Флавобактерии
| Флавобактерии | |
|---|---|
| |
| Бергейелла зоогелкум | |
Научная классификация 
| |
| Домен: | Бактерии |
| Тип: | Бактероидота |
| Сорт: | Флавобактерии |
| Заказ: | Флавобактерии Бернарде 2012 [ 1 ] |
| Семьи [ 2 ] | |
Отряд включает Flavobacteriales несколько семейств бактерий окружающей среды . [ 3 ]
Сравнительная геномика и молекулярные подписи
[ редактировать ]Flavobacteriales — один из отрядов типа Bacteroidota . [ 2 ] Сравнительные геномные исследования выявили несколько консервативных инделей , а также 27 белков, которые уникальным образом являются общими для различных секвенированных видов Flavobacteriales и Bacteroidota, что подтверждает этот вывод. [ 4 ] [ 5 ] Кроме того, эти исследования также идентифицировали 38 белков, которые, по-видимому, специфичны для видов отряда Flavobacteriales . [ 5 ] Из этих белков 26 присутствовали у всех секвенированных видов, а остальные 12 отсутствовали только у одного или двух видов. Эти сигнатурные белки являются потенциальными молекулярными маркерами этого порядка. Также было идентифицировано несколько белков, уникальных для порядков Flavobacteriales и Bacteroidales , что указывает на то, что виды этих двух порядков имели общего предка, за исключением других Bacteroidales . [ 5 ]
Филогения
[ редактировать ]Принятая в настоящее время таксономия основана на Списке названий прокариот, стоящих в номенклатуре . [ 2 ]
| Полногеномная филогения [ 6 ] [ а ] | на основе 16S рРНК ДП _12_2021 г. [ 7 ] [ 8 ] [ 9 ] | GTDB 07-RS207 по базе данных таксономии генома [ 10 ] [ 11 ] [ 12 ] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
|
|
Примечания
[ редактировать ]- ^ Blattabacteriaceae не включены в это филогенетическое древо.
См. также
[ редактировать ]Ссылки
[ редактировать ]- ^ Бернарде Ж.Ф. (2010). «Отряд I. Flavobacteriales порядка ноября». В Криг Н.Р., Стейли Дж.Т., Браун Д.Р., Хедлунд Б.П., Пастер Б.Дж., Уорд Н.Л., Людвиг В., Уитмен В.Б. (ред.). Руководство Берджи по систематической бактериологии . Том. 4 (2-е изд.). Нью-Йорк, штат Нью-Йорк: Спрингер. п. 105.
- ^ Перейти обратно: а б с Эузеби Ж.П., Парте AC. « Флавобактерии » . Список названий прокариот, имеющих номенклатуру (LPSN) . Проверено 29 июня 2021 г.
- ^ Бун Д.Р., Кастенхольц Р.В., ред. (2001). Руководство Берджи по систематической бактериологии . Том. 1 (Археи и глубоко ветвящиеся и фототрофные бактерии) (2-е изд.). Нью-Йорк, штат Нью-Йорк: Springer-Verlag. стр. 465–466.
- ^ Гупта РС. (2004). «Филогения и характеристики сигнатурных последовательностей Fibrobacteres , Chlorobi и Bacteroidetes ». Критические обзоры по микробиологии . 30 (2): 123–140. дои : 10.1080/10408410490435133 . ПМИД 15239383 . S2CID 24565648 .
- ^ Перейти обратно: а б с Гупта Р.С., Лоренцини Э. (2007). «Филогения и молекулярные признаки (консервативные белки и индели), специфичные для видов Bacteroidetes и Chlorobi » . Эволюционная биология BMC . 7:71 . дои : 10.1186/1471-2148-7-71 . ПМЦ 1887533 . ПМИД 17488508 .
- ^ Гарсиа-Лопес М., Мейер-Колтхофф Х.П., Тиндалл Б.Дж., Гронов С., Войк Т., Кирпидес Н.К., Ханке Р.Л., Гёкер М. (2019). «Анализ 1000 геномов типовых штаммов улучшает таксономическую классификацию Bacteroidetes » . Передний микробиол . 10 :2083.дои : 10.3389 / fmicb.2019.02083 . ПМК 6767994 . ПМИД 31608019 .
- ^ «ЛТП» . Проверено 23 февраля 2021 г.
- ^ «Дерево LTP_all в формате Ньюика» . Проверено 23 февраля 2021 г.
- ^ «Примечания к выпуску LTP_12_2021» (PDF) . Проверено 23 февраля 2021 г.
- ^ «Выпуск GTDB 07-RS207» . База данных таксономии геномов . Проверено 20 июня 2022 г.
- ^ "ar53_r207.sp_label" . База данных таксономии геномов . Проверено 20 июня 2022 г.
- ^ «История таксонов» . База данных таксономии геномов . Проверено 20 июня 2022 г.