Slx4ip

Slx4ip
Идентификаторы
Псевдонимы	SLX4IP , C20ORF94, BA204H22.1, BA254M13.1, DJ1099D15,3, SLX4 взаимодействующий белок
Внешние идентификаторы	Омим : 615958 ; MGI : 1921493 ; Гомологен : 49913 ; GeneCards : SLX4IP ; OMA : SLX4IP - ортологи
showМестоположение гена ( человек )
Chr.	Chromosome 20 (human)
End	10,636,829 bp
showМестоположение гена ( мышь )
Chr.	Chromosome 2 (mouse)
End	136,913,870 bp
showРНК -паттерн экспрессии
	Top expressed in
	pancreatic epithelial cell; ; pancreatic ductal cell; ; corpus epididymis; ; oocyte; ; secondary oocyte; ; nasal epithelium; ; sperm; ; epithelium of nasopharynx; ; gums; ; gingival epithelium;
	Top expressed in
	zygote; ; secondary oocyte; ; hand; ; spermatocyte; ; tail of embryo; ; genital tubercle; ; Rostral migratory stream; ; primary oocyte; ; ganglionic eminence; ; epiblast;
	More reference expression data
	n/a
hideОртологи
	128710
	74243
	ENSG00000149346
	Ensmusg00000027281
	Q5vyv7
	Q9D7Y9
	NM_001009608
showNM_001038641 ; NM_028201 ; NM_028834 ; NM_001355669 ; NM_001355670 ;
	NM_001355671
	NP_001009608
showNP_001033730 ; NP_082477 ; NP_083110 ; NP_001342598 ; NP_001342599 ;
	NP_001342600
	Викидид
Посмотреть/редактировать человека	Посмотреть/редактировать мышь

Взаимодействующий белок SLX4 - это белок , который у людей кодируется геном SLX4IP . ^{[ 5 ]}

Функция

Взаимодействующий белок SLX4 (SLX4IP) существует в мономерной форме и взаимодействует с мультипротеиновым комплексом SLX4 - XPF - ERCC1 , который отвечает за сборку резолвазы холлидея в роли восстановления и поддержания ДНК. ^{[ 6 ]}

Было показано, что SLX4IP напрямую взаимодействует с N-концевым концом белка SLX4 , который играет роль в координации множества различных структурных ДНК-специфических эндонуклеаз. ^{[ 7 ]}

Также было показано, что SLX4IP участвует в контроле альтернативного удлинения теломеров посредством его накопления и взаимодействия с белками SLX4 , BLM и XPF . ^{[ 8 ]}

Местоположение и выражение

Ген SLX4IP расположен на короткой руке (P) хромосомы 20 в положении 12.2 (20p12.2). ^{[ 9 ]} Ген SLX4IP человека содержит 14 экзонов , причем кДНК представляет собой 204 000 пар оснований, ориентированных на плюс. ^{[ 9 ]} Это кодирует белок из 408 аминокислот с молекулярной массой 45 552 Daltons . ^{[ 10 ]}

Было обнаружено, что гомологи гена SLX4IP сохраняются у нескольких нечеловеческих видов, включая мышей, крыс, лягушек, цыплят, собаки, резус-обезьяны и шимпанзе. ^{[ 11 ]} Ортологи для гена SLX4IP человека также были идентифицированы в 283 других организмах. ^{[ 11 ]}

Белок SLX4IP экспрессируется на самом высоком уровне в коже и яичке, а также экспрессируется в 26 других тканях. ^{[ 12 ]}

Клиническое значение

Рак

Острый лимфобластический лейкоз

Соматическое и моноаллельное делеции 5 -футовую область SLX4IP наблюдается у 30% пациентов с острым лимфобластичным лейкозом (все), а в случаях ETV6 / RUNX1 -острой лимфобластической лейкемии, удаленные более 60% случаи. ^{[ 13 ]} Анализируя точки останова SLX4IP, V (D) J. была выявлена характерная незаконная рекомбинация ^{[ 13 ]} Было обнаружено, что эти удаления значительно смещены в сторону мужского пола. ^{[ 13 ]}

Альтернативное удлинение теломер

Чтобы раковые клетки сохраняли свою способность пролиферировать без ограничений, они могут регулировать теломеры своих хромосом путем рекомбинации посредством процесса, известного как альтернативное удлинение теломер (ALT). ^{[ 14 ]} Было показано, что эта рекомбинация требует накопления SLX4IP у альт -теломер из -за его противодействия беспорядочной активности BLM . ^{[ 8 ]} BLM отвечает за расширение теломер, поскольку он является Helicase , жизненно важной для гомологичной рекомбинации и репликации ДНК. ^{[ 15 ]}

Межстрятном ремонт сшивки

В ДНК межстрядные сшивки необходимо отремонтировать (ICL) из -за их высокой токсичности, часто приводя к таким заболеваниям, как анемия Фанкони . ^{[ 16 ]} SLX4IP играет роль в функциональности восстановления ICL комплекса SLX4-XPF-ERCC1 из-за его одновременного связывания как SLX4, так и XPF-ERCC1, который поддерживает стабильность комплекса и способствует взаимодействию между SLX4 и регионами XPF-ERCC1 и способствует взаимодействию SLX4 и XPF-ERCC1 и Полем ^{[ 6 ]}^{[ 17 ]} Когда SLX4IP истощали из обработанных клеток, было обнаружено, что они накапливаются в фазе G2/M клеточного цикла, где регулярно происходит разрешение праздничных соединений во время восстановления ICL. ^{[ 17 ]}^{[ 18 ]}

ВИЧ-1

Вспомогательный ВИЧ-1 белок VPR мощно останавливает прогрессирование клеток-хозяев через его естественный цикл на стадии перехода G2/M . ^{[ 19 ]} Было установлено, что этот арест был вызван преждевременной активацией структуры SLX4-специфического комплекса эндонуклеазного комплекса, с которым SLX4IP напрямую взаимодействует. ^{[ 20 ]} Благодаря этому исследованию был также обнаружен комплекс SLX4, который участвует в регуляции врожденного иммунитета, из-за его негативной регуляции производства интерферона типа 1 , как при спонтанно, так и в отношении ВИЧ-1. ^{[ 20 ]}

Ссылки

^ Подпрыгнуть до: ^а ^{беременный} ^в GRCH38: Ensembl Release 89: ENSG00000149346 - Ensembl , май 2017 г.
^ Подпрыгнуть до: ^а ^{беременный} ^в GRCM38: Ensembl Release 89: Ensmusg00000027281 - Ensembl , май 2017 г.
^ «Человеческая PubMed ссылка:» . Национальный центр информации о биотехнологии, Национальная медицина США .
^ «Мышь Pubmed ссылка:» . Национальный центр информации о биотехнологии, Национальная медицина США .
^ «Ген Entrez: SLX4 взаимодействующий белок» .
^ Подпрыгнуть до: ^а ^{беременный} Svendsen JM, Smogorzewska A, Sowa ME, O'Connell BC, Gygi SP, Elledge SJ, Harper JW (июль 2009 г.). «Млекопитающее BTBD12/SLX4 собирает резольвазу холлидея и необходима для репарации ДНК» . Клетка . 138 (1): 63–77. doi : 10.1016/j.cell.2009.06.030 . PMC 2720686 . PMID 19596235 .
^ Fekairi S, Scaglione S, Chahwan C, Taylor ER, SISLICE A, Coulon S, et al. (Июль 2009 г.). «Человеческий SLX4 - это субъединица резолвазы в холлидее, которая связывает множественные эндонуклеазы для репарации/рекомбинации ДНК» . Клетка . 138 (1): 78–89. doi : 10.1016/j.cell.2009.06.029 . PMC 2861413 . PMID 19596236 .
^ Подпрыгнуть до: ^а ^{беременный} Panier S, Maric M, Hewitt G, Mason-Osann E, Gali H, Dai A, et al. (Октябрь 2019). «SLX4IP противодействует беспорядочной активности BLM во время поддержания ALT» . Молекулярная клетка . 76 (1): 27–43.E11. doi : 10.1016/j.molcel.2019.07.010 . PMC 6863466 . PMID 31447390 .
^ Подпрыгнуть до: ^а ^{беременный} «SLX4IP SLX4 взаимодействующий белок [Homo Sapiens (человек)] - ген - NCBI» . www.ncbi.nlm.nih.gov . Получено 2019-10-31 .
^ «SLX4IP - белок SLX4IP - Homo Sapiens (Human) - SLX4IP Gene & Protein» . www.uniprot.org . Получено 2019-10-31 .
^ Подпрыгнуть до: ^а ^{беременный} «Ген: SLX4IP (ENSG00000149346) - Резюме - Homo Sapiens - Browser Ansembl Genome 98» . Asia.ensembl.org . Получено 2019-10-31 .
^ Fagerberg L, Hallström BM, Oksvold P, Kampf C, Jureinovic D, Odeberg J, et al. (Февраль 2014 г.). «Анализ тканевой экспрессии человека с помощью генома интеграции транскриптомики и протеомики на основе антител» . Молекулярная и клеточная протеомика . 13 (2): 397–406. doi : 10.1074/mcp.m113.035600 . PMC 3916642 . PMID 24309898 .
^ Подпрыгнуть до: ^а ^{беременный} ^в Meissner B, Bartram T, Eckert C, Trka J, Panzer-Grümayer R, Hermanova I, et al. (Февраль 2014 г.). «Частая и предвзятая по сексу делеция SLX4IP незаконнорожденным V (D) J-опосредованной рекомбинацией при острой лимфобластической лейкозе в детстве» . Молекулярная генетика человека . 23 (3): 590–601. doi : 10.1093/hmg/ddt447 . PMID 24045615 .
^ Bryan TM, Englezou A, Dalla-Pozza L, Dunham MA, Reddel RR (ноябрь 1997 г.). «Доказательства альтернативного механизма для поддержания длины теломер в опухолях человека и клеточных линиях, полученных из опухоли». Природная медицина . 3 (11): 1271–4. doi : 10.1038/nm1197-1271 . PMID 9359704 . S2CID 10220776 .
^ Bhattacharyya S, Keirsey J, Russell B, Kavecansky J, Lillard-Wetherell K, Tahmaseb K, et al. (Май 2009 г.). «Связанный с теломеразой белок 1, Hsp90 и топоизомераза Iialpha связан непосредственно с BLM-геликазой в иммортализованных клетках, используя ALT и модулирует его геликазную активность с использованием теломерных ДНК-субстратов» . Журнал биологической химии . 284 (22): 14966–77. doi : 10.1074/jbc.m900195200 . PMC 2685679 . PMID 19329795 .
^ Hashimoto S, Anai H, Hanada K (2016-05-01). «Механизмы восстановления межстряса ДНК поперечной линии и нарушений человека» . Гены и окружающая среда . 38 (1): 9. Bibcode : 2016gene.38 .... 9h . doi : 10.1186/s41021-016-0037-9 . PMC 4918140 . PMID 27350828 .
^ Подпрыгнуть до: ^а ^{беременный} Zhang H, Chen Z, Ye Y, Ye Z, Cao D, Xiong Y, et al. (Ноябрь 2019). «SLX4IP действует с SLX4 и XPF-ERCC1, чтобы способствовать восстановлению межстряшного сшивки» . Исследование нуклеиновых кислот . 47 (19): 10181–10201. doi : 10.1093/nar/gkz769 . PMC 6821277 . PMID 31495888 .
^ MCHUGH PJ, SARKAR S (май 2006 г.). «Репарация поперечного сшивки ДНК в клеточном цикле: критическая роль для полимеразной дзета в фазе G1» . Клеточный цикл . 5 (10): 1044–7. doi : 10.4161/cc.5.10.2763 . PMID 16687932 .
^ Коннор Р.И., Чен Б.К., Чоу С., Ландау Н.Р. (февраль 1995 г.). «VPR необходим для эффективной репликации вируса иммунодефицита человека типа 1 в мононуклеарных фагоцитах» . Вирусология . 206 (2): 935–44. doi : 10.1006/viro.1995.1016 . PMID 7531918 .
^ Подпрыгнуть до: ^а ^{беременный} Laguette N, Brégnard C, Hue P, Basbous J, Yatim A, Larroque M, et al. (Январь 2014). «Превосходная активация комплекса SLX4 с помощью VPR способствует остановке G2/M и выхода из врожденного иммунного зондирования» . Клетка . 156 (1–2): 134–45. doi : 10.1016/j.cell.2013.12.011 . PMID 24412650 .

Дальнейшее чтение

Svendsen JM, Smogorzewska A, Sowa ME, O'Connell BC, Gygi SP, Elledge SJ, Harper JW (июль 2009 г.). «Млекопитающее BTBD12/SLX4 собирает резольвазу холлидея и необходима для репарации ДНК» . Клетка . 138 (1): 63–77. doi : 10.1016/j.cell.2009.06.030 . PMC 2720686 . PMID 19596235 .
Ghosal G, Leung JW, Nair BC, Fong KW, Chen J (октябрь 2012 г.). «Пролиферирующий ядерный антиген клеток (PCNA)-связывающий белок C1ORF124 является регулятором синтеза трансквирования» . Журнал биологической химии . 287 (41): 34225–33. doi : 10.1074/jbc.m112.400135 . PMC 3464530 . PMID 22902628 .
Warnatz HJ, Schmidt D, Manke T, Piccini I, Sultan M, Borodina T, et al. (Июль 2011). «Целевые гены BTB и CNC -гомологии 1 (BACH1) участвуют в реакции окислительного стресса и в контроле клеточного цикла» . Журнал биологической химии . 286 (26): 23521–32. doi : 10.1074/jbc.m111.220178 . PMC 3123115 . PMID 215555518 .

[refGRCh38Ensembl-1] Подпрыгнуть до: ^а ^{беременный} ^в GRCH38: Ensembl Release 89: ENSG00000149346 - Ensembl , май 2017 г.

[refGRCm38Ensembl-2] Подпрыгнуть до: ^а ^{беременный} ^в GRCM38: Ensembl Release 89: Ensmusg00000027281 - Ensembl , май 2017 г.

[3] «Человеческая PubMed ссылка:» . Национальный центр информации о биотехнологии, Национальная медицина США .

[4] «Мышь Pubmed ссылка:» . Национальный центр информации о биотехнологии, Национальная медицина США .

[entrez-5] «Ген Entrez: SLX4 взаимодействующий белок» .

[:6-6] Подпрыгнуть до: ^а ^{беременный} Svendsen JM, Smogorzewska A, Sowa ME, O'Connell BC, Gygi SP, Elledge SJ, Harper JW (июль 2009 г.). «Млекопитающее BTBD12/SLX4 собирает резольвазу холлидея и необходима для репарации ДНК» . Клетка . 138 (1): 63–77. doi : 10.1016/j.cell.2009.06.030 . PMC 2720686 . PMID 19596235 .

[7] Fekairi S, Scaglione S, Chahwan C, Taylor ER, SISLICE A, Coulon S, et al. (Июль 2009 г.). «Человеческий SLX4 - это субъединица резолвазы в холлидее, которая связывает множественные эндонуклеазы для репарации/рекомбинации ДНК» . Клетка . 138 (1): 78–89. doi : 10.1016/j.cell.2009.06.029 . PMC 2861413 . PMID 19596236 .

[:0-8] Подпрыгнуть до: ^а ^{беременный} Panier S, Maric M, Hewitt G, Mason-Osann E, Gali H, Dai A, et al. (Октябрь 2019). «SLX4IP противодействует беспорядочной активности BLM во время поддержания ALT» . Молекулярная клетка . 76 (1): 27–43.E11. doi : 10.1016/j.molcel.2019.07.010 . PMC 6863466 . PMID 31447390 .

[:1-9] Подпрыгнуть до: ^а ^{беременный} «SLX4IP SLX4 взаимодействующий белок [Homo Sapiens (человек)] - ген - NCBI» . www.ncbi.nlm.nih.gov . Получено 2019-10-31 .

[10] «SLX4IP - белок SLX4IP - Homo Sapiens (Human) - SLX4IP Gene & Protein» . www.uniprot.org . Получено 2019-10-31 .

[:2-11] Подпрыгнуть до: ^а ^{беременный} «Ген: SLX4IP (ENSG00000149346) - Резюме - Homo Sapiens - Browser Ansembl Genome 98» . Asia.ensembl.org . Получено 2019-10-31 .

[12] Fagerberg L, Hallström BM, Oksvold P, Kampf C, Jureinovic D, Odeberg J, et al. (Февраль 2014 г.). «Анализ тканевой экспрессии человека с помощью генома интеграции транскриптомики и протеомики на основе антител» . Молекулярная и клеточная протеомика . 13 (2): 397–406. doi : 10.1074/mcp.m113.035600 . PMC 3916642 . PMID 24309898 .

[:3-13] Подпрыгнуть до: ^а ^{беременный} ^в Meissner B, Bartram T, Eckert C, Trka J, Panzer-Grümayer R, Hermanova I, et al. (Февраль 2014 г.). «Частая и предвзятая по сексу делеция SLX4IP незаконнорожденным V (D) J-опосредованной рекомбинацией при острой лимфобластической лейкозе в детстве» . Молекулярная генетика человека . 23 (3): 590–601. doi : 10.1093/hmg/ddt447 . PMID 24045615 .

[14] Bryan TM, Englezou A, Dalla-Pozza L, Dunham MA, Reddel RR (ноябрь 1997 г.). «Доказательства альтернативного механизма для поддержания длины теломер в опухолях человека и клеточных линиях, полученных из опухоли». Природная медицина . 3 (11): 1271–4. doi : 10.1038/nm1197-1271 . PMID 9359704 . S2CID 10220776 .

[15] Bhattacharyya S, Keirsey J, Russell B, Kavecansky J, Lillard-Wetherell K, Tahmaseb K, et al. (Май 2009 г.). «Связанный с теломеразой белок 1, Hsp90 и топоизомераза Iialpha связан непосредственно с BLM-геликазой в иммортализованных клетках, используя ALT и модулирует его геликазную активность с использованием теломерных ДНК-субстратов» . Журнал биологической химии . 284 (22): 14966–77. doi : 10.1074/jbc.m900195200 . PMC 2685679 . PMID 19329795 .

[16] Hashimoto S, Anai H, Hanada K (2016-05-01). «Механизмы восстановления межстряса ДНК поперечной линии и нарушений человека» . Гены и окружающая среда . 38 (1): 9. Bibcode : 2016gene.38 .... 9h . doi : 10.1186/s41021-016-0037-9 . PMC 4918140 . PMID 27350828 .

[:4-17] Подпрыгнуть до: ^а ^{беременный} Zhang H, Chen Z, Ye Y, Ye Z, Cao D, Xiong Y, et al. (Ноябрь 2019). «SLX4IP действует с SLX4 и XPF-ERCC1, чтобы способствовать восстановлению межстряшного сшивки» . Исследование нуклеиновых кислот . 47 (19): 10181–10201. doi : 10.1093/nar/gkz769 . PMC 6821277 . PMID 31495888 .

[18] MCHUGH PJ, SARKAR S (май 2006 г.). «Репарация поперечного сшивки ДНК в клеточном цикле: критическая роль для полимеразной дзета в фазе G1» . Клеточный цикл . 5 (10): 1044–7. doi : 10.4161/cc.5.10.2763 . PMID 16687932 .

[19] Коннор Р.И., Чен Б.К., Чоу С., Ландау Н.Р. (февраль 1995 г.). «VPR необходим для эффективной репликации вируса иммунодефицита человека типа 1 в мононуклеарных фагоцитах» . Вирусология . 206 (2): 935–44. doi : 10.1006/viro.1995.1016 . PMID 7531918 .

[:5-20] Подпрыгнуть до: ^а ^{беременный} Laguette N, Brégnard C, Hue P, Basbous J, Yatim A, Larroque M, et al. (Январь 2014). «Превосходная активация комплекса SLX4 с помощью VPR способствует остановке G2/M и выхода из врожденного иммунного зондирования» . Клетка . 156 (1–2): 134–45. doi : 10.1016/j.cell.2013.12.011 . PMID 24412650 .

[1]

[2]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]

[ 9 ]

[ 10 ]

[ 11 ]

[ 12 ]

[ 13 ]

[ 14 ]

[ 15 ]

[ 16 ]

[ 17 ]

[ 18 ]

[ 19 ]

[ 20 ]