ПАДИ4

ПАДИ4
Доступные структуры
ПДБ	Поиск ортологов: PDBe RCSB
showСписок идентификационных кодов PDB
	1WD8, 1WD9, 1WDA, 2DEW, 2DEX, 2DEY, 2DW5, 3APM, 3APN, 3B1T, 3B1U, 4DKT, 4X8C, 4X8G
Идентификаторы
Псевдонимы	PADI4 , PAD, PAD4, PADI5, PDI4, PDI5, пептидиларгининдеиминаза 4
Внешние идентификаторы	Опустить : 605347 ; МГИ : 1338898 ; Гомологен : 7883 ; Генные карты : PADI4 ; ОМА : PADI4 – ортологи
Номер ЕС	3.5.3.15
showМестоположение гена ( человек )
Chr.	Chromosome 1 (human)
End	17,364,004 bp
showМестоположение гена ( Мышь )
Chr.	Chromosome 4 (mouse)
End	140,501,547 bp
show экспрессии РНК Характер
	Top expressed in
	blood; ; bone marrow; ; bone marrow cells; ; monocyte; ; granulocyte; ; spleen; ; upper lobe of left lung; ; testicle; ; right lung; ; gonad;
	Top expressed in
	granulocyte; ; morula; ; lip; ; hair follicle; ; tibiofemoral joint; ; cervix; ; bone marrow; ; otic vesicle; ; embryo; ; blood;
	More reference expression data
	; ; ; ;
	More reference expression data
showГенная онтология
Molecular function	metal ion binding; arginine deiminase activity; protein binding; hydrolase activity; protein-arginine deiminase activity; calcium ion binding; arginine binding; protein homodimerization activity;
Cellular component	nucleoplasm; nucleus; cytosol; cytoplasm; protein-containing complex;
Biological process	chromatin remodeling; nucleosome assembly; regulation of transcription, DNA-templated; immune system process; transcription, DNA-templated; stem cell population maintenance; innate immune response; chromatin organization; arginine deiminase pathway;
	Sources:Amigo / QuickGO
hideОртологи
	23569
	18602
	ENSG00000280908 ; ENSG00000159339
	ENSMUSG00000025330
	Q9UM07
	Q9Z183
	НМ_012387
	НМ_011061
	НП_036519
	НП_035191
	Викиданные
Просмотр/редактирование человека	Просмотр/редактирование мыши

Протеин-аргининдеиминаза типа 4 представляет собой человеческий белок , который у человека кодируется PADI4 геном . ^{[ 5 ]}^{[ 6 ]} Белок как фермент , в частности протеин-аргининдеиминаза , разновидность гидролазы .

Молекулярная биология

Человеческий ген находится на коротком плече хромосомы 1 рядом с теломерой (1p36.13). Он расположен на цепи Ватсона (плюс) и имеет длину 55 806 оснований. Белок состоит из 663 аминокислот и имеет молекулярную массу 74 095 Да. ^{[ 5 ]}

Функция

Этот ген является членом семейства генов, которое кодирует ферменты, ответственные за преобразование аргинина в цитруллина остатки ( цитруллинирование ). Этот ген может играть роль в развитии гранулоцитов и макрофагов, что приводит к воспалению и иммунному ответу. ^{[ 6 ]} PADI4 играет роль в эпигенетике , ^{[ 7 ]} деиминирование аргинина на гистонах H3 и H4 может действовать антагонистически по отношению к метилированию аргинина . ^{[ 8 ]}

Белок встречается в виде олигомеров и связывает 5 ионов кальция на субъединицу. Он катализирует реакцию:

Белок L -аргинин + H ₂ O = белок L -цитруллин + NH ₃

Субклеточное и тканевое распределение

Обычно он обнаруживается в цитоплазме , ядре и цитоплазматических гранулах эозинофилов и нейтрофилов . Он не экспрессируется в периферических моноцитах или лимфоцитах . Он также экспрессируется в при ревматоидном артрите синовиальных тканях .

Ссылки

^ Jump up to: ^а ^б ^с ENSG00000159339 GRCh38: выпуск Ensembl 89: ENSG00000280908, ENSG00000159339 – Ensembl , май 2017 г.
^ Jump up to: ^а ^б ^с GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000025330 – Ensembl , май 2017 г.
^ «Ссылка на Human PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
^ «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
^ Jump up to: ^а ^б Накашима К., Хагивара Т., Исигами А., Нагата С., Асага Х., Курамото М. и др. (сентябрь 1999 г.). «Молекулярная характеристика пептидиларгининдеиминазы в клетках HL-60, индуцированной ретиноевой кислотой и 1альфа,25-дигидроксивитамином D(3)» . Журнал биологической химии . 274 (39): 27786–27792. дои : 10.1074/jbc.274.39.27786 . ПМИД 10488123 .
^ Jump up to: ^а ^б «Ген Энтрез: пептидиларгининдеминаза PADI4, тип IV» .
^ Сэмс К.Л., Мукаи С., Маркс Б.А., Миттал С., Деметр Э.А., Нелиссен С. и др. (октябрь 2022 г.). «Задержка полового созревания, аномалии гонадотропинов и субфертильность у самцов мышей с двойным нокаутом Padi2/Padi4» . Репродуктивная биология и эндокринология . 20 (1): 150. дои : 10.1186/s12958-022-01018-w . ПМК 9555066 . ПМИД 36224627 .
^ Кузаридес Т (февраль 2007 г.). «Модификации хроматина и их функции» . Клетка . 128 (4): 693–705. дои : 10.1016/j.cell.2007.02.005 . ПМИД 17320507 .

Дальнейшее чтение

Накашима К., Хагивара Т., Исигами А., Нагата С., Асага Х., Курамото М. и др. (сентябрь 1999 г.). «Молекулярная характеристика пептидиларгининдеиминазы в клетках HL-60, индуцированной ретиноевой кислотой и 1альфа,25-дигидроксивитамином D(3)» . Журнал биологической химии . 274 (39): 27786–27792. дои : 10.1074/jbc.274.39.27786 . ПМИД 10488123 .
Чжан QH, Е М, Ву XY, Ren SX, Чжао М, Чжао CJ и др. (октябрь 2000 г.). «Клонирование и функциональный анализ кДНК с открытыми рамками считывания для 300 ранее неопределенных генов, экспрессируемых в CD34+ гемопоэтических стволовых клетках/клетках-предшественниках» . Геномные исследования . 10 (10): 1546–1560. дои : 10.1101/гр.140200 . ПМК 310934 . ПМИД 11042152 .
Асага Х, Накашима К, Сэнсю Т, Исигами А, Ямада М (июль 2001 г.). «Иммуноцитохимическая локализация пептидиларгининдеиминазы в эозинофилах и нейтрофилах человека». Журнал биологии лейкоцитов . 70 (1): 46–51. дои : 10.1189/jlb.70.1.46 . ПМИД 11435484 . S2CID 11448270 .
Накашима К., Хагивара Т., Ямада М. (декабрь 2002 г.). «Ядерная локализация пептидиларгининдеиминазы V и деиминирование гистонов в гранулоцитах» . Журнал биологической химии . 277 (51): 49562–49568. дои : 10.1074/jbc.M208795200 . ПМИД 12393868 .
Сузуки А., Ямада Р., Чанг Х., Токухиро С., Савада Т., Сузуки М. и др. (август 2003 г.). «Функциональные гаплотипы PADI4, кодирующие цитруллинирующий фермент пептидиларгининдеиминазу 4, связаны с ревматоидным артритом». Природная генетика . 34 (4): 395–402. дои : 10.1038/ng1206 . ПМИД 12833157 . S2CID 20136298 .
Бартон А., Боуз Дж., Эйр С., Спрекли К., Хинкс А., Джон С., Уортингтон Дж. (апрель 2004 г.). «Функциональный гаплотип гена PADI4, связанный с ревматоидным артритом в популяции Японии, не связан с популяцией Соединенного Королевства». Артрит и ревматизм . 50 (4): 1117–1121. дои : 10.1002/арт.20169 . ПМИД 15077293 .
Чаванас С., Мечин М.К., Такахара Х., Кавада А., Начат Р., Серр Г., Саймон М. (апрель 2004 г.). «Сравнительный анализ кластеров генов пептидиларгининдеиминазы мыши и человека выявил высококонсервативные некодирующие сегменты и новый человеческий ген PADI6». Джин . 330 : 19–27. дои : 10.1016/j.gene.2003.12.038 . ПМИД 15087120 .
Арита К., Хасимото Х., Симидзу Т., Накашима К., Ямада М., Сато М. (август 2004 г.). «Структурная основа Ca(2+)-индуцированной активации PAD4 человека». Структурная и молекулярная биология природы . 11 (8): 777–783. дои : 10.1038/nsmb799 . ПМИД 15247907 . S2CID 11947135 .
Хоппе Б., Хейманн Г.А., Толу Ф., Кизеветтер Х., Дорнер Т., Салама А. (ноябрь 2004 г.). «Высокая изменчивость пептидиларгининдеиминазы 4 (PADI4) у здорового белого населения: характеристика шести новых вариантов экзонов 2–4 PADI4 с помощью нового подхода, основанного на секвенировании, специфичного для гаплотипа». Журнал молекулярной медицины . 82 (11): 762–767. дои : 10.1007/s00109-004-0584-6 . ПМИД 15338034 . S2CID 8356741 .
Катберт Г.Л., Даужат С., Сноуден А.В., Эрджумент-Бромаж Х., Хагивара Т., Ямада М. и др. (сентябрь 2004 г.). «Деиминирование гистонов препятствует метилированию аргинина» . Клетка . 118 (5): 545–553. дои : 10.1016/j.cell.2004.08.020 . ПМИД 15339660 . S2CID 8948511 .
Ван Ю., Высоцка Дж., Сайег Дж., Ли Ю.Х., Перлин Дж.Р., Леонелли Л. и др. (октябрь 2004 г.). «Человеческий PAD4 регулирует уровни метилирования гистона аргинина посредством деметилинирования». Наука . 306 (5694): 279–283. Бибкод : 2004Sci...306..279W . дои : 10.1126/science.1101400 . ПМИД 15345777 . S2CID 1579362 .
Накаяма-Хамада М., Сузуки А., Кубота К., Такадзава Т., Осака М., Кавайда Р. и др. (февраль 2005 г.). «Сравнение свойств ферментов hPADI2 и hPADI4» Связь с биохимическими и биофизическими исследованиями . 327 (1): 192–200. дои : 10.1016/j.bbrc.2004.11.152 . ПМИД 15629448 .
Ли Ю.Х., Кунрод С.А., Краус В.Л., Елинек М.А., Столлкап М.Р. (март 2005 г.). «Регуляция сборки и функции коактиваторного комплекса путем метилирования и деметилинирования белка аргинина» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 102 (10): 3611–3616. Бибкод : 2005PNAS..102.3611L . дои : 10.1073/pnas.0407159102 . ПМК 553305 . ПМИД 15731352 .
Кирни П.Л., Бхатия М., Джонс Н.Г., Юань Л., Гласкок М.К., Кэтчингс К.Л. и др. (август 2005 г.). «Кинетическая характеристика протеина аргининдеиминазы 4: корепрессора транскрипции, участвующего в возникновении и прогрессировании ревматоидного артрита». Биохимия . 44 (31): 10570–10582. дои : 10.1021/bi050292m . ПМИД 16060666 .
Икари К., Кувахара М., Накамура Т., Момохара С., Хара М., Яманака Х. и др. (октябрь 2005 г.). «Связь между PADI4 и ревматоидным артритом: исследование репликации». Артрит и ревматизм . 52 (10): 3054–3057. дои : 10.1002/арт.21309 . ПМИД 16200584 .
Чанг Икс, Хан Дж (март 2006 г.). «Экспрессия пептидиларгининдеиминазы типа 4 (PAD4) в различных опухолях». Молекулярный канцерогенез . 45 (3): 183–196. дои : 10.1002/mc.20169 . ПМИД 16355400 . S2CID 40916607 .
Пленге Р.М., Падюков Л., Реммерс Э.Ф., Перселл С., Ли А.Т., Карлсон Е.В. и др. (декабрь 2005 г.). «Репликация предполагаемых ассоциаций генов-кандидатов с ревматоидным артритом в более чем 4000 образцах из Северной Америки и Швеции: ассоциация восприимчивости с PTPN22, CTLA4 и PADI4» . Американский журнал генетики человека . 77 (6): 1044–1060. дои : 10.1086/498651 . ПМЦ 1285162 . ПМИД 16380915 .
Хоппе Б., Хойпль Т., Грубер Р., Кизеветтер Х., Бурместер Г.Р., Салама А., Дорнер Т. (2006). «Детальный анализ вариабельности пептидиларгининдеиминазы типа 4 у немецких пациентов с ревматоидным артритом: исследование случай-контроль» . Исследования и терапия артрита . 8 (2): Р34. дои : 10.1186/ar1889 . ПМК 1526594 . ПМИД 16469113 .

[refGRCh38Ensembl-1] Jump up to: ^а ^б ^с ENSG00000159339 GRCh38: выпуск Ensembl 89: ENSG00000280908, ENSG00000159339 – Ensembl , май 2017 г.

[refGRCm38Ensembl-2] Jump up to: ^а ^б ^с GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000025330 – Ensembl , май 2017 г.

[3] «Ссылка на Human PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .

[4] «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .

[pmid10488123-5] Jump up to: ^а ^б Накашима К., Хагивара Т., Исигами А., Нагата С., Асага Х., Курамото М. и др. (сентябрь 1999 г.). «Молекулярная характеристика пептидиларгининдеиминазы в клетках HL-60, индуцированной ретиноевой кислотой и 1альфа,25-дигидроксивитамином D(3)» . Журнал биологической химии . 274 (39): 27786–27792. дои : 10.1074/jbc.274.39.27786 . ПМИД 10488123 .

[entrez-6] Jump up to: ^а ^б «Ген Энтрез: пептидиларгининдеминаза PADI4, тип IV» .

[7] Сэмс К.Л., Мукаи С., Маркс Б.А., Миттал С., Деметр Э.А., Нелиссен С. и др. (октябрь 2022 г.). «Задержка полового созревания, аномалии гонадотропинов и субфертильность у самцов мышей с двойным нокаутом Padi2/Padi4» . Репродуктивная биология и эндокринология . 20 (1): 150. дои : 10.1186/s12958-022-01018-w . ПМК 9555066 . ПМИД 36224627 .

[8] Кузаридес Т (февраль 2007 г.). «Модификации хроматина и их функции» . Клетка . 128 (4): 693–705. дои : 10.1016/j.cell.2007.02.005 . ПМИД 17320507 .

[1]

[2]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]