2017НатСР...717189В . дои : 10.1038/s41598-017-17525-5 . ПМЦ   5719346 . ПМИД   29215049 .
  30. ^ Калиски Т., Quake SR (апрель 2011 г.). «Одноклеточная геномика». Природные методы . 8 (4): 311–4. дои : 10.1038/nmeth0411-311 . ПМИД   21451520 . S2CID   5601612 .
  31. ^ Любек Э., Джошкун А.Ф., Жиентаев Т., Ахмад М., Кай Л. (апрель 2014 г.). «Профилирование одноклеточной РНК in situ путем последовательной гибридизации» . Природные методы . 11 (4): 360–1. дои : 10.1038/nmeth.2892 . ПМЦ   4085791 . ПМИД   24681720 .
  32. ^ Чен К.Х., Беттигер А.Н., Моффитт-младший, Ван С., Чжуан X (апрель 2015 г.). «Визуализация РНК. Пространственно разрешенное, высокомультиплексированное профилирование РНК в отдельных клетках» (PDF) . Наука . 348 (6233): ааа6090. дои : 10.1126/science.aaa6090 . ПМЦ   4662681 . ПМИД   25858977 .
  33. ^ Озадам Х., Тонн Т., Хан С.М., Сегура А., Хоскинс И., Рао С. и др. (июнь 2023 г.). «Количественная оценка занятости рибосом в отдельных клетках на ранних стадиях развития мышей» . Природа . 618 (7967): 1057–1064. Бибкод : 2023Natur.618.1057O . дои : 10.1038/s41586-023-06228-9 . ПМЦ   10307641 . ПМИД   37344592 .
  34. ^ Перейти обратно: а б Леви Э, Славов Н (октябрь 2018 г.). «Анализ одноклеточных белков для системной биологии» . Очерки по биохимии . 62 (4): 595–605. дои : 10.1042/EBC20180014 . ПМК   6204083 . ПМИД   30072488 .
  35. ^ Зражевский П., Тру Л.Д., Гао X (октябрь 2013 г.). «Многоцветное многоцикловое молекулярное профилирование с помощью квантовых точек для анализа одиночных клеток» . Протоколы природы . 8 (10): 1852–69. дои : 10.1038/nprot.2013.112 . ПМЦ   4108347 . ПМИД   24008381 .
  36. ^ Перейти обратно: а б Гидт Р.Дж., Патания Д., Карлсон Дж.К., МакФарланд П.Дж., Дель Кастильо А.Ф., Джурик Д. и др. (октябрь 2018 г.). «Анализ одноклеточных штрих-кодов обеспечивает быстрое считывание клеточных сигнальных путей в клинических образцах» . Природные коммуникации . 9 (1): 4550. Бибкод : 2018NatCo...9.4550G . дои : 10.1038/s41467-018-07002-6 . ПМК   6208406 . ПМИД   30382095 .
  37. ^ Перейти обратно: а б Лин Дж.Р., Изар Б., Ван С., Япп С., Мэй С., Шах П.М. и др. (июль 2018 г.). Чакраборти А.К., Радж А., Марр С., Хорват П. (ред.). «Высокомультиплексная иммунофлуоресцентная визуализация тканей и опухолей человека с использованием t-CyCIF и обычных оптических микроскопов» . электронная жизнь . 7 : е31657. дои : 10.7554/eLife.31657 . ПМК   6075866 . ПМИД   29993362 .
  38. ^ Наир Н., Мэй Х.Э., Чен С.Ю., Хейл М., Нолан Г.П., Меккер Х.Т. и др. (май 2015 г.). «Массовая цитометрия как платформа для открытия клеточных биомаркеров для эффективного лечения ревматических заболеваний» . Исследования и терапия артрита . 17 (1): 127. doi : 10.1186/s13075-015-0644-z (неактивен 30 марта 2024 г.). ПМЦ   4436107 . ПМИД   25981462 . {{cite journal}}: CS1 maint: DOI неактивен по состоянию на март 2024 г. ( ссылка )
  39. ^ Спитцер М.Х., Нолан Г.П. (май 2016 г.). «Массовая цитометрия: отдельные клетки, множество функций» . Клетка . 165 (4): 780–91. дои : 10.1016/j.cell.2016.04.019 . ПМК   4860251 . ПМИД   27153492 .
  40. ^ Гонг Х., Холкомб И., Оой А., Ван Х., Майонис Д., Унгер М.А. и др. (январь 2016 г.). «Простой метод получения конъюгированных с олигонуклеотидами антител и его применение для мультиплексного обнаружения белков в одиночных клетках» . Биоконъюгатная химия . 27 (1): 217–25. doi : 10.1021/acs.bioconjchem.5b00613 . ПМИД   26689321 .
  41. ^ Смитс А.Х., Линдебум Р.Г., Перино М., ван Херинген С.Дж., Венстра Г.Дж., Вермюлен М. (сентябрь 2014 г.). «Глобальная абсолютная количественная оценка показывает жесткую регуляцию экспрессии белка в отдельных яйцах Xenopus» . Исследования нуклеиновых кислот . 42 (15): 9880–9891. дои : 10.1093/nar/gku661 . ПМК   4150773 . ПМИД   25056316 .
  42. ^ Перейти обратно: а б с Ломбард-Банек С., Редди С., Муди С.А., Немес П. (август 2016 г.). «Количественное определение белков в одиночных эмбриональных клетках с нейронной судьбой без меток в эмбрионах лягушки (Xenopus laevis) на стадии дробления с использованием капиллярного электрофореза, электрораспылительной ионизации, масс-спектрометрии высокого разрешения (CE-ESI-HRMS)» . Молекулярная и клеточная протеомика . 15 (8): 2756–2768. дои : 10.1074/mcp.M115.057760 . ПМЦ   4974349 . ПМИД   27317400 .
  43. ^ Перейти обратно: а б с Сунь Л., Дубиак К.М., Пеучен Э.Х., Чжан З., Чжу Г., Хубер П.В. и др. (июль 2016 г.). «Одноклеточная протеомика с использованием бластомеров лягушки (Xenopus laevis), выделенных из эмбрионов ранних стадий, которые образуют геометрическую прогрессию по содержанию белка» . Аналитическая химия . 88 (13): 6653–6657. дои : 10.1021/acs.analchem.6b01921 . ПМК   4940028 . ПМИД   27314579 .
  44. ^ Перейти обратно: а б с Вирант-Клун И., Лейхт С., Хьюз К., Крийгсвельд Дж. (август 2016 г.). «Идентификация белков, специфичных для созревания, с помощью одноклеточной протеомики ооцитов человека» . Молекулярная и клеточная протеомика . 15 (8): 2616–2627. дои : 10.1074/mcp.M115.056887 . ПМЦ   4974340 . ПМИД   27215607 .
  45. ^ Перейти обратно: а б с Будник Б, Леви Э, Славов Н (15 марта 2017 г.). «Масс-спектрометрия отдельных клеток млекопитающих позволяет количественно оценить гетерогенность протеома во время дифференцировки клеток». биоRxiv   10.1101/102681 .
  46. ^ Будник Б., Леви Э., Харманж Г., Славов Н. (октябрь 2018 г.). «SCoPE-MS: масс-спектрометрия отдельных клеток млекопитающих количественно определяет гетерогенность протеома во время дифференцировки клеток» . Геномная биология . 19 (1): 161. дои : 10.1186/s13059-018-1547-5 . ПМК   6196420 . ПМИД   30343672 .
  47. ^ Шпехт Х, Эммотт Э, Коллер Т, Славов Н (09 июля 2019 г.). «Высокопроизводительная протеомика одиночных клеток позволяет количественно оценить появление гетерогенности макрофагов» . биоRxiv . дои : 10.1101/665307 .
  48. ^ Шпехт Х., Эммотт Э., Петельски А.А., Хаффман Р.Г., Перлман Д.Х., Серра М. и др. (январь 2021 г.). «Одноклеточный протеомный и транскриптомный анализ гетерогенности макрофагов с использованием SCoPE2» . Геномная биология . 22 (1): 50. дои : 10.1186/s13059-021-02267-5 . ПМЦ   7839219 . ПМИД   33504367 .
  49. ^ Шпехт Х., Харманж Г., Перлман Д.Х., Эммотт Э., Низиолек З., Будник Б. и др. (25 августа 2018 г.). «Автоматическая пробоподготовка для высокопроизводительной протеомики одиночных клеток» . bioRxiv : 399774. doi : 10.1101/399774 .
  50. ^ Хаффман Р.Г., Чен А., Шпехт Х., Славов Н. (июнь 2019 г.). «DO-MS: оптимизация методов масс-спектрометрии на основе данных» . Журнал исследований протеома . 18 (6): 2493–2500. doi : 10.1021/acs.jproteome.9b00039 . ПМЦ   6737531 . ПМИД   31081635 .
  51. ^ Чен А.Т., Франкс А., Славов Н. (июль 2019 г.). Кокс Дж. (ред.). «DART-ID увеличивает покрытие протеома одной клетки» . PLOS Вычислительная биология . 15 (7): e1007082. Бибкод : 2019PLSCB..15E7082C . дои : 10.1371/journal.pcbi.1007082 . ПМЦ   6625733 . ПМИД   31260443 .
  52. ^ Хаффман Р.Г., Ледюк А., Вихманн С., ди Джоя М., Борриелло Ф., Шпехт Х. и др. (18 марта 2022 г.). «Приоритетная протеомика одиночных клеток выявляет молекулярную и функциональную поляризацию первичных макрофагов». bioRxiv : 2022.03.16.484655. дои : 10.1101/2022.03.16.484655 . S2CID   247599981 .
  53. ^ Ледюк А., Хаффман Р.Г., Кантлон Дж., Хан С., Славов Н. (декабрь 2022 г.). «Изучение функциональной ковариации белков в отдельных клетках с использованием nPOP» . Геномная биология . 23 (1): 261. doi : 10.1186/s13059-022-02817-5 . ПМЦ   9756690 . ПМИД   36527135 .
  54. ^ «Система мультипликативного масштабирования протеомики одноклеточных». Природная биотехнология . 41 (1): 23–24. Июль 2022 г. doi : 10.1038/s41587-022-01411-1 . ПМИД   35851377 . S2CID   250642572 .
  55. ^ Деркс Дж., Ледюк А., Валлманн Г., Хаффман Р.Г., Уиллеттс М., Хан С. и др. (июль 2022 г.). «Увеличение производительности чувствительной протеомики с помощью plexDIA» . Природная биотехнология . 41 (1): 50–59. дои : 10.1038/s41587-022-01389-w . ПМЦ   9839897 . ПМИД   35835881 .
  56. ^ Деркс Дж., Славов Н. (05.11.2022). «Стратегии увеличения глубины и производительности анализа белков с помощью plexDIA». bioRxiv : 2022.11.05.515287. дои : 10.1101/2022.11.05.515287 . S2CID   253399025 .
  57. ^ Смитс А.Х., Линдебум Р.Г., Перино М., ван Херинген С.Дж., Винстра Г.Дж., Вермюлен М. (сентябрь 2014 г.). «Глобальная абсолютная количественная оценка показывает жесткую регуляцию экспрессии белка в отдельных яйцах Xenopus» . Исследования нуклеиновых кислот . 42 (15): 9880–91. дои : 10.1093/nar/gku661 . ПМК   4150773 . ПМИД   25056316 .
  58. ^ «SCoPE-MS — Наконец-то мы можем заняться протеомикой отдельных клеток!!!» . Новости в области протеомных исследований . 09.03.2017 . Проверено 28 июня 2017 г.
  59. ^ Уотсон Дж.Т., Спаркман ОД (октябрь 2007 г.). Введение в масс-спектрометрию: приборы, приложения и стратегии интерпретации данных (4-е изд.). Джон Уайли и сыновья, 2007. с. 8. ISBN  978-0-470-51634-8 .
  60. ^ Бергман Х.М., Ланекофф I (2017). «Профилирование и количественная оценка эндогенных молекул в отдельных клетках с использованием nano-DESI MS» . Аналитик . 142 (19): 3639–3647. Бибкод : 2017Ана...142.3639B . дои : 10.1039/C7AN00885F . ISSN   0003-2654 . ПМИД   28835951 .
  61. ^ Тейлор М.Дж., Лию А., Вертес А., Андертон Ч.Р. (сентябрь 2021 г.). «Анализ одиночных клеток в окружающей среде и визуализация нативных тканей с использованием масс-спектрометрии с ионизацией и ионизацией лазерной абляции и повышенным пространственным разрешением». Журнал Американского общества масс-спектрометрии . 32 (9): 2490–2494. дои : 10.1021/jasms.1c00149 . ОСТИ   1824325 . ПМИД   34374553 . S2CID   236968123 .
  62. ^ Ланекофф И., Шарма В.В., Маркес С. (июнь 2022 г.). «Метаболомика одноклеточных: где мы и куда идем?» . Современное мнение в области биотехнологии . 75 : 102693. doi : 10.1016/j.copbio.2022.102693 . ПМИД   35151979 . S2CID   246773056 .
  63. ^ Парик В., Тиан Х., Виноград Н., Бенкович С.Дж. (апрель 2020 г.). «Метаболомика и масс-спектрометрическая визуализация показывают направленный синтез пуринов de novo в клетках» . Наука . 368 (6488): 283–290. Бибкод : 2020Sci...368..283P . дои : 10.1126/science.aaz6465 . ПМЦ   7494208 . ПМИД   32299949 .
  64. ^ Се В., Гао Д., Цзинь Ф., Цзян Ю., Лю Х. (июль 2015 г.). «Исследование фосфолипидов в одиночных клетках с использованием интегрированного микрофлюидного устройства в сочетании с масс-спектрометрией лазерной десорбции / ионизации с матричной поддержкой». Аналитическая химия . 87 (14): 7052–7059. дои : 10.1021/acs.analchem.5b00010 . ПМИД   26110742 .
  65. ^ Бурсо П., Гейер Б., Суердик В., Бьен Т., Солтвиш Дж., Драйзеверд К. и др. (октябрь 2023 г.). «Визуализация метаболитов и микробов с высоким пространственным разрешением с использованием масс-спектрометрической визуализации MALDI и флуоресцентной маркировки in situ». Протоколы природы . 18 (10): 3050–3079. дои : 10.1038/s41596-023-00864-1 . ПМИД   37674095 . S2CID   261580460 .
  66. ^ Раппез Л., Стадлер М., Триана С., Гатунгу Р.М., Овчинникова К., Фапале П. и др. (июль 2021 г.). «SpaceM раскрывает метаболические состояния отдельных клеток» . Природные методы . 18 (7): 799–805. дои : 10.1038/s41592-021-01198-0 . ПМЦ   7611214 . ПМИД   34226721 .
  67. ^ Перейти обратно: а б с Зеноби Р. (декабрь 2013 г.). «Метаболомика одноклеточных: аналитические и биологические перспективы». Наука . 342 (6163): 1243259. doi : 10.1126/science.1243259 . ПМИД   24311695 . S2CID   21381091 .
  68. ^ Чжан Л., Форман Д.П., Грант П.А., Шреста Б., Муди С.А., Вильерс Ф. и др. (октябрь 2014 г.). «Метаболический анализ отдельных растительных клеток in situ методом капиллярного микроотбора и масс-спектрометрии с ионизацией электрораспылением и разделением по подвижности ионов» . Аналитик . 139 (20): 5079–85. Бибкод : 2014Ана...139.5079Z . дои : 10.1039/C4AN01018C . ПМИД   25109271 .
  69. ^ Дункан К.Д., Фирестам Дж., Ланекофф И. (январь 2019 г.). «Достижения в области метаболомики отдельных клеток на основе масс-спектрометрии» . Аналитик . 144 (3): 782–793. Бибкод : 2019Ана...144..782D . дои : 10.1039/C8AN01581C . ПМИД   30426983 .
  70. ^ Хагверди Л., Бюттнер М., Вольф Ф.А., Бюттнер Ф., Тайс Ф.Дж. (октябрь 2016 г.). «Псевдовремя диффузии надежно реконструирует ветвление линии» (PDF) . Природные методы . 13 (10): 845–8. дои : 10.1038/nmeth.3971 . ПМИД   27571553 . S2CID   3594049 .
  71. ^ Сетти М. и др. Wishbone идентифицирует раздвоенные траектории развития на основе данных об отдельных клетках. Нат. Биотехнология. 34, 637–645 (2016).
  72. ^ Перейти обратно: а б Шибингер Г., Шу Дж., Табака М., Клири Б., Субраманиан В., Соломон А. и др. (февраль 2019 г.). «Анализ оптимального транспорта экспрессии генов в отдельных клетках определяет траектории развития при перепрограммировании» . Клетка . 176 (4): 928–943.e22. дои : 10.1016/j.cell.2019.01.006 . ПМК   6402800 . ПМИД   30712874 .
  73. ^ Перейти обратно: а б Чен Х., Альберганте Л., Сюй Ю.И., Ларо К.А., Ло Боско Г., Гуань Дж. и др. (апрель 2019 г.). «Реконструкция одноклеточных траекторий, исследование и картирование данных омики с помощью STREAM» . Природные коммуникации . 10 (1): 1903. Бибкод : 2019NatCo..10.1903C . дои : 10.1038/s41467-019-09670-4 . ПМК   6478907 . ПМИД   31015418 .
  74. ^ Пандей К., Зафар Х. (август 2022 г.). «Вывод о переходах состояний клеток и пластичности судеб клеток из одиночных клеток с помощью MARGARET» . Исследования нуклеиновых кислот . 50 (15): е86. дои : 10.1093/nar/gkac412 . ПМЦ   9410915 . ПМИД   35639499 .
  75. ^ Лаборатория Пинелло. Исследование и картографирование реконструкции траектории одной ячейки

Дальнейшее чтение

[ редактировать ]
Retrieved from "https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Single-cell_analysis&oldid=1233713651#Mass_spectroscopy–based_methods"
Arc.Ask3.Ru: конец переведенного документа.
Arc.Ask3.Ru
Номер скриншота №: 638ddb5730b8d34a2872887da31cc03c__1720610340
URL1:https://arc.ask3.ru/arc/aa/63/3c/638ddb5730b8d34a2872887da31cc03c.html
Заголовок, (Title) документа по адресу, URL1:
Single-cell analysis - Wikipedia
Данный printscreen веб страницы (снимок веб страницы, скриншот веб страницы), визуально-программная копия документа расположенного по адресу URL1 и сохраненная в файл, имеет: квалифицированную, усовершенствованную (подтверждены: метки времени, валидность сертификата), открепленную ЭЦП (приложена к данному файлу), что может быть использовано для подтверждения содержания и факта существования документа в этот момент времени. Права на данный скриншот принадлежат администрации Ask3.ru, использование в качестве доказательства только с письменного разрешения правообладателя скриншота. Администрация Ask3.ru не несет ответственности за информацию размещенную на данном скриншоте. Права на прочие зарегистрированные элементы любого права, изображенные на снимках принадлежат их владельцам. Качество перевода предоставляется как есть. Любые претензии, иски не могут быть предъявлены. Если вы не согласны с любым пунктом перечисленным выше, вы не можете использовать данный сайт и информация размещенную на нем (сайте/странице), немедленно покиньте данный сайт. В случае нарушения любого пункта перечисленного выше, штраф 55! (Пятьдесят пять факториал, Денежную единицу (имеющую самостоятельную стоимость) можете выбрать самостоятельно, выплаичвается товарами в течение 7 дней с момента нарушения.)