Анти-CRISPR
| Анти-CRISPR (белок AcrIIA4) | |||
|---|---|---|---|
 Структура AcrIIA4, полученная из PDB с помощью программы просмотра JSmol. | |||
| Идентификаторы | |||
| Организм | |||
| Символ | АкрIIA4 | ||
| ПДБ | 5XN4 | ||
| ЮниПрот | А0А247Д711 | ||
| |||
| Часть серии о |
| КРИСПР |
|---|
| Редактирование генома : CRISPR-Cas |
|
варианты: Анти-CRISPR - CIRTS - CRISPeYCRISPR-Cas10 - CRISPR-Cas13 - CRISPR-BEST CRISPR-Disp - CRISPR-Gold - CRISPRa - CRISPRi Easi-CRISPR – СДЕЛАЙТЕ ЭТО |
| Фермент |
|
Cas9 - FokI - EcoRI - PstI - SmaI HaeIII – Cas12a (Cpf1) – xCas9 |
| Приложения |
| КАМЕРА - ICE - Направленная генетика |
| другой метод редактирования генома: |
| Прайм монтаж - Pro-AG - RESCUE - TALEN - ZFN - LEAPER |
Анти-CRISPR (антикластерные регулярно расположенные короткие палиндромные повторы или Acr) представляет собой группу белков, обнаруженных в фагах , которые ингибируют нормальную активность CRISPR -Cas, иммунной системы некоторых бактерий . [ 1 ] CRISPR состоит из геномных последовательностей, которые можно найти в прокариотических организмах , которые происходят от бактериофагов , которые заранее заразили бактерии, и используются для защиты клетки от дальнейших вирусных атак. [ 2 ] Анти-CRISPR является результатом эволюционного процесса, происходящего в фагах, чтобы избежать их геномов разрушения прокариотическими клетками, которые они заражают. [ 3 ]
До открытия этого типа белков семейства приобретение мутаций было единственным известным способом, который фаги могли использовать, чтобы избежать разрушения, опосредованного CRISPR-Cas , за счет снижения аффинности связывания фага и CRISPR. Тем не менее, у бактерий есть механизмы перенацеливания мутантного бактериофага - процесс, который называется «прайминг-адаптацией». Итак, насколько сейчас известно исследователям, анти-CRISPR — наиболее эффективный способ обеспечить выживание фагов на протяжении всего процесса заражения бактерий. [ 4 ]
История
[ редактировать ]Системы анти-CRISPR были впервые обнаружены в Pseudomonas aeruginosa . профагах [ 5 ] что вывело из строя систему CRISPR–Cas типа IF, характерную для некоторых штаммов этих бактерий. После анализа геномных последовательностей этих фагов были обнаружены гены, кодирующие пять различных белков Anti-CRISPR (также называемых Acrs). Такими белками были AcrF1 , AcrF2 , AcrF3 , AcrF4 и AcrF5 . Исследования не обнаружили, что ни один из этих белков не нарушал ни экспрессию генов Cas, ни сборку молекул CRISPR, поэтому считалось, что эти белки типа IF напрямую влияют на интерференцию CRISPR-Cas. [ 6 ]
Дальнейшие исследования подтвердили эту гипотезу с открытием еще 4 белков ( AcrE1 , AcrE2 , AcrE3 и AcrE4 ), которые, как было показано, препятствуют Pseudomonas aeruginosa . работе системы CRISPR-Cas [ 7 ] Более того, локус генов, кодирующих эти белки типа IE, был очень близок к тому, который отвечает за экспрессию белков типа IF в той же группе фагов, что привело к выводу, что оба типа белков работают вместе. [ 8 ] Однако эти первые девять белков не имели общих мотивов последовательности , что облегчило бы идентификацию новых семейств белков Anti-CRISPR.
Позже было обнаружено, что фаги, продуцирующие такие белки, также кодируют предполагаемый регулятор транскрипции под названием Aca 1 (анти-CRISPR-ассоциированный 1), который генетически расположен очень близко к генам анти-CRISPR. Предполагается, что этот регуляторный белок отвечает за экспрессию гена анти-CRISPR во время инфекционного цикла фага, поэтому оба типа белков (анти-CRISPR и Aca1), по-видимому, работают вместе как единый механизм. [ 5 ]
После некоторых исследований была обнаружена аминокислотная последовательность , аналогичная последовательности Aca1, что привело к открытию Aca2 , нового семейства белков Aca. Aca2 также выявил существование пяти новых групп анти-CRISPR белков типа IF из-за их геномной близости: AcrF6 , AcrF7 , AcrF8 , AcrF9 и AcrF10 . Эти белки присутствовали не только в Pseudomonas aeruginosa фагах , но и влияли на другие клетки Pseudomonadota (ранее Proteobacteria ). [ 6 ]
Благодаря использованию биоинформационных инструментов в 2016 г. AcrIIC1 , AcrIIC2 и AcrIIC3 были обнаружены семейства белков у Neisseria meningitidis (ранее инфицированных фагами) . Такие белки были первыми обнаруженными ингибиторами CRISPR-Cas типа II (точнее, они препятствовали CRISPR-Cas9 II-C, типу механизма, используемому в генетической редакции клеток человека). [ 9 ] Год спустя исследование подтвердило наличие ингибиторов CRISPR–Cas9 типа II-A ( AcrIIA1 , AcrIIA2 , AcrIIA3 и AcrIIA4 ) у Listeria monocytogenes (инфицированных бактериофагами, внедрившими белки анти-CRISPR). Было продемонстрировано, что два из этих белков (AcrIIA2 и AcrIIA4) правильно работают против защитной системы CRISPR Streptococcus pyogenes типа II-A.
Результатом всех этих исследований стало открытие 21 различных семейств белков анти-CRISPR, несмотря на то, что из-за быстрого мутационного процесса фагов могут существовать и другие ингибиторы. Таким образом, необходимы дополнительные исследования, чтобы разгадать сложность систем анти-CRISPR.
Типы
[ редактировать ]Гены анти-CRISPR можно обнаружить в разных частях ДНК фага: в капсиде, хвосте и на крайнем конце. Более того, было обнаружено, что многие MGE имеют два или даже три гена Acr в одном опероне , что позволяет предположить, что они могли обмениваться между MGE. [ 10 ]
Как и все белки, белки семейства Acr образуются в результате трансляции и трансдукции генов, и их классификация основана на типе системы CRISPR-Cas, которую они ингибируют, поскольку каждый белок анти-CRISPR ингибирует конкретную систему CRISPR-Cas. система. Хотя обнаружено не так много белков анти-CRISPR, на данный момент обнаружены следующие:
| Семейство белков анти-CRISPR | Характерный член | Система CRISPR заблокирована | Количество аминокислот |
|---|---|---|---|
| АкрЭ1 | JBD5‑34 ( Pseudomonas aeruginosa ) | Я-Е | 100 |
| АкрЭ2 | JBD88a-32 ( P. aeruginosa ) | Я-Е | 84 |
| АкрЭ3 | DMS3‑30 ( P. aeruginosa ) | Я-Е | 68 |
| АкрЭ4 | D3112‑31 ( P. aeruginosa ) | Я-Е | 52 |
| АкрФ1 | JBD30‑35 ( P. aeruginosa ) | ЕСЛИ | 78 |
| AcrF2 | D3112-30 ( P. aeruginosa ) | ЕСЛИ | 90 |
| AcrF3 | JBD5‑35 ( P. aeruginosa ) | ЕСЛИ | 139 |
| AcrF4 | JBD26‑37 ( P. aeruginosa ) | ЕСЛИ | 100 |
| AcrF5 | JBD5‑36 ( P. aeruginosa ) | ЕСЛИ | 79 |
| AcrF6 | AcrF6 Pae ( P. aeruginosa ) | И-Е и И-Ф | 100 |
| AcrF7 | AcrF7 Pae ( P. aeruginosa ) | ЕСЛИ | 67 |
| AcrF8 | AcrF8 ZF40 ( фаг пектобактерий ZF40) | ЕСЛИ | 92 |
| AcrF9 | AcrF9 Vpa ( Vibrio parahaemolyticus ) | ЕСЛИ | 68 |
| АкрФ10 | AcrF10 Sxi ( Shewanella xiamenensis ) | ЕСЛИ | 97 |
| АкрIIA1 | AcrIIA1 Lmo ( Listeria monocytogenes ) | II-А | 149 |
| АкрIIA2 | AcrIIA2 Lmo ( L. monocytogenes ) | II-А | 123 |
| АкрIIA3 | AcrIIA3 Lmo ( L. monocytogenes ) | II-А | 125 |
| АкрIIA4 | AcrIIA4 Lmo ( L. monocytogenes ) | II-А | 87 |
| AcrIIC1 | AcrIIC1 Nme ( Neisseria meningitidis ) | II-C | 85 |
| АкрИИК2 | AcrIIC2 Nme ( N. meningitidis ) | II-C | 123 |
| АкрИИС3 | AcrIIC3 Nme ( N. meningitidis ) | II-C | 116 |
На данный момент гены, кодирующие белки анти-CRISPR, обнаружены в миофагах , сифофагах , предполагаемых конъюгативных элементах и островах патогенности .
Были предприняты попытки найти общие генетические особенности анти-CRISPR-генов, но безуспешно. присутствие гена aca чуть ниже генов анти-CRISPR. Тем не менее, наблюдалось [ 10 ]
Первыми обнаруженными семействами белков Acr были AcrF1, AcrF2, AcrF3, AcrF4 и AcrF5. [ 5 ] Эти ингибиторы в основном обнаружены в фагах Pseudomonas , способных инфицировать Pseudomonas aeruginosas, обладающих системой CRISPR-Cas типа I-F. Затем в другом исследовании было обнаружено, что семейства белков AcrE1, AcrE2, AcrE3 и AcrE4 также ингибируют CRISPR-Cas типа I-F у Pseudomonas aeruginosas. [ 7 ]
Позже было обнаружено, что семейства белков AcrF6, AcrF7, AcrF8, AcrF9 и AcrF10, которые также были способны ингибировать CRISPR-Cas типа I-F, были очень распространены у Pseudomonadota MGE . [ 10 ]
Тогда были открыты первые ингибиторы системы CRISPR-Cas типа II: AcrIIC1, AcrIIC2 и AcrIIC3, которые блокируют активность CRISPR-Cas9 типа II-C Neisseria meningitidis . [ 9 ]
Наконец, были обнаружены AcrIIA1, AcrIIA2, AcrIIA3 и AcrIIA4. Эти семейства белков обладают способностью ингибировать систему CRISPR-Cas типа II-A Listeria monocytogenes . [ 11 ]
Что касается соглашения об наименовании белков семейства Acr, то оно установлено следующим образом: во-первых, тип ингибируемой системы, затем числовое значение, относящееся к семейству белков, и, наконец, источник специфического белка анти-CRISPR. Например, AcrF9 Vpa активен в отношении системы CRISPR–Cas типа IF. Это также был девятый анти-CRISPR, описанный для этой системы, и он кодируется интегрированным MGE в геноме Vibrio parahaemolyticus .
Структура
[ редактировать ]Как было показано выше, существует широкий спектр белков анти-CRISPR, но лишь немногие из них глубоко изучены. Одним из наиболее изученных и четко определенных Acrs является AcrIIA4, который ингибирует Cas9, блокируя тем самым систему II-A CRISPR-Cas Streptococcus pyogenes .
АкрIIA4
[ редактировать ]
Структура AcrIIA4, полученная с помощью программного обеспечения UCSF Chimera, [ 12 ] куда был загружен его PDB-файл. [ 13 ] Четырем различным вторичным структурам, обнаруженным в этом белке, были присвоены разные цвета: синий для β-цепей, красный для α-спиралей, оранжевый для спирали 3–10 и серый для петель. Первоначально файл PDB содержит 20 последовательностей с наименьшей энергией (и, следовательно, наиболее стабильных), наложенных друг на друга, одна из которых была случайно выбрана для создания фигуры. [ 14 ] Белок растворяли с помощью ядерного магнитного резонанса (ЯМР); он содержит 87 остатков и его молекулярная масса составляет 10,182 кДа. [ 13 ] AcrIIA4 содержит:
- 3 антипараллельные β-цепи (первая — с остатков 16 по 19, вторая — с 29 по 33 и третья — с 40 по 44), образующие β-лист. Это составляет 16,1% от общего количества аминокислот, так как 14 из них образуют β-цепи.
- 3 α-спирали (первая — 2–13 остатков, вторая — 50–59 остатков и третья — 68–85 остатков).
- 1 3 10 спираль размещена между первой (β1) и второй (β2) β-цепями, которая начинается с остатка 22 и заканчивается остатком 25. Общая спиральная часть состоит из 40 остатков, что составляет 50,6% от белок.
- Петли, соединяющие различные вторичные структуры.
Существует хорошее определение вторичных структур, поскольку три α-спирали упакованы рядом с тремя β-цепями. Поразительно, но между β3-цепью, α2- и α3-спиралями имеется гидрофобное ядро, образованное кластером ароматических боковых цепей, которые притягиваются нековалентными взаимодействиями, такими как пи-стэкинг . Более того, поскольку это кислый белок, существует высокая концентрация отрицательно заряженных остатков в петлях между β3 и α2, между α2 и α3, а также в первой части α3, что может играть важную роль в ингибировании Cas9. , поскольку отрицательные заряды могут имитировать фосфаты нуклеиновых кислот. [ 14 ]
АкрФ1
[ редактировать ]С другой стороны, существует еще один Acr, AcrF1, который, возможно, не так изучен, как описано выше, хотя имеется хорошее описание его структуры. Он ингибирует систему IF CRISPR-Cas Pseudomonas aeruginosa . Максвелл и др. [ 15 ] решил 3D-структуру с помощью ЯМР.
Белок содержит 78 остатков, [ 6 ] между которыми взаимодействуют, образуя вторичные структуры. Структура AcrF1 состоит из двух антипараллельных α-спиралей и β-листа, содержащего четыре антипараллельные β-цепи. Этот β-лист расположен на противоположной стороне α-спиральной части, что создает гидрофобное ядро, состоящее из 13 аминокислот. Повороты можно обнаружить и в разных частях белка, например, на месте соединения β-цепей. [ 15 ] [ 16 ]
В активном центре AcrF1 активно участвуют поверхностные остатки, два из которых — тирозины (Y6 и Y20), а третья аминокислота — глутаминовая кислота (Е31), поскольку их мутация аланином приводит к 100-кратному снижению активность белка (с мутациями Y20A и E31A) и 10 7 -кратное уменьшение при мутации Y6.
Различные структуры, образующие белок, создают странную комбинацию, как утверждают Максвелл и др. провели поиск DALI, чтобы найти сходство между другими белками, и не обнаружили никаких информативных сходств. [ 15 ]
Функция
[ редактировать ]Предотвращение разрушения ДНК фага
[ редактировать ]Основная функция белков анти-CRISPR заключается во взаимодействии со специфическими компонентами систем CRISPR-Cas, такими как эффекторные нуклеазы , во избежание разрушения фаговой ДНК (путем связывания или расщепления). [ 17 ]
Фаг вводит свою ДНК в прокариотную клетку, обычно клетка обнаруживает последовательность, известную как «мишень», которая активирует иммунную систему CRISPR-Cas, но наличие начальной последовательности (до мишени), кодирующей образование белков Acr, позволяет избежать разрушение фага. Белки Acr образуются до того, как будет считана целевая последовательность. Таким образом, система CRISPR-Cas блокируется до того, как сможет дать ответ.
Процедура начинается с локуса транскрипции CRISPR в crRNA (CRISPR RNA). CrRNA объединяются с белками Cas, образуя рибонуклеопротеиновый комплекс, называемый каскадом. Этот комплекс исследует клетку в поисках комплементарных последовательностей crRNA. Когда эта последовательность обнаружена, нуклеаза Cas3 привлекается к каскаду, и целевая ДНК фага расщепляется. Но, например, когда обнаруживаются AcrF1 и AcrF2 (белки анти-CRISPR), они взаимодействуют с Cas7f и Cas8f-Cas5f соответственно, не позволяя связываться с фаговой ДНК. Более того, расщеплению мишени препятствует объединение AcrF3 и Cas3. [ 6 ]
Большинство генов Acr расположены рядом с анти-CRISPR-ассоциированными (Aca) генами, которые кодируют белки с ДНК-связывающим мотивом спираль-поворот-спираль. Гены Aca сохранились, и исследователи используют их для идентификации генов Acr, но функция кодируемых ими белков не совсем ясна. Связанный с Acr промотор обеспечивает высокие уровни транскрипции Acr сразу после того, как происходит инъекция ДНК фага в бактерии, после чего белки Aca подавляют транскрипцию. Если бы это не было подавлено, постоянная транскрипция гена была бы смертельной для фага. Следовательно, активность Aca необходима для обеспечения его выживания. [ 18 ]
Фаго-фаговое сотрудничество
[ редактировать ]Более того, было подтверждено, что бактерии с системами CRISPR-Cas все еще частично невосприимчивы к Acr. Следовательно, первоначальные абортивные фаговые инфекции могут быть неспособны препятствовать иммунитету CRISPR, но фаг-фаговое сотрудничество может все больше стимулировать выработку Acr и способствовать иммуносупрессии, что может привести к увеличению уязвимости клетки-хозяина к повторному заражению и, наконец, обеспечить успешное заражение и распространение второго фага. [ 17 ] Такое сотрудничество создает эпидемиологический переломный момент, когда, в зависимости от исходной плотности Acr-фагов и силы связывания CRISPR/Acr, фаги могут либо уничтожиться, либо вызвать фаговую эпидемию (количество бактериофагов увеличивается). [ 19 ] [ 20 ]
Если начальные уровни фагов достаточно высоки, плотность хозяев с ослабленным иммунитетом достигает критической точки, когда успешных инфекций становится больше, чем неудачных. Затем начинается эпидемия. Если эта точка не достигнута, происходит вымирание фага и иммуносупрессивные хозяева восстанавливают свое исходное состояние. [ 19 ] [ 20 ]
Фаговое иммунное уклонение
[ редактировать ]Стало ясно, что белки Acr играют важную роль в уклонении фага от иммунитета, хотя до сих пор неясно, как синтез белков анти-CRISPR может преодолеть систему CRISPR-Cas хозяина, которая может разрушить геном фага в течение нескольких минут после заражения. [ 17 ]
Механизмы
[ редактировать ]
Из всех обнаруженных к настоящему времени белков Anti-CRISPR механизмы описаны только для 15 из них. Эти механизмы можно разделить на три различных типа: вмешательство при загрузке crRNA, блокирование связывания ДНК и предотвращение расщепления ДНК .
Вмешательство в загрузку CrRNA
[ редактировать ]Механизм интерференции загрузки CrRNA (CRISPR RNA) в основном связан с семейством белков AcrIIC2. [ 22 ] Чтобы блокировать активность Cas9 , он предотвращает правильную сборку комплекса crRNA-Cas9.
Блокировка связывания ДНК
[ редактировать ]Было показано, что AcrIIC2 не единственный, способный блокировать связывание ДНК. Есть еще 11 белков семейства Acr, которые также могут осуществлять это. Некоторые из них — AcrIF1, AcrIF2 и AcrIF10, которые действуют на различные субъединицы каскадного эффекторного комплекса системы CRISPR-Cas типа IF, предотвращая связывание ДНК с комплексом. [ 23 ]
Более того, AcrIIC3 предотвращает связывание ДНК, способствуя димеризации Cas9. [ 22 ] [ 24 ] и AcrIIA2 имитирует ДНК, тем самым блокируя остатки распознавания PAM дцДНК (двухцепочечная ДНК) . и, следовательно, предотвращая распознавание и связывание [ 25 ] [ 26 ]
предотвращение расщепления ДНК
[ редактировать ]AcrE1, AcrIF3 и AcrIIC1 могут предотвращать расщепление целевой ДНК. С помощью рентгеновской кристаллографии было обнаружено, что AcrE1 связывается с CRISPR-связанным Cas3. [ 27 ] Аналогично, биохимический и структурный анализ AcrIF3 показал его способность связываться с Cas3 в виде димера, чтобы предотвратить привлечение Cas3 в каскадный комплекс. [ 23 ] [ 28 ] [ 29 ] Наконец, благодаря биохимическим и структурным исследованиям AcrIIC1 было обнаружено, что он связывается с активным сайтом эндонуклеазного домена HNH в Cas9, что предотвращает расщепление ДНК. Таким образом, он переводит Cas9 в неактивное, но связанное с ДНК состояние. [ 24 ]
Приложения
[ редактировать ]
Сокращение нецелевых сокращений CRISPR-Cas9
[ редактировать ]AcrIIA4 является одним из белков, ответственных за ингибирование системы CRISPR-Cas9, механизма, используемого при воспроизведении клеток млекопитающих. Добавление AcrIIA4 в клетки человека позволяет избежать взаимодействия Cas9 с системой CRISPR, снижая его способность разрезать ДНК. Однако различные исследования пришли к выводу, что добавление его в небольших количествах после редактирования генома уменьшает количество нецелевых сокращений в конкретных участках, с которыми взаимодействует Cas9, что делает всю систему намного более точной. [ 25 ]
Как избежать экологических последствий
[ редактировать ]Одной из основных целей использования технологии CRISPR-Cas9 является искоренение болезней, некоторые из которых обнаруживаются у переносчиков болезней , таких как комары. Белки анти-CRISPR могут препятствовать генному драйву , что может привести к неопределенным и катастрофическим последствиям для экосистем . [ 30 ]
Обнаружение присутствия Cas9 в образце
[ редактировать ]
Чтобы узнать, синтезирует ли определенная бактерия Cas9 и, следовательно, использует CRISPR-Cas9, или обнаружить случайное или неразрешенное использование этой системы, можно использовать AcrIIC1. Поскольку вышеупомянутый белок связывается с Cas9, была разработана центробежная микрофлюидная платформа для его обнаружения и определения его каталитической активности. [ 30 ]
Фаготерапия
[ редактировать ]Устойчивость к антибиотикам является проблемой общественного здравоохранения, которая постоянно обостряется из-за неправильного использования антибиотиков. Фаготерапия заключается в заражении бактерий с помощью фагов, которые гораздо более специфичны и вызывают меньше побочных эффектов, чем антибиотики. Acrs может ингибировать систему CRISPR-Cas9 некоторых бактерий и позволять этим фагам инфицировать бактериальные клетки, не подвергаясь атаке со стороны иммунной системы. [ 30 ]
См. также
[ редактировать ]Ссылки
[ редактировать ]- ^ Накамура М., Шринивасан П., Чавес М., Картер М.А., Домингес А.А., Ла Русса М. и др. (январь 2019 г.). «Анти-CRISPR-опосредованный контроль редактирования генов и синтетических цепей в эукариотических клетках» . Природные коммуникации . 10 (1): 194. Бибкод : 2019NatCo..10..194N . дои : 10.1038/s41467-018-08158-x . ПМК 6331597 . ПМИД 30643127 .
- ^ Баррангу Р. (февраль 2015 г.). «Роль систем CRISPR-Cas в адаптивном иммунитете и не только». Современное мнение в иммунологии . 32 : 36–41. дои : 10.1016/j.coi.2014.12.008 . ПМИД 25574773 .
- ^ Стэнли С.Ю., Борхес А.Л., Чен К.Х., Суони Д.Л., Кроган Н.Дж., Бонди-Деноми Дж., Дэвидсон А.Р. (сентябрь 2019 г.). «Анти-CRISPR-ассоциированные белки являются важнейшими репрессорами транскрипции анти-CRISPR» . Клетка . 178 (6): 1452–1464.e13. дои : 10.1016/j.cell.2019.07.046 . ПМК 6754177 . ПМИД 31474367 .
- ^ Максвелл К.Л. (октябрь 2017 г.). «История борьбы с CRISPR: битва за выживание» . Молекулярная клетка . 68 (1): 8–14. doi : 10.1016/j.molcel.2017.09.002 . ПМИД 28985512 .
- ^ Jump up to: а б с Бонди-Деноми Дж., Павлюк А., Максвелл К.Л., Дэвидсон А.Р. (январь 2013 г.). «Гены бактериофагов, инактивирующие бактериальную иммунную систему CRISPR/Cas» . Природа . 493 (7432): 429–32. Бибкод : 2013Natur.493..429B . дои : 10.1038/nature11723 . ПМЦ 4931913 . ПМИД 23242138 .
- ^ Jump up to: а б с д и Павлюк А., Дэвидсон А.Р., Максвелл К.Л. (январь 2018 г.). «Анти-CRISPR: открытие, механизм и функция». Обзоры природы. Микробиология . 16 (1): 12–17. дои : 10.1038/nrmicro.2017.120 . ПМИД 29062071 . S2CID 13222384 .
- ^ Jump up to: а б Павлюк А., Бонди-Деноми Дж., Чунг В.Х., Максвелл К.Л., Дэвидсон А.Р. (апрель 2014 г.). «Новая группа фаговых анти-CRISPR-генов ингибирует систему CRISPR-Cas типа IE Pseudomonas aeruginosa» . мБио . 5 (2): e00896. дои : 10.1128/mBio.00896-14 . ПМЦ 3993853 . ПМИД 24736222 .
- ^ Борхес А.Л., Дэвидсон А.Р., Бонди-Деноми Дж. (сентябрь 2017 г.). «Открытие, механизмы и эволюционное влияние анти-CRISPR» . Ежегодный обзор вирусологии . 4 (1): 37–59. doi : 10.1146/annurev-virology-101416-041616 . ПМК 6039114 . ПМИД 28749735 .
- ^ Jump up to: а б Павлюк А., Амрани Н., Чжан Ю., Гарсия Б., Идальго-Рейес Ю., Ли Дж. и др. (декабрь 2016 г.). «Естественное выключение CRISPR-Cas9» . Клетка . 167 (7): 1829–1838.e9. дои : 10.1016/j.cell.2016.11.017 . ПМЦ 5757841 . ПМИД 27984730 .
- ^ Jump up to: а б с Павлюк А., Стаалс Р.Х., Тейлор С., Уотсон Б.Н., Саха С., Финеран ПК. и др. (июнь 2016 г.). «Инактивация систем CRISPR-Cas белками анти-CRISPR у различных видов бактерий». Природная микробиология . 1 (8): 16085. doi : 10.1038/nmicrobiol.2016.85 . ПМИД 27573108 . S2CID 3826582 .
- ^ Раух Б.Дж., Сильвис М.Р., Халтквист Дж.Ф., Уотерс К.С., МакГрегор М.Дж., Кроган Н.Дж., Бонди-Деноми Дж. (январь 2017 г.). «Ингибирование CRISPR-Cas9 белками бактериофага» . Клетка . 168 (1–2): 150–158.e10. дои : 10.1016/j.cell.2016.12.009 . ПМК 5235966 . ПМИД 28041849 .
- ^ «UCSF Химера» . Химера . Проверено 25 октября 2019 г.
- ^ Jump up to: а б «АкрIIA4-ПДБ» . Банк данных по белкам . дои : 10.2210/pdb5xn4/pdb . Проверено 15 октября 2019 г.
- ^ Jump up to: а б Ким И, Чон М, Ка Д, Хан М, Ким НК, Пэ Э, Со Джи (март 2018 г.). «Структура раствора и динамика анти-CRISPR AcrIIA4, ингибитора Cas9» . Научные отчеты . 8 (1): 3883. Бибкод : 2018НатСР...8.3883К . дои : 10.1038/s41598-018-22177-0 . ПМЦ 5832863 . ПМИД 29497118 .
- ^ Jump up to: а б с Максвелл К.Л., Гарсия Б., Бонди-Деноми Дж., Бона Д., Идальго-Рейес Ю., Дэвидсон А.Р. (октябрь 2016 г.). «Структура раствора белка анти-CRISPR» . Природные коммуникации . 7 (1): 13134. Бибкод : 2016NatCo...713134M . дои : 10.1038/ncomms13134 . ПМК 5062604 . ПМИД 27725669 .
- ^ Дэвидсон А.Р., Павлюк А., Максвелл К.Л., Бонди-Деноми Дж . «AcrF1 — PDB» . Всемирный банк данных по белкам . дои : 10.2210/pdb2lw5/pdb . Проверено 14 октября 2019 г.
- ^ Jump up to: а б с д ван Гент М., Гак М.Ю. (сентябрь 2018 г.). «Вирусная тактика борьбы с CRISPR: нет успеха без жертв» . Иммунитет . 49 (3): 391–393. doi : 10.1016/j.immuni.2018.08.023 . ПМИД 30231980 .
- ^ «Вход — Идентификация UB — Университет Барселоны» . sso.ub.edu . Проверено 25 октября 2019 г.
- ^ Jump up to: а б Ландсбергер М., Гандон С., Миден С., Ролли С., Шеваллеро А., Шабас Х. и др. (август 2018 г.). «Анти-CRISPR-фаги совместно преодолевают иммунитет к CRISPR-Cas» . Клетка . 174 (4): 908–916.e12. дои : 10.1016/j.cell.2018.05.058 . ПМК 6086933 . ПМИД 30033365 .
- ^ Jump up to: а б Борхес А.Л., Чжан Дж.Ю., Роллинз М.Ф., Осуна Б.А., Виденхефт Б., Бонди-Деноми Дж. (август 2018 г.). «Сотрудничество бактериофагов подавляет иммунитет CRISPR-Cas3 и Cas9» . Клетка . 174 (4): 917–925.e10. дои : 10.1016/j.cell.2018.06.013 . ПМК 6086726 . ПМИД 30033364 .
- ^ Чжу Ю, Чжан Ф, Хуан Цзи (март 2018 г.). «Структурное понимание инактивации систем CRISPR-Cas различными белками анти-CRISPR» . БМК Биология . 16 (1): 32. дои : 10.1186/s12915-018-0504-9 . ПМЦ 5859409 . ПМИД 29554913 .
- ^ Jump up to: а б Чжу Ю, Гао А, Чжан Ц, Ван Ю, Фэн Х, Лю С и др. (апрель 2019 г.). «Разнообразные механизмы ингибирования CRISPR-Cas9 анти-CRISPR-белками типа IIC» . Молекулярная клетка . 74 (2): 296–309.e7. doi : 10.1016/j.molcel.2019.01.038 . ПМК 6750902 . ПМИД 30850331 .
- ^ Jump up to: а б Бонди-Деноми Дж., Гарсия Б., Страм С., Дю М., Роллинз М.Ф., Идальго-Рейес Ю. и др. (октябрь 2015 г.). «Множественные механизмы ингибирования CRISPR-Cas белками анти-CRISPR» . Природа . 526 (7571): 136–9. Бибкод : 2015Natur.526..136B . дои : 10.1038/nature15254 . ПМЦ 4935067 . ПМИД 26416740 .
- ^ Jump up to: а б Харрингтон Л.Б., Доксзен К.В., Ма Э., Лю Дж.Дж., Нотт Г.Дж., Эдраки А. и др. (сентябрь 2017 г.). «Ингибитор CRISPR-Cas9 широкого спектра действия» . Клетка . 170 (6): 1224–1233.e15. дои : 10.1016/j.cell.2017.07.037 . ПМЦ 5875921 . ПМИД 28844692 .
- ^ Jump up to: а б Шин Дж., Цзян Ф., Лю Дж.Дж., Брэй Н.Л., Раух Б.Дж., Байк С.Х. и др. (июль 2017 г.). «Отключение Cas9 с помощью имитатора ДНК анти-CRISPR» . Достижения науки . 3 (7): e1701620. Бибкод : 2017SciA....3E1620S . дои : 10.1126/sciadv.1701620 . ПМК 5507636 . ПМИД 28706995 .
- ^ Го М., Ван С., Чжу Ю., Ван С., Сюн З., Ян Дж. и др. (июнь 2017 г.). «Структурная основа ингибирования CRISPR-SpyCas9 белком анти-CRISPR». Природа . 546 (7658): 436–439. Бибкод : 2017Natur.546..436D . дои : 10.1038/nature22377 . ПМИД 28448066 . S2CID 4445217 .
- ^ Павлюк А., Шах М., Медждани М., Кальметтес С., Мораес Т.Ф., Дэвидсон А.Р., Максвелл К.Л. (декабрь 2017 г.). «Отключение нуклеазы CRISPR-Cas типа IE с помощью кодируемого бактериофагом белка анти-CRISPR» . мБио . 8 (6). дои : 10.1128/mBio.01751-17 . ПМК 5727412 . ПМИД 29233895 .
- ^ Ван Дж., Ма Дж., Ченг З., Мэн Х., Ю Л., Ван М. и др. (сентябрь 2016 г.). «Эволюционная гонка вооружений CRISPR: структурное понимание вирусных реакций анти-CRISPR/Cas» . Клеточные исследования . 26 (10): 1165–1168. дои : 10.1038/cr.2016.103 . ПМК 5113301 . ПМИД 27585537 .
- ^ Ван X, Яо Д., Сюй Дж.Г., Ли А.Р., Сюй Дж., Фу П. и др. (сентябрь 2016 г.). «Структурные основы ингибирования Cas3 белком бактериофага AcrF3». Структурная и молекулярная биология природы . 23 (9): 868–70. дои : 10.1038/nsmb.3269 . ПМИД 27455460 . S2CID 6466590 .
- ^ Jump up to: а б с Чжан Ф, Сун Г, Тянь Ю (июнь 2019 г.). «Анти-CRISPR: естественные ингибиторы систем CRISPR-Cas» . Животные модели и экспериментальная медицина . 2 (2): 69–75. дои : 10.1002/ame2.12069 . ПМК 6600654 . ПМИД 31392299 .