Фактор, связанный с ТБФ
| Фактор, связанный с TBP (TAF6) | |||
|---|---|---|---|
 гетеротетрамер dtafii42/dtafii62 дрозофилы (например, TAF6/TAF9), HFD | |||
| Идентификаторы | |||
| Символ | ТЫ ЗНАЕШЬ | ||
| Пфам | PF02969 | ||
| Пфам Клан | CL0012 | ||
| ИнтерПро | ИПР004823 | ||
| ОБЛАСТЬ ПРИМЕНЕНИЯ 2 | 1бх9 / СКОПе / СУПФАМ | ||
| |||
TBP -ассоциированные факторы ( TAF ) представляют собой белки, которые связываются с ТАТА-связывающим белком при инициации транскрипции. Он является частью транскрипции фактора инициации TFIID мультимерного белкового комплекса . Это также составляет множество других факторов, включая SL1 . Они опосредуют образование комплекса преинициации транскрипции , стадии, предшествующей транскрипции ДНК в РНК с помощью РНК-полимеразы II .
TAF имеют характерный N-концевой гистон -подобный складчатый домен (HFD). [ 1 ] Этот домен участвует в парном взаимодействии между специфическими TAF. [ 2 ]
Функция
[ редактировать ]ТФИИД
[ редактировать ]TFIID играет центральную роль в обеспечении ответов промотора на различные активаторы и репрессоры . Он связывается прочно с TAFII-250 и напрямую взаимодействует с TAFII-40. TFIID состоит из ТАТА-связывающего белка (TBP) и ряда TBP-ассоциированных факторов (TAFS). [ 3 ]
TAF является частью комплекса TFIID и взаимодействует со следующими объектами:
- Специфические активаторы транскрипции
- Базальные факторы транскрипции
- Другие TAFII
- Специфические последовательности ДНК, например, нижний промоторный элемент или специфичная для гена последовательность основного промотора.
Благодаря таким взаимодействиям они способствуют активации транскрипции и селективности промотора. [ 3 ]
Некоторые пары TAF взаимодействуют друг с другом, образуя «доли» TFIID. Известные или предположительно существующие в TFIID пары включают TAF6-TAF9, TAF4-TAF12, TAF11-13, TAF8-TAF10 и TAF3-TAF10. [ 2 ]
РИС. 1
[ редактировать ]Селективный фактор 1 состоит из ТАТА-связывающего белка и трех субъединиц TAF (фактор, связанный с белком-связывающим ТАТА) ( TAF1A , TAF1B и TAF1C ). Эти TAF не имеют гистон-подобного складчатого домена. [ 4 ]
Другие комплексы
[ редактировать ] | В этом разделе отсутствует информация о субъединицах SAGA и родственных комплексах, а также о парообразованиях в них. ( апрель 2019 г. ) |
TAF является частью SAGA (SPT-ADA-GCN5 ацетилазы) и родственных коактивационных комплексов. [ 2 ] Такие комплексы ацетилируют хвосты гистонов для активации генов. [ 5 ] У человека имеются три SAGA-подобных комплекса: PCAF , TFTC (TBP-free TAF-содержащий комплекс) и STAGA ( SPT3 - TAF9 - GCN5L ацетилаза). PCAF (GCN5) и KAT2A (GCN5L) являются двумя человеческими гомологами дрожжевого Gcn5. [ 6 ]
TAF8, TAF10 и SPT7L образуют небольшой комплекс TAF, называемый SMAT. [ 2 ]
Структура
[ редактировать ]N-концевой домен TAF имеет гистоноподобную белковую складку. Он содержит две короткие альфа-спирали и длинную центральную альфа-спираль. [ 1 ]
Человеческие гены
[ редактировать ] | В этом разделе отсутствует информация о TAF в комплексах, отличных от TF2D. ( апрель 2019 г. ) |
- ТАФ1 (ТАФИИ250)
- ТАФ2 (КИФ150)
- ТАФ3 (ТАФИИ140)
- ТАФ4 (ТАФИИ130/135)
- ТАФ4Б (ТАФИИ105)
- ТАФ5 (ТАФИИ100)
- ТАФ6 (ТАФИИ70/80)
- ТАФ6Л (ПАФ65А)
- ТАФ7 (ТАФИИ55)
- ТАФ8 (ТАФИИ43)
- ТАФ9 (ТАФИИ31/32)
- ТАФ9Б (ТАФИИ31Л)
- ТАФ10 (ТАФИИ30)
- ТАФ11 (ТАФИИ28)
- ТАФ12 (ТАФИИ20/15)
- ТАФ13 (ТАФИИ18)
- ТАФ15 (ТАФИИ68)
Ассорти подписей
[ редактировать ]Домены TAF распределены по множеству цифровых подписей:
|
|
|
|
|
|
|
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Jump up to: а б Се X, Кокубо Т., Коэн С.Л., Мирза У.А., Хоффманн А., Хаит Б.Т., Редер Р.Г., Накатани Ю., Берли С.К. (март 1996 г.). «Структурное сходство между TAF и гетеротетрамерным ядром октамера гистонов». Природа . 380 (6572): 316–22. Бибкод : 1996Natur.380..316X . дои : 10.1038/380316a0 . ПМИД 8598927 . S2CID 4329570 .
- ^ Jump up to: а б с д Демени М.А., Сутоглу Э., Надь З., Шеер Э., Джаношази А., Ришардо М., Аргентини М., Кесслер П., Тора Л. (март 2007 г.). «Идентификация небольшого комплекса TAF и его роль в сборке TAF-содержащих комплексов» . ПЛОС ОДИН . 2 (3): е316. Бибкод : 2007PLoSO...2..316D . дои : 10.1371/journal.pone.0000316 . ПМК 1820849 . ПМИД 17375202 .
- ^ Jump up to: а б Фурукава Т., Танезе Н. (сентябрь 2000 г.). «Сборка частичных комплексов TFIID в клетках млекопитающих обнаруживает различные активности, связанные с отдельными факторами, связанными с белком, связывающим TATA-бокс» . Журнал биологической химии . 275 (38): 29847–56. дои : 10.1074/jbc.M002989200 . ПМИД 10896937 .
- ^ Фридрих Дж.К., Панов К.И., Кабарт П., Рассел Дж., Зомердейк Дж.К. (август 2005 г.). «Комплекс TBP-TAF SL1 направляет образование пре-инициаторного комплекса РНК-полимеразы I и стабилизирует вышестоящий фактор связывания на промоторе рДНК» . Журнал биологической химии . 280 (33): 29551–8. дои : 10.1074/jbc.M501595200 . ПМЦ 3858828 . ПМИД 15970593 .
- ^ Боннет Дж., Ван С.И., Баптиста Т., Винсент С.Д., Сяо В.К., Стирл М., Као К.Ф., Тора Л., Девис Д. (сентябрь 2014 г.). «Комплекс коактиватора SAGA действует на весь транскрибируемый геном и необходим для транскрипции РНК-полимеразы II» . Гены и развитие . 28 (18): 1999–2012. дои : 10.1101/gad.250225.114 . ПМК 4173158 . ПМИД 25228644 .
- ^ Мартинес Э., Палхан В.Б., Тьернберг А., Лимар Э.С., Гампер А.М., Кунду Т.К., Хаит Б.Т., Рёдер Р.Г. (октябрь 2001 г.). «Комплекс STAGA человека представляет собой коактиватор транскрипции, ацетилирующий хроматин, который взаимодействует с факторами сплайсинга пре-мРНК и факторами, связывающими повреждение ДНК, in vivo» . Молекулярная и клеточная биология . 21 (20): 6782–95. дои : 10.1128/MCB.21.20.6782-6795.2001 . ПМК 99856 . ПМИД 11564863 .