Ксантомонадалы
| Ксантомонадалы | |
|---|---|
| |
| листьев Пятнистость английского плюща , вызванная Xanthomonas hortorum. | |
Научная классификация 
| |
| Домен: | Бактерии |
| Тип: | Псевдомонадота |
| Сорт: | Гаммапротеобактерии |
| Заказ: | Ксантомонадалы |
| Семьи | |
| |
| Синонимы | |
| |
Xanthomonadales гаммапротеобактерий порядок — бактериальный . Они представляют собой одну из крупнейших групп бактериальных фитопатогенов , в которой обитают такие виды, как Xanthomonas citri , Xanthomonas euvesicatoria , Xanthomonas oryzae и Xylella fastidiosa . [ 1 ] [ 2 ] [ 3 ] [ 4 ] [ 5 ] Эти бактерии поражают важные для сельского хозяйства растения, включая помидоры, бананы, цитрусовые, рис и кофе. Многие виды отряда также являются патогенами человека. Виды рода Stenotropomonas представляют собой с множественной лекарственной устойчивостью оппортунистические патогены , которые вызывают внутрибольничные инфекции у пациентов с иммунодефицитом . [ 6 ] [ 7 ]
Характеристики
[ редактировать ]Xanthomonadales являются грамотрицательными , каталазоположительными , неспорообразующими облигатными аэробами . [ 8 ] Члены отряда представляют собой прямые стержни без протезов . Хотя некоторые представители отряда неподвижны, другие виды отряда подвижны с помощью жгутиков . Stenotropomonas — единственный род способный восстанавливать нитраты Xanthomonadales, .
Таксономия
[ редактировать ]Xanthomonadales состоят из 28 правильно названных родов двух семейств: Xanthomonadaceae и Rhodanobacteraceae . [ 9 ] [ 10 ] [ 11 ] Xanthomonadaceae Rhodanobacteraceae состоит из 13 родов, а — из 14 родов. Семейства можно отличить друг от друга на основе консервативных сигнатурных инделей, обнаруженных среди множества белков, специфичных для каждого семейства. [ 10 ] Эти исследования проводятся параллельно с филогеномным анализом, который выявляет две отдельные клады, которые, по-видимому, эволюционно расходятся. Lysobacterales и Lysobacteraceae являются более ранними синонимами Xanthomonadales и Xanthomonadaceae соответственно. [ 10 ] [ 12 ]
Филогенетическое положение
[ редактировать ]Xanthomonadales являются ранними дивергентами бактерий внутри Gammaproteobacteria и часто используются для укоренения филогенетических деревьев, созданных для этого класса. [ 13 ] До недавнего времени порядок Xanthomonodales включал семейства Xanthomonadaceae , Algiphilaceae , Solimonadaceae , Nevskiaceae и Sinobacteraceae . Однако не было обнаружено никаких молекулярных сигнатур , охватывающих все семейства. [ 10 ] Организмы были таксономически перегруппированы таким образом, что Xanthomonadales включали Xanthomonadaceae , которые позже были разделены на два семейства. Разделение проводилось в соответствии с CSI , которые были найдены специально для всех членов исправленного отряда Xanthomonadales, что обеспечивает поддержку принятой в настоящее время таксономии. Все остальные виды были перенесены в Nevskiales , которые не имели общих CSI с Xanthomonadales, но оставались близкими родственниками внутри Gammaproteobacteria . [ 10 ] Cardiobacteriales , Chromatiales , Mmethylococcales , Legionellales и Thiotrichales также представляют собой отряды с глубоким ветвлением, которые являются филогенетическими соседями представителей Xanthomonadales и Nevskiales . [ 10 ] [ 13 ] Отряд Nevskiales включает одно семейство ( Salinisphaeraceae ) и шесть родов: Alkanibacter , Fontimonas , Hydrocarboniphaga , Nevskia , Solimonas и Steroidobacter . [ 10 ] Wohlfahrtiimonas chitiniclastica и личинки Ignatzschineria — два вида, которые исторически считались членами семейства Xanthomonadaceae . Однако они не имеют общих сохранившихся сигнатур ни с семейством, ни с отрядом Xanthomonodales. [ 10 ] Эти виды образуют глубокие разветвления внутри соседних Gammaproteobacteria и являются монофилетическими с Cardiobacteriales представителями . Таким образом, эти виды в настоящее время обозначаются как incertae sedis .
Филогения
[ редактировать ]Принятая в настоящее время таксономия основана на данных Национального центра биотехнологической информации (NCBI). [ 9 ]
Ссылки
[ редактировать ]- ^ да Силва АК, Ферро Х.А., Рейнах ФК и др. (2002). «Сравнение геномов двух возбудителей Xanthomonas с различной специфичностью хозяина». Природа . 417 (6887): 459–463. Бибкод : 2002Natur.417..459D . дои : 10.1038/417459а . ПМИД 12024217 . S2CID 4302762 .
- ^ Ван Слейс М.А., де Оливейра М.К., Монтейру-Виторелло CB и др. (2003). «Сравнительный анализ полных последовательностей генома штаммов болезни Пирса и цитрусового пестролистного хлороза Xylella fastidiosa» . J Бактериол . 185 (3): 1018–26. дои : 10.1128/JB.185.3.1018-1026.2003 . ПМК 142809 . ПМИД 12533478 .
- ^ Ли Б.М., Пак Ю.Дж., Пак Д.С. и др. (2005). «Последовательность генома Xanthomonas oryzae pathovar oryzae KACC10331, возбудителя бактериального ожога риса» . Нуклеиновые кислоты Рез . 33 (2): 577–586. дои : 10.1093/nar/gki206 . ПМК 548351 . ПМИД 15673718 .
- ^ Райан Р.П., Форхолтер Ф., Потнис Н. и др. (2005). «Патогеномика Xanthomonas: понимание взаимодействия бактерий и растений». Nat Rev Микробиол . 9 (5): 344–355. дои : 10.1038/nrmicro2558 . ПМИД 21478901 . S2CID 37510468 .
- ^ Чен Дж., Се Г., Хан С., Чертков О., Симс Д., Чивероло Э.Л. (2010). «Полногеномные последовательности двух штаммов Xylella fastidiosa (M12 и M23), вызывающих ожог листьев миндаля в Калифорнии» . J Бактериол . 192 (17): 4534. doi : 10.1128/JB.00651-10 . ПМЦ 2937377 . ПМИД 20601474 .
- ^ Кроссман Л.С., Гулд В.К., Доу Дж.М. и др. (2008). «Полный геном, сравнительный и функциональный анализ Stenotropomonasmaltophilia выявил организм, сильно защищенный детерминантами лекарственной устойчивости» . Геном Биол . 9 (4): С74. дои : 10.1186/gb-2008-9-4-r74 . ПМЦ 2643945 . ПМИД 18419807 .
- ^ Луни В.Дж., Нарита М., Мюлеманн К. (2009). «Stenotropomonasmaltophilia: новый оппортунистический человеческий патоген». Ланцет Инфекционный Дис . 9 (5): 312–323. дои : 10.1016/S1473-3099(09)70083-0 . ПМИД 19393961 .
- ^ Сэддлер Г.С., Брэдбери Дж.Ф. (2005) Орден III. Xanthomonadales ord. ноябрь В: Руководство Берджи по систематической бактериологии. стр. 63-122. Эдс Бреннер DJ, Криг Н.Р., Стейли Дж.Т., Гаррити ГМ, Бун, Вос П., Гудфеллоу М., Рейни Ф.А., Шлейфер К.Х. Спрингер —: Остин.
- ^ Jump up to: а б Сэйерс; и др. «Ксантомонадалы» . База данных таксономии Национального центра биотехнологической информации (NCBI) . Проверено 24 октября 2016 г.
- ^ Jump up to: а б с д и ж г час Наушад С., Адеолу М., Вонг С., Сохаил М., Шеллхорн Х.Э., Гупта Р.С. (2015). «Таксономическая основа порядка Xanthomonadales на основе филогеномики и молекулярных маркеров: предложение перевести семейства Algiphilaceae и Solimonadaceae в порядок Nevskiales ord. nov. и создать новое семейство внутри порядка Xanthomonadales, семейство Rhodanobacteraceae fam. nov., содержащее род Rhodanobacter и его ближайшие родственники». Антони ван Левенгук . 107 (2): 467–485. дои : 10.1007/s10482-014-0344-8 . ПМИД 25481407 .
- ^ Орен А., генеральный менеджер Гаррити (2015). «Список новых имен и новых комбинаций, ранее эффективно, но недействительно опубликованных». Int J Syst Evol Microbiol . 65 (7): 2017–2025. дои : 10.1099/ijs.0.000317 .
- ^ Кристенсен П., Кук Ф. (1978). «Lysobacter, новый род неплодоносящих скользящих бактерий с высоким базовым соотношением» . Int J Syst Evol Microbiol . 28 (3): 367–393. дои : 10.1099/00207713-28-3-367 .
- ^ Jump up to: а б Кутиньо-Хименес А.М., Мартинс-Пинейру М., Лима В.К., Мартин-Торнет А., Моралес О.Г., Менк К.Ф. (2010). «Эволюционное размещение Xanthomonadales на основе консервативных сигнатурных последовательностей белков» . Мол Филогенет Эвол . 54 (2): 524–34. дои : 10.1016/j.ympev.2009.09.026 . ПМИД 19786109 .
