Мимотоп
Мимотоп часто представляет собой пептид и имитирует структуру эпитопа . Благодаря этому свойству он вызывает реакцию антител, аналогичную той, которую вызывает эпитоп. Антитело к данному эпитопному антигену распознает мимотоп, имитирующий этот эпитоп. Мимотопы обычно получают из библиотек фагового дисплея посредством биопэннинга . вакцины Разрабатываются с использованием мимотопов. Мимотопы представляют собой разновидность пептидных аптамеров .
Когда термин мимотоп был впервые введен Марио Гейсеном в 1986 году, [1] его использовали для описания пептидов, имитирующих эпитопы. Однако эта концепция была расширена и теперь относится к пептидам, имитирующим все типы сайтов связывания. В качестве имитатора сайта связывания мимотопный анализ широко используется для картирования эпитопов. [2] идентификация мишени лекарства и выявление сетей взаимодействия белков. [3] [4] Кроме того, мимотоп также показал свой потенциал в разработке новых диагностических средств. [5] терапия [6] и вакцины. [7] Кроме того, особое сродство, опосредованное мимотопами, к различным полупроводникам и другим материалам, показало весьма обнадеживающие результаты в исследованиях новых материалов и новой энергии. [8] Поэтому заслуживает сбора информации о мимотопах в специальную базу данных. В 2010 году была выпущена база данных MimoDB версии 1.0. [9] В нем было 10716 пептидов, сгруппированных в 1229 наборов. Эти пептиды были извлечены из результатов биопэннинга случайных пептидных библиотек, отображаемых на фагах, о которых сообщалось в 571 статье. База данных MimoDB совсем недавно была обновлена до текущей версии 2.0. [10] В версии 2.0 имеется 15633 пептида, собранных из 849 статей и сгруппированных в 1818 наборов. Помимо основных данных об экспериментах по панорамированию и их результатах, включена обширная справочная информация о цели, шаблоне, библиотеке и структуре. Сопровождаемый тест также был составлен для биоинформатиков, чтобы они могли разрабатывать и оценивать свои новые модели, алгоритмы и программы. Кроме того, база данных MimoDB предоставляет инструменты для простого и расширенного поиска, визуализации структуры, BLAST и просмотра выравнивания на лету. Биологи-экспериментаторы могут легко использовать базу данных в качестве виртуального контроля для исключения возможных пептидов, не связанных с мишенью. База данных MimoDB [11] находится в свободном доступе.
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Гейсен, HM; Родда, С.Дж.; Мейсон, Ти Джей (июль 1986 г.). «Априорное определение пептида, который имитирует прерывистую антигенную детерминанту». Молекулярная иммунология . 23 (7): 709–15. дои : 10.1016/0161-5890(86)90081-7 . ПМИД 2432410 .
- ^ Смит, врач общей практики; Петренко, В.А. (01.04.1997). «Фаговый дисплей». Химические обзоры . 97 (2): 391–410. дои : 10.1021/cr960065d . ПМИД 11848876 .
- ^ Тонг, АХ; Дрес, Б; Нарделли, Дж; Бадер, Грузия; Браннетти, Б; Кастаньоли, Л; Евангелиста, М; Ферракути, С; Нельсон, Б; Паолужи, С; Куондам, М; Зуккони, А; Хог, CW; Филдс, С; Бун, К; Чезарени, Г (11 января 2002 г.). «Комбинированная экспериментальная и вычислительная стратегия для определения сетей взаимодействия белков для модулей распознавания пептидов» . Наука . 295 (5553): 321–4. дои : 10.1126/science.1064987 . ПМИД 11743162 . S2CID 17604414 .
- ^ Том, Дж; Кокрофт, AC; Бьюкенен, AG; Кандотти, CJ; Коэн, ЕС; Лоун, Д; Монк, П; Шоррок-Харт, CP; Джермутус, Л; Минтер, РР (16 мая 2006 г.). «Исследование белок-белкового взаимодействия путем эволюции in vitro» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 103 (20): 7619–24. Бибкод : 2006PNAS..103.7619T . дои : 10.1073/pnas.0602341103 . ПМЦ 1458619 . ПМИД 16684878 .
- ^ Сюн, Польша; Харди, Дж; Фридланд, С; Соетикно, Р; Ду, CB; Ву, АП; Сахбайе, П; Кроуфорд, Дж. М.; Лоу, AW; Контаг, Швейцария; Ван, Т.Д. (апрель 2008 г.). «Обнаружение дисплазии толстой кишки in vivo с использованием таргетного гептапептида и конфокальной микроэндоскопии» . Природная медицина . 14 (4): 454–8. дои : 10.1038/nm1692 . ПМК 3324975 . ПМИД 18345013 .
- ^ Макдугалл, IC; Россерт, Дж; Касадевалл, Н.; Стед, РБ; Дульедж, AM; Фруассар, М; Экардт, КУ (05 ноября 2009 г.). «Агонист рецепторов эритропоэтина на основе пептидов для лечения чистой аплазии эритроцитов» . Медицинский журнал Новой Англии . 361 (19): 1848–55. doi : 10.1056/NEJMoa074037 . ПМИД 19890127 .
- ^ Книттельфельдер, Р; Ример, AB; Йенсен-Яролим, Э. (апрель 2009 г.). «Мимотопная вакцинация – от аллергии до рака» . Экспертное мнение о биологической терапии . 9 (4): 493–506. дои : 10.1517/14712590902870386 . ПМК 3049225 . ПМИД 19344285 .
- ^ Ли, YJ; Йи, Х; Ким, WJ; Канг, К; Юн, Д.С.; Страно, М.С.; Седер, Г; Белчер, AM (22 мая 2009 г.). «Изготовление генно-инженерных литий-ионных батарей высокой мощности с использованием нескольких генов вируса» . Наука . 324 (5930): 1051–5. Бибкод : 2009Sci...324.1051L . дои : 10.1126/science.1171541 . ПМИД 19342549 . S2CID 32017913 .
- ^ Ру, Б; Хуанг, Дж; Дай, П; Ли, С; Ся, З; Дин, Х; Лин, Х; Го, Ф; Ван, X (15 ноября 2010 г.). «MimoDB: новое хранилище данных мимотопов, полученных с помощью технологии фагового дисплея» . Молекулы (Базель, Швейцария) . 15 (11): 8279–88. дои : 10.3390/molecules15118279 . ПМК 6259156 . ПМИД 21079566 .
- ^ Хуанг, Дж; Ру, Б; Чжу, П; Не, Ф; Ян, Дж; Ван, X; Дай, П; Лин, Х; Го, ФБ; Рао, Н. (3 ноября 2011 г.). «MimoDB 2.0: база данных мимотопов и не только» . Исследования нуклеиновых кислот . 40 (1): Д271–7. дои : 10.1093/nar/gkr922 . ПМК 3245166 . ПМИД 22053087 .
- ^ «База данных MimoDB» . Архивировано из оригинала 16 ноября 2012 г. Проверено 7 ноября 2011 г.
 | Эта по иммунологии статья незавершена . Вы можете помочь Википедии, расширив ее . |