Jump to content

Эзигуобактерия

Эзигуобактерия
Научная классификация Изменить эту классификацию
Домен: Бактерии
Тип: Бациллота
Сорт: Бациллы
Заказ: Бациллы
Семья: Бацилловые
Род: Эзигуобактерия
Коллинз и др. 1983 год [ 1 ]
Типовой вид
Эзигуобактерия оранжевая
Коллинз и др. 1984 г.
Разновидность

Exiguobacterium — род бацилл , принадлежащий к с низким GC типу Bacillota . Коллинз и др . впервые описал род Exiguobacterium , охарактеризовав штамм E. aurantiacum DSM6208T, полученный на заводе по переработке щелочного картофеля. [ 2 ] Он был обнаружен в районах, охватывающих широкий диапазон температур (-12–55 °C), включая ледники Гренландии и горячие источники Йеллоустона , а также был выделен из древней вечной мерзлоты в Сибири. [ 3 ] Эта способность выживать при различных экстремальных температурах делает их важной областью исследований. Некоторые штаммы, помимо динамической термической адаптации, также галотолерантны (до 13% добавленного в среду NaCl), могут расти в широком диапазоне значений pH (5-11), переносят высокие уровни УФ-излучения и стресс тяжелых металлов. (включая мышьяк). [ 4 ]

Эксигуобактерии — это разнообразные по всему миру организмы, которые встречаются в самых разных средах, включая микробиалиты ( тромболиты) . [ 5 ] из озера Павильон , Британская Колумбия и строматолитов [ 6 ] от Лагуны Сокомпа , Аргентина), океан, [ 7 ] пресноводные озера, [ 8 ] Гималайский лед, [ 9 ] Гималайская почва, [ 10 ] гидротермальные источники , [ 11 ] соленые креветки , [ 12 ] желудочно-кишечный тракт морских рыб [ 13 ] и в микробных биопленках [ 14 ]

Семь геномов этого рода были завершены либо в полном виде (одна кольцевая хромосома с плазмидами ), либо в черновом формате (содержащем несколько несобранных контигов ). новый вид Exiguobacterium chiriqhucha имеет глобальное распространение в холодных озерах Гренландии, озера Павильон Британской Колумбии и Лагуна Негра в Аргентине. Было обнаружено, что [ 15 ] «Чири куча» на языке кечуа означает «холодное озеро». Исследование Гутьерреса-Пресиадо и др. было подтверждено пополнением геномов двух штаммов Exiguobacterium chiriqhucha RW2 и GIC31. [ 16 ] Анализ фосфолипидов жирных кислот (PLFA) при различных температурах у штамма Exiguobacterium chiriqhucha RW2 приводит к серьезным перестройкам функции клеточной мембраны, что может обеспечить адаптацию к температуре, pH и солености. [ 17 ]

Биоразложение пластика

[ редактировать ]

Согласно статье в Стэнфордской службе новостей, [ 18 ] старший инженер-исследователь Вэй-Мин Ву сообщил в своей статье «Биодеградация и минерализация полистирола мучными червями, поедающими пластик. 2. Роль кишечных микроорганизмов». [ 19 ] что мучные черви могут выжить на диете из полистирола при помощи штамма YT2 Exiguobacterium, живущего в их кишечнике.

Филогения

[ редактировать ]

Принятая в настоящее время таксономия основана на Списке названий прокариот, имеющих номенклатуру (LPSN). [ 1 ] и Национальный центр биотехнологической информации (NCBI) [ 20 ]

на основе 16S рРНК ДП _01_2022 [ 21 ] [ 22 ] [ 23 ] 120 маркерных белков на основе GTDB 07-RS207 [ 24 ] [ 25 ] [ 26 ]

E. enclense Dastager et al. 2015 год

E. acetylicum (Levine & Soppeland 1926) Farrow, Wallbanks & Collins 1994

E. indicum Чатурведи и Шиваджи 2006 г.

E. antarcticum Frühling et al. 2002 г.

E. soli Chaturvedi et al. 2008 год

E. оксидотолерантность Yumoto et al. 2004 г.

E. undae Frühling et al. 2002 г.

E. artemiae Лопес-Кортес и др. 2006 г.

E. sibiricum Rodrigues et al. 2006 г.

E. flavidum Meng et al. 2020 год

E. estuarii Kim et al. 2005 г.

E. qingdaonense Liu et al. 2022 год

E. marinum Kim et al. 2005 г.

E. глубина Crapart et al. 2007 год

E. водоросли Liu et al. 2022 год

E. алкалифилум Кулшрешта и др. 2013 год

Э. Орандж Коллинз и др. 1984 г.

« E. aquaticum » Raichand et al. 2012 год

E. mexicanum Лопес-Кортес и др. 2006 г.

См. также

[ редактировать ]
  1. ^ Jump up to: а б АС Парте; и др. «Эксигуобактерия» . Список названий прокариот, имеющих номенклатуру (LPSN) . Проверено 9 сентября 2022 г.
  2. ^ Коллинз, доктор медицинских наук, Лунд Б.М., Фэрроу Дж.А., Шлейфер К.Х. (1983). «Хемотаксономическое исследование алкалофильной бактерии Exiguobacterium aurantiacum gen nov., sp. nov» . Дж. Генерал Микробиол . 129 (7): 2037–2042. дои : 10.1099/00221287-129-7-2037 .
  3. ^ Вишнивецкая Татьяна А.; Катариу, София; Тидже, Джеймс М. (май 2009 г.). «Род Exiguobacterium: биоразнообразие и биогеография». Экстремофилы . 13 (3): 541–555. arXiv : 1109.6589 . дои : 10.1007/s00792-009-0243-5 . ПМИД   19381755 . S2CID   10667997 .
  4. ^ Ордоньеса О.Ф., Лансароттид Э., Курта Д., Горрития М.Ф., Ревалек С., Кортес Н., Васкес М.П., ​​Фариас М.Е., Турьянски А.Г. (июль – август 2013 г.). «Проект геномной последовательности полиэстремофильного штамма Exiguobacterium sp. S17, выделенного из гипермышьяковистых озер в аргентинской Пуне» . Геномные объявления . 1 (4): 2037–2042. doi : 10.1128/genomeA.00480-13 . ПМЦ   3735063 . ПМИД   23887911 .
  5. ^ Уайт III RA, Грасса CJ, Сатл, Калифорния (июль – август 2013 г.). «Проект геномной последовательности штамма Exiguobacterium pavilionensis RW-2 с широкой устойчивостью к температуре, солености и pH, выделенного из современных пресноводных микробиалитов» . Геномные объявления . 1 (4): e00597–13. doi : 10.1128/genomeA.00597-13 . ПМЦ   3738901 . ПМИД   23929485 .
  6. ^ Ордоньес О.Ф., Лансаротти Э., Курт Д., Горрити М.Ф., Ревале С., Кортес Н., Васкес М.П., ​​Фариас М.Е., Туржански А.Г. (июль – август 2013 г.). «Проект геномной последовательности полиэстремофильного штамма Exiguobacterium sp. S17, выделенного из гипермышьяковистых озер в аргентинской Пуне» . Геномные объявления . 1 (4): 2037–2042. doi : 10.1128/genomeA.00480-13 . ПМЦ   3735063 . ПМИД   23887911 .
  7. ^ Ким И.Дж., Ли М.Х., Юнг С.И., Сон Дж.Дж., О ТК, Юн Дж.Х. (2005). «Exiguobacterium aestuarii sp. nov. и E. marinum sp. nov., выделенные из приливных отмелей Желтого моря в Корее» . Межд. Дж. Сист. Эвол. Микробиол . 55 (2): 885–889. дои : 10.1099/ ijs.0.63308-0 ПМИД   15774680 .
  8. ^ Райчанд Р., Парик С., Сингх Н.К., Майилрадж С. (2012). «Exiguobacterium aquaticum sp. nov., новый представитель рода Exiguobacterium» Межд. Дж. Сист. Эвол. Микробиол . 62 (Часть 9): 2150–2155. дои : 10.1099/ ijs.0.035790-0 ПМИД   22058319 .
  9. ^ Чатурведи П., Шиваджи С. (2006). «Exiguobacterium indicum sp. nov., психрофильная бактерия из ледника Хамта в Гималайских горных хребтах Индии» . Межд. Дж. Сист. Эвол. Микробиол . 56 (103): 2765–2770. дои : 10.1099/ ijs.0.64508-0 ПМИД   17158975 .
  10. ^ Сингх Н.К., Райчанд Р., Каур И., Каур С., Парик С., Майилрадж С. (2013). «Exiguobacterium hisgiriensis sp. nov., новый представитель рода Exiguobacterium, выделенный из индийских Гималаев». Антони ван Левенгук . 103 (4): 789–796. дои : 10.1007/s10482-012-9861-5 . ПМИД   23229437 . S2CID   2499061 .
  11. ^ Крапар С., Фардо М.Л., Кайол Дж.Л., Томас П., Сери С., Оливье Б., Комбе-Блан И. (2007). «Exiguobacterium profundum sp., nov., умеренно термофильная бактерия, продуцирующая молочную кислоту, выделенная из глубоководных гидротермальных источников» . Межд. Дж. Сист. Бактериол . 57 (Часть 2): 287–292. дои : 10.1099/ijs.0.64639-0 . ПМИД   17267965 .
  12. ^ Лопес-Кортес А., Шуман П., Ред Р., Стакебрандт Э. (2006). «Exiguobacterium mexicanum sp. nov. и Exiguobacterium artemiae sp., nov., выделенные из артемии Artemia franciscana» Сист. Прил. Микробиол . 29 (3): 183–190. дои : 10.1016/j.syapm.2005.09.007 . ПМИД   16564954 .
  13. ^ Хоссейн Т.Дж., Чоудхури С.И., Мозумдер Х.А., Чоудхури М.Н., Али Ф., Рахман Н., Дей С. (2020). «Гидролитические экзоферменты, продуцируемые бактериями, выделенными и идентифицированными из желудочно-кишечного тракта бомбейской утки» . Передний. Микробиол . 11 (2097): 2150–2155. дои : 10.3389/fmicb.2020.02097 . ПМЦ   7479992 . ПМИД   32983064 .
  14. ^ Карнейро АР; Филиалы РТ; Далл'Аньол Х; Пинто переменного тока; де Кастро Соарес С; Сантос, Арканзас; Гимарайнш LC; Алмейда СС; Барауна РА; дас Грасас Д.А.; Франко Л.К.; Али А; Хасан СС; Нуньес CI; Барбоза М.С.; Фио К.К.; Абурджайле ФФ; Барбоза Э.Г.; Бахтияр С.М.; Вилела Д; Нобрега Ф; дос Сантос А.Л.; Карепо М.С.; Азеведо В; Шнайдер член парламента; Пеллизари В.Х.; Сильва А (2012). «Последовательность генома Exiguobacterium antarcticum B7, выделенная из биопленки на озере Джинджер, остров Кинг-Джордж, Антарктида» . Дж. Бактериол . 194 (23): 6689–6690. дои : 10.1128/JB.01791-12 . ПМЦ   3497522 . ПМИД   23144424 .
  15. ^ Гутьеррес-Пресиадо А, Варгас-Чавес К, Рейес-Прието М, Ордоньес ОФ, Сантос-Гарсиа Д, Росас-Перес Т, Вальдивия-Анистро Х, Реболлар Э.А., Саралеги А, Мойя А, Мерино Е, Фариас МЭ, Латорре А , Соуза В (2017). «Геномная последовательность Exiguobacterium chiriqhucha str. N139 показывает вид, который процветает в холодных водах и экстремальных условиях окружающей среды» . ПерДж . 5 : е3162. дои : 10.7717/peerj.3162 . ПМК   5399880 . ПМИД   28439458 .
  16. ^ Уайт РА (3-е место), Соулс С.А., Гавелис Дж., Госселин Э., Слейтер Г.Ф., Лим Д.С., Леандер Б., Саттл Калифорния (2019). «Полный геном и физиологический анализ эвритермного штамма Firmicute Exiguobacterium chiriqhucha RW2, выделенного из пресноводного микробиалита, широко адаптируемого к широкому диапазону температур, pH и солености» . Границы микробиологии . 9 : 3189. дои : 10.3389/fmicb.2018.03189 . ПМК   6331483 . ПМИД   30671032 .
  17. ^ Уайт РА (3-е место), Соулс С.А., Гавелис Дж., Госселин Э., Слейтер Г.Ф., Лим Д.С., Леандер Б., Саттл Калифорния (2019). «Полный геном и физиологический анализ эвритермного штамма Firmicute Exiguobacterium chiriqhucha RW2, выделенного из пресноводного микробиалита, широко адаптируемого к широкому диапазону температур, pH и солености» . Границы микробиологии . 9 : 3189. дои : 10.3389/fmicb.2018.03189 . ПМК   6331483 . ПМИД   30671032 .
  18. ^ «Черви, поедающие пластик, могут стать решением проблемы увеличения количества отходов, обнаруживают исследователи из Стэнфорда – Стэнфордский пресс-релиз» . news.stanford.edu . 29 сентября 2015 г. Архивировано из оригинала 20 февраля 2021 г. Проверено 1 октября 2015 г.
  19. ^ Ян Ю, Ян Дж, Ву ВМ, Чжао Дж, Сун Ю, Гао Л, Ян Р, Цзян Л (2015). «Биодеградация и минерализация полистирола мучными червями, поедающими пластик: Часть 2. Роль кишечных микроорганизмов». Окружающая среда. наук. Технол . 49 (20): 12087–93. Бибкод : 2015EnST...4912087Y . doi : 10.1021/acs.est.5b02663 . ПМИД   26390390 .
  20. ^ Сэйерс; и др. «Эксигуобактерия» . База данных таксономии Национального центра биотехнологической информации (NCBI) . Проверено 9 сентября 2022 г.
  21. ^ «ЛТП» . Проверено 23 февраля 2022 г.
  22. ^ «Дерево LTP_all в формате Ньюика» . Архивировано из оригинала 4 сентября 2022 года . Проверено 23 февраля 2022 г.
  23. ^ «Примечания к выпуску LTP_01_2022» (PDF) . Проверено 23 февраля 2022 г.
  24. ^ «Выпуск GTDB 07-RS207» . База данных геномной таксономии . Проверено 20 июня 2022 г.
  25. ^ "bac120_r207.sp_labels" . База данных геномной таксономии . Проверено 20 июня 2022 г.
  26. ^ «История таксонов» . База данных геномной таксономии . Проверено 20 июня 2022 г.
Arc.Ask3.Ru: конец переведенного документа.
Arc.Ask3.Ru
Номер скриншота №: beaa3007a3997d5effe66eaeb70f94c4__1709196120
URL1:https://arc.ask3.ru/arc/aa/be/c4/beaa3007a3997d5effe66eaeb70f94c4.html
Заголовок, (Title) документа по адресу, URL1:
Exiguobacterium - Wikipedia
Данный printscreen веб страницы (снимок веб страницы, скриншот веб страницы), визуально-программная копия документа расположенного по адресу URL1 и сохраненная в файл, имеет: квалифицированную, усовершенствованную (подтверждены: метки времени, валидность сертификата), открепленную ЭЦП (приложена к данному файлу), что может быть использовано для подтверждения содержания и факта существования документа в этот момент времени. Права на данный скриншот принадлежат администрации Ask3.ru, использование в качестве доказательства только с письменного разрешения правообладателя скриншота. Администрация Ask3.ru не несет ответственности за информацию размещенную на данном скриншоте. Права на прочие зарегистрированные элементы любого права, изображенные на снимках принадлежат их владельцам. Качество перевода предоставляется как есть. Любые претензии, иски не могут быть предъявлены. Если вы не согласны с любым пунктом перечисленным выше, вы не можете использовать данный сайт и информация размещенную на нем (сайте/странице), немедленно покиньте данный сайт. В случае нарушения любого пункта перечисленного выше, штраф 55! (Пятьдесят пять факториал, Денежную единицу (имеющую самостоятельную стоимость) можете выбрать самостоятельно, выплаичвается товарами в течение 7 дней с момента нарушения.)