Jump to content

ПП6

ПП6
Доступные структуры
ПДБ Поиск ортологов: PDBe RCSB
Идентификаторы
Псевдонимы SMG6 , C17orf31, EST1A, SMG-6, hSMG5/7a, нонсенс-опосредованный фактор распада мРНК, нонсенс-опосредованный фактор распада мРНК SMG6, hEST1A
Внешние идентификаторы Опустить : 610963 ; МГИ : 2144117 ; Гомологен : 23024 ; Генные карты : SMG6 ; ОМА : SMG6 — ортологи
Ортологи
Разновидность Человек Мышь
Входить
Вместе
ЮниПрот
RefSeq (мРНК)

НМ_001170957
НМ_001256827
НМ_001256828
НМ_001282326
НМ_017575

НМ_001002764

RefSeq (белок)

НП_001243756
НП_001243757
НП_001269255
НП_060045

НП_001002764

Местоположение (UCSC) Чр 17: 2.06 – 2.3 Мб Чр 11: 74,82 – 75,06 Мб
в PubMed Поиск [ 3 ] [ 4 ]
Викиданные
Просмотр/редактирование человека Просмотр/редактирование мыши

Теломераза-связывающий белок EST1A представляет собой фермент , который у человека кодируется SMG6 геном на 17 хромосоме . [ 5 ] [ 6 ] [ 7 ] Он повсеместно экспрессируется во многих тканях и типах клеток. [ 8 ] С-конец белка EST1A содержит N-концевой домен PilT (PIN) . Структура этого домена была определена с помощью рентгеновской кристаллографии . [ 9 ] Функция SMG6 связывает одноцепочечную ДНК при поддержании теломер и одноцепочечную РНК при нонсенс-опосредованном распаде мРНК (NMD). [ 10 ] [ 11 ] Ген SMG6 также содержит один из 27 SNP , связанных с повышенным риском развития ишемической болезни сердца . [ 12 ]

Структура

[ редактировать ]

Ген SMG6 расположен на хромосоме 17 в участке 17p13.3 и содержит 30 экзонов . [ 13 ] Этот ген производит 3 изоформы посредством альтернативного сплайсинга . [ 14 ]

SMG6 является одним из трех человеческих гомологов Est1p, обнаруженных у Saccharomyces cerevisiae . Он содержит PIN-домен, характерный для белков с рибонуклеазной активностью. [ 15 ] Домен PIN образует структуру альфа/бета-складок, аналогичную той, которая обнаружена в 5'- нуклеазах . [ 16 ] Внутри PIN-домена находится каноническая триада кислотных остатков , которая расщепляет одноцепочечную РНК. [ 17 ] SMG6 также имеет общий фосфосерин -связывающий домен, напоминающий домен белков 14–3–3 с двумя другими его гомологами, SMG5 и SMG7 . Этот 14–3–3-подобный домен и С-концевой спиральный домен шпилек с семью α-спиралями, уложенными перпендикулярно 14–3–3-подобному домену, вместе образуют мономерную тетратрикопептидную область (TPR). Различия в ориентации и специфических остатках в TPR между SMG6 и его гомологами могут объяснить, почему SMG6 не образует комплекс с SMG5 и SMG7 при рекрутировании с помощью UPF1 . [ 18 ]

SMG6 широко экспрессируется во всех тканях человека. Он выполняет двойную функцию: в поддержании теломер и в путях наблюдения за РНК . SMG6 связывает одноцепочечную теломерную ДНК и взаимодействует с обратной транскриптазой теломеразы, удлиняя теломеры. [ 6 ] Сверхэкспрессия SMG6 индуцирует анафазные мосты из-за слияния концов хромосом и, таким образом, влияет на замыкание теломер, что может напрямую индуцировать апоптотический ответ. [ 19 ] [ 5 ] SMG6 также действует как эндонуклеаза в пути NMD . Каталитическая активность SMG6 сосредоточена в его PIN-домене , который необходим для деградации мРНК, содержащих кодоны преждевременной терминации трансляции (PTC), в клетках человека. [ 20 ] SMG6 расщепляет мРНК вблизи кодонов преждевременного завершения транслокации и требует UPF1 и SMG1 для снижения уровней репортерной мРНК. [ 21 ]

Клиническое значение

[ редактировать ]

У людей выбранные геномные области на основе 150 SNP были идентифицированы в полногеномном исследовании ассоциации (GWAS) при ишемической болезни сердца. Соответственно, связь между недавним курением и сайтами CpG внутри и рядом с этими генами, связанными с ишемической болезнью сердца, была исследована у 724 субъектов европеоидной расы в рамках Роттердамского исследования. Идентифицированные сайты метилирования были обнаружены в SMG6 вместе с другими генами, и некоторые из этих сайтов демонстрировали более низкое метилирование у курящих в настоящее время субъектов по сравнению с никогда не курящими. [ 22 ]

Клинический маркер

[ редактировать ]

Многолокусное исследование оценки генетического риска, основанное на комбинации 27 локусов, включая ген SMG6, выявило лиц с повышенным риском как возникновения, так и рецидивов ишемической болезни сердца, а также увеличило клиническую пользу от терапии статинами. Исследование было основано на групповом исследовании на уровне сообщества (исследование «Диета Мальмё и рак») и четырех дополнительных рандомизированных контролируемых исследованиях когорт первичной профилактики (JUPITER и ASCOT) и когорт вторичной профилактики (CARE и PROVE IT-TIMI 22). [ 12 ]

  1. ^ Перейти обратно: а б с GRCh38: Версия Ensembl 89: ENSG00000070366 Ensembl , май 2017 г.
  2. ^ Перейти обратно: а б с GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000038290 Ensembl , май 2017 г.
  3. ^ «Ссылка на Human PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
  4. ^ «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
  5. ^ Перейти обратно: а б Райхенбах П., Хесс М., Аззалин С.М., Набхольц М., Бухер П., Лингнер Дж. (апрель 2003 г.). «Человеческий гомолог дрожжевого Est1 связывается с теломеразой и открывает концы хромосом при сверхэкспрессии» . Современная биология . 13 (7): 568–74. дои : 10.1016/S0960-9822(03)00173-8 . ПМИД   12676087 . S2CID   14423276 .
  6. ^ Перейти обратно: а б Сноу Б.Е., Эрдманн Н., Круикшанк Дж., Голдман Х., Гилл Р.М., Робинсон М.О., Харрингтон Л. (апрель 2003 г.). «Функциональная консервативность белка теломеразы Est1p у человека» . Современная биология . 13 (8): 698–704. дои : 10.1016/S0960-9822(03)00210-0 . ПМИД   12699629 . S2CID   6685276 .
  7. ^ «Ген Энтрез: гомолог SMG6 Smg-6, нонсенс-опосредованный фактор распада мРНК (C. elegans)» .
  8. ^ «BioGPS – ваша генная портальная система» . biogps.org . Проверено 12 октября 2016 г.
  9. ^ Такешита Д., Зенно С., Ли В.К., Сайго К., Танокура М. (июль 2006 г.). «Кристаллизация и предварительный рентгеновский анализ PIN-домена человеческого EST1A» . Acta Crystallographica Раздел F. 62 (Часть 7): 656–8. дои : 10.1107/S1744309106020057 . ПМК   2242961 . ПМИД   16820686 .
  10. ^ Сноу Б.Е., Эрдманн Н., Круикшанк Дж., Голдман Х., Гилл Р.М., Робинсон М.О., Харрингтон Л. (апрель 2003 г.). «Функциональная консервативность белка теломеразы Est1p у человека» . Современная биология . 13 (8): 698–704. дои : 10.1016/s0960-9822(03)00210-0 . ПМИД   12699629 . S2CID   6685276 .
  11. ^ Хантцингер Э., Кашима И., Фаузер М., Сольер Ж., Изаурральд Э. (декабрь 2008 г.). «SMG6 — это каталитическая эндонуклеаза, которая расщепляет мРНК, содержащие нонсенс-кодоны, у многоклеточных животных» . РНК . 14 (12): 2609–17. дои : 10.1261/rna.1386208 . ПМК   2590965 . ПМИД   18974281 .
  12. ^ Перейти обратно: а б Мега Дж.Л., Ститциел Н.О., Смит Дж.Г., Чесман Д.И., Колфилд М.Дж., Девлин Дж.Дж., Нордио Ф., Хайд КЛ., Кэннон КП, Сакс Ф.М., Поултер Н.Р., Север П.С., Ридкер П.М., Браунвальд Э., Меландер О, Катиресан С., Сабатин М.С. (июнь 2015 г.). «Генетический риск, события ишемической болезни сердца и клиническая польза терапии статинами: анализ исследований первичной и вторичной профилактики» . Ланцет . 385 (9984): 2264–71. дои : 10.1016/S0140-6736(14)61730-X . ПМЦ   4608367 . ПМИД   25748612 .
  13. ^ «SMG6 SMG6, нонсенс-опосредованный фактор распада мРНК [Homo sapiens (человек)] - Ген - NCBI» . www.ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 12 октября 2016 г.
  14. ^ «SMG6 - теломераза-связывающий белок EST1A - Homo sapiens (человек) - ген и белок SMG6» . www.uniprot.org . Проверено 12 октября 2016 г.
  15. ^ Главан Ф., Бем-Ансмант И., Изаурральде Э., Конти Э. (ноябрь 2006 г.). «Структуры PIN-доменов SMG6 и SMG5 обнаруживают нуклеазу в комплексе наблюдения мРНК» . Журнал ЭМБО . 25 (21): 5117–25. дои : 10.1038/sj.emboj.7601377 . ПМК   1630413 . ПМИД   17053788 .
  16. ^ Такешита Д., Зенно С., Ли В.К., Сайго К., Танокура М. (сентябрь 2007 г.). «Кристаллическая структура PIN-домена белка EST1A, связанного с теломеразой человека». Белки . 68 (4): 980–9. дои : 10.1002/прот.21351 . ПМИД   17557331 . S2CID   43477604 .
  17. ^ Хантцингер Э., Кашима И., Фаузер М., Сольер Ж., Изаурральд Э. (декабрь 2008 г.). «SMG6 — это каталитическая эндонуклеаза, которая расщепляет мРНК, содержащие нонсенс-кодоны, у многоклеточных животных» . РНК . 14 (12): 2609–17. дои : 10.1261/rna.1386208 . ПМК   2590965 . ПМИД   18974281 .
  18. ^ Чакрабарти С., Бонно Ф., Шюсслер С., Эппингер Е., Конти Е. (август 2014 г.). «Фосфозависимые и фосфонезависимые взаимодействия геликазы UPF1 с факторами NMD SMG5-SMG7 и SMG6» . Исследования нуклеиновых кислот . 42 (14): 9447–60. дои : 10.1093/nar/gku578 . ПМК   4132714 . ПМИД   25013172 .
  19. ^ Карлседер Дж. , Брокколи Д., Дай Ю., Харди С., де Ланге Т. (февраль 1999 г.). «p53- и ATM-зависимый апоптоз, индуцированный теломерами, лишенными TRF2». Наука . 283 (5406): 1321–5. дои : 10.1126/science.283.5406.1321 . ПМИД   10037601 .
  20. ^ Хантцингер Э., Кашима И., Фаузер М., Сольер Ж., Изаурральд Э. (декабрь 2008 г.). «SMG6 — это каталитическая эндонуклеаза, которая расщепляет мРНК, содержащие нонсенс-кодоны, у многоклеточных животных» . РНК . 14 (12): 2609–17. дои : 10.1261/rna.1386208 . ПМК   2590965 . ПМИД   18974281 .
  21. ^ Николсон П., Джози С., Куросава Х., Ямашита А., Мюлеманн О. (август 2014 г.). «Новое, независимое от фосфорилирования взаимодействие между SMG6 и UPF1 имеет важное значение для NMD человека» . Исследования нуклеиновых кислот . 42 (14): 9217–35. дои : 10.1093/nar/gku645 . ПМК   4132754 . ПМИД   25053839 .
  22. ^ Стинард Р.В., Лигтхарт С., Столк Л., Петерс М.Дж., ван Мёрс Дж.Б., Уиттерлинден А.Г., Хофман А., Франко О.Г., Деган А. (01.01.2015). «Курение табака связано с метилированием генов, связанных с ишемической болезнью сердца» . Клиническая эпигенетика . 7 (1): 54. дои : 10.1186/s13148-015-0088-y . ПМЦ   4443552 . ПМИД   26015811 .

Дальнейшее чтение

[ редактировать ]
Arc.Ask3.Ru: конец переведенного документа.
Arc.Ask3.Ru
Номер скриншота №: 2d319123376a748addca73ec131e6d4e__1701555960
URL1:https://arc.ask3.ru/arc/aa/2d/4e/2d319123376a748addca73ec131e6d4e.html
Заголовок, (Title) документа по адресу, URL1:
SMG6 - Wikipedia
Данный printscreen веб страницы (снимок веб страницы, скриншот веб страницы), визуально-программная копия документа расположенного по адресу URL1 и сохраненная в файл, имеет: квалифицированную, усовершенствованную (подтверждены: метки времени, валидность сертификата), открепленную ЭЦП (приложена к данному файлу), что может быть использовано для подтверждения содержания и факта существования документа в этот момент времени. Права на данный скриншот принадлежат администрации Ask3.ru, использование в качестве доказательства только с письменного разрешения правообладателя скриншота. Администрация Ask3.ru не несет ответственности за информацию размещенную на данном скриншоте. Права на прочие зарегистрированные элементы любого права, изображенные на снимках принадлежат их владельцам. Качество перевода предоставляется как есть. Любые претензии, иски не могут быть предъявлены. Если вы не согласны с любым пунктом перечисленным выше, вы не можете использовать данный сайт и информация размещенную на нем (сайте/странице), немедленно покиньте данный сайт. В случае нарушения любого пункта перечисленного выше, штраф 55! (Пятьдесят пять факториал, Денежную единицу (имеющую самостоятельную стоимость) можете выбрать самостоятельно, выплаичвается товарами в течение 7 дней с момента нарушения.)