Метил-CpG-связывающий домен
| МБД | |||
|---|---|---|---|
 структура решения человеческого MECO2 | |||
| Идентификаторы | |||
| Символ | МБД | ||
| Пфам | PF01429 | ||
| Пфам Клан | CL0081 | ||
| ИнтерПро | ИПР001739 | ||
| ОБЛАСТЬ ПРИМЕНЕНИЯ 2 | 1qk9 / SCOPe / СУПФАМ | ||
| CDD | cd00122 | ||
| |||
Метил -CpG-связывающий домен (MBD) в молекулярной биологии связывается с ДНК , которая содержит один или несколько симметрично метилированных CpG . [1] MBD имеет незначительное неспецифическое сродство к неметилированной ДНК. Исследование in vitro с помощью хромосомного белка MeCP2 показало, что MBD может защищать область из 12 нуклеотидов, окружающую пару метильных CpG. [1]
Метилирование ДНК динуклеотидов CpG, наиболее распространенная модификация ДНК у эукариот, связано с различными явлениями, такими как изменения в структуре хроматина, геномный импринтинг, инактивация транспозонов и хромосомы X , дифференцировка и рак . Эффекты метилирования ДНК опосредованы белками , которые связываются с симметрично метилированными CpG. Такие белки содержат специфический домен из ~70 остатков, метил-CpG-связывающий домен (MBD), который связан с дополнительными доменами, связанными с хроматином, такими как бромодомен , крючка AT мотив , домен SET или палец PHD. . MBD-содержащие белки , по-видимому, действуют как структурные белки, которые рекрутируют различные комплексы гистондеацетилазы (HDAC) и факторы ремоделирования хроматина , что приводит к уплотнению хроматина и, следовательно, к транскрипции репрессии . MBD MeCP2, MBD1 , MBD2 , MBD4 и BAZ2 опосредует связывание с ДНК, а в случаях MeCP2, MBD1 и MBD2 предпочтительно метилированный CpG. У человека MBD3 и SETDB1 , было показано, что MBD опосредует белок-белковые взаимодействия . [2] [3] MBD также обнаружены в ДНК- деметилазе . [4]
MBD складывается в альфа/бета-сэндвич -структуру, состоящую из слоя скрученного бета-листа, подкрепленного другим слоем, образованным альфа1- спиралью и шпилькой на С-конце. Оба эти слоя являются амфипатическими : альфа1-спираль и бета-лист лежат параллельно, а гидрофобные грани плотно прилегают друг к другу. Бета-лист состоит из двух длинных внутренних нитей (бета2 и бета3), зажатых двумя более короткими внешними нитями (бета1 и бета4). [5]
Решена структура домена MBD, связанного с метилированной ДНК ( PDB : 3C2I ). Он распознает гидратацию большой бороздки в метилированных участках. [6]
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Jump up to: а б Нан X, Михан Р.Р., Берд А (1993). «Отсечение метил-CpG-связывающего домена хромосомного белка MeCP2» . Нуклеиновые кислоты Рез . 21 (21): 4886–92. дои : 10.1093/нар/21.21.4886 . ПМК 311401 . ПМИД 8177735 .
- ^ Ролофф Т.К., Роперс Х.Х., Нубер Ю.А. (январь 2003 г.). «Сравнительное исследование белков метил-CpG-связывающего домена» . БМК Геномика . 4 (1): 1. дои : 10.1186/1471-2164-4-1 . ПМК 149351 . ПМИД 12529184 .
- ^ Земах А., Графи Г (июнь 2003 г.). «Характеристика белков метил-CpG-связывающего домена (MBD) Arabidopsis thaliana» . Плант Дж . 34 (5): 565–72. дои : 10.1046/j.1365-313x.2003.01756.x . ПМИД 12787239 .
- ^ Бхаттачарья С.К., Рамчандани С., Червони Н., Шиф М. (1999). «Белок млекопитающих со специфической деметилазной активностью в отношении ДНК mCpG». Природа . 397 (6720): 579–83. Бибкод : 1999Natur.397..579B . дои : 10.1038/17533 . ПМИД 10050851 . S2CID 4408031 .
- ^ Оки И., Симотаке Н., Фудзита Н., Джи Дж., Икегами Т., Накао М., Сиракава М. (май 2001 г.). «Структура раствора метил-CpG-связывающего домена MBD1 человека в комплексе с метилированной ДНК» . Клетка . 105 (4): 487–97. дои : 10.1016/S0092-8674(01)00324-5 . ПМИД 11371345 .
- ^ Хо, КЛ; МакНэй, И.В.; Шмидеберг, Л; Клозе, Р.Дж.; Берд, AP; Уолкиншоу, доктор медицины (29 февраля 2008 г.). «Связывание MeCP2 с ДНК зависит от гидратации метил-CpG» . Молекулярная клетка . 29 (4): 525–31. doi : 10.1016/j.molcel.2007.12.028 . hdl : 20.500.11820/0c9230b9-de86-4fb3-aeae-0718c69439c1 . ПМИД 18313390 .