Эзигуобактерия
Эзигуобактерия | |
---|---|
Научная классификация ![]() | |
Домен: | Бактерии |
Тип: | Бациллота |
Сорт: | Бациллы |
Заказ: | Бациллы |
Семья: | Бацилловые |
Род: | Эзигуобактерия Коллинз и др. 1983 год [ 1 ] |
Типовой вид | |
Эзигуобактерия оранжевая Коллинз и др. 1984 г.
| |
Разновидность | |
|
Exiguobacterium — род бацилл , принадлежащий к с низким GC типу Bacillota . Коллинз и др . впервые описал род Exiguobacterium , охарактеризовав штамм E. aurantiacum DSM6208T, полученный на заводе по переработке щелочного картофеля. [ 2 ] Он был обнаружен в районах, охватывающих широкий диапазон температур (-12–55 °C), включая ледники Гренландии и горячие источники Йеллоустона , а также был выделен из древней вечной мерзлоты в Сибири. [ 3 ] Эта способность выживать при различных экстремальных температурах делает их важной областью исследований. Некоторые штаммы, помимо динамической термической адаптации, также галотолерантны (до 13% добавленного в среду NaCl), могут расти в широком диапазоне значений pH (5-11), переносят высокие уровни УФ-излучения и стресс тяжелых металлов. (включая мышьяк). [ 4 ]
Эксигуобактерии — это разнообразные по всему миру организмы, которые встречаются в самых разных средах, включая микробиалиты ( тромболиты) . [ 5 ] из озера Павильон , Британская Колумбия и строматолитов [ 6 ] от Лагуны Сокомпа , Аргентина), океан, [ 7 ] пресноводные озера, [ 8 ] Гималайский лед, [ 9 ] Гималайская почва, [ 10 ] гидротермальные источники , [ 11 ] соленые креветки , [ 12 ] желудочно-кишечный тракт морских рыб [ 13 ] и в микробных биопленках [ 14 ]
Семь геномов этого рода были завершены либо в полном виде (одна кольцевая хромосома с плазмидами ), либо в черновом формате (содержащем несколько несобранных контигов ). новый вид Exiguobacterium chiriqhucha имеет глобальное распространение в холодных озерах Гренландии, озера Павильон Британской Колумбии и Лагуна Негра в Аргентине. Было обнаружено, что [ 15 ] «Чири куча» на языке кечуа означает «холодное озеро». Исследование Гутьерреса-Пресиадо и др. было подтверждено пополнением геномов двух штаммов Exiguobacterium chiriqhucha RW2 и GIC31. [ 16 ] Анализ фосфолипидов жирных кислот (PLFA) при различных температурах у штамма Exiguobacterium chiriqhucha RW2 приводит к серьезным перестройкам функции клеточной мембраны, что может обеспечить адаптацию к температуре, pH и солености. [ 17 ]
Биоразложение пластика
[ редактировать ]Согласно статье в Стэнфордской службе новостей, [ 18 ] старший инженер-исследователь Вэй-Мин Ву сообщил в своей статье «Биодеградация и минерализация полистирола мучными червями, поедающими пластик. 2. Роль кишечных микроорганизмов». [ 19 ] что мучные черви могут выжить на диете из полистирола при помощи штамма YT2 Exiguobacterium, живущего в их кишечнике.
Филогения
[ редактировать ]Принятая в настоящее время таксономия основана на Списке названий прокариот, имеющих номенклатуру (LPSN). [ 1 ] и Национальный центр биотехнологической информации (NCBI) [ 20 ]
на основе 16S рРНК ДП _01_2022 [ 21 ] [ 22 ] [ 23 ] | 120 маркерных белков на основе GTDB 07-RS207 [ 24 ] [ 25 ] [ 26 ] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
|
|
См. также
[ редактировать ]Ссылки
[ редактировать ]- ^ Jump up to: а б АС Парте; и др. «Эксигуобактерия» . Список названий прокариот, имеющих номенклатуру (LPSN) . Проверено 9 сентября 2022 г.
- ^ Коллинз, доктор медицинских наук, Лунд Б.М., Фэрроу Дж.А., Шлейфер К.Х. (1983). «Хемотаксономическое исследование алкалофильной бактерии Exiguobacterium aurantiacum gen nov., sp. nov» . Дж. Генерал Микробиол . 129 (7): 2037–2042. дои : 10.1099/00221287-129-7-2037 .
- ^ Вишнивецкая Татьяна А.; Катариу, София; Тидже, Джеймс М. (май 2009 г.). «Род Exiguobacterium: биоразнообразие и биогеография». Экстремофилы . 13 (3): 541–555. arXiv : 1109.6589 . дои : 10.1007/s00792-009-0243-5 . ПМИД 19381755 . S2CID 10667997 .
- ^ Ордоньеса О.Ф., Лансароттид Э., Курта Д., Горрития М.Ф., Ревалек С., Кортес Н., Васкес М.П., Фариас М.Е., Турьянски А.Г. (июль – август 2013 г.). «Проект геномной последовательности полиэстремофильного штамма Exiguobacterium sp. S17, выделенного из гипермышьяковистых озер в аргентинской Пуне» . Геномные объявления . 1 (4): 2037–2042. doi : 10.1128/genomeA.00480-13 . ПМЦ 3735063 . ПМИД 23887911 .
- ^ Уайт III RA, Грасса CJ, Сатл, Калифорния (июль – август 2013 г.). «Проект геномной последовательности штамма Exiguobacterium pavilionensis RW-2 с широкой устойчивостью к температуре, солености и pH, выделенного из современных пресноводных микробиалитов» . Геномные объявления . 1 (4): e00597–13. doi : 10.1128/genomeA.00597-13 . ПМЦ 3738901 . ПМИД 23929485 .
- ^ Ордоньес О.Ф., Лансаротти Э., Курт Д., Горрити М.Ф., Ревале С., Кортес Н., Васкес М.П., Фариас М.Е., Туржански А.Г. (июль – август 2013 г.). «Проект геномной последовательности полиэстремофильного штамма Exiguobacterium sp. S17, выделенного из гипермышьяковистых озер в аргентинской Пуне» . Геномные объявления . 1 (4): 2037–2042. doi : 10.1128/genomeA.00480-13 . ПМЦ 3735063 . ПМИД 23887911 .
- ^ Ким И.Дж., Ли М.Х., Юнг С.И., Сон Дж.Дж., О ТК, Юн Дж.Х. (2005). «Exiguobacterium aestuarii sp. nov. и E. marinum sp. nov., выделенные из приливных отмелей Желтого моря в Корее» . Межд. Дж. Сист. Эвол. Микробиол . 55 (2): 885–889. дои : 10.1099/ ijs.0.63308-0 ПМИД 15774680 .
- ^ Райчанд Р., Парик С., Сингх Н.К., Майилрадж С. (2012). «Exiguobacterium aquaticum sp. nov., новый представитель рода Exiguobacterium» Межд. Дж. Сист. Эвол. Микробиол . 62 (Часть 9): 2150–2155. дои : 10.1099/ ijs.0.035790-0 ПМИД 22058319 .
- ^ Чатурведи П., Шиваджи С. (2006). «Exiguobacterium indicum sp. nov., психрофильная бактерия из ледника Хамта в Гималайских горных хребтах Индии» . Межд. Дж. Сист. Эвол. Микробиол . 56 (103): 2765–2770. дои : 10.1099/ ijs.0.64508-0 ПМИД 17158975 .
- ^ Сингх Н.К., Райчанд Р., Каур И., Каур С., Парик С., Майилрадж С. (2013). «Exiguobacterium hisgiriensis sp. nov., новый представитель рода Exiguobacterium, выделенный из индийских Гималаев». Антони ван Левенгук . 103 (4): 789–796. дои : 10.1007/s10482-012-9861-5 . ПМИД 23229437 . S2CID 2499061 .
- ^ Крапар С., Фардо М.Л., Кайол Дж.Л., Томас П., Сери С., Оливье Б., Комбе-Блан И. (2007). «Exiguobacterium profundum sp., nov., умеренно термофильная бактерия, продуцирующая молочную кислоту, выделенная из глубоководных гидротермальных источников» . Межд. Дж. Сист. Бактериол . 57 (Часть 2): 287–292. дои : 10.1099/ijs.0.64639-0 . ПМИД 17267965 .
- ^ Лопес-Кортес А., Шуман П., Ред Р., Стакебрандт Э. (2006). «Exiguobacterium mexicanum sp. nov. и Exiguobacterium artemiae sp., nov., выделенные из артемии Artemia franciscana» Сист. Прил. Микробиол . 29 (3): 183–190. дои : 10.1016/j.syapm.2005.09.007 . ПМИД 16564954 .
- ^ Хоссейн Т.Дж., Чоудхури С.И., Мозумдер Х.А., Чоудхури М.Н., Али Ф., Рахман Н., Дей С. (2020). «Гидролитические экзоферменты, продуцируемые бактериями, выделенными и идентифицированными из желудочно-кишечного тракта бомбейской утки» . Передний. Микробиол . 11 (2097): 2150–2155. дои : 10.3389/fmicb.2020.02097 . ПМЦ 7479992 . ПМИД 32983064 .
- ^ Карнейро АР; Филиалы РТ; Далл'Аньол Х; Пинто переменного тока; де Кастро Соарес С; Сантос, Арканзас; Гимарайнш LC; Алмейда СС; Барауна РА; дас Грасас Д.А.; Франко Л.К.; Али А; Хасан СС; Нуньес CI; Барбоза М.С.; Фио К.К.; Абурджайле ФФ; Барбоза Э.Г.; Бахтияр С.М.; Вилела Д; Нобрега Ф; дос Сантос А.Л.; Карепо М.С.; Азеведо В; Шнайдер член парламента; Пеллизари В.Х.; Сильва А (2012). «Последовательность генома Exiguobacterium antarcticum B7, выделенная из биопленки на озере Джинджер, остров Кинг-Джордж, Антарктида» . Дж. Бактериол . 194 (23): 6689–6690. дои : 10.1128/JB.01791-12 . ПМЦ 3497522 . ПМИД 23144424 .
- ^ Гутьеррес-Пресиадо А, Варгас-Чавес К, Рейес-Прието М, Ордоньес ОФ, Сантос-Гарсиа Д, Росас-Перес Т, Вальдивия-Анистро Х, Реболлар Э.А., Саралеги А, Мойя А, Мерино Е, Фариас МЭ, Латорре А , Соуза В (2017). «Геномная последовательность Exiguobacterium chiriqhucha str. N139 показывает вид, который процветает в холодных водах и экстремальных условиях окружающей среды» . ПерДж . 5 : е3162. дои : 10.7717/peerj.3162 . ПМК 5399880 . ПМИД 28439458 .
- ^ Уайт РА (3-е место), Соулс С.А., Гавелис Дж., Госселин Э., Слейтер Г.Ф., Лим Д.С., Леандер Б., Саттл Калифорния (2019). «Полный геном и физиологический анализ эвритермного штамма Firmicute Exiguobacterium chiriqhucha RW2, выделенного из пресноводного микробиалита, широко адаптируемого к широкому диапазону температур, pH и солености» . Границы микробиологии . 9 : 3189. дои : 10.3389/fmicb.2018.03189 . ПМК 6331483 . ПМИД 30671032 .
- ^ Уайт РА (3-е место), Соулс С.А., Гавелис Дж., Госселин Э., Слейтер Г.Ф., Лим Д.С., Леандер Б., Саттл Калифорния (2019). «Полный геном и физиологический анализ эвритермного штамма Firmicute Exiguobacterium chiriqhucha RW2, выделенного из пресноводного микробиалита, широко адаптируемого к широкому диапазону температур, pH и солености» . Границы микробиологии . 9 : 3189. дои : 10.3389/fmicb.2018.03189 . ПМК 6331483 . ПМИД 30671032 .
- ^ «Черви, поедающие пластик, могут стать решением проблемы увеличения количества отходов, обнаруживают исследователи из Стэнфорда – Стэнфордский пресс-релиз» . news.stanford.edu . 29 сентября 2015 г. Архивировано из оригинала 20 февраля 2021 г. Проверено 1 октября 2015 г.
- ^ Ян Ю, Ян Дж, Ву ВМ, Чжао Дж, Сун Ю, Гао Л, Ян Р, Цзян Л (2015). «Биодеградация и минерализация полистирола мучными червями, поедающими пластик: Часть 2. Роль кишечных микроорганизмов». Окружающая среда. наук. Технол . 49 (20): 12087–93. Бибкод : 2015EnST...4912087Y . doi : 10.1021/acs.est.5b02663 . ПМИД 26390390 .
- ^ Сэйерс; и др. «Эксигуобактерия» . База данных таксономии Национального центра биотехнологической информации (NCBI) . Проверено 9 сентября 2022 г.
- ^ «ЛТП» . Проверено 23 февраля 2022 г.
- ^ «Дерево LTP_all в формате Ньюика» . Архивировано из оригинала 4 сентября 2022 года . Проверено 23 февраля 2022 г.
- ^ «Примечания к выпуску LTP_01_2022» (PDF) . Проверено 23 февраля 2022 г.
- ^ «Выпуск GTDB 07-RS207» . База данных геномной таксономии . Проверено 20 июня 2022 г.
- ^ "bac120_r207.sp_labels" . База данных геномной таксономии . Проверено 20 июня 2022 г.
- ^ «История таксонов» . База данных геномной таксономии . Проверено 20 июня 2022 г.