✖


Jump to content

Сборка генома растения

Add links

Сборка генома растения представляет собой полную геномную последовательность вида растения , которая собирается в хромосомы и другие органеллы с использованием фрагментов ДНК (дезоксирибонуклеиновой кислоты), полученных с помощью различных технологий секвенирования .

Структура

[ редактировать ]

Геном растений может отличаться по своей структуре и сложности от небольших геномов, таких как зеленые водоросли (15 Мбит/с). [ 1 ] до очень больших и сложных геномов, которые обычно имеют гораздо более высокую плоидность , более высокий уровень гетерозиготности и повторяющихся элементов, чем виды из других царств. [ 2 ] Одним из наиболее сложных доступных наборов геномов растений является геном сосны лоблолли (22 Гбп). [ 3 ] Из-за своей сложности последовательности генома растений не могут быть собраны обратно в хромосомы, используя только короткие чтения, обеспечиваемые технологиями секвенирования следующего поколения (NGS). [ 4 ] [ 5 ] и поэтому большинство доступных сборок генома растений, в которых использовался только NGS, сильно фрагментированы, содержат большое количество контигов, а области генома не завершены. Часто повторяющиеся последовательности, часто превышающие 10 кбит/с, являются основной проблемой растений. [ 6 ] [ 7 ] Большая часть хромосомных последовательностей образуется в результате активности мобильных генетических элементов (МГЭ) в геномах растений. [ 8 ] MGE делятся на два класса: класс I, или ретротранспозоны , и класс II, или транспозоны ДНК . У растений ретротранспозоны с длинными концевыми повторами (LTR) преобладают и составляют от 15% [ 9 ] до 90% генома. [ 10 ] Полиплоидия — еще одна проблема при сборке генома растения: по оценкам, около 80% растений являются полиплоидами. [ 11 ]

Сборки

[ редактировать ]

Первая полная сборка генома растения Arabidopsis thaliana была завершена в 2000 году. [ 12 ] является третьим геномом многоклеточных эукариот , опубликованным после C. elegans. [ 13 ] и D. melanogaster . [ 14 ] Arabidopsis, в отличие от геномов других растений (например, Malus ), обладает удобными характеристиками, такими как небольшой ядерный геном (135 МБП) и короткое время генерации (8 недель от семени до семени). Геном состоит из пяти хромосом, что составляет примерно 4% размера генома человека . Геном был секвенирован и аннотирован Инициативой по геному арабидопсиса (AGI).

Инициатива по секвенированию генома риса ( Oryza sativa ), [ 15 ] началось в сентябре 1997 года, когда ученые из многих стран договорились о международном сотрудничестве по секвенированию генома риса, образовав «Международный проект секвенирования генома риса» (IRGSP). При предполагаемом размере от 400 до 430 МБ, что примерно в четыре раза больше, чем у A. thaliana , рис имеет наименьший из геномов основных зерновых культур. [ 15 ]

В период с 2000 по 2008 год было опубликовано всего 10 геномов растений, а только в 2012 году — 13 геномов растений. С тех пор их число постоянно увеличивалось, и сейчас в базе данных геномов NCBI доступно более 400 геномов растений, из которых 72 были повторно аннотированы [NCBI].

Базы данных

[ редактировать ]

АнсамбльРастения [ 16 ] является частью базы данных EnsemblGenome и содержит ресурсы для ограниченного числа секвенированных видов растений (45, октябрь 2017 г.). В основном он предоставляет последовательности генома, модели генов, функциональные аннотации и полиморфные локусы. Для некоторых видов растений предоставляется дополнительная информация, включая структуру популяции, отдельные генотипы, связи и данные фенотипа.

Грамен [ 17 ] представляет собой онлайн-ресурс базы данных для сравнительной геномики растений и анализа путей развития, основанный на технологии Ensembl.

База данных генома растений Япония [ 18 ] (PGDBj) — веб-сайт, содержащий информацию о геномах модельных и культурных растений из баз данных. Он состоит из трех основных компонентов: базы данных ортологов, базы данных маркеров ДНК и карт связей, а также базы данных растительных ресурсов, в которой интегрированы многочисленные растительные ресурсы, накопленные различными институтами. Цель состоит в том, чтобы «предоставить платформу, позволяющую осуществлять сравнительный поиск различных ресурсов» (pgdbj.jp).

РастенияБД [ 19 ] представляет собой ресурс для анализа и хранения генетической и геномной информации различных растений и предлагает инструменты для запроса этих данных и проведения сравнительного анализа с помощью собственных инструментов.

ПЛАЗА [ 20 ] [ 21 ] Это еще один онлайн-ресурс по сравнительной геномике , который объединяет данные о последовательностях растений и методы сравнительной геномики, а также выполняет эволюционный анализ в линии зеленых растений ( Viridiplantae ).

( Информационный ресурс арабидопсиса TAIR) [ 22 ] поддерживает веб-базу данных «модельного высшего растения Arabidopsis Thaliana».

Стратегии сборки

[ редактировать ]

В общем, для секвенирования и сборки больших и сложных геномов, таких как растения, используются разные стратегии, основанные на технологиях, доступных на момент запуска проекта.

Сэнгер клон за клоном

[ редактировать ]

Стратегии секвенирования клон за клоном основаны на построении карты для каждой хромосомы перед секвенированием и полагаются на библиотеки, созданные из клонов с большими вставками. Наиболее распространенным типом клона с большой вставкой является бактериальная искусственная хромосома (BAC).

При использовании BAC геном сначала разделяется на более мелкие части с указанием их местоположения. Затем фрагменты ДНК вставляются в клоны BAC, которые в дальнейшем размножаются путем вставки их в бактериальные клетки, которые растут очень быстро. Эти фрагменты далее фрагментируются на перекрывающиеся более мелкие фрагменты, которые помещаются в вектор, а затем секвенируются. Затем небольшие кусочки собираются в контиги, накладывая их друг на друга. Далее, используя карту первого шага, контиги собираются обратно в хромосомы.

Первой полной сборкой генома растения (а также первым опубликованным геномом растения), в которой использовался этот метод, была Arabidopsis thaliana в 2000 году. [ 12 ] различные библиотеки с большими вставками, такие как BAC, искусственные хромосомы P1 (PAC), дрожжевая искусственная хромосома (YAC) и компетентные к трансформации искусственные хромосомы Для сборки генома были объединены (TAC). Из клонов с отпечатком рестрикционного фрагмента путем сравнения структур и гибридизации или полимеразной цепной реакции (ПЦР) физические карты были построены . Физические карты были интегрированы вместе с генетическими картами для определения положения и ориентации контигов . Концевые последовательности из 47 788 клонов BAC использовали для удлинения контигов из заякоренных BAC и выбора минимального пути тайлинга. Всего было отобрано и секвенировано 1569 клонов, обнаруженных на минимальном пути мозаики. Продукты прямой ПЦР использовались для клонирования оставшихся пробелов, а YAC позволили охарактеризовать последовательности теломер . Полученные секвенированные области составили 115,4 МБ из предсказанного размера генома в 125 МБ и в общей сложности 25 498 генов, кодирующих белок.

Чтобы секвенировать и собрать геном Oryza sativa ( japonica ), [ 15 ] использовалась та же стратегия. Для Oryza sativa из физической карты был выбран и собран в общей сложности 3401 картированный клон с минимальным маршрутом мозаики.

Одна из самых важных сельскохозяйственных культур в мире, кукуруза ( Zea mays ), является последним проектом генома растений, основанным главным образом на стратегии Sanger BAC-by-BAC. [ 23 ] Размер генома кукурузы 2,3 Гб и 10 хромосом, [ 23 ] значительно больше, чем у риса и арабидопсиса. [ 23 ] Для сборки генома кукурузы был получен набор из 16 848 минимально перекрывающихся клонов BAC.

из комбинаций физической и генетической карты были отобраны и секвенированы. Сборка на кукурузе производилась дополнительно с внешними информационными данными. Данные были получены из кДНК и последовательностей из библиотек с метилфильтрованной ДНК (библиотеки, в которых используется знание о том, что основания в генных последовательностях имеют тенденцию быть менее сильно метилированными, чем основания в негенных областях) и методами с высоким C0 t.

Стратегия Сэнгера «клон за клоном» имеет то преимущество, что работает небольшими единицами, что снижает сложность и вычислительные требования, а также сводит к минимуму проблемы, связанные с неправильной сборкой высокоповторяющейся ДНК, и, следовательно, является привлекательным решением при сборке геномов растений и других сложных геномы эукариот. Основными недостатками этого метода являются затраты и необходимые ресурсы. Стоимость первых сборок генома растений оценивалась в 70 миллионов долларов. [ 24 ] и 200 миллионов долларов за сборку. [ 25 ]

Полногеномное ружье Сэнгера (WGS)

[ редактировать ]

В технологии секвенирования WGS нет порядка секвенируемых фрагментов. ДНК случайным образом разрезается, а клонированные фрагменты секвенируются и собираются с использованием вычислительных методов. Эта технология позволяет сократить затраты и время, связанные с созданием карт, и опирается на вычислительные ресурсы.

Значительное количество важных геномов растений, таких как виноградная лоза ( Vitis Vinifer ), [ 26 ] папайя ( Carica papaya ), [ 27 ] и тополь ( Populus trichocarpa ) [ 28 ] были секвенированы и собраны с использованием стратегии Sanger WGS.

Проект генома виноградной лозы [ 26 ] Это четвертый опубликованный геном цветкового растения и первый геном плодовой культуры. Последовательности генома были получены из библиотек разных типов, таких как плазмиды, фосмиды и BAC. Все данные были получены путем секвенирования парных концов клонированной вставки с использованием технологии Сэнгера на секвенаторах ABI3730x1. Чтобы собрать риды, Арахна, 2002, [ 29 ] Использовали программное обеспечение, предназначенное для анализа ридов, полученных с обоих концов плазмидных клонов. Всего было произведено 6,2 миллиона считываний парных тегов. Программное обеспечение создало 20 784 контига, которые были объединены в 3830 суперконтигов, имеющих значение N50 64 КБ. Суперконтиги имели общий размер 498 Мб.

Закрепление суперконтигов вдоль генома сначала осуществляли путем соединения суперконтигов вместе с использованием парных концевых последовательностей BAC. Полученные ультраконтиги и оставшиеся суперконтиги затем выравнивались по генетической карте генома. Более поздние усовершенствования этой стратегии позволили секвенировать Distachyon Brachypodium . [ 30 ] Сорго двухцветное [ 31 ] и соевые бобы . [ 32 ]

Секвенирование нового поколения

[ редактировать ]

Из-за относительно низкой стоимости по сравнению с предыдущими методами большинство последних геномов растений были секвенированы и собраны с использованием данных технологии NGS (секвенирования следующего поколения). Как правило, данные NGS используются в сочетании с технологией секвенирования Сэнгера или длинными чтениями, полученными в результате секвенирования третьего поколения . Геном огурца ( Cucumis sativus ), [ 33 ] был одним из геномов растений, в которых использовались считывания NGS Illumina в сочетании с последовательностями Сэнгера. Были получены высококачественные пары оснований с 72,2-кратным покрытием генома, из которых было получено 3,9-кратное покрытие от Sanger, а считывания Illumina GA обеспечили 68,3-кратное покрытие. Из этого были изготовлены две сборки на основе технологии секвенирования. Полученные контиги сравнивали между собой, в результате чего общая длина собранного генома составила 243,5 Мб. Результат примерно на 30% меньше размера генома, оцененного методом проточной цитометрии изолированных ядер, окрашенных иодидом пропидия (367 Мб). Была построена генетическая карта, чтобы закрепить собранный геном. 72,8% собранных последовательностей успешно закрепились на семи хромосомах. Еще одним геномом растения, в котором NGS сочетается с секвенированием по Сэнгеру, был геном Theobroma cacao , 2010, [ 34 ] экономически важная культура тропических фруктовых деревьев и основной источник какао. Геном был секвенирован в консорциуме «Международный консорциум по секвенированию генома какао (ICGS)» и произвел в общей сложности 17,6 миллиона 454 одноконцевых чтения, 8,8 миллиона 454 парных чтения, 398,0 миллионов парных прочтений Illumina и около 88 000 парных прочтений Сэнгера. БАК читает. Сначала с помощью программного обеспечения для сборки генома Newbler была получена сборка из 25 912 контигов и 4792 каркасов из считываний, полученных из необработанных данных Roche/454 и Sanger. Его общая длина составила 326,9 МБ, что составляет 76% от предполагаемого размера генома. Считывания Illumina использовались для дополнения сборки 454 путем выравнивания коротких чтений на сборке генома какао с использованием программного обеспечения SOAP. Аналогичная стратегия, сочетающая считывания NGS и секвенирование по Сэнгеру, использовалась для других важных видов растений, таких как первый опубликованный геном яблони ( Malus Domestica ), [ 35 ] хлопок ( Gossypium Raimond ), [ 36 ] черновой вариант генома сладкого апельсина ( Citrus sinensis ) [ 37 ] и геном одомашненного томата ( Solanum lycopersicum ). [ 38 ]

Третье поколение

[ редактировать ]

С появлением секвенирования третьего поколения (TGS) начали устраняться некоторые ограничения предыдущих методов секвенирования и сборки геномов растений. Эта технология характеризуется параллельным секвенированием отдельных молекул ДНК, в результате чего получаются последовательности длиной до 54 т.п.н. ( PacBio RS 2). [ 39 ] В целом, длинные чтения из TGS имеют относительно высокий уровень ошибок (в среднем ~10%). [ 40 ] и поэтому требуется повторное секвенирование одних и тех же фрагментов ДНК. Цена такой технологии все еще достаточно высока и поэтому обычно используется в сочетании с короткими чтениями из NGS. Одним из первых геномов растений, в которых использовались длинные чтения из TGS, Pacific Biosciences в сочетании с короткими чтениями из NGS, был геном шпината. [ 41 ] имеющий размер генома, оцениваемый в 989 Мб. Для этого было создано 60-кратное покрытие генома, при этом 20% чтений имели размер более 20 КБ. Данные были собраны с использованием процесса сборки иерархического генома PacBio (HGAP). [ 42 ] и показали, что сборки с длительным чтением показали 63-кратное увеличение размера контига по сравнению со сборкой, предназначенной только для Illumina. Еще один недавно опубликованный геном растения, в котором использовались длинные чтения в сочетании с короткими чтениями, — это улучшенная сборка генома яблока. [ 43 ] В этом проекте использовался гибридный подход, сочетающий различные типы данных из технологий секвенирования. Используемые последовательности были взяты из: PacBio RS II, чтения парных концов Illumina (PE) и чтения парных пар Illumina (MP). На первом этапе была выполнена сборка из парного чтения Illumina с использованием известного программного обеспечения для сборки de novo SOAPdevo. [ 44 ] Затем с помощью гибридного конвейера сборки DBG2OLC. [ 45 ] контиги, полученные на первом этапе, и лонгриды из PacBio были объединены. Затем сборку доработали с помощью парного чтения Illumina, сопоставив их с контигами с помощью BWA-MEM. [ 46 ] Сопоставляя чтения пар сопряжений с исправленными контигами, они формируют сборку. Далее Бионано [ 47 ] оптического картографического анализа общей длиной 649,7 Мб, были использованы в конвейере гибридной сборки вместе со скаффолдами, полученными на предыдущем этапе. Полученные каркасы были привязаны к генетической карте, построенной из 15 417 маркеров однонуклеотидного полиморфизма (SNP). Для лучшего понимания количества и разнообразия идентифицированных генов использовали секвенирование РНК рибонуклеиновой кислоты. Размер полученного генома составляет 643,2 МБ, что приближается к предполагаемому размеру генома, чем предыдущая опубликованная сборка. [ 35 ] и меньшее количество генов, кодирующих белок.

Использование длинных ридов в сборках генома растений стало более популярным для уменьшения количества каркасов и повышения качества генома за счет улучшения сборки и покрытия в регионах, которые четко не определены сборкой NGS.

Ссылки

[ редактировать ]
  1. ^ Моро Х., Верхельст Б., Кулу А., Дерелл Э., Ромбо С., Гримсли Н. и др. (август 2012 г.). «Функциональность генов и структура генома Bathycoccus prasinos отражают клеточную специализацию, лежащую в основе зеленой линии» . Геномная биология . 13 (8): С74. дои : 10.1186/gb-2012-13-8-r74 . ПМЦ   3491373 . ПМИД   22925495 .
  2. ^ Григорий Т.Р. (январь 2005 г.). «Загадка значения C у растений и животных: обзор параллелей и призыв к партнерству» . Анналы ботаники . 95 (1): 133–146. дои : 10.1093/aob/mci009 . ПМЦ   4246714 . ПМИД   15596463 .
  3. ^ Зимин А., Стивенс К.А., Крепо М.В., Хольц-Моррис А., Кориабин М., Марсайс Г. и др. (март 2014 г.). «Секвенирование и сборка генома сосны лоблолли размером 22 ГБ» . Генетика . 196 (3): 875–890. дои : 10.1534/genetics.113.159715 . ПМЦ   3948813 . ПМИД   24653210 .
  4. ^ Дешам С., Кэмпбелл М.А. (1 апреля 2010 г.). «Использование платформ секвенирования нового поколения в геномике растений и обнаружении генетических вариантов». Молекулярная селекция . 25 (4): 553–570. дои : 10.1007/s11032-009-9357-9 . S2CID   29239452 .
  5. ^ Шендуре Дж., Джи Х (октябрь 2008 г.). «Секвенирование ДНК нового поколения». Природная биотехнология . 26 (10): 1135–1145. дои : 10.1038/nbt1486 . ПМИД   18846087 . S2CID   6384349 .
  6. ^ Треанген Т.Дж., Зальцберг С.Л. (ноябрь 2011 г.). «Повторяющаяся ДНК и секвенирование нового поколения: вычислительные проблемы и решения» . Обзоры природы. Генетика . 13 (1): 36–46. дои : 10.1038/nrg3117 . ПМЦ   3324860 . ПМИД   22124482 .
  7. ^ Харрисон Дж. Е., Хеслоп-Харрисон Дж. С. (февраль 1995 г.). «Центромерные повторяющиеся последовательности ДНК рода Brassica». Теоретическая и прикладная генетика . 90 (2): 157–165. дои : 10.1007/BF00222197 . ПМИД   24173886 . S2CID   20591213 .
  8. ^ Ланчано С., Карпентье М.К., Ллауро С., Жобет Э., Робаковска-Хизорек Д., Лассер Э. и др. (февраль 2017 г.). «Секвенирование внехромосомного кругового мобилома выявляет активность ретротранспозонов у растений» . ПЛОС Генетика . 13 (2): e1006630. дои : 10.1371/journal.pgen.1006630 . ПМК   5338827 . ПМИД   28212378 .
  9. ^ Майкл Т.П., ВанБюрен Р. (апрель 2015 г.). «Прогресс, проблемы и будущее геномов сельскохозяйственных культур». Современное мнение в области биологии растений . 24 : 71–81. Бибкод : 2015COPB...24...71M . дои : 10.1016/j.pbi.2015.02.002 . ПМИД   25703261 .
  10. ^ Флавелл Р.Б., Гейл, М.Д., О'делл М., Мерфи Дж., Мур Дж., Лукас Х. (1993). «Молекулярная организация генов и повторов в больших геномах злаков и значение для изоляции генов путем прогулки по хромосоме». Хромосомы сегодня . Дордрехт: Спрингер. стр. 199–213. дои : 10.1007/978-94-011-1510-0_16 . ISBN  9789401046602 .
  11. ^ Мейерс Л.А., Левин Д.А. (июнь 2006 г.). «О численности полиплоидов у цветковых растений». Эволюция; Международный журнал органической эволюции . 60 (6): 1198–1206. дои : 10.1554/05-629.1 . ПМИД   16892970 . S2CID   198156503 .
  12. ^ Перейти обратно: а б Инициатива по геному арабидопсиса (декабрь 2000 г.). «Анализ последовательности генома цветкового растения Arabidopsis thaliana» . Природа . 408 (6814): 796–815. Бибкод : 2000Natur.408..796T . дои : 10.1038/35048692 . ПМИД   11130711 .
  13. ^ Консорциум секвенирования C. elegans (декабрь 1998 г.). «Последовательность генома нематоды C. elegans: платформа для изучения биологии». Наука . 282 (5396): 2012–2018. Бибкод : 1998Наука...282.2012. . дои : 10.1126/science.282.5396.2012 . JSTOR   2897605 . ПМИД   9851916 .
  14. ^ Адамс М.Д., Селникер С.Е., Холт Р.А., Эванс К.А., Гокейн Дж.Д., Аманатидес П.Г. и др. (март 2000 г.). «Последовательность генома Drosophila melanogaster». Наука 287 (5461): 2185–2195. Бибкод : 2000Sci...287.2185. . CiteSeerX   10.1.1.549.8639 . дои : 10.1126/science.287.5461.2185 . ПМИД   10731132 .
  15. ^ Перейти обратно: а б с Гофф С.А., Рике Д., Лан Т.Х., Престинг Г., Ван Р., Данн М. и др. (апрель 2002 г.). «Проект последовательности генома риса (Oryza sativa L. ssp. japonica)». Наука . 296 (5565): 92–100. Бибкод : 2002Sci...296...92G . дои : 10.1126/science.1068275 . ПМИД   11935018 . S2CID   2960202 .
  16. ^ Болсер Д., Стейнс Д.М., Притчард Э., Керси П. (2016). «Ensembl Plants: интеграция инструментов для визуализации, анализа и анализа данных геномики растений». Биоинформатика растений . Методы молекулярной биологии. Том. 1374. Humana Press, Нью-Йорк, штат Нью-Йорк. стр. 115–140. дои : 10.1007/978-1-4939-3167-5_6 . ISBN  9781493931668 . ПМИД   26519403 .
  17. ^ Гупта П., Найтани С., Телло-Руис М.К., Шугул К., Д'Эстахио П., Фабрегат А. и др. (ноябрь 2016 г.). «База данных по Грамену: навигация по ресурсам сравнительной геномики растений» . Современная биология растений . 7–8 : 10–15. Бибкод : 2016CPBio...7...10G . дои : 10.1016/j.cpb.2016.12.005 . ПМК   5509230 . ПМИД   28713666 .
  18. ^ Накая А., Итихара Х., Асамидзу Э., Ширасава С., Накамура Ю., Табата С., Хиракава Х. (2017). «База данных генома растений Японии (PGDBJ)». Базы данных по геномике растений . Методы молекулярной биологии. Том. 1533. Нью-Йорк, штат Нью-Йорк: Humana Press. стр. 100-1 45–77. дои : 10.1007/978-1-4939-6658-5_3 . ISBN  9781493966561 . ПМИД   27987164 .
  19. ^ Шпаннагл М., Нуссбаумер Т., Бадер К., Гундлах Х., Майер К.Ф. (2017). «Структура базы данных PGSB/MIPS PlantsDB для интеграции и анализа данных генома растений». Базы данных по геномике растений . Методы молекулярной биологии. Том. 1533. Нью-Йорк, штат Нью-Йорк: Humana Press. стр. 33–44. дои : 10.1007/978-1-4939-6658-5_2 . ISBN  9781493966561 . ПМИД   27987163 .
  20. ^ Вандеполе К. (2017). «Руководство по сравнительной геномной базе данных растений PLAZA 3.0». Базы данных по геномике растений . Методы молекулярной биологии. Том. 1533. Humana Press, Нью-Йорк, штат Нью-Йорк. стр. 183–200. дои : 10.1007/978-1-4939-6658-5_10 . ISBN  9781493966561 . ПМИД   27987171 .
  21. ^ Ван Бел М., Сильвестри Ф., Вайц Э.М., Крефт Л., Ботцки А., Коппенс Ф., Вандеполе К. (январь 2022 г.). «PLAZA 5.0: расширение возможностей и возможностей сравнительной и функциональной геномики растений» . Исследования нуклеиновых кислот . 50 (Д1): Д1468–Д1474. дои : 10.1093/nar/gkab1024 . ПМЦ   8728282 . ПМИД   34747486 .
  22. ^ Райзер Л., Берардини Т.З., Ли Д., Мюллер Р., Стрейт Э.М., Ли Кью и др. (01.01.2016). «Устойчивое финансирование биокурации: Информационный ресурс Arabidopsis (TAIR) как пример модели финансирования на основе подписки» . База данных . 2016 : baw018. дои : 10.1093/база данных/baw018 . ПМЦ   4795935 . ПМИД   26989150 .
  23. ^ Перейти обратно: а б с Шнабле П.С., Уэр Д., Фултон Р.С., Стейн Дж.К., Вэй Ф., Пастернак С. и др. (ноябрь 2009 г.). «Геном кукурузы B73: сложность, разнообразие и динамика». Наука . 326 (5956): 1112–1115. Бибкод : 2009Sci...326.1112S . дои : 10.1126/science.1178534 . ПМИД   19965430 . S2CID   21433160 .
  24. ^ Фейе С., Лич Дж. Э., Роджерс Дж., Шнабле П. С., Эверсоле К. (февраль 2011 г.). «Секвенирование генома сельскохозяйственных культур: уроки и обоснования». Тенденции в науке о растениях . 16 (2): 77–88. Бибкод : 2011TPS....16...77F . doi : 10.1016/j.tplants.2010.10.005 . ПМИД   21081278 .
  25. ^ Саэгуса А (апрель 1999 г.). «Предложение американской фирмы секвенировать геном риса вызвало переполох в Японии» . Природа . 398 (6728): 545. Бибкод : 1999Natur.398..545S . дои : 10.1038/19123 . ПМИД   10217128 .
  26. ^ Перейти обратно: а б Джайон О., Ори Дж. М., Ноэль Б., Поликрити А., Клепет С., Касагранде А. и др. (сентябрь 2007 г.). «Последовательность генома виноградной лозы предполагает наследственную гексаплоидизацию основных типов покрытосеменных» . Природа . 449 (7161): 463–467. Бибкод : 2007Natur.449..463J . дои : 10.1038/nature06148 . hdl : 11577/2430527 . ПМИД   17721507 .
  27. ^ Мин Р., Хоу С., Фэн Ю., Ю К., Дионн-Лапорт А., Со Дж. Х. и др. (апрель 2008 г.). «Проект генома трансгенного тропического плодового дерева папайи (Carica papaya Linnaeus)» . Природа . 452 (7190): 991–996. Бибкод : 2008Natur.452..991M . дои : 10.1038/nature06856 . ПМЦ   2836516 . ПМИД   18432245 .
  28. ^ Тускан Г.А., Дифазио С., Янссон С., Больманн Дж., Григорьев И., Хеллстен У. и др. (сентябрь 2006 г.). «Геном тополя черного, Populus trichocarpa (Torr. & Grey)» . Наука (Представлена ​​рукопись). 313 (5793): 1596–1604. Бибкод : 2006Sci...313.1596T . дои : 10.1126/science.1128691 . ПМИД   16973872 . S2CID   7717980 . Архивировано из оригинала 29 мая 2023 г. Проверено 19 июня 2023 г.
  29. ^ Свон К.А., Кертис Д.Е., МакКьюсик К.Б., Воинов А.В., Мапа Ф.А., Кансилла М.Р. (июль 2002 г.). «Высокопроизводительное картирование генов Caenorhabditis elegans» . Геномные исследования . 12 (7): 11.00–11.05. дои : 10.1101/гр.208902 . ПМК   186621 . ПМИД   12097347 .
  30. ^ Международная инициатива брахиподий; и др. (февраль 2010 г.). «Секвенирование генома и анализ модельной травы Brachypodium distachyon» . Природа . 463 (7282): 763–768. Бибкод : 2010Natur.463..763T . дои : 10.1038/nature08747 . ПМИД   20148030 .
  31. ^ Патерсон А.Х., Бауэрс Дж.Э., Брюггманн Р., Дубчак И., Гримвуд Дж., Гундлах Х. и др. (январь 2009 г.). «Геном сорго двухцветного и разнообразие трав» . Природа . 457 (7229): 551–556. Бибкод : 2009Natur.457..551P . дои : 10.1038/nature07723 . ПМИД   19189423 .
  32. ^ Шмутц Дж., Кэннон С.Б., Шлютер Дж., Ма Дж., Митрос Т., Нельсон В. и др. (январь 2010 г.). «Последовательность генома палеополиплоидной сои» . Природа . 463 (7278): 178–183. Бибкод : 2010Natur.463..178S . дои : 10.1038/nature08670 . ПМИД   20075913 . S2CID   4372224 .
  33. ^ Хуан С., Ли Р., Чжан З., Ли Л., Гу Х., Фань В. и др. (декабрь 2009 г.). «Геном огурца Cucumis sativus L» . Природная генетика . 41 (12): 1275–1281. дои : 10.1038/ng.475 . ПМИД   19881527 .
  34. ^ Аргут Икс, Сальс Дж., Ори Дж.М., Гильтинан М.Дж., Дрок Г., Гузи Дж. и др. (февраль 2011 г.). «Геном какао Theobroma» . Природная генетика . 43 (2): 101–108. дои : 10.1038/ng.736 . ПМИД   21186351 . S2CID   4685532 .
  35. ^ Перейти обратно: а б Веласко Р., Жарких А., Аффуртит Дж., Дхингра А., Честаро А., Кальянараман А. и др. (октябрь 2010 г.). «Геном яблони одомашненной (Malus × Domestica Borkh.) » Природная генетика . 42 (10): 833–8 дои : 10.1038/ng.654 . ПМИД   20802477 .
  36. ^ Ван К., Ван З., Ли Ф., Йе В., Ван Дж., Сонг Г. и др. (октябрь 2012 г.). «Проект генома диплоидного хлопчатника Gossypium raimondii» . Природная генетика . 44 (10): 1098–1103. дои : 10.1038/ng.2371 . ПМИД   22922876 . S2CID   38495587 .
  37. ^ Сюй Ц, Чен ЛЛ, Жуань Х, Чен Д, Чжу А, Чен С и др. (январь 2013 г.). «Проект генома сладкого апельсина (Citrus sinensis)» . Природная генетика . 45 (1): 59–66. дои : 10.1038/ng.2472 . ПМИД   23179022 .
  38. ^ Консорциум генома томата (май 2012 г.). «Последовательность генома томата дает представление об эволюции мясистых плодов» . Природа . 485 (7400): 635–641. Бибкод : 2012Natur.485..635T . дои : 10.1038/nature11119 . ПМЦ   3378239 . ПМИД   22660326 .
  39. ^ Блейдорн С (2015). «Секвенирование третьего поколения: технология и ее потенциальное влияние на исследования эволюционного биоразнообразия». Систематика и биоразнообразие . 14 (1): 1. Бибкод : 2016SyBio..14....1B . дои : 10.1080/14772000.2015.1099575 .
  40. ^ Ли Х, Гуртовски Дж, Ю С, Наттестад М, Маркус С, Гудвин С, МакКомби В.Р., Шац М (13 апреля 2016 г.). «Секвенирование третьего поколения и будущее геномики» . bioRxiv : 048603. doi : 10.1101/048603 .
  41. ^ ван Дейнзе А (2015). «Использование шпината для сравнения технологий создания целых сборок генома». XXIII конференция по геномике растений и животных .
  42. ^ Чин К.С., Александр Д.Х., Маркс П., Кламмер А.А., Дрейк Дж., Хайнер С. и др. (июнь 2013 г.). «Негибридные готовые сборки микробного генома на основе давно считанных данных секвенирования SMRT». Природные методы . 10 (6): 563–569. дои : 10.1038/nmeth.2474 . ПМИД   23644548 . S2CID   205421576 .
  43. ^ Даккорд Н., Селтон Дж. М., Линсмит Г., Беккер С., Шуас Н., Шиджлен Э. и др. (июль 2017 г.). «Высококачественная сборка генома яблока de novo и динамика метилома развития ранних плодов» . Природная генетика . 49 (7): 1099–1106. дои : 10.1038/ng.3886 . hdl : 10449/42064 . ПМИД   28581499 . S2CID   24690391 .
  44. ^ Луо Р., Лю Б., Се Ю, Ли З, Хуан В., Юань Дж. и др. (декабрь 2012 г.). «SOAPdenovo2: эмпирически улучшенный ассемблер de novo с эффективным использованием памяти» . ГигаСайенс . 1 (1): 18. дои : 10.1186/2047-217X-1-18 . ПМЦ   3626529 . ПМИД   23587118 . S2CID   2681931 .
  45. ^ Е С., Хилл С.М., Ву С., Руан Дж., Ма З.С. (август 2016 г.). «DBG2OLC: Эффективная сборка больших геномов с использованием длинных ошибочных чтений технологий секвенирования третьего поколения» . Научные отчеты . 6 (1): 31900. Бибкод : 2016NatSR...631900Y . дои : 10.1038/srep31900 . ПМК   5004134 . ПМИД   27573208 .
  46. ^ Ли Х (2013). «Согласование считывания последовательностей, последовательностей клонирования и контигов сборки с помощью BWA-MEM». arXiv : 1303.3997 [ q-bio.GN ].
  47. ^ «Бионано: изменение взглядов мира на геном» . бионаногеномика .
Retrieved from "https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Plant_genome_assembly&oldid=1237033188"
Arc.Ask3.Ru: конец переведенного документа.
Arc.Ask3.Ru
Номер скриншота №: 59294a2e3be22f82276e5d41744064e2__1722100020
URL1:https://arc.ask3.ru/arc/aa/59/e2/59294a2e3be22f82276e5d41744064e2.html
Заголовок, (Title) документа по адресу, URL1:
Plant genome assembly - Wikipedia
Данный printscreen веб страницы (снимок веб страницы, скриншот веб страницы), визуально-программная копия документа расположенного по адресу URL1 и сохраненная в файл, имеет: квалифицированную, усовершенствованную (подтверждены: метки времени, валидность сертификата), открепленную ЭЦП (приложена к данному файлу), что может быть использовано для подтверждения содержания и факта существования документа в этот момент времени. Права на данный скриншот принадлежат администрации Ask3.ru, использование в качестве доказательства только с письменного разрешения правообладателя скриншота. Администрация Ask3.ru не несет ответственности за информацию размещенную на данном скриншоте. Права на прочие зарегистрированные элементы любого права, изображенные на снимках принадлежат их владельцам. Качество перевода предоставляется как есть. Любые претензии, иски не могут быть предъявлены. Если вы не согласны с любым пунктом перечисленным выше, вы не можете использовать данный сайт и информация размещенную на нем (сайте/странице), немедленно покиньте данный сайт. В случае нарушения любого пункта перечисленного выше, штраф 55! (Пятьдесят пять факториал, Денежную единицу (имеющую самостоятельную стоимость) можете выбрать самостоятельно, выплаичвается товарами в течение 7 дней с момента нарушения.)