Клостридиевые

Клостридиевые
	Микрофотография бактерий Clostridium botulinum , окрашенных кристаллическим фиолетовым.
Научная классификация
Домен:	Бактерии
Тип:	Бациллота
Сорт:	Клостридии
Заказ:	Эубактерии
Семья:	Клостридиевые ; Pribram [ de ] 1933
Роды
	См. текст.
Синонимы
	"Botulineae" Прибрам 1929 г. ; "Botulinoidae" Прибрам 1929 г. ; «Клостридиоидные» корриг. Фишер 1897 г. ; "Плектридиевые" Прево, 1938 г. ; «Plectridoideae» корриг. Фишер 1897 г. ; "Putrificeae" Прибрам 1929 г. ; "Putrificoideae" Хеллер 1921 г. ; "Сарциновые" Скуя 1956 г. ; "Сарцинеи" Тревизан 1889 г. ; "Сарциниды" Эндерляйн 1917 г. ; "Сарцинины" правильно. Тревизан 1879 г. ; "Welchieae" Прибрам 1929 г. ;

Clostridiaceae — семейство бактерий класса Clostridia , включающее род Clostridium .

Семейство Clostridiaceae (научное название), определенное таксономической схемой « Руководства по систематической бактериологии» Берджи, содержит в качестве своего ядра род Clostridium ( sensu stricto ), а также Acetivibrio , Acidaminobacter , Alkaliphilus , Anaerobacter , Caloramator , Caloranaerobacter , Coprobacillus , Dorea . , Natronincola , Oxobacter , Sarcina , Sporobacter , Thermobrachium , Thermohalobacter и Tindallia . Предыдущее включение этих дополнительных родов (как показано справа) в семейство Clostridiaceae по большей части основано на том, что типовые виды этих родов во многих случаях филогенетически связаны с неправильно классифицированными видами рода Clostridium . Однако, за исключением Anaerobacter , Caloramator , Oxobacter , Sarcina и Thermobrachium , эти роды выходят за рамки того, что можно считать настоящим семейством Clostridiaceae, и теперь считаются принадлежащими к другим семействам с низким G + C, Gram- позитивный тип.

Эта неправильная классификация является результатом хорошо известных проблем современной таксономической структуры традиционный род Clostridium . Филогенетический анализ Коллинза (1994) стал первым крупномасштабным сравнением последовательностей генов 16S рРНК видов рода Clostridium и родственных таксонов. Тот факт, что виды рода Clostridium не образуют монофилетическую группу, был показан в ряде работ, в которых Clostridium сравнивались небольшие группы видов еще в 1981 г. Сравнительное исследование Collins (1994) и последующие исследования можно использовать для вывода о том, что более половины видов, отнесенных в настоящее время к этому роду, на самом деле не являются тесно связанными с типовым видом C. Butyricum и с филогенетической точки зрения не должны быть включены в недавно определенный род Clostridium . ^{[ 2 ]}

Это обширное генетическое разнообразие рода Clostridium было показано с помощью исследований гибридизации 23S рРНК: ДНК еще в 1975 году Джонсоном и Фрэнсисом, но подход к последовательности генов 16S рРНК выявил реальные филогенетические отношения между видами этого рода и другими родами.

Род Clostridium в настоящее время включает в номенклатуру 152 достоверно описанных вида. ^{[ 3 ]} Однако на основании анализа последовательности генов 16S рРНК только 73 из них попадают в зону радиации типовых видов рода Clostridium .

Подразделения

Полифилетическое семейство включает в Clostridiaceae себя следующее:

ЛПСН ^{[ 4 ]} и NCBI ^{[ 5 ]}	на основе 16S рРНК ДП _01_2022 ^{[ 6 ]}^{[ 7 ]}^{[ 8 ]} & 120 маркерных белков на основе GTDB 07-RS207 ^{[ 9 ]}^{[ 10 ]}^{[ 11 ]}
Ацидаминобактерии Стамс и Хансен, 1985 г. Agathobaculum Ahn et al. 2016 год Alkaliphilus Takai et al. 2001 г. Анаэромикробий Чжан и др. 2017 год Анаэромонады Чжан и др. 2022 год « Анаэрофил » Чжан и др. 2020 год Анаэрозолибактерии Хонг и др. 2015 год Anaerovirgula Pikuta et al. 2006 г. Anoxynatronum Garnova & Zhilina 2003 " Ка. Артромит " Brassicibacter Fang et al. 2012 год Butyricicoccus Eeckhaut et al. 2008 год Кальданаэрокелла Диас и др. 2004 г. Кальдисалинибактер Бен Ханиа и др. 2015 год Калораматор Коллинз и др. 1994 г. Калоранаэробактер Вери и др. 2001 г. Каминикелла Ален и др. 2002 г. Clostridiisalibacter Liebgott et al. 2008 год Clostridium Trécul 1865 ex Prazmowski 1880 Крассаминицелла Лахал и др. 2015 год ^{[ 12 ]} « Деснуэсиелла » Хаджадж и др. 2016 год Фервидикелла Огг и Патель, 2010 г. Фонтекелла Фраж и др. 2013 год Fusibacter Ravot и др. 1999 год Geosporobacter Klouche et al. 2007 год Haloimpatiens Wu et al. 2016 год Хатевайя Лоусон и Рейни, 2016 г. « Инедибактерия » Alou et al. 2017 год « Intestinibacillus » Ricaboni et al. 2017 год Линьмингия Мин, Наньци и Ян, 2002 г. Лутиспора Ширатори и др. 2008 год Мальдивибактер Ли и др. 2016 год Мариниспоробактер Вандикен и др. 2017 год Натронинкола Жилина и др. 1999 год Oceanirhabdus Pi et al. 2013 год Оксобактерия Коллинз и др. 1994 г. Парамаледивибактер Ли и др. 2016 год « Ка. Петромонас » Кристман и др. 2020 год Протеиникластикум Чжан, Сонг и Донг, 2010 г. « Ca. Pseudobutyricococcus » Glendinning et al. 2020 год Салимезофилобактер Чжан и др. 2013 год « Ка. Савагелла » Томпсон и др. 2012 год Серпентиникелла Мей и др. 2016 год Sporosalibacterium Rezgui et al. 2011 г. Thermobrachium ngle et al. 1996 год Thermohalobacter Cayol et al. 2000 г. Термоталеа Огг и Патель, 2009 г. Тиндаллия Кевбри и др. 1999 год « Ка. Вентросия » Гилрой и др. 2021 год Вуконгибактер Ли и др. 2016 год Youngiibacter Lawson et al. 2014 год	«Лутиспоралес» «Лютиспоровые» Лутиспора Клостридиалы «Оксобактерии» Оксобактерия Клостридиевые Анаэромон Клостридия " Деснуэсиелла " Галоимпатиенс Хэтэуэй Океанирхабдус протеиникластикум " Ка Савагелла " Юнгибактерий «Калораматоровые» Калораматор Фервидичелла Фонтичелла Термобрахий Тиссьереллалес «Клостридиалибактеровые» Клостридиисалибактер ВЭНЛ01 споросалибактерии «Калдисалинибактерии» Кальдисалинибактер Термогалобактерии Брасицибактер Калоранаэробактер Термогалобактер «Пептострептококки» «Камицелловые» Каминичелла Маледивибактер " Ка Петромонас " Парамаледивибактер Вуконгибактер «Ацидаминобактерии» Ацидаминобактерия Фузибактер «Термоталеевые» Анаэромикробий « Анаэрофил » Анаэрозолибактерии Крассаминицелла Геоспоробактер « Инедибактерия ». Мариниспоробактер Салимезофилобактер Термоталеа «Тиндаллиевые» Аноксинатрон Тиндаллия «Натронинколовые» алкалифил Анаэровиргулы Натронинкола Серпентиницелла «Осциллоспирали» «Бутирикоккковые» Агатобакулум Бутирикококк « Интестинибацилла » " Ca. Pseudobutyricicoccus " " Ка. Вентросия "

См. также

Ссылки

^ Прибрам, Эрнст Август [ де ] : Классификация шизомицетов. Ф. Дойтике, Лейпциг, (1933), стр. 1–143.
^ Коллинз, доктор медицины; Лоусон, Пенсильвания; Виллемс, А; Кордова, Джей-Джей; Фернандес-Гарайсабаль, Дж; Гарсия, П; Кай, Дж; Хиппе, Х; Фэрроу, Дж. А. (октябрь 1994 г.). «Филогения рода Clostridium: предложение пяти новых родов и одиннадцати новых комбинаций видов» . Международный журнал систематической бактериологии . 44 (4): 812–26. дои : 10.1099/00207713-44-4-812 . ПМИД 7981107 .
^ www.bacterio.net
^ Ж. П. Эзеби. «Клостридиевые» . Список названий прокариот, имеющих номенклатуру (LPSN) . Проверено 2 марта 2022 г.
^ Сэйерс; и др. «Клостридиевые» . База данных таксономии Национального центра биотехнологической информации (NCBI) . Проверено 2 марта 2022 г.
^ «ЛТП» . Проверено 20 июня 2022 г.
^ «Дерево LTP_all в формате Ньюика» . Проверено 20 июня 2022 г.
^ «Примечания к выпуску LTP_01_2022» (PDF) . Проверено 20 июня 2022 г.
^ «Выпуск GTDB 07-RS207» . База данных геномной таксономии . Проверено 20 июня 2022 г.
^ "bac120_r207.sp_labels" . База данных геномной таксономии . Проверено 20 июня 2022 г.
^ «История таксонов» . База данных геномной таксономии . Проверено 20 июня 2022 г.
^ Лахал, Р; Прадель, Н.; Постек, А; Оливье, Б; Кайол, Дж.Л.; Годфрой, А; Фардо, ML; Уэлш, Дж. (сентябрь 2015 г.). «Crassaminicella profunda gen. nov., sp. nov., анаэробная морская бактерия, выделенная из глубоководных отложений» (PDF) . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 65 (9): 3097–102. дои : 10.1099/ijsem.0.000386 . ПМИД 26296351 .

[1] Прибрам, Эрнст Август [ де ] : Классификация шизомицетов. Ф. Дойтике, Лейпциг, (1933), стр. 1–143.

[pmid7981107-2] Коллинз, доктор медицины; Лоусон, Пенсильвания; Виллемс, А; Кордова, Джей-Джей; Фернандес-Гарайсабаль, Дж; Гарсия, П; Кай, Дж; Хиппе, Х; Фэрроу, Дж. А. (октябрь 1994 г.). «Филогения рода Clostridium: предложение пяти новых родов и одиннадцати новых комбинаций видов» . Международный журнал систематической бактериологии . 44 (4): 812–26. дои : 10.1099/00207713-44-4-812 . ПМИД 7981107 .

[3] www.bacterio.net

[4] Ж. П. Эзеби. «Клостридиевые» . Список названий прокариот, имеющих номенклатуру (LPSN) . Проверено 2 марта 2022 г.

[ncbi-5] Сэйерс; и др. «Клостридиевые» . База данных таксономии Национального центра биотехнологической информации (NCBI) . Проверено 2 марта 2022 г.

[LTP-6] «ЛТП» . Проверено 20 июня 2022 г.

[7] «Дерево LTP_all в формате Ньюика» . Проверено 20 июня 2022 г.

[8] «Примечания к выпуску LTP_01_2022» (PDF) . Проверено 20 июня 2022 г.

[about-9] «Выпуск GTDB 07-RS207» . База данных геномной таксономии . Проверено 20 июня 2022 г.

[tree-10] "bac120_r207.sp_labels" . База данных геномной таксономии . Проверено 20 июня 2022 г.

[taxon_history-11] «История таксонов» . База данных геномной таксономии . Проверено 20 июня 2022 г.

[12] Лахал, Р; Прадель, Н.; Постек, А; Оливье, Б; Кайол, Дж.Л.; Годфрой, А; Фардо, ML; Уэлш, Дж. (сентябрь 2015 г.). «Crassaminicella profunda gen. nov., sp. nov., анаэробная морская бактерия, выделенная из глубоководных отложений» (PDF) . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 65 (9): 3097–102. дои : 10.1099/ijsem.0.000386 . ПМИД 26296351 .

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]

[ 9 ]

[ 10 ]

[ 11 ]

[ 12 ]