Белок 39C с тетратрикопептидным повтором
| ТТС39С | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Идентификаторы | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Псевдонимы | TTC39C , C18orf17, HsT2697, тетратрикопептидный повторный домен 39C | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Внешние идентификаторы | МГИ : 1919997 ; Гомологен : 124438 ; Генные карты : TTC39C ; ОМА : TTC39C — ортологи | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Викиданные | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Белок 39C с тетратрикопептидным повтором — это белок , который у человека кодируется TTC39C геном . TTC39C — один из трех TTC39. [ 5 ] Его функция в настоящее время неизвестна; однако есть некоторые данные, свидетельствующие о том, что он играет роль в анафазе . [ 6 ] [ 7 ] Он также содержит относительно хорошо изученный структурный мотив, называемый тетратрикопептидным повтором (TPR).
Ген
[ редактировать ]TTC39C расположен на длинном плече 18-й хромосомы человека в районе 18q11.2. [ 8 ] Его наиболее распространенные псевдонимы — FLJ33761, C18orf17 и HsT2697. [ 8 ]
Белок
[ редактировать ]Белок TTC39C имеет длину 583 аминокислоты по-видимому, локализован в цитоплазме клетки. и, судя по его предсказанной вторичной структуре, [ 9 ] Он имеет три изоформы , самая длинная из которых — вариант транскрипта 1. [ 8 ] Он содержит три тетратрикопептидных повтора, а также домен неизвестной функции DUF3808. [ 5 ] Белковый продукт имеет молекулярную массу 65,9 кДа и изоэлектрическую точку 6,584. [ 10 ] [ 11 ] Существует несколько предсказанных сайтов фосфорилирования , ацетилирования и пальмитоилирования , которые показаны в таблице ниже. [ 12 ] Вся его предсказанная вторичная структура почти полностью состоит из спиралей и образует третичную структуру , которая, по прогнозам, будет соответствовать структуре белка Cut9 в дрожжах со 100% точностью и 85% покрытием. [ 6 ] [ 13 ]
| Тип | Расположение [ 12 ] | Функция [ 14 ] | Качество сайтов |
|---|---|---|---|
| фосфорилирование |
|
Регуляция клеточного цикла, апоптоза, клеточной сигнализации и т. д. | Высокий |
| Ацетилирование |
|
Регулирует экспрессию генов | Умеренный |
| Пальмитоилирование |
|
Прикрепляет белок к мембране | Умеренный |
Гомология
[ редактировать ]Белок TTC39C консервативен более чем на 50% у большинства позвоночных и имеет уровень консервации всего лишь около 24% у беспозвоночных . [ 15 ] по крайней мере один ортолог и несколько гомологов также идентифицированы У грибов . [ 8 ] У растений ортологи не выявлены. [ 8 ] Некоторые из его ортологов показаны в таблице ниже.
| Научное название | Общее имя | Средняя прогнозируемая дата расхождения (MYA) [ 16 ] | Длина белка ( а.а. ) [ 15 ] | Номер доступа РНК NCBI [ 15 ] | Белок, регистрационный номер NCBI [ 15 ] | РНК Идентичность [ 15 ] | Белковая идентичность [ 15 ] |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Каллитрикс Якх | Мартышка | 42.6 | 522 | XM_002807499 | XP_002807545 | 42.2% | 99.4% |
| Анолис Каролинский | Анол | 296.0 | 574 | XM_003219667 | XP_003219715 | 27.7% | 81.7% |
| Петух есть петух | Курица | 296.0 | 576 | XM_419163 | XP_419163 | 36.1% | 88.0% |
| Ксенопус тропический | Западная шпорцевая лягушка | 371.2 | 570 | НМ_001113821 | НП_001107293 | 55.20% | 88.0% |
| Ореохромис нилотикус | Тилапия | 400.1 | 578 | XM_003444269 | XP_003444317 | 24.0% | 70.2% |
| Апис меллифера | медоносная пчела | 782.7 | 877 | XM_001120231 | XP_001120231 | 38.7% | 24.3% |
| Сахаромицеты cerevisiae | Пекарские дрожжи | 1215.8 | 725 | НМ_001179808 | НП_012943 | 29.7% | 17.6% |
TTC39C имеет два паралога из семейства TTC39: TTC39A и TTC39B, которые расположены на хромосоме 1, в 1p32.3, и хромосоме 9, в 9p22.3 соответственно. TTC39B связан с контролем уровня холестерина ЛПВП и может участвовать в профилактике сердечно-сосудистых заболеваний. [ 17 ]
Выражение
[ редактировать ]
Область промотора, контролирующая экспрессию варианта транскрипта 1, начинается примерно на 952 основания выше стартового кодона и включает всю 5'-UTR . [ 19 ] С помощью программы El Dorado было идентифицировано несколько возможных сайтов связывания транскрипционных факторов , включая фактор связывания CCCTC и сайт CTCF , инсуляторного белка, который связывает CCCTC. [ 19 ] Этот транскрипционный фактор связан с рядом функций, включая организацию хроматина. [ 20 ] Было также несколько сайтов, которые, по-видимому, являются общим фактором транскрипции TFIIB , а также сайтами связывания транскрипционных факторов E2F и E2F. [ 19 ] Факторы транскрипции E2F участвуют в опосредовании клеточного цикла, что может быть потенциальной связью с предполагаемой ролью TTC39C в анафазе. [ 21 ] Несколько исследований с использованием микрочипов на людях, собаках и мышах предоставили доказательства того, что TTC39C наиболее высоко экспрессируется в печени. [ 18 ] [ 22 ] [ 23 ] Он демонстрирует относительно высокую экспрессию во всех тканях и имеет процентиль выше 50% во всех тканях, за исключением образцов почек, спинного мозга и скелетных мышц человека. [ 18 ]
Функция
[ редактировать ]
Функция TTC39C в настоящее время неизвестна. [ 8 ] Однако один из его структурных мотивов, тетратрикопептидный повтор, относительно хорошо охарактеризован, и было показано, что он активен преимущественно в четырех категориях белок-белковых взаимодействий: взаимодействие с молекулярными шаперонами , опосредование начала анафазы во время деления клеток, транскрипции репрессия , и транспорт белков. [ 7 ] Из этих четырех функциональных областей существует наибольшее количество доказательств их участия в инициации анафазы. Два из трех возможных взаимодействующих белков, идентифицированных STRING, играют роль в анафазе. [ 24 ] Наконец, белок, структура которого на 85% идеально соответствует последовательности TTC39C, участвует в анафазе у дрожжей Schizosaccharomyces pombe . [ 6 ] Однако роль TTC39C в анафазе должна быть подтверждена дополнительными исследованиями.
Взаимодействия
[ редактировать ]
Исследования Textmining выявили несколько белков, с которыми может взаимодействовать TTC39C. [ 24 ] Эти белок-белковые взаимодействия не были подтверждены; однако два из идентифицированных белков, AGBL1 и HAUS4, вероятно, являются кандидатами из-за их роли в анафазе. [ 24 ] Дополнительные потенциальные белок-белковые взаимодействия были идентифицированы для TTC39C у мышей; однако, кроме коэкспрессии, очевидной связи с TTC39C нет.
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Jump up to: а б с GRCh38: Ensembl выпуск 89: ENSG00000168234 – Ensembl , май 2017 г.
- ^ Jump up to: а б с GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000024424 – Ensembl , май 2017 г.
- ^ «Ссылка на Human PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
- ^ «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
- ^ Jump up to: а б НКБИ. «Домен 39C повтора тетратрикопептида TTC39C [Homo sapiens (человек)]» . Национальная медицинская библиотека США . Проверено 4 мая 2013 г.
- ^ Jump up to: а б с «Фира2» . Проверено 18 апреля 2013 г. [ постоянная мертвая ссылка ]
- ^ Jump up to: а б Блатч Г.Л., Лессле М. (ноябрь 1999 г.). «Повтор тетратрикопептида: структурный мотив, опосредующий белок-белковые взаимодействия». Биоэссе . 21 (11): 932–9. doi : 10.1002/(SICI)1521-1878(199911)21:11<932::AID-BIES5>3.0.CO;2-N . ПМИД 10517866 .
- ^ Jump up to: а б с д и ж Генные карты. «Ген TTC39C» . Институт науки Вейцмана . Проверено 4 мая 2013 г.
- ^ Накаи и Хортон. «ПСОРТИИ» . Проверено 4 мая 2013 г. [ постоянная мертвая ссылка ]
- ^ Биологический стенд суперкомпьютера Сан-Диего. «САПС» . Проверено 9 мая 2013 г. [ постоянная мертвая ссылка ]
- ^ Биологический стенд суперкомпьютера Сан-Диего. «ПИ» . Проверено 9 мая 2013 г. [ постоянная мертвая ссылка ]
- ^ Jump up to: а б SIB Швейцарский институт биоинформатики. «ЭксПАСи» . Проверено 9 мая 2013 г.
- ^ Суперкомпьютерно-биологический стенд Сан-Диего. «ПЕЛЕ» . Проверено 4 мая 2013 г. [ постоянная мертвая ссылка ]
- ^ Термо Сайентифик. «Обзор посттрансляционных модификаций» . Термо Фишер Сайентифик Инк . Проверено 9 мая 2013 г.
- ^ Jump up to: а б с д и ж НКБИ. "ВЗРЫВ" . Национальная медицинская библиотека . Проверено 8 мая 2013 г.
- ^ Кимар и Хеджес. «Древо времени» . Проверено 11 мая 2013 г.
- ^ Катиресан С., Уиллер С.Дж., Пелосо Г.М., Демисси С., Мусунуру К., Шадт Э.Е., Каплан Л., Беннетт Д., Ли Ю., Танака Т., Войт Б.Ф., Бонникасл Л.Л., Джексон А.У., Кроуфорд Дж., Сурти А., Гуидуччи С., Бертт Н.П. , Пэриш С., Кларк Р., Зеленика Д., Кубаланза К.А., Моркен М.А., Скотт Л.Дж., Стрингхэм Х.М., Галан П., Свифт А.Дж., Куусисто Дж., Бергман Р.Н., Сундвалл Дж., Лааксо М., Ферруччи Л., Шит П., Санна С., Уда М., Ян К., Лунетта К.Л., Дюпюи Дж. , де Баккер П.И., О'Доннелл С.Дж., Чемберс Дж.К., Кунер Дж.С., Херцберг С., Менетон П., Лакатта Э.Г., Скутери А., Шлезингер Д, Туомилехто Дж., Коллинз Ф.С., Груп Л., Альтшулер Д., Коллинз Р., Латроп Г.М., Меландер О., Саломаа В., Пелтонен Л., Орхо-Меландер М., Ордовас Дж.М., Бёнке М., Абекасис Г.Р., Мольке К.Л., Капплес Л.А. (январь) 2009). «Общие варианты в 30 локусах способствуют полигенной дислипидемии» . Нат. Жене . 41 (1): 56–65. дои : 10.1038/ng.291 . ПМЦ 2881676 . ПМИД 19060906 .
- ^ Jump up to: а б с Affymetrix, Inc. "GDS424/64649_at/TTC39C" . Профили NCBI-GEO . Проверено 4 мая 2013 г.
- ^ Jump up to: а б с «Эльдорадо-ТТС39С» . Геноматикс. Архивировано из оригинала 2 декабря 2021 года . Проверено 4 мая 2013 г.
- ^ Филлипс Дж. Э., Корсес В. Г. (июнь 2009 г.). «CTCF: мастер плетения генома» . Клетка . 137 (7): 1194–211. дои : 10.1016/j.cell.2009.06.001 . ПМК 3040116 . ПМИД 19563753 .
- ^ Чжэн Н., Френкель Э., Пабо К.О., Павлетич Н.П. (март 1999 г.). «Структурные основы распознавания ДНК гетеродимерным фактором транскрипции клеточного цикла E2F-DP» . Генс Дев . 13 (6): 666–74. дои : 10.1101/gad.13.6.666 . ПМК 316551 . ПМИД 10090723 .
- ^ Affymetrix, Inc. "GDS4164/CfaAffx.27815.1.S1_s_at/TTC39C" . NCBI-Геопрофили . Проверено 4 мая 2013 г.
- ^ ЭБИ. «Сводка дифференциальных выражений Ttc39c» . Проверено 4 мая 2013 г.
- ^ Jump up to: а б с д «STRING — Известные и предсказанные белок-белковые взаимодействия» . Проверено 2 мая 2013 г.