Стрептомицетовые

Стрептомицетовые
	Слайд-культура Streptomyces видов
Научная классификация
Домен:	Бактерии
Тип:	Актиномицетота
Сорт:	Актиномицетия
Заказ:	Стрептомицеталы ; Кавалер-Смит 2002 г.
Семья:	Стрептомицетовые ; Ваксман и Хенрици 1943 г. (утвержденные списки 1980 г.)
Роды
	Посмотреть текст
Синонимы
	"Actinosporangiaceae" Диван, 1955 г. ; Аллострептомицетовые Salam et al. 2020 год ;

Streptomycetaceae — семейство класса Actinomycetota Streptomycetales составляющее монотипный отряд . , Он включает важный род Streptomyces . Это был первоначальный источник многих антибиотиков , а именно стрептомицина , первого антибиотика против туберкулеза .

Геномика

Выравнивание последовательностей геномов актиномицетов привело к идентификации трех консервативных сигнатурных инделей , уникальных для отряда Streptomycetales. Фермент PBGD содержит вставку из четырех аминокислот, которая присутствует у всех видов Streptomyces и Kitasatospora setae , но не у каких-либо других Actinomycetota. Аналогично, вставка из одной аминокислоты присутствует в консервативной области аденилаткиназы и обнаруживается у всех видов Streptomyces и K. setae , но не обнаруживается ни у каких других Actinomycetota. Также были идентифицированы пять консервативных сигнатурных белков, которые присутствуют у различных секвенированных Streptomyces видов , но не у K. setae ; однако, поскольку полный геном K. setae еще не секвенирован, эти белки могут присутствовать в K. setae . Кроме того, было идентифицировано 11 консервативных сигнатурных белков, которые обнаружены у всех секвенированных Streptomyces видов и K. setae . Считается, что эти белки уникальны для отряда Streptomycetales и служат молекулярными маркерами. что можно использовать, чтобы отличить эту группу от остальных Actinomycetota. Филогенетические деревья показывают, что порядок Catenulisporales тесно связан с порядком Streptomycetales. Этот вывод подтверждается консервативной сигнатурой, состоящей из одной аминокислоты, которая уникально обнаружена у всех видов Streptomycetales и Catenulisporales acidiphilia , единственного вида Catenulisporales, полный геном которого секвенирован. Кроме того, были идентифицированы три консервативных сигнатурных белка, которые обнаружены у всех видов Streptomycetales и C. acidiphilia . Как консервативная сигнатурная индель, так и консервативные сигнатурные белки доказывают, что отряды Streptomycetales и Catenulisporales тесно связаны. ^{[ 4 ]}

Филогения

Принятая в настоящее время таксономия основана на Списке названий прокариот, имеющих номенклатуру (LPSN). ^{[ 3 ]} и Национальный центр биотехнологической информации (NCBI) ^{[ 5 ]}

Полногеномный анализ ^{[ 6 ]}^{[ а ]}

на основе 16S рРНК ДП _08_2023 ^{[ 7 ]}^{[ 8 ]}^{[ 9 ]}

120 маркерных белков на основе GTDB 08-RS214 ^{[ 10 ]}^{[ 11 ]}^{[ 12 ]}

Катенулиспоралес

Катенулиспоровые

Стрептомицеталы

Карбонактиноспоровые

Carbonactinospora термоавтотрофика

Стрептомицетовые

Embleya

	Феацидифил

	Стрептацидофил

Китасатоспора

	Венджунлия витаминофила

	Стрептомицеты

Катенулиспоралес

Мотилибактерии

	Валликокковые

	Мотилибактерии

Стрептомицеталы

Аллострептомицеты

Streptomyces burgazadensis Saricaoglu et al. 2014 год

	Инхуангия соль

	Embleya

Инхуангия

Стрептомицеты [в т.ч. Китасатоспора ;
мангровактиноспора ; Петеркемпфера ;
Феацидифил ; Стрептацидофилин ; Вэньцзюньлия ; Актинацидифила ; стрептантибиотик ]

Стрептомицетовые

Катенулиспоралес

Катенулиспоровые

Стрептомицеталы

Карбонактиноспоровые

Carbonactinospora термоавтотрофика
(Гадкари и др., 1991) Вольпиано и др. 2021 год

Стрептомицетовые

	Эмблея Нуиуи и др. 2018 год

	Инхуангия Нуиуи и др. 2018 г.

Аллострептомицеты Huang et al. 2017 год

Mangrovactinospora Madhaiyan et al. 2022 год

	Phaeacidiphilus Madhaiyan et al. 2022 год

	Streptacidiphilus Kim et al. 2003 г.

	Петеркемпфера Мадхайян и др. 2022 год

	Китасатоспора корриг. Омура и др. 1983 год

	Венджунлия Мадхаян и др. 2022 год

	Streptomyces Waksman and Henrici 1943 [inc. Actinacidiphila Madhaiyan et al. 2022 ; Streptantibioticus Madhaiyan et al. 2022 ]

Неопределенные типы сидений:

« Мариниспора » Квон и др. 2006 г.
« Parastreptomyces » Nichols et al. 2005 г.
« Трихотомоспора » Лиан, Лю и Чжан, 1985 г.
" Verticillomyces Shinobu 1965 г.

См. также

Примечания

^ Allostreptomyces не включены в это филогенетическое древо.

Ссылки

^ Ваксман С.А., Хенрици А.Т. (1943). «Номенклатура и классификация актиномицетов » . J Бактериол . 46 (4): 337–341. дои : 10.1128/jb.46.4.337-341.1943 . ПМЦ 373826 . ПМИД 16560709 . S2CID 8824754 .
^ Кавальер-Смит Т. (2002). «Неомуранское происхождение архебактерий, негибактериальный корень универсального дерева и бактериальная мегаклассификация» . Int J Syst Evol Microbiol . 52 (Часть 1): 7–76. дои : 10.1099/00207713-52-1-7 . ПМИД 11837318 .
^ Jump up to: ^а ^б АС Парте; и др. «Стрептомицетовые» . Список названий прокариот, имеющих номенклатуру (LPSN) . Проверено 9 сентября 2023 г.
^ Гао, Б.; Гупта, Р.С. (2012). «Филогенетическая основа и молекулярные признаки основных клад типа актинобактерий» . Обзоры микробиологии и молекулярной биологии . 76 (1): 66–112. дои : 10.1128/MMBR.05011-11 . ПМЦ 3294427 . ПМИД 22390973 .
^ Сэйерс; и др. «Стрептомицетовые» . База данных таксономии Национального центра биотехнологической информации (NCBI) . Проверено 9 сентября 2023 г.
^ Нуиуи И, Карро Л., Гарсиа-Лопес М., Мейер-Колтхофф Дж.П., Войк Т., Кирпидес Н.К., Пукалл Р., Кленк Х.П., Гудфеллоу М., Маркус Гёкер М. (2018). «Геномная таксономическая классификация рода актинобактерий » . Передний. Микробиол . 9 : 2007. doi : 10.3389/fmicb.2018.02007 . ПМК 6113628 . ПМИД 30186281 .
^ «ЛТП» . Проверено 20 ноября 2023 г.
^ «Дерево LTP_all в формате Ньюика» . Проверено 20 ноября 2023 г.
^ «Примечания к выпуску LTP_08_2023» (PDF) . Проверено 20 ноября 2023 г.
^ «Выпуск GTDB 08-RS214» . База данных геномной таксономии . Проверено 10 мая 2023 г.
^ "bac120_r214.sp_label" . База данных геномной таксономии . Проверено 10 мая 2023 г.
^ «История таксонов» . База данных геномной таксономии . Проверено 10 мая 2023 г.

Внешние ссылки

Данные, относящиеся к Streptomycetaceae , в Wikispecies

[7] Allostreptomyces не включены в это филогенетическое древо.

[1] Ваксман С.А., Хенрици А.Т. (1943). «Номенклатура и классификация актиномицетов » . J Бактериол . 46 (4): 337–341. дои : 10.1128/jb.46.4.337-341.1943 . ПМЦ 373826 . ПМИД 16560709 . S2CID 8824754 .

[2] Кавальер-Смит Т. (2002). «Неомуранское происхождение архебактерий, негибактериальный корень универсального дерева и бактериальная мегаклассификация» . Int J Syst Evol Microbiol . 52 (Часть 1): 7–76. дои : 10.1099/00207713-52-1-7 . ПМИД 11837318 .

[LPSN-3] Jump up to: ^а ^б АС Парте; и др. «Стрептомицетовые» . Список названий прокариот, имеющих номенклатуру (LPSN) . Проверено 9 сентября 2023 г.

[4] Гао, Б.; Гупта, Р.С. (2012). «Филогенетическая основа и молекулярные признаки основных клад типа актинобактерий» . Обзоры микробиологии и молекулярной биологии . 76 (1): 66–112. дои : 10.1128/MMBR.05011-11 . ПМЦ 3294427 . ПМИД 22390973 .

[NCBI-5] Сэйерс; и др. «Стрептомицетовые» . База данных таксономии Национального центра биотехнологической информации (NCBI) . Проверено 9 сентября 2023 г.

[Nouioui-6] Нуиуи И, Карро Л., Гарсиа-Лопес М., Мейер-Колтхофф Дж.П., Войк Т., Кирпидес Н.К., Пукалл Р., Кленк Х.П., Гудфеллоу М., Маркус Гёкер М. (2018). «Геномная таксономическая классификация рода актинобактерий » . Передний. Микробиол . 9 : 2007. doi : 10.3389/fmicb.2018.02007 . ПМК 6113628 . ПМИД 30186281 .

[LTP-8] «ЛТП» . Проверено 20 ноября 2023 г.

[9] «Дерево LTP_all в формате Ньюика» . Проверено 20 ноября 2023 г.

[10] «Примечания к выпуску LTP_08_2023» (PDF) . Проверено 20 ноября 2023 г.

[about-11] «Выпуск GTDB 08-RS214» . База данных геномной таксономии . Проверено 10 мая 2023 г.

[tree-12] "bac120_r214.sp_label" . База данных геномной таксономии . Проверено 10 мая 2023 г.

[taxon_history-13] «История таксонов» . База данных геномной таксономии . Проверено 10 мая 2023 г.

[ 2 ]

[ 1 ]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ а ]

[ 7 ]

[ 8 ]

[ 9 ]

[ 10 ]

[ 11 ]

[ 12 ]