Хитиназа-домен, содержащий белок 1
| MOD1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Идентификаторы | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Псевдонимы | Chid1 , si-clp, siclp, gl008, домен хитиназы, содержащий 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Внешние идентификаторы | Омим : 615692 ; MGI : 1915288 ; Гомологен : 12229 ; GeneCards : Chid1 ; OMA : Chid1 - ортологи | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Wikidata | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Хитиназа-домен, содержащий белок 1 (chid1), является высококонсервативным белком неизвестной функции, расположенной в коротком (P) руке хромосомы 11 вблизи теломер . [ 5 ] Белок имеет 27 интронов , что позволяет составлять многие изоформы этого гена. Он имеет несколько псевдонимов, наиболее распространенной из которых является стабилин-1, взаимодействующий с хитиназоподобным белком (Si-CLP). Как указывает псевдоним, chid1, как известно, взаимодействует с белком Stab1 . [ 6 ] Chid1 экспрессируется повсеместно на уровнях почти в 6 раз превышает средний ген, [ 7 ] и сохраняется очень далеко от организмов, таких как Caenorhabditis elegans и, возможно, некоторые прокариоты . Известно, что этот белок имеют сайты связывания углеводов , которые могут быть вовлечены в углеводный катаболиз .
Ген
[ редактировать ]Chid1 расположен на хромосоме 11 в месте P15.5. [ 8 ] Он находится вниз по течению от TSPAN4 и вверх по течению от AP2A2 . [ 9 ] CHID1 is ubiquitously expressed at a high levels. Through microarray analysis, it has been shown that CHID1 is generally expressed at 5.7 times the average gene.[7] CHID1 has many known variants, which is attributed to its 37 exons. There are no inherent repeats or hairpin structures to be found within the coding region of CHID1. This gene is a member of the GH18 superfamily, which dictates some of its protein structure. This gene also has several aliases, the most common of which is Stabilin-1 interacting chitinase-like protein, or SI-CLP, which indicates its known interaction with STAB1.[10]
Variations
[edit]Due to its large size and many exons, CHID1 has many transcript variants that have been identified through mRNA sequencing. CHID1 has 27 exons and 22 known splice forms.[7] These forms indicate that there may be multiple promotor regions and transcription start sites used within the genome. The most commonly found transcripts translate to about 400 amino acids each.
Homology
[edit]CHID1 shows a very high level of conservation. It has been identified in many model systems including Drosophila melanogaster, Caenorhabditis elegans, and Oryza sativa.[11] When conservation is observed over a large region, it becomes clear which protein domains are most important to CHID1. By far, the two best conserved factors are exon junctions you can add a link to exon junction, as well as several known carbohydrate binding sites. Another important region appears to be the last 15 amino acids, which retain a high level of conservation even through insect sequences.
| Species | Common name | Divergence in millions of years | Accession number | Similarity to human sequence |
|---|---|---|---|---|
| Gorilla gorilla gorilla | Gorilla | 8.8 | XP_004050445.1 | 100% |
| Macaca mulatta | Rhesus macaque | 29.0 | AFI38071.1 | 94% |
| Equus caballus | Horse | 94.2 | XP_003362692.1 | 91% |
| Felis catus | House cat | 94.2 | XP_003993852.1 | 90% |
| Taeniopygia guttata | Finch | 296 | XP_002199280.2 | 78% |
| Ictalurus punctatus | Catfish | 400.1 | NP_001187344.1 | 70% |
| Apis florea | Honey bee | 782.7 | XP_003691984.1 | 61% |
Paralogs
[edit]There are also several proposed paralogs to CHID1. These genes are di-N-acetylchitobiase, Chitinase-3-like protein 2, and chitotriosidase 1. All of these genes have roughly 40% similarity, and match human transcripts of CHID1 over 40-50% of the gene.[12] Based on the level of conservation, these paralogs all likely split at a time near to the split from bacteria.
| Name | Accession number | Length (amino acids) | Similarity to CHID1 in humans |
|---|---|---|---|
| di-N-acetylchitobiase | NP_004379.1 | 385 | 38% |
| Chitinase-3-like protein 2 | NP_001020368.1 | 380 | 39% |
| Chitotriosidase-1 | NP_001243054.2 | 447 | 40% |
Protein
[edit]Трансляция белка chid1 обычно составляет около 400 аминокислот длиной (хотя это варьируется во многих известных формах) и имеет мало посттрансляционных модификаций. [ 13 ] В большинстве форм и ортологов прогнозируется, что chid1 имеет сигнальный пептид, который варьируется по длине по последовательности. [ 14 ] Структурные прогнозы и рентгеновские кристаллографические структуры ChID1 указывают на то, что его вторичная структура является тяжелой в альфа-спиралях , хотя он определенно имеет некоторые бета-нити , как указано в структуре рентгеновской кристаллографии Si-CLP. Chid1 также является членом суперсемейства белков GH18 , которая имеет уникальную консервативную структуру. [ 15 ] Члены этой семьи содержат бочку бета/альфа -альфа из 8 человек. Также показано, что этот белок взаимодействует с другими копиями себя в гомодимере , который также использует взаимодействующие молекулы сульфатного иона для неизвестной цели.
Выражение
[ редактировать ]
Показано, что экспрессия chid1 является повсеместным и выше среднего во всех тканях человека. [ 16 ] [ 17 ] [ 18 ] При анализе промоторной области chid1 у людей эта экспрессия объясняется большим количеством сайтов связывания транскрипционных факторов , которые активны в широком диапазоне тканей или даже вездесущи. [ 19 ] У Drosophila melanogaster экспрессия ткани сильно различается между личинками и взрослыми тканями. [ 20 ] Хотя выражение чрезвычайно распространено у взрослых, оно не на таком высоком уровне, как у людей. У личинок chid1 показано, что только в конкретных тканях и активируется в очень разных тканях, чем у взрослых. В тканях личинок экспрессия является самой высокой в слюнной железе, но у взрослых самая высокая экспрессия на сегодняшний день находится в мужской вспомогательной железе. [ 20 ] Хотя экспрессия, как правило, высока у некоторых видов, оно не обязательно является ненормальным. Гибридизация in situ транскриптов генов в мозге мыши показывает, что chid1 экспрессируется относительно нормально. [ 21 ] Паттерн высокой и низкой экспрессии с мозгом очень похож на другой широко распространенный ген: бета -актин . [ 22 ] Это является одним из признаков того, что chid1 может показать нормальный паттерн экспрессии у млекопитающих, несмотря на общую активацию.
Функция
[ редактировать ]Хотя chid1 не имеет никакой известной функции на определенной степени, существует несколько предложенных активностей белка на основе текущих знаний. Этот белок может участвовать в метаболических процессах , таких как хитина катаболизм или углеводов метаболизм . Он может располагаться в различных клеточных компартментах, таких как цитоплазма , или в лизосомах, все в зависимости от определенных посттрансляционных модификаций. [ 23 ] Другое исследование предположило, что chid1 может играть роль в зондировании патогенов. [ 15 ] Функция Chid1 может также зависеть от его предполагаемого партнера по связыванию, Stab1 , который предлагается участвовать в передаче сигналов и защиты клеток от бактерии. [ 24 ]
Взаимодействия
[ редактировать ]Chid1 предлагается только взаимодействовать с еще одним белком. Трансмембранная и белка стабилин-1 была обнаружена в качестве взаимодействия с помощью in vitro , in vivo двухгибридных анализов дрожжей . [ 10 ] Stab1 - это большой белок трансмембранного рецептора, который может функционировать во многих аспектах, таких как домашнее домашнее хозяйство или ангиогенез лимфоцитов . Он экспрессируется более чем в два раза превышает средний уровень генов и, как ожидается, будет играть роль в защите клеток от бактерии. [ 25 ] Это взаимодействие может дать представление о функции обоих белков в целом.
Клиническое значение
[ редактировать ]В целом, значение chid1 неизвестно. Многие профили экспрессии chid1 показывают, что его экспрессия не меняется ни в каких общих заболеваниях или условиях, как в настоящее время изучается. [ 26 ] Учитывая отсутствие знаний о функции Chid1, трудно дополнительно изучить ее роль в состоянии человека.
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Jump up to: а беременный в GRCH38: Ensembl Release 89: ENSG00000177830 - Ensembl , май 2017 г.
- ^ Jump up to: а беременный в GRCM38: Ensembl Release 89: Ensmusg000000255512 - Ensembl , май 2017 г.
- ^ «Человеческая PubMed ссылка:» . Национальный центр информации о биотехнологии, Национальная медицина США .
- ^ «Мышь Pubmed ссылка:» . Национальный центр информации о биотехнологии, Национальная медицина США .
- ^ Taylor TD, Noguchi H, Totoki Y, Toyoda A, Kuroki Y, Dewar K, Lloyd C, Itoh T, Takeda T, Kim DW, He X, Barlow KF, Bloom T, Bruford E, Chang JL, Cuomo CA, Eichler E , Fitzgerald MG, Jaffe DB, Labutti K, Nicol R, Park HS, Seaman C, Sougnez C, Yang X, Zimmer AR, Zody MC, Birren BW, Nusbaum C, Fujiyama A, Hattori M, Rogers J, Lander ES, Sakaki Y (март 2006 г.). «Человеческая хромосома 11 последовательность ДНК и анализ, включая новую идентификацию генов» . Природа . 440 (7083): 497–500. Bibcode : 2006natur.440..497t . doi : 10.1038/nature04632 . PMID 16554811 .
- ^ "Chid1 ген" . Генекарты . Институт науки Вайзмана . Получено 30 апреля 2013 года .
- ^ Jump up to: а беременный в «Homo sapiens Complex Locus Chid1, кодирующий домен хитиназы, содержащий 1» . Aceview . NCBI . Получено 30 апреля 2013 года .
- ^ Genecards Human Batabase. «Ген chid1 - генекарты | chid1 -белок | антитела к чид1» . Генекарты . Получено 2013-07-26 .
- ^ «Человек CHR11: 867,357-915,058 - UCSC Genome Browser V286» . Genome.ucsc.edu . Получено 2013-07-26 .
- ^ Jump up to: а беременный Kzhyshkowska J, Mamidi S, Gratchev A, Kremmer E, Schmuttermaier C, Krusell L, Haus G, Utikal J, Schledzewski K, Scholtze J, Goerdt S (апрель 2006 г.). «Новый стабилин-1, взаимодействующий с хитиназоподобным белком (Si-CLP), повышается в альтернативно активированных макрофагах и секретируется через лизосомальный путь» . Кровь . 107 (8): 3221–8. doi : 10.1182/blood-2005-07-2843 . PMID 16357325 .
- ^ «Гомологен дома» . Ncbi.nlm.nih.gov . Получено 2013-07-26 .
- ^ «Взрыв: базовый локальный инструмент поиска выравнивания» . Blast.ncbi.nlm.nih.gov. 2013-06-20 . Получено 2013-07-26 .
- ^ "Добро пожаловать в" . Psort.org. 2010-05-17 . Получено 2013-07-26 .
- ^ "Lipop 1.0 Server" . CBS.DTU.DK. Получено 2013-07-26 .
- ^ Jump up to: а беременный Meng G, Zhao Y, Bai X, Liu Y, Green TJ, Luo M, Zheng X (Dec 2010). «Структура человеческого стабилина-1, взаимодействующего с хитиназоподобным белком (Si-CLP), выявляет сахаридсвязывающее расщелину с более низкой селективностью, связывающей сахар» . Журнал биологической химии . 285 (51): 39898–904. doi : 10.1074/jbc.m110.130781 . PMC 3000971 . PMID 20724479 .
- ^ «BioGPS - ваша система портала гена» .
- ^ Даниэль Тьерри-Миг; Джин Тьерри-Миг, NCBI/NLM/NIH. «Aceview: Gene: Chid1, комплексная аннотация генов человека, мыши и червя с мРНК или estsaceview» . Ncbi.nlm.nih.gov . Получено 2013-07-26 .
- ^ Genecards Human Batabase. «Ген chid1 - генекарты | chid1 -белок | антитела к чид1» . Генекарты . Получено 2013-07-26 .
- ^ "Genomatix: страница входа" . Genomatix.de . Получено 2013-07-26 . [ Постоянная мертвая ссылка ]
- ^ Jump up to: а беременный «Отчет гена Flybase: DMEL \ CG8460» . Flybase.org . Получено 2013-07-26 .
- ^ «Детали эксперимента :: Allen Brain Atlas: мозг мыши» . Mouse.brain-map.org . Получено 2013-07-26 .
- ^ «Детали эксперимента :: Allen Brain Atlas: мозг мыши» . Mouse.brain-map.org . Получено 2013-07-26 .
- ^ Kzhyshkowska J, Mamidi S, Gratchev A, Kremmer E, Schmuttermaier C, Krusell L, Haus G, Utikal J, Schledzewski K, Scholtze J, Goerdt S (апрель 2006 г.). «Новый стабилин-1, взаимодействующий с хитиназоподобным белком (Si-CLP), повышается в альтернативно активированных макрофагах и секретируется через лизосомальный путь» . Кровь . 107 (8): 3221–8. doi : 10.1182/blood-2005-07-2843 . PMID 16357325 .
- ^ Даниэль Тьерри-Миг; Джин Тьерри-Миг, NCBI/NLM/NIH. «Aceview: Gene: Stab1, комплексная аннотация генов человека, мыши и червя с мРНК или estsaceview» . Ncbi.nlm.nih.gov . Получено 2013-07-26 .
- ^ Даниэль Тьерри-Миг; Джин Тьерри-Миг, NCBI/NLM/NIH. «Aceview: Gene: Stab1, комплексная аннотация генов человека, мыши и червя с мРНК или estsaceview» . Ncbi.nlm.nih.gov . Получено 2013-07-26 .
- ^ «Дом - Гео Профили - NCBI» . Ncbi.nlm.nih.gov. 2013-03-25 . Получено 2013-07-26 .