Бифидобактерии

Бифидобактерии
	Бифидобактерии подростковые
Научная классификация
Домен:	Бактерии
Тип:	Актиномицетота
Сорт:	Актиномицетия
Заказ:	Бифидобактерии ; Стакебрандт и др . 1997 год
Семья:	Бифидобактерии ; Стакебрандт и др . 1997 год
Типовой род
	Бифидобактерия ; Орла-Йенсен 1924 г. (утвержденные списки 1980 г.)
Роды
	Aeriscardovia Simpson et al . 2004 г. ; Аллоскардовия Хьюс и др . 2007 год ; Бифидобактерии Орла-Йенсена 1924 г. (утвержденные списки 1980 г.) ; Bombiscardovia Killer и др . 2014 год ; Galliscardovia Pechar et al . 2017 год ; Гарднерелла Гринвуд и Пикетт, 1980 г. ; Неоскардовия Гарсиа-Альхаро и др . 2015 год ; Параскардиовия Цзян и Донг, 2002 г. ; Псевдоскардовия Киллер и др . 2014 год ; Скардовия Цзян и Донг, 2002 г. ;

Bifidobacteriaceae единственное семейство бактерий отряда Bifidobacteriales . — ^{[ 3 ]} Согласно 16S рРНК на основе выпуску 106 LTP , опубликованному проектом «Всевидовое живое дерево» , порядок Bifidobacteriales представляет собой кладу, вложенную в подотряд Micrococcineae , а род Bifidobacterium является парафилетичным по отношению к другим родам внутри семейства, т.е. другие роды вложены в состав Bifidobacterium .

Геномика

В филогенетическом дереве порядка Bifidobacteriales , основанном на RpoB , RpoC и ДНК-гиразе B , Gardnerella vaginalis разветвляется между различными видами Bifidobacterium , что делает род Bifidobacterium полифилетическим . Род можно было бы сделать монофилетическим, если бы G. vaginalis поместили в состав Bifidobacterium . Сравнительный анализ выровненных белковых последовательностей привел к открытию двух консервативных сигнатурных инделей , специфичных для порядка Bifidobacteriales . Первая индель , делеция 1 аминокислоты в рибосомальном белке L13 , обнаружена у всех видов Bifidobacteriales и ни у каких других Actinomycetota , что обеспечивает потенциальный молекулярный маркер для всего отряда Bifidobacteriales . Вторая идентифицированная индель представляет собой вставку из 1 аминокислоты в глюкозо-6-фосфатдегидрогеназу , обнаруженную у всех видов Bifidobacterium и G. vaginalis , но не у каких-либо других Actinomycetota . Таким образом, эта индель характерна для клады, состоящей из видов Bifidobacterium и G. vaginalis , и может использоваться для отличия этих родов от остальных представителей отряда. Бифидобактерии . Также были идентифицированы 16 консервативных сигнатурных белков, которые уникальны для отряда Bifidobacteriales и могут использоваться в качестве молекулярных маркеров для этого отряда. Кроме того, были идентифицированы 6 консервативных сигнатурных белков, уникальных для Bifidobacterium и Gardnerella , что дает дополнительные доказательства того, что виды этих двух родов тесно связаны, и обеспечивает молекулярные маркеры клады, состоящей из этих родов. ^{[ 4 ]}

Филогения

Принятая в настоящее время таксономия основана на Списке названий прокариот, имеющих номенклатуру (LPSN). ^{[ 2 ]} Филогения основана на полногеномном анализе. ^{[ 5 ]}^{[ а ]}

Бифидобактерии

	Гарднерелла

	Бифидобактерия

Аллоскардовия

	Скардовия

	Параскардивия

внешняя группа

Актиномицеталы

Примечания

^ Aeriscardovia , Bombiscardovia , Galliscardovia , Neoscardovia и Pseudoscardovia не включены в это филогенетическое древо.

Ссылки

^ Jump up to: ^а ^б Стакебрандт Э., Рейни Ф.А., Уорд-Рейни Н.Л. (1997). «Предложение о новой иерархической системе классификации Actinobacteria classis nov» . Межд. Дж. Сист. Бактериол . 47 (2): 479–491. дои : 10.1099/00207713-47-2-479 .
^ Jump up to: ^а ^б Эузеби Ж.П., Парте AC. « Бифидобактерии » . Список названий прокариот, имеющих номенклатуру (LPSN) . Проверено 15 июня 2021 г.
^ Манцурани М., Фенлон М., Бейтон Д. (февраль 2009 г.). «Связь между бифидобактериями и клинической тяжестью поражений корневого кариеса». Оральный микробиол. Иммунол . 24 (1): 32–7. дои : 10.1111/j.1399-302X.2008.00470.x . ПМИД 19121067 .
^ Гао, Б.; Гупта, Р.С. (2012). «Филогенетическая основа и молекулярные признаки основных клад типа актинобактерий» . Обзоры микробиологии и молекулярной биологии . 76 (1): 66–112. дои : 10.1128/MMBR.05011-11 . ПМЦ 3294427 . ПМИД 22390973 .
^ Нуиуи И, Карро Л., Гарсиа-Лопес М., Мейер-Колтхофф Дж.П., Войк Т., Кирпидес Н.К., Пукалл Р., Кленк Х.П., Гудфеллоу М., Маркус Гёкер М. (2018). «Геномная таксономическая классификация рода актинобактерий » . Передний. Микробиол . 9 : 2007. doi : 10.3389/fmicb.2018.02007 . ПМК 6113628 . ПМИД 30186281 .

Внешние ссылки

Systema Naturae 2000 / Классификация - Семейство Bifidobacteriaceae. Архивировано 29 сентября 2007 г. в Wayback Machine.

[6] Aeriscardovia , Bombiscardovia , Galliscardovia , Neoscardovia и Pseudoscardovia не включены в это филогенетическое древо.

[Stackebrandt-1] Jump up to: ^а ^б Стакебрандт Э., Рейни Ф.А., Уорд-Рейни Н.Л. (1997). «Предложение о новой иерархической системе классификации Actinobacteria classis nov» . Межд. Дж. Сист. Бактериол . 47 (2): 479–491. дои : 10.1099/00207713-47-2-479 .

[LPSN-2] Jump up to: ^а ^б Эузеби Ж.П., Парте AC. « Бифидобактерии » . Список названий прокариот, имеющих номенклатуру (LPSN) . Проверено 15 июня 2021 г.

[pmid19121067-3] Манцурани М., Фенлон М., Бейтон Д. (февраль 2009 г.). «Связь между бифидобактериями и клинической тяжестью поражений корневого кариеса». Оральный микробиол. Иммунол . 24 (1): 32–7. дои : 10.1111/j.1399-302X.2008.00470.x . ПМИД 19121067 .

[4] Гао, Б.; Гупта, Р.С. (2012). «Филогенетическая основа и молекулярные признаки основных клад типа актинобактерий» . Обзоры микробиологии и молекулярной биологии . 76 (1): 66–112. дои : 10.1128/MMBR.05011-11 . ПМЦ 3294427 . ПМИД 22390973 .

[Nouioui-5] Нуиуи И, Карро Л., Гарсиа-Лопес М., Мейер-Колтхофф Дж.П., Войк Т., Кирпидес Н.К., Пукалл Р., Кленк Х.П., Гудфеллоу М., Маркус Гёкер М. (2018). «Геномная таксономическая классификация рода актинобактерий » . Передний. Микробиол . 9 : 2007. doi : 10.3389/fmicb.2018.02007 . ПМК 6113628 . ПМИД 30186281 .

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ а ]