SMG1

SMG1
Идентификаторы
Псевдонимы	SMG1 , 61E3.4, ATX, LIP, бессветная, опосредованная мРНК, связанная с PI3K, связанную с PI3K киназа, Nonsense SMG1, связанная с распадом мРНК, связанная с PI3K, киназа, связанная
Внешние идентификаторы	Омим : 607032 ; MGI : 1919742 ; Гомологен : 56697 ; GeneCards : SMG1 ; OMA : SMG1 - ортологи
showМестоположение гена ( человек )
Chr.	Chromosome 16 (human)
End	18,926,408 bp
showМестоположение гена ( мышь )
Chr.	Chromosome 7 (mouse)
End	117,842,893 bp
showРНК -паттерн экспрессии
	Top expressed in
	skin of thigh; ; sural nerve; ; epithelium of colon; ; skin of hip; ; Achilles tendon; ; epithelium of nasopharynx; ; parietal pleura; ; mucosa of sigmoid colon; ; visceral pleura; ; jejunal mucosa;
	Top expressed in
	tail of embryo; ; genital tubercle; ; lobe of cerebellum; ; cerebellar vermis; ; mesenteric lymph nodes; ; medullary collecting duct; ; Rostral migratory stream; ; renal corpuscle; ; neural layer of retina; ; spermatocyte;
	More reference expression data
	n/a
showДжин Онтология
Molecular function	telomeric DNA binding; ATP binding; protein kinase activity; protein binding; kinase activity; metal ion binding; nucleotide binding; transferase activity; protein serine/threonine kinase activity; RNA binding;
Cellular component	nucleus; cytosol; cytoplasm; nucleoplasm;
Biological process	response to stress; mRNA export from nucleus; nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay; peptidyl-serine phosphorylation; phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process; cellular response to DNA damage stimulus; protein autophosphorylation; phosphorylation; regulation of telomere maintenance; DNA repair; regulation of response to DNA damage stimulus; protein phosphorylation;
	Sources:Amigo / QuickGO
hideОртологи
	23049
	233789
	ENSG00000157106
	Emsmusmb00000000306555
	Q96Q15
	Q8BKX6
	NM_015092
	NM_001031814 ; NM_177180
	NP_055907
	NP_001026984
	Викидид
Посмотреть/редактировать человека	Посмотреть/редактировать мышь

Serine/Threonine-Brotein-киназа SMG1 -это фермент , который у людей кодируется SMG1 геном . ^{[ 5 ]}^{[ 6 ]}^{[ 7 ]}^{[ 8 ]} SMG1 принадлежит к семейству протеиновых белков, связанных с фосфатидилинозитол 3-киназы .

Функция

Этот ген кодирует белок, участвующий в разведении мРНК, опосредованного бессмысленностью (NMD) как часть комплекса наблюдения мРНК. Белок обладает активностью киназы и, как считается, функционирует при NMD путем фосфорилирования регулятора бессмысленных транскриптов 1 белка. Альтернативные варианты сплайсированных транскриптов были описаны, но их полноразмерные природы не были определены. ^{[ 8 ]}

Взаимодействия

Было показано, что SMG1 (ген) взаимодействует с PRKCI ^{[ 9 ]} и UPF1 . ^{[ 10 ]}

Ссылки

^ Jump up to: ^а ^{беременный} ^в GRCH38: Ensembl Release 89: ENSG00000157106 - Ensembl , май 2017 г.
^ Jump up to: ^а ^{беременный} ^в GRCM38: Ensembl Release 89: Ensmusg0000000030655 - Ensembl , май 2017 г.
^ «Человеческая PubMed ссылка:» . Национальный центр информации о биотехнологии, Национальная медицина США .
^ «Мышь Pubmed ссылка:» . Национальный центр информации о биотехнологии, Национальная медицина США .
^ Ишикава К., Нагасе Т., Накаджима Д., Секи Н., Охара М., Мияджима Н., Танака А., Котани Х, Номура Н., Охара О (1998). «Прогнозирование кодирующих последовательностей неопознанных генов человека. VIII. 78 Новые клоны кДНК из мозга, которые код для крупных белков in vitro» . ДНК Res . 4 (5): 307–13. doi : 10.1093/dnares/4.5.307 . PMID 9455477 .
^ Деннинг Г., Джеймисон Л., Мават Ле, Томпсон Э.А., Филдс А.П. (июнь 2001 г.). «Клонирование новой киназы, связанной с фосфатидилинозитолкиназой, характеристикой белка наблюдения РНК SMG-1 человека» . Дж. Биол. Химический 276 (25): 22709–14. doi : 10.1074/jbc.c100144200 . PMID 11331269 .
^ Морита Т., Ямашита А., Кашима И., Огата К., Ишира С., Оно С (март 2007 г.). «Отдаленные N- и C-концевые домены необходимы для внутренней киназной активности SMG-1, критического компонента бессмысленного распада мРНК» . Дж. Биол. Химический 282 (11): 7799–808. doi : 10.1074/jbc.m610159200 . PMID 17229728 .
^ Jump up to: ^а ^{беременный} «Ген Entrez: SMG1 Pi-3-киназа киназа SMG-1» .
^ Diaz-Meco MT, Municio MM, Sanchez P, Lozano J, Moscat J (январь 1996 г.). «Lambda-взаимодействующий белок, новый белок, который специфически взаимодействует с доменом цинкового пальца атипичной изотип протеинкиназы C Lambda/йота и стимулирует его киназную активность in vitro и in vivo» . Мол Клетка. Биол . 16 (1): 105–14. doi : 10.1128/mcb.16.1.105 . PMC 230983 . PMID 8524286 .
^ Yamashita A, Ohnishi T, Kashima I, Taya Y, Ohno S (сентябрь 2001 г.). «Человеческий SMG-1, новая фосфатидилинозитол 3-киназа протеинкиназа, ассоциируется с компонентами комплекса наблюдения мРНК и участвует в регуляции бессмысленного распада мРНК» . Гены Дев . 15 (17): 2215–28. doi : 10.1101/gad.913001 . PMC 312771 . PMID 11544179 .

Дальнейшее чтение

Накаджима Д., Оказаки Н., Янмава Х., Кикуно Р., Охара О., Вид Т. (2002). «Строительство клонов кДНК-кДНК экспрессии для Kiaa Penes: ручное варенье 330 клонов кДНК KIAA» Res ДНК 9 (3): 99–1 Citeseerx 10.1.1.1.500.9 Doi : 10.1093/ dnares/ 9.3.9 PMID 12168954 .
Авраам Р.Т. (2005). «Связанные с АТМ киназы, HSMG-1, мосты генома и РНК-пути РНК». Репарация ДНК (Amst.) . 3 (8–9): 919–25. doi : 10.1016/j.dnarep.2004.04.003 . PMID 15279777 .
Diaz-Meco MT, Municio MM, Sanchez P, Lozano J, Moscat J (1996). «Lambda-взаимодействующий белок, новый белок, который специфически взаимодействует с доменом цинкового пальца атипичной изотип протеинкиназы C Lambda/йота и стимулирует его киназную активность in vitro и in vivo» . Мол Клетка. Биол . 16 (1): 105–14. doi : 10.1128/mcb.16.1.105 . PMC 230983 . PMID 8524286 .
Санчес П., Де Карсер Г., Сандовал IV, Москат Дж., Диас-Мекко М.Т. (1998). «Локализация изоформ атипичной протеинкиназы С в лизосому-нацеленные эндосомы посредством взаимодействия с p62» . Мол Клетка. Биол . 18 (5): 3069–80. doi : 10.1128/mcb.18.5.3069 . PMC 110686 . PMID 9566925 .
Carmeliet P, Lampugnani MG, Moons L, Breviary F, Compernolle V, Bono F, Balonol F, Balconon G, Spagnuolo R, Oosthstuct B, Dewerchin M, Zanetti A, Angellilo A, Mattot V, Nutgens E, Clotman F, De Ruiter MC, Gittenberger-Degroot A, Poelmann R, Lupu F, Herbert JM, Collen D, Dejana E (1999). «Целевой дефицит или цитозольное усечение гена VE-кадгерина у мышей ухудшает VEGF-опосредованную эндотелиальную выживаемость и сангиогенез » Ячейка 98 (2): 147–5 Doi : 10.1016/s0092-8674 (00) 81010-7 PMID 10428027 S2CID 2668221
Лофтус Б.Дж., Ким У.Дж ПК, Вентер Дж.С., Адамс М.Д. (1999). «Дубликации генома и другие особенности в 12 МБ последовательности ДНК из хромосомы человека 16p и 16q». Геномика . 60 (3): 295–308. doi : 10.1006/geno.1999.5927 . PMID 10493829 .
Dias Neto E, Correa RG, Verjovski-Almeida S, Briones MR, Nagai Ma, Da Silva W, Zago MA, Bordin S, Costa FF, Goldman GH, Oak AF, Matsukuma A, GS Bay, Simpson DH, Brunstein A, Oliveira PS, Bucher P, Jongenel CV, O'Hare MJ, Soares F, Brenanti RR, Reis LF, Souza SJ, Simpson AJ (2000). «Секвенирование дробовика человеческого трансциптома с экспрессированными ORF -метками последовательности» . Прокурор Нат. Академический Наука США . 97 (7): 3491–6. Bibcode : 2000pnas ... 97.3491d . Doi : 10.1073/pnas.97.7.3491 . PMC 16267 . PMID 10737800 .
Yamashita A, Ohnishi T, Kashima I, Taya Y, Ohno S (2001). «Человеческий SMG-1, новая фосфатидилинозитол 3-киназа протеинкиназа, ассоциируется с компонентами комплекса наблюдения мРНК и участвует в регуляции бессмысленного распада мРНК» . Гены Дев . 15 (17): 2215–28. doi : 10.1101/gad.913001 . PMC 312771 . PMID 11544179 .
Эйхлер Э.Е., Джонсон М.Е., Алкан С., Тузун Е., Сахиналп С., Миссео Д., Архидиакона Н., Рокки М. (2002). «Дивергентное происхождение и согласованное расширение двух сегментарных дупликаций на хромосоме 16» . J. Hered . 92 (6): 462–8. doi : 10.1093/jhered/92.6.462 . PMID 11948212 .
Chiu Sy, Serin G, Ohara O, Maquat Le (2003). «Характеристика человеческого SMG5/7A: белок с сходством с Caenorhabditis elegans SMG5 и SMG7, который функционирует в дефосфорилировании UPF1» . РНК . 9 (1): 77–87. doi : 10.1261/rna.2137903 . PMC 1370372 . PMID 12554878 .
Ohnishi T, Yamashita A, Kashima I, Schell T, Anders KR, Grimson A, Hachiya T, Hentze MW, Anderson P, Ohno S (2003). «Фосфорилирование HUPF1 индуцирует образование комплексов наблюдения мРНК, содержащих HSMG-5 и HSMG-7» . Мол Клетка . 12 (5): 1187–200. doi : 10.1016/s1097-2765 (03) 00443-x . PMID 14636577 .
Brumbaugh KM, Otterness DM, Geisen C, Oliveira V, Brognard J, Li X, Lejeune F, Tibbetts RS, Maquat Le, Abraham RT (2004). «Белок мРНК-наблюдения HSMG-1 функционирует в путях реакции генотоксического стресса в клетках млекопитающих» . Мол Клетка . 14 (5): 585–98. doi : 10.1016/j.molcel.2004.05.005 . PMID 15175154 .
Кашима I, Ямашита А., Изуми Н., Катаока Н., Моришита Р., Хошино С., Оно М., Дрейфусс Г., Оно С. (2006). «Связывание нового комплекса SMG-1-UP1-ERF1-ERF3 (SURF) с комплексом экзон-соединения запускает фосфорилирование UPF1 и бессмысленное распад мРНК» . Гены Дев . 20 (3): 355–67. doi : 10.1101/gad.1389006 . PMC 1361706 . PMID 16452507 .
Azzalin CM, Lingner J (2006). «Человеческий фактор наблюдения РНК UPF1 необходим для прогрессирования фазы S и стабильности генома» . Карт Биол . 16 (4): 433–9. Bibcode : 2006cbio ... 16..433a . doi : 10.1016/j.cub.2006.01.018 . PMID 16488880 . S2CID 17197870 .

Эта связанная с белком статья является заглушкой . Вы можете помочь Википедии, расширив ее .

[refGRCh38Ensembl-1] Jump up to: ^а ^{беременный} ^в GRCH38: Ensembl Release 89: ENSG00000157106 - Ensembl , май 2017 г.

[refGRCm38Ensembl-2] Jump up to: ^а ^{беременный} ^в GRCM38: Ensembl Release 89: Ensmusg0000000030655 - Ensembl , май 2017 г.

[3] «Человеческая PubMed ссылка:» . Национальный центр информации о биотехнологии, Национальная медицина США .

[4] «Мышь Pubmed ссылка:» . Национальный центр информации о биотехнологии, Национальная медицина США .

[pmid9455477-5] Ишикава К., Нагасе Т., Накаджима Д., Секи Н., Охара М., Мияджима Н., Танака А., Котани Х, Номура Н., Охара О (1998). «Прогнозирование кодирующих последовательностей неопознанных генов человека. VIII. 78 Новые клоны кДНК из мозга, которые код для крупных белков in vitro» . ДНК Res . 4 (5): 307–13. doi : 10.1093/dnares/4.5.307 . PMID 9455477 .

[pmid11331269-6] Деннинг Г., Джеймисон Л., Мават Ле, Томпсон Э.А., Филдс А.П. (июнь 2001 г.). «Клонирование новой киназы, связанной с фосфатидилинозитолкиназой, характеристикой белка наблюдения РНК SMG-1 человека» . Дж. Биол. Химический 276 (25): 22709–14. doi : 10.1074/jbc.c100144200 . PMID 11331269 .

[pmid17229728-7] Морита Т., Ямашита А., Кашима И., Огата К., Ишира С., Оно С (март 2007 г.). «Отдаленные N- и C-концевые домены необходимы для внутренней киназной активности SMG-1, критического компонента бессмысленного распада мРНК» . Дж. Биол. Химический 282 (11): 7799–808. doi : 10.1074/jbc.m610159200 . PMID 17229728 .

[entrez-8] Jump up to: ^а ^{беременный} «Ген Entrez: SMG1 Pi-3-киназа киназа SMG-1» .

[pmid8524286-9] Diaz-Meco MT, Municio MM, Sanchez P, Lozano J, Moscat J (январь 1996 г.). «Lambda-взаимодействующий белок, новый белок, который специфически взаимодействует с доменом цинкового пальца атипичной изотип протеинкиназы C Lambda/йота и стимулирует его киназную активность in vitro и in vivo» . Мол Клетка. Биол . 16 (1): 105–14. doi : 10.1128/mcb.16.1.105 . PMC 230983 . PMID 8524286 .

[pmid11544179-10] Yamashita A, Ohnishi T, Kashima I, Taya Y, Ohno S (сентябрь 2001 г.). «Человеческий SMG-1, новая фосфатидилинозитол 3-киназа протеинкиназа, ассоциируется с компонентами комплекса наблюдения мРНК и участвует в регуляции бессмысленного распада мРНК» . Гены Дев . 15 (17): 2215–28. doi : 10.1101/gad.913001 . PMC 312771 . PMID 11544179 .

[1]

[2]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]

[ 9 ]

[ 10 ]

v Т и Ферменты
Активность	Активный сайт Связующий сайт Каталитическая триада Оксинион Хоул Распущенность фермента Ограниченный диффузию фермент Кофактор Ферментный катализ
Регулирование	Аллостерическая регуляция Кооперативность Ингибитор фермента Фермент активатор
Классификация	ЕС номер Фермент суперсемейство Семья ферментов Список ферментов
Кинетика	Кинетика фермента Eadie -court чайная диаграмма Хейнс -Вулф Участок Lineweaver - Burk Stury Михаэлис -Мюминен Кинетика
Типы	EC1 оксидоредуктазы ( список ) EC2 Трансферы ( список ) EC3 Гидролазы ( список ) EC4 Lyases ( список ) EC5 изомеразы ( список ) Ec6 лигазы ( список ) EC7 Translocases ( список )