Негативные

Негативные
Научная классификация
Домен:	Бактерии
Филум:	Bacillota
Сорт:	Негативные ; Marchandrin et al. 2010 год
Заказы и семьи
	Selenomonadales Selenomonadaceae ; Sporomusaceae ; ; Acidaminococcales Acidaminococcaceae ; ; Veillonellales Veillonlaceae ; ;
Синонимы
	"Selenomonadia" Полем ; "Selebacteria" Cavalier-Smith 1992 Stat. Ноябрь Кавалер-Смит 2006 ;

Негативные - это класс бактерий грамотрицательную в филомах Bacillota , члены которых имеют своеобразную клеточную стенку с липополисахаридной внешней мембраной, которая окрашивает , в отличие от большинства других членов Bacillota . ^{[ 1 ]} Хотя несколько соседних видов Clostridia (Forcicute Bacteria) также окрашивают грамотрицательные, белки, ответственные за необычную структуру Diderm негативикутов, могли фактически быть получены в боковой части Pseudomonadota (ранее протеобактерии). ^{[ 1 ]}^{[ 2 ]}^{[ 3 ]}^{[ 4 ]} Дополнительные исследования необходимы для подтверждения происхождения огибающей клеток Diderm в негативных условиях.

Большинство членов этого класса являются облигационными анаээробами и встречаются в местах обитания, таких как реки, озера и кишечник позвоночных. Они варьируются от сферических форм, таких как мегасфейра и вейллонелла , до изогнутых стержней, как типизировано селеномонадами . Selenomonas имеет характерную форму полумесяца, с жгутиками, вставленными на вогнутую стороне, в то время как Sporomusa похожа, но не мотильная. Их имена относятся к этой отличительной морфологии: Селена означает Луна, а Муса означает банан . ^{[ 5 ]}

Таксономия

В настоящее время класс состоит из 32 обоснованных родов по трем заказам и четырем семьям. ^{[ 6 ]}^{[ 7 ]} Порядки Veillonellales и Acidaminococcales содержат одно семейство, Veillonellaceae и Acidaminococcaceae , соответственно, в то время как порядок Selenomonadales содержит два семейства, Selenomonadaceae и Sporomusaaceae. ^{[ 7 ]}

Молекулярные подписи

Исторически, негативикуты состояли из одного порядка, Selenomonadales и двух семейств, Veillonellaceae и Acidaminococcaceae на основе сходства последовательности генов 16S рРНК. ^{[ 8 ]}^{[ 5 ]} Тем не менее, эти группировки не включали нескольких членов в негативных, которые разветвляются за пределами двух семей. Нынешняя таксономическая точка зрения включает в себя этих членов, которые были обоснованно назначены семьям Selenomonadaceae и Sporomusaceae в рамках приказа Selenomonadales. ^{[ 7 ]} Молекулярные маркеры в форме консервативных сигнатурных инделей (CSI) и белков (CSP) оправдывают нынешние таксономические подразделения. Эти молекулярные маркеры обнаруживаются в каждом таксономическом ранге, и их распределение согласуется с наблюдаемым филогенетическим ветвлением. ^{[ 9 ]}^{[ 10 ]}

Многие работы причастны к тому, что негативикуты должны быть реклассифицированы как порядок в классе Clostridia , основанный на тесном филогенетическом ветвлении и наблюдении, что спора, формирующиеся члены негативизации, имеют сходные гены споруляции, как и квпристридия, и что оба окрашивают грамм отрицательный ^{[ 9 ]}^{[ 10 ]} Тем не менее, неоднородность членов в негативных условиях, а также распределение молекулярных подписей подтверждает мнение о том, что негативикуты на самом деле являются независимым классом в бациллоте, с клостридией в качестве их ближайших филогенетических соседей. ^{[ 5 ]}^{[ 10 ]}^{[ 11 ]}^{[ 12 ]} не разделяются Кроме того, было обнаружено, что несколько CSI и CSP уникально разделены среди всех негативных, в то время как не было обнаружено, что негативные негативные и Clostridia . ^{[ 7 ]}

Филогения

Принятая в настоящее время таксономия основана на списке прокариотических имен в номенклатуре (LPSN) ^{[ 13 ]} и Национальный центр информации о биотехнологии (NCBI) ^{[ 14 ]}

16S RRNA на основе LTP _08_2023 ^{[ 15 ]}^{[ 16 ]}^{[ 17 ]}

120 маркеры с одним копии на основе GTDB 08-RS214 ^{[ 18 ]}^{[ 19 ]}^{[ 20 ]}

Phascolarctobacterium

	Phascolarctobacterium wakonense Shigeno et al. 2019

	Succiniclasticum

Selenomonadales

	Anaeromusa

	Anaeroarcus

Sporomusaceae

	Anaerosporomus

	Пелорхабдус

	Ацетонема

	Пелосинус

	Метиломуза

	Спортивный

Люцифер

	Споролизм

	Термосин

Propionispora

	Anaerospora

	Дендроспоробактер

Anaerosinus Strömpl et al. 1999

Veillonlaceae

Veillonella

Мегасфара [вкл. Anaeroglobus ]

	Негативикокк

	Диайстер [вкл. Эллисонэлла ]

Selenomonadaceae

Propionispira

	Мегамонас

	Pectinatus

Selenomonas lacticifex Schleifer et al. 1990

Selenomastix

	Selenomonas Видомонас-группа 2

	Мицуокелла

	Anaerovibrio

	Schwartzia

Селеномон

	Минипеда

	Селеномонас видовой группы 3

Acidaminococcales

"Succinispiraceae"

Сукциниспира Янссен и О'Фаррелл 1999

Acidaminococcaceae

	« Ca. avacidaminococcus » Gilroy et al. 2021

	Acidaminococcus rogosa 1969

Phascolarctobacterium del Dot et al. 1994

	Phascolarctobacterium succinatutens Watanabe et al. 2012

	Succiniclasticum van Gylswyk 1995

Veillonellales

"Oneativicoccaceae"	Negativicoccus marchandin et al. 2010 год

"Dialisteraceae"	Dialister Bergey et al. 1923 Ex Moore & Moore 1994 [вкл. Эллисонэлла ]

"Megasphaeraceae"

Megasphaera paucivorans Juvonen & Suihko 2006

Anaeroglobus Carlier et al. 2002

	" RACABONI . AL 2017

	Megasphaera Rogosa 1971

Veillonlaceae

Veillonella prévot 1933

Sporomusales_a

"Acetonemaceae"

	Anaerosporomusa Choi et al. 2016

	Acetonema Kane and Razzak 1992

Sporomusales c

DSM - 15969	Anaerospora Woo et al. 2005

"Thermosinaceae"	Thermosinus Sokolova et al. 2004 [ Sporolituus ogg and Patel 2009 ]

"Sporomusalema"

"Luciferaceae"

Lucifera Sanchez-Andrea et al. 2018

Sporomusaceae

	Methylomusa Amano et al. 2018

	Sporomusa Möller et al. 1985

"Anaeromusales"

"Anaeromusaceae"	Anaeromusa Baena et al. 1999 (вкл. Anaeroarcus strömpl et al. 1999 )

UMGS1260

UMGS1260	Pelorbudus Wetlers et al. 2022

"Propionisporales"

"Propionisporaceae"	Propispora Biebl et al. 2001

"Pelosinaceae"	Pelosinus Shellobolina et al. 2007

"Денроспоробактерал"

"Dendrosporobacteraceae"	Dendrosporobacter Strömpl et al. 2000

Selenomonadales

"Massilibacillaceae"

" Masilibacillus " Тиджани Алу и. 2017

Selenomonadaceae

Propionispira Arboris Schink et al. 1983

	Мегамонас Шах и Коллинз 1983

	Pectinatus Lee et al. 1978

	Selenomonas von Prowazek 1913

	Anaerovibrio Hunding 1966

Schwartzia Gylswyk et al. 1997

Quinella Krumholz et al. 1993

Mentipeda Lai et al. 1983

Selenomonas Видомонас-группа 2

	Selenomastix Woodcock & Lapage 1913

	Mitsuokella Shah & Collins 1983

Смотрите также

Ссылки

^ Jump up to: ^а ^{беременный} Sutcliffe IC (2010). «Перспектива уровня типа на архитектуру огибающей бактериальной клеток» . Тенденции Микробиол . 18 (10): 464–470. doi : 10.1016/j.tim.2010.06.005 . PMID 20637628 .
^ Гупта Р.С. (2011). «Происхождение бактерий Diderm (грамотрицательные): давление отбора антибиотиков, а не эндосимбиоз, вероятно, приводило к эволюции бактериальных клеток с двумя мембранами» . Антони Ван Леувенхук . 100 (2): 171–182. doi : 10.1007/s10482-011-9616-8 . PMC 3133647 . PMID 21717204 .
^ Кэмпбелл С., Сатклифф И.К., Гупта Р.С. (2014). «Сравнительный протеомный анализ кистинококка кишечника подтверждает взаимосвязь между биогенезом наружной мембраны у негативикутов и протеобактерий» (PDF) . Арк микробиол . 196 (4): 307–310. doi : 10.1007/s00203-014-0964-4 . PMID 24535491 . S2CID 253722630 .
^ Tocheva EI, Matson EG, Morris DM, Moussavi F, Leadbetter JR, Jensen GJ (2011). «Пептидогликан ремоделирование и преобразование внутренней мембраны во внешнюю мембрану во время споруляции» . Клетка . 146 (5): 799–812. doi : 10.1016/j.cell.2011.07.029 . PMC 3176627 . PMID 21884938 .
^ Jump up to: ^а ^{беременный} ^в Marchandin, H.; Teyssier, C.; Кампос, Дж.; Жан-Пьер, Х.; Роджер, Ф.; Гей, б.; Carlier, J. -P.; Jumas-Bilak, E. (2009). « Негативикокк, геном, ноябрь, ноябрь, выделенный из клинических образцов человека, высказал описание семейства Veillonellaceae и описание негативикутов Classis nov., Selenomonadales ord. Nov. И Acidaminoccaceae Fam. В бактериальных фирмах » . Полем Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 60 (6): 1271–1279. doi : 10.1099/ijs.0.013102-0 . PMID 19667386 .
^ Sayers; и др. «Негативные» . Национальный центр биотехнологической информации (NCBI) База данных таксономии . Получено 2013-03-20 .
^ Jump up to: ^а ^{беременный} ^в ^{дюймовый} Кэмпбелл С., Адеолу М., Гупта Р.С. (2015). «Таксономическая рамка на основе генома для класса негативикутов: разделение класса негативикутов на приказы Selenomonadales Emend., Acidaminocales ord. Nov. И Veillonellales ord. Nov» . Int J Syst Evol Microbiol . 65 (9): 3203–3215. doi : 10.1099/ijs.0.000347 . PMID 25999592 .
^ Ludwig W, Schleifer KH, Whitman, WB (2009) Пересмотренная дорожная карта в филам -фирму. В: Руководство по систематической бактериологии Берджи, вып. 3, 2 -е изд. С. 1–13. Eds P. de Vos, GM Garrity, D. Jones, NR Krieg, W. Ludwig, Fa Rainey, Kh Schleifer & WB Whitman Springer-: Нью-Йорк.
^ Jump up to: ^а ^{беременный} Ютин Н., Гальперин Май (2013). «Геномное обновление о клостридиальной филогениях: грамотрицательные формодеры споры и другие неуместные Clostridia» . Среда Микробиол . 15 (10): 2631–2641. doi : 10.1111/1462-2920.12173 . PMC 4056668 . PMID 23834245 .
^ Jump up to: ^а ^{беременный} ^в Вест Т., Озен А., Андерсен С.К., Каас Р.С., Лукдженко О., Бохлин Дж., Нукау И., Вассенаар Т.М., Усери Д.В. (2013). «Veillonella, Firmicutes: Микробы замаскированы под грамм негативы» . Stand Genomic Sci . 9 (2): 431–448. doi : 10.4056/sigs.2981345 . PMC 4062629 . PMID 24976898 .
^ Merchandin H, Jumas-Bilak E (2014) Семейство Veillonellaceae. В: Прокариоты, вып. 7, 4 -е изд. С. 433–453. Eds E. Rosenberg, E. Delong, S. Lory, E. Stackebrandt & F. Thompson Springer-: Берлин, Гейдельберг.
^ Yilmaz P, Parfrey LW, Yarza P, Gerken J, Pruesse E, Quast C, Schweer T, Peplies J, Ludwig W, Glöckner FO (2014). «Silva и« All-Secies Living Tree Project (LTP) »« Таксономические рамки » . Нуклеиновые кислоты Res . 42 (проблема базы данных): D643–8. doi : 10.1093/nar/gkt1209 . PMC 3965112 . PMID 24293649 .
^ JP Euzéby. «Негативные» . Список прокариотических имен с стоянием в номенклатуре (LPSN) . Получено 2022-09-09 .
^ Sayers; и др. «Негативные» . Национальный центр биотехнологической информации (NCBI) База данных таксономии . Получено 2022-09-09 .
^ "LTP" . Получено 20 ноября 2023 года .
^ «Дерево LTP_ALL в формате Newick» . Получено 20 ноября 2023 года .
^ «LTP_08_2023 Notes» (PDF) . Получено 20 ноября 2023 года .
^ "GTDB Release 08-RS214" . База данных таксономии генома . Получено 10 мая 2023 года .
^ "BAC120_R214.sp_label" . База данных таксономии генома . Получено 10 мая 2023 года .
^ «История таксонов» . База данных таксономии генома . Получено 10 мая 2023 года .

[pmid20637628-1] Jump up to: ^а ^{беременный} Sutcliffe IC (2010). «Перспектива уровня типа на архитектуру огибающей бактериальной клеток» . Тенденции Микробиол . 18 (10): 464–470. doi : 10.1016/j.tim.2010.06.005 . PMID 20637628 .

[pmid21717204-2] Гупта Р.С. (2011). «Происхождение бактерий Diderm (грамотрицательные): давление отбора антибиотиков, а не эндосимбиоз, вероятно, приводило к эволюции бактериальных клеток с двумя мембранами» . Антони Ван Леувенхук . 100 (2): 171–182. doi : 10.1007/s10482-011-9616-8 . PMC 3133647 . PMID 21717204 .

[pmid24535491-3] Кэмпбелл С., Сатклифф И.К., Гупта Р.С. (2014). «Сравнительный протеомный анализ кистинококка кишечника подтверждает взаимосвязь между биогенезом наружной мембраны у негативикутов и протеобактерий» (PDF) . Арк микробиол . 196 (4): 307–310. doi : 10.1007/s00203-014-0964-4 . PMID 24535491 . S2CID 253722630 .

[pmid21884938-4] Tocheva EI, Matson EG, Morris DM, Moussavi F, Leadbetter JR, Jensen GJ (2011). «Пептидогликан ремоделирование и преобразование внутренней мембраны во внешнюю мембрану во время споруляции» . Клетка . 146 (5): 799–812. doi : 10.1016/j.cell.2011.07.029 . PMC 3176627 . PMID 21884938 .

[ijsem10-5] Jump up to: ^а ^{беременный} ^в Marchandin, H.; Teyssier, C.; Кампос, Дж.; Жан-Пьер, Х.; Роджер, Ф.; Гей, б.; Carlier, J. -P.; Jumas-Bilak, E. (2009). « Негативикокк, геном, ноябрь, ноябрь, выделенный из клинических образцов человека, высказал описание семейства Veillonellaceae и описание негативикутов Classis nov., Selenomonadales ord. Nov. И Acidaminoccaceae Fam. В бактериальных фирмах » . Полем Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 60 (6): 1271–1279. doi : 10.1099/ijs.0.013102-0 . PMID 19667386 .

[6] Sayers; и др. «Негативные» . Национальный центр биотехнологической информации (NCBI) База данных таксономии . Получено 2013-03-20 .

[pmid25999592-7] Jump up to: ^а ^{беременный} ^в ^{дюймовый} Кэмпбелл С., Адеолу М., Гупта Р.С. (2015). «Таксономическая рамка на основе генома для класса негативикутов: разделение класса негативикутов на приказы Selenomonadales Emend., Acidaminocales ord. Nov. И Veillonellales ord. Nov» . Int J Syst Evol Microbiol . 65 (9): 3203–3215. doi : 10.1099/ijs.0.000347 . PMID 25999592 .

[Ludwig2009-8] Ludwig W, Schleifer KH, Whitman, WB (2009) Пересмотренная дорожная карта в филам -фирму. В: Руководство по систематической бактериологии Берджи, вып. 3, 2 -е изд. С. 1–13. Eds P. de Vos, GM Garrity, D. Jones, NR Krieg, W. Ludwig, Fa Rainey, Kh Schleifer & WB Whitman Springer-: Нью-Йорк.

[pmid23834245-9] Jump up to: ^а ^{беременный} Ютин Н., Гальперин Май (2013). «Геномное обновление о клостридиальной филогениях: грамотрицательные формодеры споры и другие неуместные Clostridia» . Среда Микробиол . 15 (10): 2631–2641. doi : 10.1111/1462-2920.12173 . PMC 4056668 . PMID 23834245 .

[pmid24976898-10] Jump up to: ^а ^{беременный} ^в Вест Т., Озен А., Андерсен С.К., Каас Р.С., Лукдженко О., Бохлин Дж., Нукау И., Вассенаар Т.М., Усери Д.В. (2013). «Veillonella, Firmicutes: Микробы замаскированы под грамм негативы» . Stand Genomic Sci . 9 (2): 431–448. doi : 10.4056/sigs.2981345 . PMC 4062629 . PMID 24976898 .

[Merchandin2014-11] Merchandin H, Jumas-Bilak E (2014) Семейство Veillonellaceae. В: Прокариоты, вып. 7, 4 -е изд. С. 433–453. Eds E. Rosenberg, E. Delong, S. Lory, E. Stackebrandt & F. Thompson Springer-: Берлин, Гейдельберг.

[pmid24293649-12] Yilmaz P, Parfrey LW, Yarza P, Gerken J, Pruesse E, Quast C, Schweer T, Peplies J, Ludwig W, Glöckner FO (2014). «Silva и« All-Secies Living Tree Project (LTP) »« Таксономические рамки » . Нуклеиновые кислоты Res . 42 (проблема базы данных): D643–8. doi : 10.1093/nar/gkt1209 . PMC 3965112 . PMID 24293649 .

[13] JP Euzéby. «Негативные» . Список прокариотических имен с стоянием в номенклатуре (LPSN) . Получено 2022-09-09 .

[14] Sayers; и др. «Негативные» . Национальный центр биотехнологической информации (NCBI) База данных таксономии . Получено 2022-09-09 .

[LTP-15] "LTP" . Получено 20 ноября 2023 года .

[16] «Дерево LTP_ALL в формате Newick» . Получено 20 ноября 2023 года .

[17] «LTP_08_2023 Notes» (PDF) . Получено 20 ноября 2023 года .

[about-18] "GTDB Release 08-RS214" . База данных таксономии генома . Получено 10 мая 2023 года .

[tree-19] "BAC120_R214.sp_label" . База данных таксономии генома . Получено 10 мая 2023 года .

[taxon_history-20] «История таксонов» . База данных таксономии генома . Получено 10 мая 2023 года .

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]

[ 9 ]

[ 10 ]

[ 11 ]

[ 12 ]

[ 13 ]

[ 14 ]

[ 15 ]

[ 16 ]

[ 17 ]

[ 18 ]

[ 19 ]

[ 20 ]