Дешиптон
 | Эта статья включает в себя список общих ссылок , но в ней не хватает достаточно соответствующих встроенных цитат . ( Август 2024 ) |
| Доступно в | Английский , французский |
|---|---|
| Тип | Вычисления сетки и волонтерские вычисления |
| Веб -сайт | АСМ-Телетон |
Décrypthon - это проект, который использует сетевые вычислительные ресурсы для внесения вклад в медицинские исследования. Слово представляет собой портманто французского слова «декруптер» (расшифровать) и « Телетон ».
Описание
[ редактировать ]Décrypthon - это технологическая платформа, обеспечивающая вычислительную мощность, необходимую для обработки сложных данных в биологии. Это позволяет с помощью технологий, называемых « сетками », собирать (в сетке) способность нескольких суперкомпьютеров (500 GFLOP), установленных IBM в 6 французских университетах (Bordeaux 1, Lille 1, Paris 6 Jussieu, Ens Lyon, Crihan in Rouen , Orsay) и/или отдельные персональные компьютеры через мировую сетку сообщества , [ 1 ] Сам проект BOINC . Дюжина научных проектов, выбранных с помощью вызова тендеров, были завершены в рамках программы Décrypthon.
История
[ редактировать ]Во время французского телетона 2001 года AFM («Ассоциация Française Countre Les Les Myopatheys» / «Французская ассоциация против миопатии») и IBM начали призыв к мобилизации пользователей Интернета: «сделайте ваше неиспользованное компьютерное время доступным для исследований». Цель: выполнить первое картирование протеома : все белки/молекулы, продуцируемые клетками.
Эта научная, технологическая и человеческая проблема была блестяще принята: 75 000 пользователей интернета мобилизовались, миллиарды выполненных сложных расчетов, 550 000 белков нанесены на карту. Это библиотека для сравнения белков из разных видов живых организмов (животное, растение, человеческое). Он содержит почти 2,2 миллиона файлов, разделенных на 17 000 каталогов.
Все это менее чем за два месяца, в то время как для достижения одного компьютера потребовалось бы более 1170 лет. Каждый компьютер внес около 133 часов, или в общей сложности более 10 миллионов часов. Двадцать один серверы IBM координировали решения и данные на протяжении всей операции.
После этого успеха в 2003 году AFM выступила с вызовом тендеров по продвижению использования этой базы знаний. Было выбрано четыре проекта:
- Проект был предложен двумя командами из Комиссариата Атомики Атомики (CEA, Комиссия по атомной энергии) Департамента наук о жизни в Saclay (S Zinn-Justin and R Guérois) в сочетании с Poupon, из Национального центра научных исследований (Центр Nationale de la Recherche Scientifique OU CNRS), Лаборатория структурной геномики дрожжей из Университета Орсея. Этот проект был направлен на изучение взаимосвязи между структурой и функцией белков, которые снижают риск генетических нарушений у людей и дрожжей.
Три другие команды из IGBMC (Institut de Génétique et de Biologie Moléculaire et Cell, Институт геномики молекулярной и клеточной биологии) в Илликирхе, J Laporte и JL Mandel, Pujol и JL Mandel, G Bey, F Sirockin, F Plevniak и O Пох предложил три проекта сложности увеличения.
- Первый проект включал идентификацию и характеристику белков, участвующих в нескольких нервно-мышечных заболеваниях , а также прогнозирование белковых доменов и тканевых функций.
- Второй проект включал анализ белков клеточной органелл , пероксисомы , которая участвует во многих важных метаболических функциях.
- Третий проект, в масштабе организма, состоял в том, чтобы выявить новые потенциальные терапевтические мишени при организмах вибрао -холеры и бактериальной диареи , участвующих в болезнях диареи
Два проекта были отобраны в 2003/2004. Оба проекта были успешно выполнены в сетке и предоставили полезные расчеты. [ 2 ]
После успеха этих двух проектов соглашение было подписано в мае 2004 года между AFM, CNRS и IBM, формализацией тогдашнего проекта «Décrypthon» на сетке серверов [ 3 ] Пожертвовано IBM в шести партнерских университетах.
В 2009 году французский актер Тьерри Лхермитте становится покровителем децифтона.
Проекты
[ редактировать ]- Проект координируется Алессандрой Карбон ( Unit 511, Université Pierre et Marie Curie ). Крупномасштабное исследование белковых белковых, белковых ДНК и белковых взаимодействий с лиганд, ведущая к нацеливанию на лекарственные средства. Этот проект стремится разработать компьютерные инструменты для идентификации на поверхности белка, участков взаимодействия с другими белками, ДНК или лигандами .
- Проект Кристофа Пузата и Паскаля Виота (CNRS UMR 8118, Университет Рене Декарт , Париж V). Параллелизация метода Монте -Карло для сортировки потенциалов действия: улучшение инструмента для базовых исследований в области нейробиологии и диагностики нервно -мышечных заболеваний. Этот проект направлен на автоматизацию обработки нейрональных сигналов, зарегистрированных врачами для обнаружения любого неисправности нейронов в мозге или мотонейронах, которые контролируют мышечные волокна.
- Проект координируется Марком Робинсоном-Речави (факультет биологии и медицины в Университете Лозанны/ Энс Лион). Распространение данных транскриптомов животных для аннотирования нервно -мышечных процессов генома человека . Этот проект позволит точно определить, какие гены должны быть экспрессированы (или неверно экспрессируются) в мышечных клетках, необходимой информации для понимания нервно -мышечных заболеваний.
- Проект координируется EK. Талби ( LIFL - Лаборатория базовых компьютерных наук в Лилле, USTL , CNRS, INRIA , Villeneuve d'ASCQ). Конформационная выборка и стыковка на сетках: применение к нервно -мышечным заболеваниям. Цель состоит в том, чтобы предсказать, по расчету, природу и тип связей молекул, участвующих в функционировании нормальной клетки, и разработки исследований «в Силико» (по расчету), средства для вмешательства в нормальный или патологический физиологический процессы - и, следовательно, рационально развивать лекарства.
- Проект координируется F. Relaix и O. Poch (Институт миологии, Париж - IGBMC, Illkirch). Крупномасштабная идентификация транскрипционных сетей во время миогенеза. Этот проект направлен на выявление молекулярных механизмов транскрипции в развитии мышц.
- Проект координируется М. Робинсоном-Речави и Л. Шеффером (факультет биологии и медицины в Университете Лозанны/ Энс Лион). Интеграция нескольких подходов функциональной геномики для понимания мышц.
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Берс, Виктор; Болз, Рафаэль; Desprez, Frédéric; Рид, Кевин (апрель 2008 г.). «Крупномасштабное выполнение биоинформационного приложения в сетке добровольцев». Семинар по параллельным и распределенным научным и инженерным вычислениям (PDSEC08) .
- ^ Бертис, В.; Bolze, R; Desprez, F. (Dec 2009). «От выделенной сетки до волонтерской сетки: крупномасштабное выполнение приложения биоинформатики». Журнал Grid Computing . 7 (4): 463–478. doi : 10.1007/s10723-009-9130-7 . S2CID 22791104 .
- ^ Бард, Николас; Болт, Рафе; Кэррон, Эдди; Despreak, Freezen; Хейманн, Михал; Фридрих, Энн; Мулиньер, Люк; Нгуен, Нгок-Хоан; Пок, Оливье; Toursl, Thierry (июнь 2010 г.). «Сетка Destthnhon - Ресурсы сетки, посвященные нервно -мышечным расстройствам». 8 -я конференция HealthGrid .
Внешние ссылки
[ редактировать ]
| Типы | |
|---|---|
| Национальные/международные организации | |
| Национальные/международные мероприятия |
|
| Клинические испытания | |
