B элемент распознавания

Элемент распознавания B ( BRE ) представляет собой последовательность ДНК , обнаруженную в промоторной области большинства ^{[ нужны разъяснения ]} гены у эукариот и архей . ^{[ 1 ]}^{[ 2 ]} BRE представляет собой цис-регуляторный элемент , который находится непосредственно возле ТАТА-бокса и состоит из 7 нуклеотидов . Существует два набора BRE: один (BREu) находится непосредственно перед блоком TATA и имеет консенсус SSRCGCC; другой (BREd) обнаружился примерно на 7 нуклеотидов ниже, с консенсусом RTDKKKK. ^{[ а ]}^{[ 3 ]}^{[ 4 ]}

BREu был открыт в 1998 году Ричардом Эбрайтом и его коллегами. ^{[ 1 ]} BREd был назван в 2005 году Дэном и Робертсом; ^{[ 5 ]} о таком последующем распознавании сообщалось ранее в 2000 году в кристаллической структуре Цая и Сиглера. ^{[ 6 ]}

Связывание

Транскрипционный фактор II B (TFIIB) распознает BRE и связывается с ним. Оба BRE работают в сочетании с ТАТА-боксом (и белком, связывающим ТАТА-бокс ) и оказывают различное влияние на уровни транскрипции. ^{[ 4 ]}

TFIIB использует циклин -подобные повторы для распознавания ДНК. С-концевые альфа-спирали TFIIB интеркалируют с основной бороздкой ДНК в BREu. N-концевые спирали связываются с малой бороздкой BREd. TFIIB является частью преинициативного комплекса , который помогает РНК-полимеразе II связываться с ДНК. ^{[ 6 ]}

Помимо структуры TFIIB-BRE человека, были раскрыты структуры многих других организмов. Среди них фактор транскрипции B (TFB) археи Pyrococcus woesei , имеющий инвертированную ориентацию. ^{[ 7 ]} и TFIIB паразита Trypanosoma brucei , который, несмотря на некоторые специфические вставки, демонстрирует аналогичную складку. ^{[ 8 ]}

См. также

Примечания

^ В обозначении нуклеиновой кислоты для ДНК R (pu Rine ) означает A/G ( аденин или гуанин , которые оба являются пуринами ); S ( S trong) означает C/G ( цитозин или гуанин, пара оснований которого образует три водородные связи); К ( К это) означает G/T; D (не C) означает A/T/G.

Ссылки

^ Jump up to: ^а ^б Лагранж Т., Капанидис А.Н., Тан Х., Рейнберг Д., Эбрайт Р.Х. (1998). «Новый основной промоторный элемент в транскрипции, зависимой от РНК-полимеразы II: специфическое связывание ДНК с помощью транскрипционного фактора IIB» . Гены и развитие . 12 (1): 34–44. дои : 10.1101/gad.12.1.34 . ПМК 316406 . ПМИД 9420329 .
^ Литтлфилд О., Корхин Ю., Сиглер П.Б. (1999). «Структурная основа ориентированной сборки комплекса TBP/TFB/промотор» . Труды Национальной академии наук США . 96 (24): 13668–13673. Бибкод : 1999PNAS...9613668L . дои : 10.1073/pnas.96.24.13668 . ПМЦ 24122 . ПМИД 10570130 .
^ Уилсон, Дэвид Б. «Основные промоутерские мотивы дрозофилы» . gander.wustl.edu . Проверено 2 апреля 2019 г.
^ Jump up to: ^а ^б Ювен-Гершон, Т; Кадонага, Дж.Т. (15 марта 2010 г.). «Регуляция экспрессии генов через основной промотор и базальный механизм транскрипции» . Биология развития . 339 (2): 225–9. дои : 10.1016/j.ydbio.2009.08.009 . ПМК 2830304 . ПМИД 19682982 .
^ Дэн, Вт; Робертс, SG (15 октября 2005 г.). «Основной промоторный элемент после блока TATA, который распознается TFIIB» . Гены и развитие . 19 (20): 2418–23. дои : 10.1101/gad.342405 . ПМЦ 1257396 . ПМИД 16230532 .
^ Jump up to: ^а ^б Цай, FT; Сиглер, П.Б. (4 января 2000 г.). «Структурные основы сборки преинициаторного комплекса на промоторах pol II человека» . Журнал ЭМБО . 19 (1): 25–36. дои : 10.1093/emboj/19.1.25 . ПМЦ 1171774 . ПМИД 10619841 .
^ Коса, ПФ; Гош, Г; ДеДекер, бакалавр наук; Сиглер, П.Б. (10 июня 1997 г.). «Кристаллическая структура 2.1-A преинициационного комплекса архей: ТАТА-бокс-связывающий белок/ядро транскрипционного фактора (II)B/ТАТА-бокс» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 94 (12): 6042–7. дои : 10.1073/pnas.94.12.6042 . ЧВК 20997 . ПМИД 9177165 .
^ Ибрагим, бакалавр наук; Каннеганти, Н; Рикхоф, GE; Дас, А; Лоранс, Д.В.; Паленчар, Дж.Б.; Беллофатто, В; Вау, Д.А. (11 августа 2009 г.). «Структура С-концевого домена фактора транскрипции IIB Trypanosoma brucei» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 106 (32): 13242–7. Бибкод : 2009PNAS..10613242I . дои : 10.1073/pnas.0904309106 . ПМЦ 2726365 . ПМИД 19666603 .

Эта о генетике статья незавершена . Вы можете помочь Википедии, расширив ее .

[3] В обозначении нуклеиновой кислоты для ДНК R (pu Rine ) означает A/G ( аденин или гуанин , которые оба являются пуринами ); S ( S trong) означает C/G ( цитозин или гуанин, пара оснований которого образует три водородные связи); К ( К это) означает G/T; D (не C) означает A/T/G.

[Lagrange-1] Jump up to: ^а ^б Лагранж Т., Капанидис А.Н., Тан Х., Рейнберг Д., Эбрайт Р.Х. (1998). «Новый основной промоторный элемент в транскрипции, зависимой от РНК-полимеразы II: специфическое связывание ДНК с помощью транскрипционного фактора IIB» . Гены и развитие . 12 (1): 34–44. дои : 10.1101/gad.12.1.34 . ПМК 316406 . ПМИД 9420329 .

[2] Литтлфилд О., Корхин Ю., Сиглер П.Б. (1999). «Структурная основа ориентированной сборки комплекса TBP/TFB/промотор» . Труды Национальной академии наук США . 96 (24): 13668–13673. Бибкод : 1999PNAS...9613668L . дои : 10.1073/pnas.96.24.13668 . ПМЦ 24122 . ПМИД 10570130 .

[4] Уилсон, Дэвид Б. «Основные промоутерские мотивы дрозофилы» . gander.wustl.edu . Проверено 2 апреля 2019 г.

[pmid19682982-5] Jump up to: ^а ^б Ювен-Гершон, Т; Кадонага, Дж.Т. (15 марта 2010 г.). «Регуляция экспрессии генов через основной промотор и базальный механизм транскрипции» . Биология развития . 339 (2): 225–9. дои : 10.1016/j.ydbio.2009.08.009 . ПМК 2830304 . ПМИД 19682982 .

[6] Дэн, Вт; Робертс, SG (15 октября 2005 г.). «Основной промоторный элемент после блока TATA, который распознается TFIIB» . Гены и развитие . 19 (20): 2418–23. дои : 10.1101/gad.342405 . ПМЦ 1257396 . ПМИД 16230532 .

[pmid10619841-7] Jump up to: ^а ^б Цай, FT; Сиглер, П.Б. (4 января 2000 г.). «Структурные основы сборки преинициаторного комплекса на промоторах pol II человека» . Журнал ЭМБО . 19 (1): 25–36. дои : 10.1093/emboj/19.1.25 . ПМЦ 1171774 . ПМИД 10619841 .

[8] Коса, ПФ; Гош, Г; ДеДекер, бакалавр наук; Сиглер, П.Б. (10 июня 1997 г.). «Кристаллическая структура 2.1-A преинициационного комплекса архей: ТАТА-бокс-связывающий белок/ядро транскрипционного фактора (II)B/ТАТА-бокс» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 94 (12): 6042–7. дои : 10.1073/pnas.94.12.6042 . ЧВК 20997 . ПМИД 9177165 .

[9] Ибрагим, бакалавр наук; Каннеганти, Н; Рикхоф, GE; Дас, А; Лоранс, Д.В.; Паленчар, Дж.Б.; Беллофатто, В; Вау, Д.А. (11 августа 2009 г.). «Структура С-концевого домена фактора транскрипции IIB Trypanosoma brucei» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 106 (32): 13242–7. Бибкод : 2009PNAS..10613242I . дои : 10.1073/pnas.0904309106 . ПМЦ 2726365 . ПМИД 19666603 .

[ 1 ]

[ 2 ]

[ а ]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]