Тетратрикопептидный повтор
| Тетратрикопептидный повтор | |||
|---|---|---|---|
 | |||
| Идентификаторы | |||
| Символ | ТПР_1 | ||
| Пфам | PF00515 | ||
| Пфам Клан | CL0020 | ||
| ИнтерПро | ИПР001440 | ||
| ОБЛАСТЬ ПРИМЕНЕНИЯ 2 | 1а17 / СКОПе / СУПФАМ | ||
| CDD | cd00189 | ||
| |||
Тетратрикопептидный повтор ( TPR ) является структурным мотивом . Он состоит из вырожденного из 34 аминокислот, тандемного повтора обнаруженного в самых разных белках . Встречается в тандемных массивах из 3–16 мотивов. [ 1 ] которые образуют каркасы для обеспечения белок-белковых взаимодействий и часто сборки мультибелковых комплексов. Эти альфа-спиралей повторы пары обычно складываются вместе, образуя один линейный соленоидный домен , называемый доменом TPR . Белки с такими доменами включают способствующего анафазе (APC) субъединицы cdc16 , cdc23 и cdc27 комплекса , НАДФН-оксидазы , субъединицу p67-phox , hsp90-связывающие иммунофилины , факторы транскрипции , протеинкиназу R (PKR), основной рецептор пероксисомального матрикса. импорт белка PEX5 , белок аргининметилтрансфераза 9 (PRMT9) и белки импорта митохондрий.
Структура
[ редактировать ]Структура белка PP5 была первой, которую удалось определить. Структура, раскрытая Дасом и его коллегами с помощью рентгеновской кристаллографии, показала, что мотив последовательности TPR состоит из пары антипараллельных альфа-спиралей. [ 2 ] Структура PP5 содержала 3 тандемных повтора TPR, что показало, что последовательные повторы TPR образуют альфа-спиральную соленоидную структуру.
Типичная структура TPR характеризуется взаимодействием между спиралями A и B первого мотива и спиралью A' следующего TPR. Хотя природа таких взаимодействий может различаться, первые две спирали мотива TPR обычно имеют угол упаковки ~24 градуса в пределах одного мотива. Повторы более чем трех мотивов TPR образуют правостороннюю суперспираль, характеризующуюся как вогнутой, так и выпуклой стороной, из которых вогнутая сторона обычно участвует в связывании лиганда. [ 1 ] [ 3 ]
С точки зрения последовательности TPR содержит смесь малых и больших гидрофобных остатков, тем не менее, ни одно из положений не является полностью инвариантным. Однако есть определенные остатки, которые обычно консервативны, включая триптофан 4, лейцин 7, глицин 8, тирозин 11, аланин 20, фенилаланин 24, аланин 27 и пролин 32. Среди этих 8 аланина в положениях 8, 20 и 27, как правило, больше. сохранено. Другие позиции имеют более сильное предпочтение либо к малым, либо к большим, либо к ароматическим аминокислотам, чем к конкретному остатку. Между спиралями сохранение остатков играет более структурную роль, поскольку присутствуют остатки разрыва спирали. Между соседними TPR остатки играют роль как структурного, так и функционального значения. [ 1 ]
TPR-содержащие пептиды
[ редактировать ]Прыгать
[ редактировать ]Адаптерный белок Hop опосредует ассоциацию молекулярных шаперонов Hsp70 и Hsp90. Он содержит три повтора 3-TPR, каждый со своей специфичностью связывания пептидов. Известно, что его домен TPR1 распознает C-конец Hsp70, тогда как TPR2 связывается с C-концом Hsp90. Обе С-концевые последовательности заканчиваются мотивом EEVD, а характер взаимодействия является как электростатическим, так и гидрофобным. [ 1 ] [ 4 ]
ПЕКС5
[ редактировать ]Белок PEX5 является рецептором PTS1 (пероксисомальный сигнальный трипептид, который направляет белки в пероксисомы). Он взаимодействует с сигналом через мотивы TPR. Большая часть его контактов с С-концевым трипептидом PTS1 находится на вогнутой поверхности TPR 1, 2 и 3. [ 5 ]
Цитозольный фактор нейтрофилов 2
[ редактировать ]Цитозольный фактор 2 нейтрофилов необходим для комплекса НАДФН-оксидазы, который, в свою очередь, производит супероксиды в ответ на микробную инфекцию. Связывание Rac GTPase является ключевым этапом сборки комплекса, а TPR в единице phox опосредуют сборку мультибелкового комплекса, действуя как каркас связывания. [ 6 ]
Примеры
[ редактировать ]Гены человека, кодирующие белки, содержащие этот мотив, включают:
- ААГ2 , АНАПК7
- ББС4
- КАБИНА1 , CDC16 , CDC23 , CDC27 , CNOT10 , CTR9
- ДНКJC3 , DNAJC7 , DYX1C1
- ФАМ10А4 , ФАМ10А5 , ФКБП4 , ФКБП5 , ФКБП8 , ФКБПЛ
- GPSM1 , GPSM2 , GTF3C3
- ИФИТ1 , ИФИТ1Л , ИФИТ2 , ИФИТ3 , ИФИТ5 , ИФТ140 , ИФТ88
- КЛК1 , КЛК2 , КЛК3 , КЛК4 , КНС2
- ЛОНРФ2
- NARG1 , NARG1L , NASP , NCF2 , NFKBIL2 , NOXA1 , NPHP3
- ОГТ
- PEX5 , PEX5L , PPID , PPP5C , PRPF6
- RANBP2 , RANBP2L2 , RANBP2L6 , RAPSN , RGPD5 , RGPD7 , RPAP3
- SGTA , SGTB , SH3TC1 , SH3TC2 , SPAG1 , SRP72 , ST13 , STIP1 , STUB1 , SUGT1
- ТМТС1 , ТМТС2 , ТМТС3 , ТМТС4 , ТОММ34 , ТОММ70А
- TTC1 , TTC3 , TTC4 , TTC5 , TTC6 , TTC7A , TTC7B , TTC8 , TTC9C , TTC12 , TTC13 , TTC14 , TTC16 , TTC17 , TTC18 , TTC21A , TTC21B , TTC22 , TTC24 , TTC15 , TTC25 , TTC27 , TTC28 , TTC29 , TTC30A , TTC30B , TTC31 , TTC33 , TTC37
- UNC45A , UNC45B , UTX , УТИ
- ВДТК1
- ZC3H7B
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Перейти обратно: а б с д Блатч Г.Л., Лессле М. (ноябрь 1999 г.). «Повтор тетратрикопептида: структурный мотив, опосредующий белок-белковые взаимодействия». Биоэссе . 21 (11): 932–9. doi : 10.1002/(SICI)1521-1878(199911)21:11<932::AID-BIES5>3.0.CO;2-N . ПМИД 10517866 .
- ^ Дас А.К., Коэн П.В., Барфорд Д. (март 1998 г.). «Структура тетратрикопептидных повторов протеинфосфатазы 5: значение для TPR-опосредованных белок-белковых взаимодействий» . Журнал ЭМБО . 17 (5): 1192–9. дои : 10.1093/emboj/17.5.1192 . ПМЦ 1170467 . ПМИД 9482716 .
- ^ Уилсон К.Г., Каджандер Т., Риган Л. (январь 2005 г.). «Кристаллическая структура NlpI. Прокариотический тетратрикопептидный повторяющийся белок с глобулярной складкой» . Журнал ФЭБС . 272 (1): 166–79. дои : 10.1111/j.1432-1033.2004.04397.x . ПМИД 15634341 .
- ^ Шойфлер К., Бринкер А., Буренков Г., Пегораро С., Мородер Л., Бартуник Х., Хартл Ф.У., Моарефи I (апрель 2000 г.). «Структура комплексов домен-пептид TPR: критические элементы сборки мультишаперонной машины Hsp70-Hsp90» . Клетка . 101 (2): 199–210. дои : 10.1016/S0092-8674(00)80830-2 . ПМИД 10786835 . S2CID 18200460 .
- ^ Гатто Г.Дж., Гейсбрехт Б.В., Гулд С.Дж., Берг Дж.М. (декабрь 2000 г.). «Распознавание сигнала-1 пероксисомального нацеливания доменами TPR человеческого PEX5». Структурная биология природы . 7 (12): 1091–5. дои : 10.1038/81930 . ПМИД 11101887 . S2CID 35168630 .
- ^ Лапуж К., Смит С.Дж., Уокер П.А., Гамблин С.Дж., Смердон С.Дж., Риттингер К. (октябрь 2000 г.). «Структура TPR-домена p67phox в комплексе с Rac.GTP» . Молекулярная клетка . 6 (4): 899–907. дои : 10.1016/S1097-2765(05)00091-2 . ПМИД 11090627 .
Дальнейшее чтение
[ редактировать ]- Лима Мде Ф, Элой Н.Б., Пегораро С, Сагит Р., Рохас К., Бретц Т., Варгас Л., Элофссон А., де Оливейра А.С., Хемерли А.С., Феррейра ПК (18 ноября 2010 г.). «Геномная эволюция и сложность комплекса, способствующего анафазе (APC) у наземных растений» . Биология растений BMC . 10 :254. дои : 10.1186/1471-2229-10-254 . ПМК 3095333 . ПМИД 21087491 .
- Дас А.К., Коэн П.В., Барфорд Д. (март 1998 г.). «Структура тетратрикопептидных повторов протеинфосфатазы 5: значение для TPR-опосредованных белок-белковых взаимодействий» . Журнал ЭМБО . 17 (5): 1192–9. дои : 10.1093/emboj/17.5.1192 . ПМЦ 1170467 . ПМИД 9482716 .
- Уитфилд С., Mainprize IL (февраль 2010 г.). «Мотивы TPR: отличительные черты новой платформы для экспорта полисахаридов» . Структура . 18 (2): 151–3. дои : 10.1016/j.str.2010.01.006 . ПМИД 20159460 .
- Крахлер А.М., Шарма А., Клеантус К. (июль 2010 г.). «Самоассоциация доменов TPR: уроки, извлеченные из разработанного, основанного на консенсусе олигомера TPR» . Белки . 78 (9): 2131–43. дои : 10.1002/прот.22726 . ПМИД 20455268 . S2CID 25669437 .
- Шапире А.Л., Вальпуэста В., Ботелла М.А. (сентябрь 2006 г.). «Белки TPR в передаче сигналов растительных гормонов» . Сигнализация и поведение растений . 1 (5): 229–30. дои : 10.4161/psb.1.5.3491 . ПМЦ 2634123 . ПМИД 19704665 .
- Кортахарена А.Л., Риган Л. (май 2006 г.). «Связывание лигандов доменами TPR» . Белковая наука . 15 (5): 1193–8. дои : 10.1110/ps.062092506 . ПМК 2242500 . ПМИД 16641492 .
- Д'Андреа Л.Д., Риган Л. (декабрь 2003 г.). «Белки TPR: универсальная спираль». Тенденции биохимических наук . 28 (12): 655–62. CiteSeerX 10.1.1.313.8712 . дои : 10.1016/j.tibs.2003.10.007 . ПМИД 14659697 .
- Гебл М., Янагида М. (май 1991 г.). «Защелкивающаяся спираль TPR: новый мотив повторения белка от митоза до транскрипции». Тенденции биохимических наук . 16 (5): 173–7. дои : 10.1016/0968-0004(91)90070-C . ПМИД 1882418 .
Внешние ссылки
[ редактировать ]- ресурсов Eukaryotic Linear Motif Класс мотивов LIG_TPR
- ресурсов Eukaryotic Linear Motif Класс мотивов TRG_PTS1