ANKRD24
 | Эта статья требует дополнительных цитат для проверки . ( февраль 2016 г. ) |
| ANKRD24 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Идентификаторы | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Псевдонимы | ANKRD24 , Ankyrin Repeat Domain 24 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Внешние идентификаторы | MGI : 1890394 ; Гомологен : 49885 ; GeneCards : ANKRD24 ; OMA : ANKRD24 - Ортологи | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Викидид | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Анкириновый повторный домен, содержащий белок 24, является белком у людей, который кодируется геном ANKRD24 . [ 6 ] Ген также известен как KIAA1981 [ 7 ] Полем Функция белка у людей в настоящее время неизвестна. ANKRD24 находится в семействе белков, который содержит домены повторного приема анкирина .
Ген
[ редактировать ]Локус
[ редактировать ]
Ген расположен на хромосоме 19 на P13.3 на передней части. [ 10 ] [ 11 ] Ген длиной 4041 и содержит 29 экзонов. [ 9 ] [ 12 ] Ген соседен с геном SIRT6 , который кодирует для белка сиртуина -6 и гена EBI3 , который кодирует вирус Эпштейн -Барр, индуцированный белком гена 3. [ 13 ]
Выражение
[ редактировать ]Паттерн экспрессии ANKRD24 нехарактеризован. В условиях роста и пролиферации клеток уровни экспрессии увеличиваются. В опухолях зародышевой линии, глиоме и раке простаты экспрессия повышается по сравнению с другими болезнями. Во время развития уровень выражения повышается на стадии бластоцисты . У взрослых повышаются уровни экспрессии в плаценте , желудке , почках и глазах по сравнению с другими тканями. [ 14 ] Однако результаты экспериментальных профилей экспрессии генов не согласованы по сравнению с экспрессией ANKRD24, что предполагает избыточность гена и его белкового продукта.
МРНК
[ редактировать ]Альтернативное выражение
[ редактировать ]13 транскрипции вариантов ANKRD24 мРНК были предсказаны. [ 15 ]
Белок
[ редактировать ]Общие функции
[ редактировать ]Белок ANKRD24 составляет 1146 аминокислот в длину, имеет молекулярную массу 124 кДа и имеет изоэлектрическую точку 4,98. [ 16 ] Предполагается, что вторичная структура будет состоять из всех альфа -спиралей и не содержать бета -пряди . [ 17 ] Прогнозируется, что третичная структура белка является спиральной поворотом. [ 5 ]
Композиция
[ редактировать ]ANKRD24 имеет относительно высокий состав аланина (15,0%), глутаминовой кислоты (13,5%) и лейцина (11,0%) и относительно низкого состава цистеина (1,5%), фенилаланина (0,7%), триптофан (0,2%), и тирозин (0,8%). Белок содержит положительные кластеры, которые могут быть сигналами ядерной локализации . Белок не имеет каких -либо значительных отрицательных кластеров заряда и нет значительных зарядных паттернов. [ 18 ]
Субклеточная локализация
[ редактировать ]Прогнозируется, что белок локализуется в ядре клеток ANKRD24 . [ 19 ]
Домены
[ редактировать ]ANKRD24 находится в семействе белков , который содержит домены повторного приема анкирина . Повторения анкирина известны для опосредованного белкового взаимодействия . [ 20 ] Белок также содержит две области с катушкой . [ 21 ]
Посттрансляционная модификация
[ редактировать ]Предполагается, что ANKRD24 подвергся C-маннозилированию. [ 22 ]
Взаимодействующие белки
[ редактировать ]Предполагается, что ANKRD24 взаимодействует с дисками LAGIC HOMOLOG 4 ( DLG4 ), эукариотическим фактором удлинения трансляции 1-альфа 1 ( EEF1A1 ), гомолога AUN-119 ( UNC119 время репликации. ), регуляторного фактора репликации 1 ( RIF1 ), протеинкиназа C и казеин-киназа, субстрат в нейронах 1 ( PACSIN1 ), субъединица ядерного фактора NF-KAPPA-B P105 ( NFKB1 ), холест-5-ene-3β, 7α-диол 3β-дегидрогеназа ( HSD3B7 ), личинки летала-гиганта 2 (L2GL2) и глюкокортная индуцирован 1 (GLC) CI1. [ 23 ] [ 24 ] [ 25 ] [ 26 ] Никакой характеристики этих взаимодействий еще не наблюдается. [ 27 ]
Гомология
[ редактировать ]
ANKRD24 не имеет человеческих паралогов . Ортологичные белки встречаются в других организмах. Следующая таблица представляет некоторые из ортологов, найденных с использованием поиска в взрыве [ 29 ] и блат . [ 30 ] Тем не менее, этот список не является исчерпывающим для ортологов ANKRD24 и предназначен только для того, чтобы показать широкое разнообразие видов, для которых можно найти ортологи ANKRD24.
| Родовые виды | Общее название | Дата дивергенции (MYA) [ 31 ] | Приложение # (нуклеотид) | Приложение # (белок) | Длина последовательности (BP) | Длина последовательности (AA) | E значение | Идентичность последовательности (%) | Сходство последовательности (%) | |
| 1 | Homo Sapiens | Люди | 0 | NM_133475.1 | NP_597732.1 | 4041 | 1146 | 100 | 100 | |
| 2 | Nomascus leucogenys | Северный белый шек-Гиббон | 19.9 | XM_012503370.1 | XP_012358824.1 | 3675 | 1165 | 0 | 95 | 96 |
| 3 | Отолубриле Гарнетти | Маленькие ушали Галаго | 75.9 | XM_012804592.1 | XP_012660046.1 | 4181 | 1035 | 0 | 83 | 87 |
| 4 | Trichechus manatus latirostris | Флорида Манати | 105 | XM_004378459.1 | ] | 3354 | 1117 | 0 | 81 | 86 |
| 5 | Eptesicus Brown | Большая коричневая летучая мышь | 97.5 | XM_008150610.1 | XP_008148832.1 | 3369 | 1122 | 0 | 80 | 84 |
| 6 | AILUROPODA MELANOLEUCA | Гигантская панда | 97.5 | XM_002928471.2 | XP_002928517.1 | 3729 | 1116 | 0 | 80 | 84 |
| 7 | Африканская Локсодонта | Африканский саванна слон | 105 | XM_003421925.2 | XP_003421973.1 | 4049 | 1345 | 0 | 79 | 85 |
| 8 | Октадон Дегус | Дегут | 90.9 | XM_004632746.1 | XP_004632803.1 | 3381 | 1126 | 0 | 79 | 84 |
| 9 | Chrysochlis Asian | Кейп Золотой моль | 105 | XM_006869037.1 | XP_006869099.1 | 3747 | 1248 | 0 | 78 | 85 |
| 10 | Orcinus orca | Убийственный кит | 97.5 | XM_004277648.2 | XP_004277696.1 | 3482 | 1079 | 0 | 77 | 82 |
| 11 | Челония Мидас | Зеленый морской турле | 320.5 | XM_007072230.1 | XP_007072292 | 3051 | 1016 | 9.00E-178 | 63 | 77 |
| 12 | Фикадула Альбиколлис | Ворота мухоловки | 320.5 | XM_005060250.1 | XP_005060307 | 1885 | 621 | 2.00E-171 | 60 | 74 |
| 13 | Gekko japonicus | Японское геккону | 320.5 | XM_015410656.1 | XP_015266142 | 3057 | 1019 | 3.00E-175 | 58 | 75 |
| 14 | Python Bivittatus | Бирманский питон | 320.5 | XM_007434390 | XP_007434452 | 3192 | 1063 | 1.00E-167 | 58 | 75 |
| 15 | Falco Cherrug | Вещи Сокол | 320.5 | XM_014277718.1 | XP_014133193 | 1431 | 476 | 0 | 57 | 71 |
| 16 | Стегаст делятся | Bicolor Damesself | 429.6 | XM_008295305.1 | XP_008293527.1 | 3629 | 1095 | 2.00E-90 | 41 | 55 |
| 17 | Trichomonas vaginalis g3 | Trichomonas vaginalis | 2040 | XM_001329224.1 | XP_001329259 | 774 | 257 | 2.00E-24 | 34 | 54 |
| 18 | Ciona intestinalis | Тунические суда | 733 | XM_009863371.1 | XP_009861673 | 3156 | 956 | 9.00E-24 | 32 | 48 |
| 19 | Talaromyces stipitatus | Грибы | 1302.5 | XM_002486774.1 | XP_002486819.1 | 3216 | 1071 | 3.00e-18 | 32 | 51 |
| 20 | Cryptococcus neoformans | Дрожжи | 1302.5 | XM_012197089.1 | XP_012052479.1 | 943 | 236 | 3.00e-16 | 32 | 51 |
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Jump up to: а беременный в GRCH38: Ensembl Release 89: ENSG00000089847 - Ensembl , май 2017 г.
- ^ Jump up to: а беременный в GRCM38: Ensembl Release 89: Ensmusg00000054708 - Ensembl , май 2017 г.
- ^ «Человеческая PubMed ссылка:» . Национальный центр информации о биотехнологии, Национальная медицина США .
- ^ «Мышь Pubmed ссылка:» . Национальный центр информации о биотехнологии, Национальная медицина США .
- ^ Jump up to: а беременный «Сервер I-Tasser для прогнозирования структуры и функций белка» . zhanglab.ccmb.med.umich.edu . Получено 2016-04-26 .
- ^ «Анкириновый повторный домен, содержащий белок 24 [Homo sapiens] - белок - NCBI» . www.ncbi.nlm.nih.gov . Получено 2016-02-07 .
- ^ «ANKRD24 - Анкириновый повторный домен, содержащий белок 24 - Homo Sapiens (Human) - ANKRD24 Gene & Protein» . www.uniprot.org . Получено 2016-02-07 .
- ^ «Вход карты генов для ANKRD24» . Генная карта . Получено 2016-05-09 .
- ^ Jump up to: а беременный «ANKRD24 ANKYRIN Repeat Domain 24 [Homo Sapiens (Human)] - Gene - NCBI» . www.ncbi.nlm.nih.gov . Получено 2016-05-09 .
- ^ «Вход карты генов на ANKRD24» . www.genecards.org . Получено 2016-02-07 .
- ^ "Gene: ANKRD24 (ENSG00000089847) - Резюме - Homo Sapiens - Ensembl Genome Browser 84" . useast.ensembl.org . Получено 2016-05-09 .
- ^ «Homo Sapiens Ankyrin Repeat Domain 24 (ANKRD24), мРНК - нуклеотид - NCBI» . www.ncbi.nlm.nih.gov . Получено 2016-04-26 .
- ^ «ANKRD24 ANKYRIN Repeat Domain 24 [Homo Sapiens (Human)] - Gene - NCBI» . www.ncbi.nlm.nih.gov . Получено 2016-04-27 .
- ^ "EST Profile - Hs.197872" . www.ncbi.nlm.nih.gov . Получено 2016-04-27 .
- ^ «Анкириновый повторный домен, содержащий белок 24 [Homo sapiens] - белок - NCBI» . www.ncbi.nlm.nih.gov . Получено 2016-04-24 .
- ^ «SDSC Biology Workbench» . Workbench.sdsc.edu . Получено 2016-05-09 .
- ^ «Phyre 2 результаты для my_protein» . www.sbg.bio.ic.ac.uk. Получено 2016-04-27 . [ Постоянная мертвая ссылка ]
- ^ «Подчинение SAPS на ANKRD24» . Биология Workbench .
- ^ «Вход карты генов на ANKRD24» . www.genecards.org . Получено 2016-04-24 .
- ^ Mosavi LK, Cammett TJ, Desrosiers DC, Peng ZY (июнь 2004 г.). «Повторение анкирина как молекулярная архитектура для распознавания белка» . Белковая наука . 13 (6): 1435–48. doi : 10.1110/ps.03554604 . PMC 2279977 . PMID 15152081 .
- ^ «ANKRD24 - Анкириновый повторный домен, содержащий белок 24 - Homo Sapiens (Human) - ANKRD24 Gene & Protein» . www.uniprot.org . Получено 2016-02-08 .
- ^ "Netcglyc 1.0 Server" . www.cbs.dtu.dk. Получено 2016-05-09 .
- ^ «8 двоичных взаимодействий, найденных для поискового термина ANKRD24» . База данных интактного молекулярного взаимодействия . Embl-Ebi . Получено 2018-08-25 .
- ^ Al., David Lynn et. «InnitedB: Системная биология врожденного иммунного ответа» . www.innatedb.com . Получено 2016-04-24 .
- ^ "Mentha: браузер Interactome" . Mentha.uniroma2.it . Получено 2016-04-24 .
- ^ "База данных Mint" . Mint.bio.uniroma2.it . Архивировано из оригинала на 2006-05-06 . Получено 2016-04-24 .
- ^ «Строка: функциональные сети ассоциации белков» . String-db.org . Получено 2016-02-08 .
- ^ «Тристость» . Биология Workbench .
- ^ «Взрыв: базовый локальный инструмент поиска выравнивания» . blast.ncbi.nlm.nih.gov . Получено 2016-05-09 .
- ^ "UCSC Genome Bioinformatics: FAQ" . genome.ucsc.edu . Получено 2016-05-09 .
- ^ Хеджес С.Б., Марин Дж., Сульки М., Пеймер М., Кумар С. (апрель 2015 г.). «Дерево жизни раскрывает такподобные видообразования и диверсификация» . Молекулярная биология и эволюция . 32 (4): 835–45. Arxiv : 1412.4312 . doi : 10.1093/molbev/msv037 . PMC 4379413 . PMID 25739733 .