Нижний промоторный элемент
В молекулярной биологии нижний промоторный элемент (DPE) является основным промоторным элементом. Как и все основные промоторы, DPE играет важную роль в инициации транскрипции генов с помощью РНК -полимеразы II . DPE был впервые описан TW Burke и James T. Kadonaga в Drosophila Melanogaster в Калифорнийском университете в Сан -Диего в 1996 году. [ 2 ] Он также присутствует у других видов, включая людей, но не Saccharomyces cerevisiae . [ 3 ]
Вместе с мотивом инициатора (INR), еще одним элементом промотора основного промотора, DPE распознается субъединицами транскрипции II D (TFIID) TAF6 и TAF9 . [ 2 ] [ 4 ] [ 5 ] Было показано, что DPE-зависимая базальная транскрипция сильно зависит от INR (и наоборот) и от правильного расстояния между двумя элементами. [ 2 ] [ 4 ] [ 6 ]
DPE - RGWCGTG, консенсусная последовательность Первоначально считалось, что [ 2 ] Однако более поздние исследования показали, что это аналогичная, но более общая последовательность rgwyv (t). [ А ] [ 1 ] [ 3 ] [ 7 ] Он расположен около 28–33 нуклеотидов ниже по течению от начального сайта транскрипции . [ 3 ]
Возникновение
[ редактировать ]Было показано, что DPE примерно так же широко используется, как коробка Tata в D. melanogaster . [ 6 ] В то время как DPE был найден во многих промоторах , которые не содержат коробку TATA, есть также промоторы, которые содержат как коробку TATA, так и DPE. [ 6 ]
Промоторы почти всех hox генов D. melanogaster , за исключением эволюционно самых последних генов, UBX и ABD-A , содержат мотив DPE и не хватает коробки TATA. [ 8 ] Промоторы Drosophila , содержащие последовательность DPE, включают ABD-B , ANTP P2 , невесту из семи бесцветных , коричневых , каудальных , E74 , E75 , Engrailed , GSα , Labial , NMMHC , RAS2 , поют , звездчата и белого . [ 2 ] у организмов, отличных от D. melanogaster человека и мыши, гена IRF1 Было обнаружено, что содержит консенсусную последовательность DPE на соответствующем расстоянии от начального сайта транскрипции. Этот промотор тоже не содержит коробку Tata.
Также сообщалось, что DPE играет роль в примитивной эукариоте entamoeba histolytica . [ 9 ]
Примечания
[ редактировать ]- ^ В нотации нуклеиновой кислоты для ДНК, r (pu rene ) обозначает A/g ( аденин или гуанин , которые являются пуринами ); W ( W EAK) означает A/T (аденин или тимин , который образует только две водородные связи ); Y (p y rimidine) означает C/T ( цитозин или тимин, которые являются пиримидинами ); и V означает A/C/G.
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Jump up to: а беременный Батлер, Дженнифер Эф; Кадонага, Джеймс Т (15 октября 2002 г.). «Промотор ядра РНК -полимеразы II: ключевой компонент в регуляции экспрессии генов » Гены и развитие 16 (20): 2583–2 Doi : 10.1101/ gad.1 12381658PMID
- ^ Jump up to: а беременный в дюймовый и Берк, TW; Кадонага, JT (15 марта 1996 г.). «Drosophila tfiid связывается с консервативным базальным промоторным элементом, который присутствует во многих промоторах с дефицитом Tata-box» . Гены и развитие . 10 (6): 711–724. doi : 10.1101/gad.10.6.711 . PMID 8598298 .
- ^ Jump up to: а беременный в Ювен-Герсон, Тамар; Кадонага, Джеймс Т. (март 2010 г.). «Регуляция экспрессии генов через основной промотор и базальный транскрипционный механизм» . Биология развития . 339 (2): 225–229. doi : 10.1016/j.ydbio.2009.08.009 . PMC 2830304 . PMID 19682982 .
- ^ Jump up to: а беременный Берк, Томас У.; Кадонага, Джеймс Т. (15 ноября 1997 г.). «Нижний основной промоторный элемент DPE сохраняется от дрозофилы к людям и распознается TAFII60 Drosophila» . Гены и развитие . 11 (22): 3020–3031. doi : 10.1101/gad.11.22.3020 . PMC 316699 . PMID 9367984 .
- ^ Ян, Чуху; Болотин, Юджин; Цзян, Тао; Sladek, Frances M.; Мартинес, Эрнест (март 2007 г.). «Распространенность инициатора над коробкой TATA в генах человека и дрожжевых генах и идентификация мотивов ДНК, обогащенных ядрами, без тата» . Ген . 389 (1): 52–65. doi : 10.1016/j.gene.2006.09.029 . PMC 1955227 . PMID 17123746 .
- ^ Jump up to: а беременный в Кутах, Алан К; Кадонага, Джеймс Т (1 июля 2000 г.). «DPE промотора нижнего промотора, по -видимому, так же широко используется, как и ящик Tata у промоторов ядра Drosophila» . Молекулярная и клеточная биология . 20 (13): 4754–4764. doi : 10.1128/mcb.20.13.4754-4764.2000 . PMC 85905 . PMID 10848601 .
- ^ Кадонага, Джеймс Т (сентябрь 2002 г.). «DPE, основной промоторный элемент для транскрипции с помощью РНК -полимеразы II» . Экспериментальная и молекулярная медицина . 34 (4): 259–264. doi : 10.1038/emm.2002.36 . PMID 12515390 .
- ^ Джувен-Гершон, Тамар; HSU, Jer-Yan; Кадонага, Джеймс Т. (15 октября 2008 г.). «Каудар, ключевой регулятор развития, является специфичным для DPE транскрипционный фактор » Гены и развитие 22 (20): 2823–2830. Doi : 10.1101/ gad.1698108 2569877PMC 18923080PMID
- ^ Наййер, Сара; Каур, Девиндер; Ахамад, Джамалуддин; Сингх, Шаши Шехар; Сингх, Ятендра Пратап; Такур, Вивек; Bhattacharya, Alok; Бхаттачарья, Судха (2019-03-12). «Транскриптомный анализ выявляет новые нижестоящие регуляторные мотивы и высоко транскрибированные гены фактора вирулентности Entamoeba histolytica» . BMC Genomics . 20 (1): 206. doi : 10.1186/s12864-019-5570-z . PMC 6416950 . PMID 30866809 .