Бактериоцин II класса

Бактериоцин класса IIb
Бактериоцин класса IIb
Идентификаторы
Символ	Антимикробный17
Пфам	PF08129
Пфам Клан	CL0400
ИнтерПро	ИПР012950
TCDB	1.С.25
Суперсемейство OPM	219
белок OPM	2jpj
Pfam
показывать Доступные белковые структуры:
Pfam	structures / ECOD
PDB	RCSB PDB; PDBe; PDBj
PDBsum	structure summary

показывать Доступные белковые структуры:
Pfam	structures / ECOD
PDB	RCSB PDB; PDBe; PDBj
PDBsum	structure summary

Бактериоцин II класса
Бактериоцин II класса
	Трехмерная структура лейкоцина А, бактериоцина типа IIa.
Идентификаторы
Символ	Бактериоцин_II
Пфам	PF01721
ИнтерПро	ИПР002633
PROSITE	ПДОК60030
ОБЛАСТЬ ПРИМЕНЕНИЯ 2	3лей / СКОПе / СУПФАМ
TCDB	1.С.24
Суперсемейство OPM	141
белок OPM	1 Ом
Pfam
показывать Доступные белковые структуры:
Pfam	structures / ECOD
PDB	RCSB PDB; PDBe; PDBj
PDBsum	structure summary

Бактериоцины класса II представляют собой класс небольших пептидов , подавляющих рост различных бактерий.

Многие грамположительные бактерии продуцируют рибосомально синтезируемые антимикробные пептиды , называемые бактериоцинами .

Бактериоцины, для которых дисульфидные связи являются единственной модификацией пептида, относятся к бактериоцинам II класса.

Класс IIа

Одним из важных и хорошо изученных классов бактериоцинов является класс IIa или педиоциноподобные бактериоцины, продуцируемые молочнокислыми бактериями . Все бактериоцины класса IIа продуцируются пищевыми штаммами, выделенными из разнообразных пищевых продуктов промышленного и промышленного назначения. натурального происхождения, включая мясные продукты, молочные продукты и овощи. Все бактериоцины класса IIa являются катионными , проявляют антилистериозную активность и убивают клетки-мишени, проникая через клеточную мембрану . ^{[ 2 ]}^{[ 3 ]}^{[ 4 ]}

Бактериоцины класса IIa содержат от 37 до 48 остатков. ^{[ 5 ]} В зависимости от их первичной структуры пептидные цепи бактериоцинов класса IIa можно грубо разделить на две области: гидрофильную, катионную и высококонсервативную N-концевую область и менее консервативную гидрофобную/амфифильную С-концевую область. N-концевая область содержит консервативный мотив «педиоцинового бокса» YGNGV/L и два консервативных остатка цистеина , соединенных дисульфидным мостиком . Он образует трехцепочечный антипараллельный бета-лист, поддерживаемый консервативным дисульфидным мостиком. Этот катионный N-концевой домен бета-листа опосредует связывание бактериоцина класса IIa с мембраной клетки-мишени. С-концевая область образует шпилеобразный домен, который проникает в гидрофобную часть мембраны клетки-мишени, тем самым обеспечивая утечку через мембрану. Два домена соединены шарниром, который позволяет доменам перемещаться относительно друг друга. ^{[ 3 ]}^{[ 4 ]}

Некоторые белки, которые, как известно, принадлежат к семейству бактериоцинов класса IIa, перечислены ниже:

Pediococcus acidilactici педиоцин ПА-1. ^{[ 6 ]}
Лейконосток мезентероидес мезентерицин Y105.
Carnobacterium piscicola карнобактериоцин В2.
Лактобактерии сакеи P.
Enterococcus faecium, энтероцин А.
Enterococcus faecium, энтероцин P.
Leuconostoc gelidum лейкоцин А.
Lactobacillus curvatus курвацин А ^{[ 7 ]}
Listeria innocua листериоцин 743А.

Класс IIб

Бактериоцины класса IIb (двупептидные бактериоцины) для своей активности требуют двух разных пептидов. В его состав входят альфа- энтероцины и пептиды лактококцина G. Эти пептиды обладают некоторыми противомикробными свойствами; они подавляют рост Enterococcus spp. и некоторые другие грамположительные бактерии . Эти пептиды действуют как порообразующие токсины , которые создают каналы в клеточной мембране посредством бочкообразного механизма и, таким образом, вызывают ионный дисбаланс в клетке. ^{[ 8 ]}

Класс IIc

Бактериоцин_IIc

Рентгеновская структура бактериоцина as-48 при рН 4,5. сульфатсвязанная форма

Идентификаторы

Символ

Бактериоцин_IIc

1о82 / СКОПЭ / СУПФАМ

Доступные белковые структуры:
Pfam	structures / ECOD
PDB	RCSB PDB; PDBe; PDBj
PDBsum	structure summary

Другие бактериоцины класса II можно отнести к классу IIc (циркулярные бактериоцины). Они оказывают широкий спектр воздействия на проницаемость мембран, формирование клеточной стенки и действие феромонов на клетки-мишени. В частности, Бактериоцин AS-48 представляет собой циклический пептидный антибиотик , продуцируемый эубактериями Enterococcus faecalis (Streptococcus faecalis), который проявляет широкий антимикробный спектр как в отношении грамположительных , так и грамотрицательных бактерий . Бактериоцин AS-48 кодируется феромон-чувствительной плазмидой pMB2 и действует на плазматическую мембрану , в которой открывает поры, что приводит к утечке ионов и гибели клеток . ^{[ 9 ]} Глобулярная структура бактериоцина AS-48 состоит из пяти альфа-спиралей, охватывающих гидрофобное ядро . белок млекопитающих NK-лизин Эффекторный Т - и естественных киллеров клеток имеет сходную структуру, но не имеет гомологии последовательности с бактериоцинами AS-48.

Ссылки

^ Фрежо Галлахер Н.Л., Сайлер М., Ниемчура В.П., Накашима Т.Т., Стайлз М.Е., Ведерас Дж.К. (декабрь 1997 г.). «Трехмерная структура лейкоцина А в мицеллах трифторэтанола и додецилфосфохолина: пространственное расположение остатков, критических для биологической активности в бактериоцинах типа IIa из молочнокислых бактерий». Биохимия . 36 (49): 15062–72. дои : 10.1021/bi971263h . ПМИД 9398233 .
^ Эннахар С., Сономото К., Ишизаки А. (1999). «Бактериоцины класса IIa из молочнокислых бактерий: антибактериальная активность и сохранение пищевых продуктов». Дж. Биоски. Биоинж . 87 (6): 705–16. дои : 10.1016/S1389-1723(99)80142-X . ПМИД 16232543 .
^ Jump up to: ^а ^б Фимланд Дж., Ниссен-Мейер Дж., Джонсен Л. (2005). «С-концевой домен педиоциноподобных антимикробных пептидов (бактериоцинов класса IIa) участвует в специфическом распознавании С-концевой части родственных белков иммунитета и в определении антимикробного спектра» . Ж. Биол. Хим . 280 (10): 9243–50. дои : 10.1074/jbc.M412712200 . ПМИД 15611086 .
^ Jump up to: ^а ^б Далхус Б., Фимланд Г., Ниссен-Мейер Дж., Джонсен Л. (2005). «Педиоциноподобные антимикробные пептиды (бактериоцины класса IIa) и их белки иммунитета: биосинтез, структура и механизм действия» . Дж. Пепт. Наука . 11 (11): 688–96. дои : 10.1002/psc.699 . ПМИД 16059970 . S2CID 38561151 .
^ Саймон Л., Фремо С., Сенатьемпо И., Бержо Ж.М. (2002). «Сакацин г, новый тип антилистерического бактериоцина» . Прил. Окружающая среда. Микробиол. 68 (12): 6416–20. Бибкод : 2002ApEnM..68.6416S . дои : 10.1128/АЕМ.68.12.6416-6420.2002 . ПМЦ 134399 . ПМИД 12450870 .
^ Чжу, Лиян; Цзэн, Цзяньвэй; Ван, Чанг; Ван, Цзявэй (08 февраля 2022 г.). «Структурные основы образования пор в системе маннозофосфотрансферазы педиоцином ПА-1» . Прикладная и экологическая микробиология . 88 (3): e0199221. Бибкод : 2022ApEnM..88E1992Z . дои : 10.1128/АЕМ.01992-21 . ISSN 1098-5336 . ПМЦ 8824269 . ПМИД 34851716 .
^ Чжу, Лиян; Цзэн, Цзяньвэй; Ван, Цзявэй (15 июня 2022 г.). «Структурные основы механизмов иммунитета педиоциноподобных бактериоцинов» . Прикладная и экологическая микробиология . 88 (13): e0048122. Бибкод : 2022ApEnM..88E.481Z . дои : 10.1128/aem.00481-22 . ISSN 1098-5336 . ПМЦ 9275228 . ПМИД 35703550 .
^ Балла Э., Дикс Л.М., Дю Туа М., Ван дер Мерве М.Дж., Хольцапфель В.Х. (апрель 2000 г.). «Характеристика и клонирование генов, кодирующих энтероцин 1071A и энтероцин 1071B, два антимикробных пептида, продуцируемые Enterococcus faecalis BFE 1071» . Прил. Окружающая среда. Микробиол . 66 (4): 1298–304. Бибкод : 2000ApEnM..66.1298B . дои : 10.1128/aem.66.4.1298-1304.2000 . ПМК 91984 . ПМИД 10742203 .
^ Гонсалес К., Лэнгдон ГМ, Брюикс М., Гальвес А., Вальдивия Е., Македа М., Рико М. (октябрь 2000 г.). «Бактериоцин AS-48, микробный циклический полипептид, структурно и функционально родственный NK-лизину млекопитающих» . Учеб. Натл. акад. наук. США . 97 (21): 11221–6. Бибкод : 2000PNAS...9711221G . дои : 10.1073/pnas.210301097 . ПМК 17181 . ПМИД 11005847 .

Дальнейшее чтение

Папатанасопулос, Массачусетс; Дайкс, Джорджия; Револь-Жунель, AM; Дельфур, А.; Фон Холи, А.; Гастингс, JW (1998). «Последовательность и структурные взаимоотношения лейкоцинов A-, B- и C-TA33a из Leuconostoc mesenteroides TA33a» . Микробиология . 144 (5): 1343–1348. дои : 10.1099/00221287-144-5-1343 . ПМИД 9611809 .
Фрежо Галлахер, Нидерланды; Сайлер, М.; Немчура, В.П.; Накашима, ТТ; Стайлз, Мэн; Ведерас, Дж. К. (1997). «Трехмерная структура лейкоцина а в мицеллах трифторэтанола и додецилфосфохолина: пространственное расположение остатков, критически важных для биологической активности в бактериоцинах типа IIa из молочнокислых бактерий †, ‡». Биохимия . 36 (49): 15062–15072. дои : 10.1021/bi971263h . ПМИД 9398233 .

Внешние ссылки

Бактериоцины класса II и родственные семейства по-разному регистрируются в Pfam и InterPro как:

Пфам	Символ Пфам	ИнтерПро	Символ ИнтерПро
PF08129	Антимикробный17	ИнтерПро : IPR012950	Альфа_энтероцин/лактококцин
PF01721	Бактериоцин_II	ИнтерПро : IPR002633	Бактериоцин_IIa
PF10439	Бактериоцин_IIc	ИнтерПро : IPR019493	Бактериоцин_IIb_лактацин-рел
PF12173	Бактериоцидный_ци	ИнтерПро : IPR020970	Бактериоцин_IIc
PF04369	лактококцин	ИнтерПро : IPR007464	Бактериоцин_IId
PF04604	L_biotic_typeA	ИнтерПро : IPR007682	Лантибиотик_тип-А_Лактобакт

Название иногда противоречиво.

В эту статью включен текст из общественного достояния Pfam и InterPro : IPR002633.

[pmid9398233-1] Фрежо Галлахер Н.Л., Сайлер М., Ниемчура В.П., Накашима Т.Т., Стайлз М.Е., Ведерас Дж.К. (декабрь 1997 г.). «Трехмерная структура лейкоцина А в мицеллах трифторэтанола и додецилфосфохолина: пространственное расположение остатков, критических для биологической активности в бактериоцинах типа IIa из молочнокислых бактерий». Биохимия . 36 (49): 15062–72. дои : 10.1021/bi971263h . ПМИД 9398233 .

[PUB00033828-2] Эннахар С., Сономото К., Ишизаки А. (1999). «Бактериоцины класса IIa из молочнокислых бактерий: антибактериальная активность и сохранение пищевых продуктов». Дж. Биоски. Биоинж . 87 (6): 705–16. дои : 10.1016/S1389-1723(99)80142-X . ПМИД 16232543 .

[PUB00033829-3] Jump up to: ^а ^б Фимланд Дж., Ниссен-Мейер Дж., Джонсен Л. (2005). «С-концевой домен педиоциноподобных антимикробных пептидов (бактериоцинов класса IIa) участвует в специфическом распознавании С-концевой части родственных белков иммунитета и в определении антимикробного спектра» . Ж. Биол. Хим . 280 (10): 9243–50. дои : 10.1074/jbc.M412712200 . ПМИД 15611086 .

[PUB00033830-4] Jump up to: ^а ^б Далхус Б., Фимланд Г., Ниссен-Мейер Дж., Джонсен Л. (2005). «Педиоциноподобные антимикробные пептиды (бактериоцины класса IIa) и их белки иммунитета: биосинтез, структура и механизм действия» . Дж. Пепт. Наука . 11 (11): 688–96. дои : 10.1002/psc.699 . ПМИД 16059970 . S2CID 38561151 .

[pmid12450870-5] Саймон Л., Фремо С., Сенатьемпо И., Бержо Ж.М. (2002). «Сакацин г, новый тип антилистерического бактериоцина» . Прил. Окружающая среда. Микробиол. 68 (12): 6416–20. Бибкод : 2002ApEnM..68.6416S . дои : 10.1128/АЕМ.68.12.6416-6420.2002 . ПМЦ 134399 . ПМИД 12450870 .

[6] Чжу, Лиян; Цзэн, Цзяньвэй; Ван, Чанг; Ван, Цзявэй (08 февраля 2022 г.). «Структурные основы образования пор в системе маннозофосфотрансферазы педиоцином ПА-1» . Прикладная и экологическая микробиология . 88 (3): e0199221. Бибкод : 2022ApEnM..88E1992Z . дои : 10.1128/АЕМ.01992-21 . ISSN 1098-5336 . ПМЦ 8824269 . ПМИД 34851716 .

[7] Чжу, Лиян; Цзэн, Цзяньвэй; Ван, Цзявэй (15 июня 2022 г.). «Структурные основы механизмов иммунитета педиоциноподобных бактериоцинов» . Прикладная и экологическая микробиология . 88 (13): e0048122. Бибкод : 2022ApEnM..88E.481Z . дои : 10.1128/aem.00481-22 . ISSN 1098-5336 . ПМЦ 9275228 . ПМИД 35703550 .

[pmid10742203-8] Балла Э., Дикс Л.М., Дю Туа М., Ван дер Мерве М.Дж., Хольцапфель В.Х. (апрель 2000 г.). «Характеристика и клонирование генов, кодирующих энтероцин 1071A и энтероцин 1071B, два антимикробных пептида, продуцируемые Enterococcus faecalis BFE 1071» . Прил. Окружающая среда. Микробиол . 66 (4): 1298–304. Бибкод : 2000ApEnM..66.1298B . дои : 10.1128/aem.66.4.1298-1304.2000 . ПМК 91984 . ПМИД 10742203 .

[pmid11005847-9] Гонсалес К., Лэнгдон ГМ, Брюикс М., Гальвес А., Вальдивия Е., Македа М., Рико М. (октябрь 2000 г.). «Бактериоцин AS-48, микробный циклический полипептид, структурно и функционально родственный NK-лизину млекопитающих» . Учеб. Натл. акад. наук. США . 97 (21): 11221–6. Бибкод : 2000PNAS...9711221G . дои : 10.1073/pnas.210301097 . ПМК 17181 . ПМИД 11005847 .

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]

[ 9 ]